DNA寡核能全长产品耦合效率图1。IDT专有平台比其他供应商具有更好的耦合效率,后者在您的订单中提供更全长的寡核苷酸。耦合效率的少量增加(≤1%)会导致全长产品产量可测量增加。曲线根据99.4%的耦合效率(IDT Oligos,n = 126)和99.1%(其他供应商,三个不同供应商的n = 134),使用公式,使用公式,全长百分比product =(eff)(eff)(n – 1) *100 is n is n is n is n in – 99.4 = 4.4 = 4.4 = 4.4 = 4.4 = 4.4 = 4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4. n = coupling效率(例如,99.4)使长度为n的寡核所需的耦合反应数。
每个井都包含4 µL的8 µm预组装TN5转身。该浓度是索引底漆对和TN5(8 µM TN5 + 4 µM寡核A + 4 µm寡核B)的组合。使用50,000个细胞在ATAC-SEQ中验证了预先索引的组装TN5转座体。测试了所有I5和I7指数组合,以确保在生物学相关的标记反应中效率。i5和i7索引组合被鉴定出来产生较少的测序读数,用索引N709代替,并在重新测试后产生正常的测序读数,以确认它们产生最佳结果。井,其中N709更换了该行中其他井的索引,并在上面的板映射中用红色N709*突出显示,以轻松查看板的逻辑布局的变化。
提供DNA测序服务、下一代测序服务和DNA分析服务、DNA芯片服务、寡核苷酸合成服务、基因组工程小鼠(转基因、敲除和敲入)和CRISPR(成簇的规律间隔的短回文重复序列)产品服务。
Knud Jørgen Jensen,哥本哈根大学化学系 简要说明:寡核苷酸药物正成为治疗癌症、肌肉和神经系统疾病以及疫苗生产的绝佳工具。限制其应用的一个主要问题是,虽然我们有很好的工具将它们输送到细胞中,但只有约 5% 的物质能够释放到细胞中,其余的仍被困在内体中。优化寡核苷酸逃逸和疾病控制中心的范围首先是了解寡核苷酸内体逃逸的机制,其次是利用这些信息增加输送,从而治疗心血管和代谢疾病。我们将使用先进的显微镜测量它们与活细胞的相互作用,使用 AI 工具分析数据并设计和合成更好的逃离内体的 DNA 和 RNA 药物。该中心将成为哥本哈根大学、哈佛医学院和波士顿儿童医院以及里斯本大学分子医学研究所之间的桥梁。
目录 简介……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………3 组件……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………4 所需其他材料…………..……………………………………………………………………………………………………………………………………………………4 存储…………………………………..…………………………………………………………………………………………………………………………………………………4 靶向特异性引物设计….…………..…………………………………………………………………………………………………………………………………………………4 靶向特异性寡核苷酸设计…….…………..………………………………………………………………………………………………………………………………………………………5 方案 A 部分 – 细胞裂解…….…………..…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………6 B 部分 – PCR……….…………..………………………………………………………………………………………………………………………………………………6 C 部分 – sgRNA 合成………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………7 D 部分 – 体外 Cas9 裂解 ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….9 E 部分 – 裂解产物分析………………………………………………………………………………………………………………………………………………..…..………10
摘要 定制寡核苷酸(oligos)是生物医学研究中广泛使用的试剂。寡核苷酸的一些常见应用包括聚合酶链式反应(PCR)、测序、杂交、微阵列和文库构建。寡核苷酸在这些应用中的可靠性取决于其纯度和特异性。本文报告,市售的寡核苷酸经常被非特异性序列(即其他不相关的寡核苷酸)污染。我们设计的用于扩增成簇的规律散布回文重复序列(CRISPR)指导序列的大多数寡核苷酸都含有非特异性的 CRISPR 指导序列。这些污染物是在从位于世界三个不同地理区域的八家商业寡核苷酸供应商处采购的研究级寡核苷酸中检测到的。对一些寡核苷酸的深度测序揭示了多种污染物。鉴于寡核苷酸的应用范围广泛,寡核苷酸交叉污染的影响因领域和实验方法的不同而有很大差异。在研究设计中加入适当的对照实验有助于确保寡核苷酸试剂的质量符合预期目的。这还可以根据寡核苷酸的用途将风险降至最低。
图 2:使用核转染提供的 Cas9-mRNA 核酸酶、合成 sgRNA 和 ssDNA 寡核苷酸修复模板对 iPSC 进行基因编辑不会对 iPSC 形态造成干扰,可用于对基因组进行微小改变。A) 核转染后 48 小时拍摄的相位图像。比例尺为 100 μm。BC) 分析 LMNA 基因座 (B) 和 MYH7 基因座 (C) 中具有指定所需编辑 (蓝色) 或不需要的 INDEL (灰色) 的总 NGS 测序读数百分比。