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核苷酸和核酸
Important roles of other nucleotides: • Energy rich (high energies of hydrolysis, but kinetically stable) besides ATP, includes: GTP, CTP, UTP • Carrier molecule (key intermediates in metabolism) UDP-sugars, CDP-lipids, NADH, FAD • Secondary messengers (cAMP, cGMP) • Other cofactors for enzymes
cc-seq：Spo11 DNA的核苷酸分辨率映射...
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软组织肉瘤中核苷酸 - 分离修复（NER）途径的作用：综述和关注其作为治疗靶标的潜力
核苷酸切除修复（NER）途径涉及三十多个蛋白质 - 蛋白质相互作用，并去除化学疗法药物引起的DNA加合物。NER的关键基因通常在癌细胞中过度表达，该途径的改变负责增加或降低对特定治疗剂的敏感性。这在软组织肉瘤（STS）中特别相关，稀有间充质原始肿瘤的潜在机制仍然缺乏理解。完全可以是STS中潜在的治疗靶标。NER活性的微妙调节可能在临床上与替代预后标记或预测对化学疗法剂的敏感性有关。应进一步对NER进行进一步的预期评估以解决这个问题。摘要
靶向高通量测序可检测 CRISPR/Cas9 基因编辑生物中的单核苷酸变异
摘要：与传统基因工程产生的转基因生物 (GMO) 类似，在欧盟市场上销售的基因编辑 (GE) 生物及其衍生的食品/饲料产品属于欧盟指令 2001/18/EC 的范围。因此，主管当局要求转基因执法实验室在食品/饲料链中控制它们，以保证食品/饲料的安全性和可追溯性 (2003/1829/EC；2003/1830/EC)。然而，它们的检测在分析和解释层面都可能具有挑战性，因为这需要能够针对和检测引入 GE 生物的特定单核苷酸变异 (SNV) 的方法。在本研究中，我们提出了一种有针对性的高通量测序方法，包括 (i) 先前的基于 PCR 的富集步骤以扩增感兴趣的区域，(ii) 测序步骤，以及 (iii) 数据分析方法来识别感兴趣的 SNV。为了研究这种靶向高通量测序方法的性能是否与转基因检测领域中使用的性能标准兼容，我们准备并分析了几个含有不同百分比的转基因水稻品系（携带单个腺苷插入 OsMADS26）的样本。无论百分比高低，都可以成功检测出含有转基因水稻品系的样本中感兴趣的 SNV。未观察到与食品加工或其他作物物种存在相关的影响。本概念验证研究使我们能够提供第一个基于实验的证据，表明拟议的靶向高通量测序方法将来可能成为一种特定且灵敏的工具，用于支持携带 SNV 的转基因植物的食品/饲料链的安全性和可追溯性。
光疗法和光遗传模型真菌胚乳埃默生的基因组序列组装揭示了多样化的核苷酸周期酶库
Chytrid真菌胚层艾美艾尔（Emersonii）产生带有游泳尾巴的孢子（Zoospores）；这些细胞可以感知并朝光线游动。对该物种的兴趣源于持续开发艾默生芽孢杆菌的努力，作为理解相关光遗传电路的光持续演变和分子细胞生物学的模型。在这里，我们报告了B. emersonii美国型培养物收藏品22665菌株的高度结合基因组组装和基因注释。我们在一个带有Illumina配对的基因组序列调查的PACBIO长阅读库中，导致组装21个重叠群，总计34.27 MB。使用这些数据，我们评估了编码基因的感觉系统的多样性。这些分析确定了G蛋白偶联受体，离子转运蛋白和核苷酸循环酶的丰富补体，所有这些都通过域重组和串联重复而多样化。在许多情况下，这些结构域的组合导致蛋白质结构域与跨膜结构域融合，将推定的信号传导与细胞膜绑定在一起。这种模式与B. emersonii感觉信号系统的多元化一致，后者可能在这种真菌的复杂生命周期中起着各种作用。
核苷酸和核苷的药物
核苷酸和基于核苷的模拟药物被广泛用于治疗急性病毒感染和慢性病毒感染。这些药物由于一种或多种不同的机制抑制病毒复制。通过在每个复制周期中降低病毒能力来修饰病毒的遗传结构。他们的临床成功对多种病毒表现出强大的有效性，包括埃博氏病毒，丙型肝炎病毒，HIV，MERS，SARS-COV和最近的新兴SARS-COV2。在这篇综述中，已经选择了七种不同类型的抑制剂，它们显示了针对RNA病毒的广谱活性。给出了两个类似物的详细的外观和作用机理，并讨论了临床观点。这些抑制剂结合了新型的SARS-COV-2 RDRP，进一步终止了具有可变效果的聚合酶活性。最近的研究为使用核苷酸和核苷类似物抑制剂提供了病毒RDRP抑制活性的分子基础。此外，要确定那些需要更多研究和发育来打击新型感染的药物。因此，迫切需要通过建立细胞培养来关注当前药物。如果证明了它们的能力，那么将来将探索它们作为新爆发的潜在治疗剂。2022作者。由Elsevier B.V.代表国王沙特大学出版。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
通过选择性修饰带有 2'-氟和锁定核酸的向导 RNA 来提高 CRISPR/Cas9 系统的稳定性和特异性
摘要：利用 CRISPR/Cas 系统组件的基因组编辑方法已广泛应用于分子生物学、基础医学和基因工程。一种有前途的方法是通过修改基于 CRISPR/Cas 的基因组编辑系统的组件来提高其效率和特异性。在这里，我们设计并化学合成了含有修饰核苷酸（2'-O-甲基、2'-氟、LNA — 锁定核酸）或在某些位置含有脱氧核糖核苷酸的向导 RNA（crRNA、tracrRNA 和 sgRNA）。我们比较了它们对核酸酶消化的抵抗力，并检查了由这些修饰向导 RNA 引导的 CRISPR/Cas9 系统的 DNA 切割效率。用 2'-氟修饰或 LNA 核苷酸替换核糖核苷酸增加了 crRNA 的寿命，而其他类型的修饰不会改变它们的核酸酶抗性。 crRNA 或 tracrRNA 的修饰可保持 CRISPR/Cas9 系统的有效性。否则，具有修饰 sgRNA 的 CRISPR/Cas9 系统会显著降低 DNA 切割有效性。2'-氟修饰 crRNA 的系统 DNA 切割动力学常数较高。crRNA 的 2'-修饰还可降低体外 dsDNA 切割的脱靶效应。
在人类细胞中进行碱基编辑以产生单核苷酸变体克隆细胞系
碱基编辑技术能够在哺乳动物细胞的目标基因组位点引入点突变，其效率和精度高于采用 DNA 双链断裂的传统基因组编辑方法，例如锌指核酸酶 (ZFN)、转录激活因子样效应核酸酶 (TALEN) 和 CRISPR-Cas9（成簇的规律间隔的短回文重复序列-CRISPR 相关蛋白 9）系统。这可以更省时省资源地生成单核苷酸变异同源细胞系（即基因组序列仅在单个编辑核苷酸处彼此不同的细胞系）。这些单核苷酸变异克隆细胞系是评估遗传变异在天然细胞环境中的功能作用的有力工具。因此，碱基编辑可以在受控实验室环境中促进基因型到表型的研究，可用于基础研究和临床应用。在这里，我们提供优化的协议（包括实验设计、方法和分析）来设计碱基编辑构建体、转染粘附细胞、批量量化碱基编辑效率以及生成单核苷酸变体克隆细胞系。
