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1南京中医药大学第一临床医学院，南京 210029。 * 通讯作者：李旭，男，南京中医药大学教授，主任中医师，从事中医药治疗肿瘤研究，电话：13913887528，邮箱：13913887528@163.com。摘要：目的：利用网络药理学和分子对接技术探讨薏苡仁、白花蛇舌草、莪术、鼠尾草治疗胃癌前病变的物质基础和分子机制，为进一步的临床研究提供理论基础。方法：利用GeneCards和OMIM网络数据库，寻找、筛选4个药物成分抗胃癌前病变（PLGC）的作用靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建中药成分-靶点网络，利用字符串数据平台构建4种治疗PLGC药物的蛋白质互操作网络，通过拓扑分析寻找核心靶点，最后对药物-疾病交叉靶点进行生化及富集分析。结果：4种肠溶药共收集到19个活性成分、123个成分靶点。对于PLGC共识别出1487个靶点，收集到64个针对药物成分和疾病的靶点。以大于平均度（29.0）的值进行拓扑分析，得到64个关键核心靶点（包括TP53、EGFR、TNF、VEGFA），通过网络拓扑和蛋白质互操作网络分析，筛选出TP53、EGFR、TNF、VEGFA等关键靶点。 GO功能富集分析得到1337个生物过程条目，46个细胞组成条目，74个分子功能条目。KEGG（京都基因和基因组百科全书）通路富集分析和筛选得到254条信号通路，包括胃癌、乳腺癌、前列腺癌、非小细胞肺癌、结肠癌等。结论：四种肠溶药可能通过作用于TP53、EGFR、TNF、VEGFA靶点和相关胃癌、炎症、免疫通路来防治PLGC。关键词：网络药理学 中药 癌前病变 机制研究。致谢：感谢编辑对稿件语言的润色。缩写：ADME，吸收、分布、代谢和排泄；OB，口服生物利用度；DL，药物类别；PDB，蛋白质数据库。作者贡献：DM 和 LM：手稿草稿和文献收集。DM、LM 和 WJL：文献整理和修订稿。FW 和 GW：构思和监督审查、修订稿。所有作者阅读并批准最终稿。利益竞争：作者声明不存在利益竞争。引用：Feng X, Wang Y, Xu L . 基于网络药理学和分子对接技术探讨四种化疗药物用于治疗胃癌前病变肠上皮化生的作用机制。胃肠肝病学研究。2022；4(1)：2。doi: 10.53388/ghr2022-03-044。执行主编：程鑫。提交日期：2022 年 3 月 2 日，接受日期：2021 年 3 月 21 日，出版日期：2022 年 3 月 30 日© 2022 作者。由 TMR Publishing Group Limited 出版。这是一篇根据 CC-BY 许可 (http://creativecommons.org/licenses/BY/4.0/) 开放获取的文章。
生成和分析人类保守的共同...
1分子生物技术中心，都灵大学，都灵大学的动机基因和活生物体的蛋白质通过与其他基因和蛋白质的一系列相互作用来部署其功能。这些关系可以或多或少是直接的，并且可以从不同类型的实验证据中推断出来。最明显的关系是直接的分子相互作用，可以通过生化方法和分子生物学技术（例如酵母两种杂种系统）显示出来。然而，在没有直接分子结合的情况下，甚至可能存在非常紧密的功能关系。考虑到相同功能涉及的基因倾向于显示非常相似的表达模式，并且鉴于大量基因表达数据存储库的可用性，共表达分析是探索基因之间功能关系复杂性的最强大工具之一。特别是，已经提出了对共表达的系统发育保护，作为识别基因之间功能相关的联系的非常强大的标准。我们先前已经描述了CLOE（Pellegrino等，MBC Bioinformatics 2004），这是一种基于此类荟萃分析的数据挖掘方法，使得可以对蛋白质功能和相互作用做出高度的置信度预测。作为逻辑演化，我们基于对cDNA微阵列数据库的分析，在全球尺度上应用了此方法，在这里，我们提出了人与小鼠之间保守的共表达关系的网络。方法DNA微阵列数据是从使用cDNA微阵列技术进行的已发表的研究获得的。 电子邮件：ugo.ala@unito.it方法DNA微阵列数据是从使用cDNA微阵列技术进行的已发表的研究获得的。电子邮件：ugo.ala@unito.it在工作中，我们从斯坦福微阵列数据库（http://smd.stanford.edu/cgi/cgi-bin/search/search/search/search/search/search/pl.pl）收集了人类和鼠标数据，这是微阵列实验的最相关存储库。通过Genebank ID鉴定了所有探针，我们将它们完全重新映射到了最重要的生物学数据库，尤其是Unigene，Entrez基因和Ensembl。在同源表的基础上分配了直系同源基因之间的关系。计算分析始于生成，对于数据集中的每个探针，所有其他数据集探针，由以Pearsons相关系数计算的共表达指数顺序排序。选择了每个列表的最高1％，我们崩溃了探针列表，称为同一基因（由Entrez基因ID确定）。我们引入了系统发育保护以比较直系同源基因的列表。我们使用元基因（元基因代表直系同源基因对）构建网络，为节点，一对一的系统发育保守的共表达链接作为边缘。我们进行了统计分析，以评估所有基因的基因本体论（GO）术语的富集，并为了探索人类表型的可能的预测价值，我们将注意力集中在Mimminer（http://wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww.cmbi.ruuuuu.ruu.ruu.ruu.ruu.ruu.ruu.ruu.ruu.nl/mmmmmmimmin/c，pla-cl ），最后，我们评估了该网络与文献和两个基于混合的人类相互作用的重叠。结果我们的初步结果表明，每个基因的第一个邻居构成的近30％的列表至少富集了一个GO术语，并且在相关疾病表型的两个基因之间的链接数量有七个时间丰富。这些结果强烈表明，人与小鼠之间的共表达关系与探索哺乳动物基因的功能和研究人遗传疾病非常相关。
Ankrd11 是一种染色质调节剂和 KBG 综合征风险基因，是心脏神经嵴细胞生物学和心脏发育的关键调节剂
57 先天性心脏缺陷 (CHD) 是最常见的出生缺陷类型，全球发病率为 58 1% (Wu et al., 2020)。CHD 中很大一部分是圆锥动脉干缺陷，59 这是由于心脏流出道 (OFT) 重塑不当引起的，OFT 是连接心室和咽弓动脉 (PAA) 的胚胎结构 (Keyte and 61 Hutson, 2012; Neeb et al., 2013)。在胚胎发生过程中，OFT 被重塑为成熟的主动脉和肺动脉，以分离含氧血液和缺氧血液的循环。63 该过程由胚胎心脏的不同组织之间的相互作用协调：64 第二心脏场衍生细胞、OFT 腔内心内膜细胞和心脏神经嵴细胞 (CNCC)。 CNCC 功能失调是许多圆锥动脉干缺陷的主要原因 66 ，也是许多已知的多系统发育障碍的诱因（Neeb 等人，2013；Vega-67 Lopez 等人，2018）。68 CNCC 起源于神经管边界，并迁移到 PAA 和 OFT，在那里 69 它们促进血管重塑并形成动脉平滑肌细胞内壁 70 (Keyte and Hutson，2012)。填充 OFT 垫的 CNCC 融合在一起形成 71 主动脉肺动脉 (AP) 隔，该隔从 OFT 的远端边缘发展直至与室间隔融合 72，形成主动脉和肺动脉两条不同的血管。 73 在小鼠中，OFT 分隔发生在胚胎第 11.5 天 (E) 和第 13.5 天之间 (Krishnan 等人，74 2014)。75 神经嵴发育需要复杂的基因表达时空调控。76 大多数研究集中在信号通路和转录因子上，而 77 表观遗传调控的研究相对不足 (Martik and Bronner, 2017; Neeb 等人，78 2013; Stefanovic 等人，2021; Yan 等人，2021)。尽管如此，已发现一些表观遗传调节因子对 CNCC 的正常发育至关重要，这些调节因子与各种先天性疾病有关，包括 Coffin-Siris (Brg1)、CHARGE (CHD7) 和 Williams (BAZ1B) 综合征 (Barnett 等人，2012 年；Li 等人，2013 年；Yan 等人，2021 年；Yan 等人，82 2020 年)。83 染色质调节因子对于基因表达的时空调控至关重要，这对于协调复杂的 OFT 重塑过程必不可少，尽管神经嵴辅助心脏发育中的大部分过程仍不清楚 (Yan 等人，2021 年)。 ANKRD11 86（锚蛋白重复域 11；以前称为 ANCO1）是一种染色质调节剂，可募集 87 组蛋白乙酰化修饰蛋白，例如组蛋白去乙酰化酶 HDAC3 和 P/CAF 88（p300/CBP 相关因子）乙酰转移酶复合物亚基，以调节全局基因 89 表达（Gallagher 等人，2015 年；Li 等人，2008 年；Zhang 等人，2004 年）。90 ANKRD11 或含有 ANKRD11 的 16q24.3 微缺失中的杂合变异会导致 KBG 综合征（OMIM 91 #148050），一种常染色体显性多系统发育障碍。患有 KBG 92 综合征的患者表现出整体发育迟缓、身材矮小、颅面缺陷和智力 93 障碍（Digilio 等人，2021 年；Gnazzo 等人，2020 年；Goldenberg 等人，2016 年；Handrigan 等人，94 2013 年；Low 等人，2016 年；Murray 等人，2017 年；Ockeloen 等人，2015 年；Sirmaci 等人，2011 年；95 Willemsen 等人，2010 年）。约 40% 的患者有心血管缺陷，包括 96 主动脉缩窄、动脉导管未闭、瓣膜狭窄和室间隔缺损 (VSD) 97 (Digilio 等人，2021；Guo 等人，2022；Kierzkowska 等人，2023)。值得注意的是，这些心血管 98 缺陷表明 CNCC 功能可能失调 (Neeb 等人，2013；Vega-Lopez 等人，2018)。然而，Ankrd11 在 CNCC 命运或心脏发育中的作用尚不清楚。100