XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemORF1AB
SARS-COV-2基因组：变化，含义和应用
SARS-COV-2是Coronaviridae家族的SARBECOVIRUS属的Betacoronavirus属的成员。来自中国武汉的第一批COVID-19患者的多个SARS-COV-2分离株的基因组具有99.98-99.99％的核苷酸身份4，这表明该病毒仅在人类最近才出现。SARS-COV-2与从中国蝙蝠中分离出的冠状病毒最密切相关，称为SARS相关的冠状病毒（SARSR-COV）。最接近的亲戚是BAT Ratg13-Cov和Bat Rmyn02- COV，它们都是从中国云南省的马蹄蝙蝠中取样的。ratg13-cov在整个基因组中与SARS-COV-2共享96.3％的核苷酸同一性，而RMYN02-COV在长1AB开放阅读框架（ORF1AB）中与SARS-COV-2共享约97％的核苷酸同一性（ORF1AB），尽管其他基因在其他基因中更具分歧>
3 剂 mRNA COVID-19 疫苗与 SARS-CoV-2 Omicron 和 Delta 变体引起的症状性感染之间的关联
结果 总体而言，共纳入 23 391 例病例（13 098 例 Omicron 病例；10 293 例 Delta 病例）和 46 764 例对照（平均年龄 40.3 [SD, 15.6] 岁；42 050 名女性 [60.1%]）。18.6%（n = 2441）的 Omicron 病例、6.6%（n = 679）的 Delta 病例和 39.7%（n = 18 587）的对照报告先前接种过 3 剂 mRNA 疫苗；55.3%（n = 7245）、44.4%（n = 4570）和 41.6%（n = 19 456）报告先前接种过 2 剂 mRNA 疫苗；未接种疫苗者分别为 26.0% (n = 3412)、49.0% (n = 5044) 和 18.6% (n = 8721)。Omicron 接种 3 剂疫苗与未接种疫苗者的调整后优势比为 0.33 (95% CI, 0.31-0.35)，Delta 接种 3 剂疫苗与未接种疫苗者的调整后优势比为 0.065 (95% CI, 0.059-0.071)；Omicron 接种 3 剂疫苗与 2 剂疫苗者的调整后优势比为 0.34 (95% CI, 0.32-0.36)，Delta 接种 3 剂疫苗与 2 剂疫苗者的调整后优势比为 0.16 (95% CI, 0.14-0.17)。对于 Omicron 和 Delta，3 剂病例的中位周期阈值明显高于 2 剂病例（Omicron N 基因：19.35 vs 18.52；Omicron ORF1ab 基因：19.25 vs 18.40；Delta N 基因：19.07 vs 17.52；Delta ORF1ab 基因：18.70 vs 17.28；Delta S 基因：23.62 vs 20.24）。
分析非结构蛋白，SARS-COV-2的NSP作为计算药物设计的靶标
背景：严重急性呼吸综合征，SARS Corona病毒，SARS-COV-2基因组的ORF1AB被处理为15种非结构性蛋白质，NSPS由蛋白酶进行，并且每个NSP在病毒的生命周期和致病性中都具有特定的作用。这项研究将这些蛋白质的可能药物分析为使用药物库数据库中已经可用的实验药物的计算药物设计靶标。方法：在471种蛋白质和8820名药物中，分别从蛋白质数据库，PDB和药物库数据库下载，根据“三个规则”选择进行对接。在88个使用PyRX的对接结果中，使用Pymol分析了18种有前途的药物DB01977，DB01977，DB07132和DB07535的蛋白质/链，使用Pymol分析了最终结果。结果：NSP 3、5、11、14和15被确定为药物的靶标，DB01977，BD07132和DB07535。药物，DB01977和DB07535在NSP 5和NSP 15的相同结合口袋中结合。与其他两种药物相比，DB07132的DB07132具有更多的残基的结合，这表明蛋白质 - 药物缔合的强度与NSP相比，该药物与其他药物相比更多。这三种药物的NSP的结合口袋非常接近，许多共享残留物共同表明这些药物与靶结合口袋的药理相似。Conclusion: The binding pockets of NSPs are well matched with the pharmacophore of drugs and with polar surface of drugs less than or equal to 100 A 2 , drugs, DB01977, DB07132 and DB07535 bind individually and effectively with NSPs 3, 5, 11, 14 and 15 of ORF1ab of SARS-CoV-2 genome to bring changes in the activity of SARS-CoV-2 which may be对于生物学和临床考虑。
引用Antunes MSM，Sugiyama FHC，Gravina HD，Castro RC，Mercado FJR，Lima JO，Fontanari C和Frantz FG（2023）Covid-19灭活和非Replica
2019年底，严重的急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-COV-2）的出现刺激了免疫学和疫苗学方面的剧烈研究工作。除了先天免疫反应外，病毒特异性的体液和细胞免疫反应对于病毒清除均至关重要。T细胞表位在基于T细胞的免疫反应中起着核心作用。在此，我们总结了SARS-COV-2衍生的T细胞表位的肽/主要组织相容性复合物（PMHC）结构，并提出了未来疫苗开发工作中使用T细胞表位的挑战和机会。检索了总共27个SARS-COV-2相关的PMHC结构和五个带有T细胞受体的复合物。这些肽主要分布在尖峰（S），核蛋白（N）和ORF1AB蛋白上。大多数肽在SARS-COV-2的变体（VOC）中保守，除了位于S蛋白中的几种突变肽。还检索了与从SARS-COV衍生的7个表位复合的人类白细胞抗原（HLA）的结构，这表明具有SARS-COV-2的潜在跨T细胞免疫。SARS-COV-2和SARS-COV的抗原肽的结构研究有助于可视化跨T细胞免疫的过程和机理。T细胞表位面向疫苗是SARS-COV-2的潜在下一代疫苗，值得进一步研究。
用于基于DNA的SARS-COV-2基因的基于DNA的多路复用检测
在由SARS-COV-2触发的全局COVID-19大流行之后，需要快速，特定和具有成本效益的护理诊断解决方案的需求仍然是至关重要的。尽管Covid-19不再是公共卫生紧急情况，但该疾病仍会构成全球威胁，导致死亡，并且随着新变体的风险而发生变化，导致案件和死亡引起新的激增。在这里，我们迫切需要SARS-COV-2的快速，成本效益和护理诊断解决方案。我们提出了一个基于多重DNA的传感平台，该平台利用喷墨打印的纳米结构金电极和一个喷墨打印的无电池无电池近场通信（NFC）电位，用于对两个SARS-COV-2基因，ORF1AB和N Gene的同时定量检测。基于RNA-DNA夹层结构的形成的检测策略导致高度特异性的电化学输出。喷墨打印的纳米结构金电极提供了较大的表面积，可有效结合并提高灵敏度。喷墨打印的无电池NFC PotentioStat可以通过智能手机应用程序进行快速测量和实时数据分析，从而使平台可访问和便携。具有速度（5分钟），简单性，灵敏度（低PM范围，〜450％信号增益）和成本效益的优势，提出的平台是护理点诊断和高通量分析的有希望的替代方案，可补充COVID-19的诊断工具基。
用于 COVID-19 即时诊断和冠状病毒监测的纳米光子生物传感器
2019 年 12 月，一种新型冠状病毒被确定为导致中国武汉爆发疾病（COVID-19）的原因。这种病毒被称为严重急性呼吸综合征冠状病毒 2（SARS-CoV-2），可引起上呼吸道感染，大多数感染者会出现咳嗽、发烧和呼吸困难等常见轻微症状，但也可能引发炎症并发症（如肺炎、多器官功能障碍综合征），需要重症监护，不幸的是，还会导致患者死亡。2020 年 3 月，世界卫生组织 (WHO) 宣布 COVID-19 疫情为大流行，迄今为止（2020 年 10 月），全球已感染超过 4450 万人，死亡人数超过 100 万 [1,2]。鉴于 COVID-19 疫情的急剧蔓延带来的卫生和社会紧急状况，需要快速、准确和灵敏的诊断技术来及时提供准确的病毒检测，以便及早识别感染，改善患者管理，并阻止和控制疾病传播。事实上，可靠且早期诊断 COVID-19 已成为正确管理大流行的主要挑战之一。目前的诊断技术主要依赖于聚合酶链反应 (PCR) 测试 [3、4]。PCR 检测包括通过酶介导的目标基因扩增来检测和识别病毒的特定基因组物质 (RNA)。大多数获批的 COVID-19 PCR 试剂盒都针对特定序列，如 RdRp、E、N 或 ORF1ab 基因，这些序列对应于病毒基因组中高度保守的区域。PCR 测试提供了所需的灵敏度和特异性以及临床稳健性，但是结果生成时间相对较长（2 到 6 小时）并且需要将样本运送到专门的实验室，这会过度延迟诊断结果并妨碍大规模人群筛查 [5]。已经提出了新的 PCR 相关方法，例如环介导等温扩增或滚环扩增，以及寻求即时 (POC) 基因组检测的新兴 CRISPR 技术，尽管它们在临床中的快速实施仍然很复杂 [6-8]。基于横向流动检测 (LFA) 的快速抗原诊断测试是一种很好的替代方案，可提供快速检测（约 15 分钟）。这些免疫层析试纸通过夹心检测检测病毒抗原，主要是 N 蛋白。然而，它们通常灵敏度低、可靠性低，尤其是在病毒载量较低的情况下 [9,10]。此外，血清学检测也被用作补充诊断技术，与传统技术（化学发光或酶免疫吸附测定）一起使用，或用于 LFA