2022年 - 主任教授乔治·华盛顿·卡弗计划和教职委员会,爱荷华州立大学2021年 - 教授副教授助理教授爱荷华州立大学2010-2015副研究专家部综合生物学,加利福尼亚大学,伯克利分校,2013 - 2015年博士后研究员部生态与进化生物学,堪萨斯大学2008 - 2010年NSF NSF生物学信息学大学堪萨斯大学和加利福尼亚大学伯克利分校,伯克利分校,2003 - 2008年NSF IGERT研究生研究员研究培训研究人员计算研究人员计算计算计算学院,德克萨斯大学,德克萨斯大学,2007年,奥斯汀研究助理研究中心,2007年,007访问了2007年的研究中心。德克萨斯大学奥斯汀分校的生物科学2000-2001 DNA测序设施经理波士顿大学生物学波士顿大学生物学
反对者:Lorenz Studer 教授 斯隆凯特琳研究所 发育生物学系 考试委员会:Anna Falk 教授 隆德大学 干细胞治疗系 András Simon 教授 卡罗琳斯卡医学院 细胞与分子生物学系 Åsa Mackenzie 教授 隆德大学 生物体生物学、生理学与环境毒理学系
dnaprotein交叉链接(DPC)是非常常见的DNA病变,会干扰所有DNA交易,包括复制和转录。受损DNAPROTEIN交联修复(DPCR)的后果很严重。在细胞水平上,DPCR受损会导致双链断裂,基因组不稳定性和/或细胞死亡的形成,而在有机体水平上,DPCR缺乏与癌症,衰老和神经变性有关。诱导DPC用于医学治疗许多癌症,并了解有机体水平的修复可能会为开发新药和联合疗法与当前使用的化学治疗剂的开发提供动力。We use zebrafish (Danio rerio), an established vertebrate model to study cancer, neurodegenerative and cardiovascular diseases, and CRISPR/Cas gene editing to knockout or mutate genes of interest in order to study the interplay of DPCR factors and subpathways including proteolysis, and tyrosylDNA phosphodiesterasedependent repair at the biochemical and cellular level.i将介绍我们最近的发现,从CRISPRCAS系统产生的三种新的斑马鱼菌株:催化突变体和参与DPCR的ACRC蛋白酶的C端突变体,以及具有无活性DPCR因子的转基因菌株,无效的DPCR因子,酪液NA磷酸二酯酶1(TDP1)。我们发现ACRC是脊椎动物发育中的必不可少的蛋白酶,因为催化突变会导致早期的胚胎致死性。通过将ACRC(WT)mRNA构建体注射到突变胚胎中,我们能够种植转基因线并执行DPCR分析。我们发现ACRC是具有许多细胞底物的DPCR蛋白酶,SPRTT结构域对于修复至关重要,而本质上无序的区域是可分配的。我们还表明,TDP1是在有机体水平分辨出拓扑异构酶1和HistonedPC所必需的,并且我们进一步表征了一种新型的TDP1介导的修复途径,用于HistonedPC修复。
不同于生物体进化( Leroi 等人, 2003 年; Merlo 等人, 2006 年)。在大多数情况下,生物体已经通过自然选择进行了优化,使得大多数具有表型效应的突变(非中性突变)会使情况变得更糟。对于大多数生物体来说,通常只有极少数有益的突变,而有害的突变则很多( Bo¨ ndel 等人, 2019 年; Eyre-Walker 和 Keightley, 2007 年)。然而,自然选择并没有优化体细胞的适应性。它们不会在我们的体内尽可能地增殖和存活。恰恰相反,它们的增殖受到严格调控,而且它们经常在出现任何问题的第一个迹象时死亡。这是因为自然选择已经对它们进行了优化,以配合生物体的适应性( Aktipis, 2020 年)。因此,与增加有机体适应度的突变相比,体细胞中应该存在更多增加细胞适应度的突变。它们甚至可能比对细胞有害的突变更频繁。如果是这样,那么增加体细胞突变率的突变体突变将被正向选择,因为它产生的适应性突变多于有害突变。这对于进化生物学家来说是违反直觉的,但马丁科雷纳的研究表明这是真的。他们发现除了少数必需基因外,几乎没有负面选择的证据,即消除有害突变。但他们发现了大量正向选择的证据,即丰富了增加体细胞适应度的突变。
图 1. NAD + 生物合成和补救。生物体 NAD + 来自饮食前体来源,以蓝色矩形背景表示。NAD + 前体通过犬尿氨酸(黄色)和 Preiss-Handler(橙色)生物合成途径流动或被纳入补救途径(灰色)。大部分细胞 NAD + 来自补救途径。NAD + 被 PARP 和 sirtuins 等酶作为底物(补救途径中的星号)消耗。KYNU、HAAO 和 NADSYN1 基因的功能丧失突变(编码生物合成途径中的酶)导致 NAD + 耗竭和 CNDD。
Bio 100综合生物学和科学成功的成功技能。5个讲座。 3个实验室。 一门关于健康和公共安全专业所需的解剖学和生理学课程所需的综合生物学,数学和科学实验室技能,以及所有专业的科学课程。 主题包括:生物学,生化和生物过程;科学应用的数学基础;和介绍性实验室经验。 学生必须通过全面的考试才能通过此课程。 先决条件:放入ENG 101A,MAT 093或MAT 105A或MAT 131A或合适的数学放置5个讲座。3个实验室。 一门关于健康和公共安全专业所需的解剖学和生理学课程所需的综合生物学,数学和科学实验室技能,以及所有专业的科学课程。 主题包括:生物学,生化和生物过程;科学应用的数学基础;和介绍性实验室经验。 学生必须通过全面的考试才能通过此课程。 先决条件:放入ENG 101A,MAT 093或MAT 105A或MAT 131A或合适的数学放置3个实验室。一门关于健康和公共安全专业所需的解剖学和生理学课程所需的综合生物学,数学和科学实验室技能,以及所有专业的科学课程。主题包括:生物学,生化和生物过程;科学应用的数学基础;和介绍性实验室经验。学生必须通过全面的考试才能通过此课程。先决条件:放入ENG 101A,MAT 093或MAT 105A或MAT 131A或合适的数学放置
Tanya Berger-Wolf 教授,计算机科学与工程、电气与计算机工程、进化、生态与生物体生物学,转化数据分析研究所所长,俄亥俄州立大学 “生物多样性的人工智能:共同对抗灭绝” 摘要:我们正处于第六次灭绝之中,地球的生物多样性正以前所未有的速度和规模丧失。在许多情况下,我们甚至不知道正在丧失哪些物种以及有多少物种。新的数据收集技术,如 GPS、高清摄像机、无人机、基因分型和众包,正在生成有关生物星球的数据,这些数据比以前收集的任何数据都要丰富几个数量级。人工智能可以将这些数据转化为有关生物体的高分辨率信息源,从而实现科学研究、保护和政策决策。该演讲将介绍生物多样性值得信赖的人工智能的愿景和示例,并讨论机遇和挑战。简介:Tanya Berger-Wolf 博士是俄亥俄州立大学计算机科学工程、电子与计算机工程以及进化、生态学和生物体生物学教授,她还是该校转化数据分析研究所所长。她领导着美国国家科学基金会资助的图像组学研究所和新近获得资助的生物多样性变化人工智能全球气候中心。Berger-Wolf 是美国国家科学院生命科学委员会和法国国家科学研究院国际科学顾问委员会、科学人工智能、人工智能科学 (AISSA) 中心的成员。她曾任职于全球人工智能伙伴关系 (GPAI) 生物多样性人工智能工作组、世界自然基金会
动物的消化道形成了一种选择性屏障,可以吸收营养素,离子和水,但限制了与潜在破坏性剂(例如毒素和病原体)接触。它还拥有一个复杂的菌群,该菌群通过营养和维生素的供应而有助于宿主健身(Thursby and Juge,2017年)。通过专门的物理屏障和复杂的粘膜免疫系统实现了消化道对病原体的有效免疫反应的能力(Sansonetti,2004年)。在哺乳动物中,众多先天和适应性免疫机制以沿消化道的区域化方式作用,以确保这种选择性。这些机制的效率得到了肠道上皮更新本身的强大能力的支持。上皮更新,因此保留了肠道完整性(Allaire等,2018; van der Flier and Cleer and Clevers,2009)。在消化道中免疫和耐受机制的复杂平衡中破裂,使宿主处于感染,炎症性疾病或肠道泄漏的风险(Allaire等,2018; Buchon等,2013a; Sansonetti,2004)。确保菌群维持同时预防致病感染的分子机制在很大程度上仍然未知,并且在有机体水平上仍然难以应对。由于其与哺乳动物肠道的解剖学和生理相似性,果蝇肠道是研究肠道病理生理学的首选模型(Lemaitre和Miguel-Aliaga,2013年)。果蝇的研究已经提供了有关粘膜先天免疫,肠道性认同,上皮更新,宿主 - 跨性别相互作用的见解,以及全球范围内有关肠道如何在有机体中整合的全球(Colombani和Andersen,2020)。