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基因编辑针对DUX4聚腺苷酸化信号
摘要：Facioscapulohumeral营养不良（FSHD，OMIM：158900，158901）是成年人中最常见的Dys-Tropherphy，到目前为止，还没有治疗。已经表征了疾病的不同基因座，它们都导致Dux4蛋白的异常表达，这会损害肌肉的功能，最终导致细胞死亡。在这里，我们使用基因编辑来试图通过靶向其poly（a）序列永久关闭Dux4表达。我们在FSHD成肌细胞上使用了类似转录激活剂样效应子核酸酶（TALEN）和CRISPR-CAS9核酸酶。测序了150多个Topo克隆，仅观察到4％的indels。重要的是，在其中2个中，Dux4 poly（a）信号在基因组水平上被消除，但由于使用了非典型上游poly（a）信号序列，仍会产生DUX4 mRNA。这些实验表明，在基因组水平上靶向DUX4 PA可能不是FSHD治疗的适当基因编辑策略。
全面的分子诊断
虽然单独罕见，但所有线粒体疾病的全球整体发病率每5,000例活生生中约为一个（Plutino等，2018）。由于线粒体疾病的巨大基因型和表型异质性，获得准确及时的诊断通常很具有挑战性，尤其是在分子水平上。这种复杂性的一部分源于正常的线粒体功能是核和线粒体基因组的产物（Abadie，2024； Craven等，2017； Kendall，2012）。此外，尽管有超过一千个核基因与线粒体生物学有关（Pagliarini等，2008），但只有一小部分基因已经建立了疾病的关联（在线Mendelian sentarity in Man Man，Omim®，Omim®，2025; Stenson et al。，2014年）。除了对线粒体基因组进行测序外，诊断实验室通常还提供了用于线粒体疾病的核基因下一代测序（NGS）的靶向面板。单独的线粒体基因组面板也可以在商业上获得（Wong，2013； McCormick等，2013）。在这些面板的设计期间考虑了各种因素，包括已知的临床相关性，疾病患病率和成本。因此，商业双基因组面板通常会因数百个基因而变化，或者覆盖包括基因的覆盖率有所不同。同时分析线粒体基因组和核线粒体基因的优势已被认可了一段时间，但是，这种方法并不总是是护理标准（Abicht等，2018； Bonnen等，2013）。据我们所知，这是双重基因组NGS面板诊断线粒体疾病的临床实用性的最大系统评估。尽管核基因与线粒体基因之间的相互作用对于维持线粒体功能是必要的，但是在这个大规模上，每个基因组对线粒体疾病的病因的实际贡献没有实际评估。在本报告中，我们总结了我们作为临床诊断实验室的经验，该实验室在涉嫌有线粒体疾病的队列上进行线粒体和核NGS测试。对诊断病例结果的初步分析表明，这两个基因组都同样贡献。我们表明，双基因组NGS测试方法为诊断线粒体疾病提供了全面的工具。据我们所知，这是最大的系统分析之一，同时对线粒体和核基因组进行了询问。据我们所知，这是最大的系统分析之一，同时对线粒体和核基因组进行了询问。
引用Chen X，Wang Z，Fu W，Wei Z，Gu J，Wang C，Zhang Z，Yu X，Yu X和Hu W（2025）由Clcn7突变引起的骨质造影的代谢组学研究揭示了
骨质骨术是一种罕见的代谢骨疾病，其特征是骨矿物质密度异常增加，导致骨髓衰竭，压缩神经病和骨骼畸形（1）。根据遗传模式，可以将其分为常染色体显性骨质术（ADO），常染色体隐性骨质骨术（ARO）和X连接的骨质疏松症（XLO）（1-3）。ADO是骨质骨术的最常见形式，估计发病率为1：20,000（4）。早期，ADO被认为包括两种表型，ADO I（OMIM 607634）和ADO II（OMIM 166600）（2）。ADO I的特征是LDL受体相关蛋白5（LRP5）基因的突变，该基因导致高骨量，但不会导致骨折（5）。ADO II是由整骨骨吸收受损引起的，这些骨吸收通常是由于氯化物通道7（CLCN7）基因（6，7）中杂合的错义突变引起的。clcn7是一种基因，不仅可以引起严重的隐性骨质肌膜病形式，即ARO，而且还可以根据Clcn7突变的类型（8）。此外，由CLCN7突变引起的ADO II占ADO的70％，这是最常见的骨质疏松症类型（9）。因此，这项研究的重点是由CLCN7突变引起的骨质疏松症。CLCN7编码Cl- /H +交换转运蛋白7，也称为CLC-7，通常将其定位于溶酶体区室和骨 - 分解骨细胞的Ruf膜膜（10）。CLCN7突变导致骨质细胞异常无法分泌酸，因此无法溶解骨骼，从而导致骨质疏松症。这种疾病表现出异质性，表型表现出各种程度的严重程度，从无症状到威胁生命（11-13）。在没有基因检测或典型的放射线摄影发现的情况下，乳酸脱氢酶（LDH），天冬氨酸氨基转移酶（AST）和肌酸激酶BB同酶（CK-BB）的水平升高与Clcn7突变引起的骨化（14、15）有关。尽管如此，这些生物标志物的水平尚未证明与疾病的严重程度相关，而正常值不排除CLCN7基因中突变的存在（4）。因此，迫切需要找到更多的特定和敏感的生物标志物。有许多关于骨质造成症的遗传研究，但目前尚未发现CLCN7突变引起的骨质疏松症的血清代谢研究。通过阐明区分健康和疾病表型的特定特征，代谢组已成为理解生理和病理过程之间差异的基石，可能使我们可以搜索
Z-Flipon变体揭示了Z-DNA和...
鉴于Z-DNA的作用，鉴于其染色性质仍然具有挑战性。在这里，我们对在实验鉴定的Z-DNA形成序列（Z-lipons）上训练的DNABERT变形金刚算法进行全基因组审查。该算法对现有方法产生了较大的性能增强（F1 = 0.83），并实现了计算诱变，以实现基础替代对Z-DNA形成的影响。我们表明Z- iPons富含启动子和端粒，过度扎根定量性状基因座，用于RNA表达，RNA编辑，剪接和与疾病相关的变体。我们在许多正交数据库和定义的junction基序中进行了跨估算。令人惊讶的是，我们描述的许多效果可能是通过Z-RNA形成介导的。在Scarf2，Smad1和Cacna1转录本中鉴定了共享的Z-RNA图案，而非编码RNA中存在其他基序。我们为Z-RNA折叠提供了证据，该折叠通过替代krab域锌纤维蛋白的剪接来促进适应性免疫。对OMIM和推定的GNOMAD功能丧失数据集的分析表明，Z流iPon的重叠在8.6％和2.9％的Mendelian病基因中，Mendelian疾病基因的重叠，大大扩展了映射到Z- iPons的表型的范围。
干细胞研究
干细胞系的替代名称1502.3（MCRII019-A）1502.3 COL2A1 p。G1170S（MCRII019-A-2）墨尔本默多克儿童研究所，澳大利亚墨尔本和马萨诸塞州科技研究所，美国美国技术研究所，分销商ShireenLamandéShireen.lamandéShireen.lamandé.lamande.lamande@mcri.edu.au; Associate Professor Matthew Shoulders mshoulde@mit.edu Type of cell lines iPSC Origin Human Cell Source Dermal fibroblast-derived human induced pluripotent cell line MCRIi019-A (http://hpscreg.eu/cell-line/MCRIi019-A) Clonality Clonal Method of reprogramming Episomal vectors Multiline rationale Isogenic clones Gene modification Yes Type of modification Induced mutation Associated disease Legg-Calve-Perthes Disease OMIM #150600 Gene/locus COL2A1 c.3508 GGT > TCA (p.G1170S) Chromosome 12q13.11 Method of modification CRISPR/Cas9 Name of transgene or resistance N/A Inducible/constitutive system N/A Date archived/stock date February 2019 Cell line repository/bank https://hpscreg.eu/cell-line/mcrii019-a; https://hpscreg.eu/cell-line/mcrii019-a-2伦理批准这项研究得到了皇家儿童医院（HREC 33118）的人类研究伦理委员会的批准，澳大利亚维多利亚州
ORAI1抑制作肾小管肌病和Stormorken综合征的有效临床前疗法
引言管状肌病（TAM）是一种罕见的肌肉障碍，具有广泛的表型异质性，从无症状高度高血症到渐进的儿童期形式，具有严重的上肢和下肢肌肉无力，肌痛，肌痛，抽筋和膜（1，2）。大多数患者都表现出其他多系统的体征，例如MIOSIS，血小板减少症，次生症，鱼质病，身材矮小和阅读障碍，并且完整的临床图片称为Stormorken综合征（Strmk）（Strmk）（2-4）。tam和strmk（Omim＃160565和＃615883）形成临床连续性，病理学迹象的发生和程度取决于所涉及的基因和突变的位置。大多数TAM/Strmk患者在Stim1中携带杂合的错义突变，编码居住在内质/肌浆网（ER/SR）的无处不在表达的Ca 2+传感器。在Ca 2+引起的EF手臂中的突变基本上会导致肌肉表型，偶尔会导致血小板和皮肤，脾脏，骨骼和骨骼的异常耗尽（5-13），而胞质盘旋型域的突变则与coiled-Coiled-Coil 304残基相关（均具有10个残留型），并具有104个杂物（均为804的杂物）。 14-19）。等离子体内置的Ca 2+通道中的错义突变不太普遍，要么影响孔形成的跨膜结构域，并引起严重的表型，并具有明显的肌肉无力，Miosis，出血性核糖症，鱼囊和
具有多种功能的人类蛋白质数据库
摘要 MultifacetedProtDB 是一个多功能人类蛋白质数据库，其信息来源于其他数据库，包括 UniProt、GeneCards、人类蛋白质图谱 (HPA)、人类表型本体 (HPO) 和 MONDO。它收集了文献中提到的“多面”多任务蛋白质，这些蛋白质具有多效性、多结构域、混杂性（与催化多种底物的酶有关）和兼职性（具有两种或多种分子功能），难以在现有的非特定数据库中直接搜索到。多功能蛋白质的研究是一个不断扩展的研究领域，旨在阐明生物过程的复杂性，特别是在人类中，其中多功能蛋白质在各种过程中发挥作用，包括信号转导、代谢、基因调控和细胞通讯，并且经常参与疾病的爆发和发展。该网络服务器允许使用多个过滤器按基因、蛋白质和任何相关的结构和功能信息进行搜索，如 PDB 中的可用结构、结构模型和相互作用因子。蛋白质条目补充了全面的注释，包括 EC 编号、GO 术语（生物途径、分子功能和细胞成分）、Reactome 中的途径、UniProt 中的亚细胞定位、HPA 中的组织和细胞类型表达以及 MONDO、Orphanet 和 OMIM 分类后的相关疾病。MultiFacetedProtDB 可作为网络服务器免费使用：https://multifacetedprotdb.biocomp.unibo.it/。
客户/发送设施：美国Labcorp CMBP 1912 Alexander Dr RTP，NC 27709 PH：(919)361-7700
arr [hg19] 17p11.2（16,772,264-20,413,433）x1 x1整个基因组SNP微阵列（揭示）分析已确定了上述染色体段的界面缺失的女性。已删除的区域包括许多OMIM基因（开始：TNFRSF13B到End：SPECC1），包括RAI1，RAI1是涉及史密斯 - 麦加尼斯综合征的主要基因。史密斯 - 马格尼综合征的特征是独特的物理特征，发育延迟，认知障碍和行为异常（请参阅参考）。建议进行父母鱼类的随访分析以确认从头起源，并排除具有高复发风险的平衡重排。在本报告标准中未检测到其他DNA拷贝数更改或拷贝中性ROH。遗传咨询建议。应根据测试代码511770（FISH）提交随访父母血液（绿色顶级肝素）。费用将适用。提交父母或家族样本时，请参考概率名称，出生日期和标本号。计费策略详细信息可在www.labcorp.com上查看。母体细胞污染研究将在单独的覆盖下报告，如果有序。参考：Smith ACM，Boyd KE，Brennan C等。史密斯 - 马格尼综合症。2001年10月22日[更新2022年3月10日]。in：Adam MP，Ardinger HH，Pagon RA等，编辑。GenereViews®[Internet]。西雅图（WA）：西雅图华盛顿大学； 1993-2022。 可从：https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/books/nbk1310/方法：西雅图（WA）：西雅图华盛顿大学； 1993-2022。可从：https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/books/nbk1310/方法：
原创研究探索黄连解毒汤治疗冠状病毒病的潜在靶点和机制
背景：2019 年 12 月，由新型冠状病毒（严重急性呼吸综合征冠状病毒 2，SARS-CoV-2；曾称 2019-nCoV）引起的冠状病毒病 2019（COVID-19）在中国武汉出现，造成大量感染和死亡。目前，尚无针对 COVID-19 病因和治疗的特效药物。中西医结合治疗 COVID-19 被提出，其中黄连解毒汤（HLJDD）被中国许多省份推荐用于治疗 COVID-19，并已在临床中广泛使用。本研究基于网络药理学探讨了 HLJDD 在治疗 COVID-19 中的潜在靶点。方法：首先，通过 TCMSP、UniProt、GeneCards 和 OMIM 数据库获取 HLJDD 的化学成分和靶点以及 COVID-19 相关靶点。其次，通过STRING数据库和Cytoscape软件构建HLJDD靶点和HLJDD-COVID-19靶点网络。最后，通过DAVID数据库对HLJDD-COVID-19靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：本研究共鉴定出67个HLJDD活性成分和204个HLJDD靶点。共获得502个COVID-19相关靶点，其中47个为HLJDD与COVID-19的交叉靶点。共鉴定出179个GO术语和77个KEGG术语，包括TNF信号通路、NF-κB信号通路和HIF-1信号通路。结论：本研究探索了HLJDD在COVID-19治疗中的潜在作用靶点及信号通路，可为COVID-19治疗药物的研发提供依据。关键词：黄连解毒汤 2019冠状病毒病 COVID-19 SARS-CoV-2 网络药理学 中药
基于生物信息学探讨肥胖基因与疾病发生的关联性
方法：网络药理学和蛋白质 - 蛋白质相互作用网络可视化和富裕分析技术用于找到肥胖基因与其相互作用小的RNA和疾病之间的关联。disgenet，Genecards，TTD和OMIM数据库用于搜索与肥胖，糖尿病和乳腺癌相关的基因靶标，然后与UNIPROT数据库结合使用，用于基因去除和映射，肥胖和各种疾病的关键基因数据。使用Venny在线数据处理平台来获得肥胖和各种疾病之间的关联基因。相关基因是通过使用字符串在线分析平台构建目标蛋白质相互作用网络图和topoolosogogogogogopogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogogical构建基因，并通过Cytoscape软件进一步筛选了结果，以获得各种疾病与肥胖症之间具有牢固关联的核心目标基因。使用David在线数据库和微生物症的在线分析平台，通过GO和KEGG富含所获得的核心靶基因。结果：有460个肥胖胸癌交叉基因，607个肥胖糖果交叉基因，23个肥胖乳腺癌核心基因和24个肥胖糖核心核心基因。在此基础上，总共获得了与肥胖和乳腺癌有关的138个核心基因或miRNA。有144个与肥胖和糖尿病有关的核心基因或miRNA。本研究使用生物信息学方法来研究肥胖与糖尿病和乳腺癌的关系和潜在机制，然后为我们提供了一种新的观点，可以通过对miRNA的研究来了解与肥胖相关并发症的机制，并为我们提供了新的想法，以探索和改善治疗方法。