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公共卫生行动
背景：结核分枝杆菌的表型药物敏感性测试 (pDST) 可能需要长达 8 周的时间，而常规分子检测只能识别有限的一组耐药突变。靶向下一代测序 (tNGS) 可快速预测全面耐药性，本研究旨在探索其在印度孟买公共卫生实验室内的操作可行性。方法：通过常规方法和 tNGS 对同意的 Xpert MTB 检测阳性患者肺部样本进行耐药性检测。研究团队成员的实验室运营和后勤实施经验如下。结果：在接受检测的所有患者中，70% (113/161) 没有既往结核病史或治疗史；然而，88.2%（n = 142）患有利福平耐药/耐多药结核病（RR/MDR-TB）。对于大多数药物，tNGS 和 pDST 的耐药性预测之间具有高度一致性，总体而言，tNGS 识别耐药性的准确性更高。tNGS 被整合并融入实验室工作流程；然而，分批样本导致结果周转时间显著延长，最快为 24 天。手动 DNA 提取会导致效率低下；因此进行了协议优化。需要技术专业知识来分析未知突变和解释报告模板。tNGS 每个样本的成本为 230 美元，而 pDST 为 119 美元。结论：在参考实验室中实施 tNGS 是可行的。它可以快速识别耐药性，应被视为 pDST 的潜在替代方案。
基于结核病测序的药物敏感性测试常见问题解答
基于结核病测序的药敏测试常见问题：全基因组测序和靶向下一代测序问：结核病药敏测试参考中心基于测序和表型方法的药敏测试算法是什么？答：结核病药敏测试 (DST) 参考中心 (TB DST RC) 依靠基于测序的 DST (sbDST)，使用全基因组测序 (WGS) 和靶向下一代测序 (tNGS) 来全面预测 MTBC 中的药物敏感性/耐药性。表型 DST (pDST) 使用 Bactec MGIT 系统执行，并且仍然是一种重要的参考方法，尽管它的周转时间通常比 sbDST 方法更长。在 TB DST RC，sbDST 和 pDST 并行进行（PZA 除外）。 sbDST 和 pDST 的结果在可用时会单独报告，但为了解决差异，会同时考虑这两种方法。提交纯培养物时，WGS-DST 是主要方法，而 tNGS-DST 可直接在处理过的样本和混合/非活性培养物上进行。为 DST 目的生成的 WGS 数据也可用于结核病基因分型；结核病 DST RC 生成的 WGS 数据与 CDC 的国家结核病监测系统共享（除非提交者选择退出）。对于提交的沉淀物，结核病 DST RC 将尝试分离纯培养物，如果成功，将进行 WGS-DST，并报告结果（除了直接在沉淀物上进行的 tNGS）。以下是结核病 DST RC 测试工作流程的高级概述：
减少伤害，支持恢复实施计划
HSE 与 NCCA 和 DES 协商，开发了支持初中 SPHE 短期课程的资源。学校在开展健康促进流程时，继续支持这些学校开展工作。这涉及学校审查其健康促进的各个方面，包括课程、文化和环境、政策和规划以及关系和伙伴关系。PDST 开发了关于健康促进的持续专业发展 (CPD)，将于 2021 年 9 月在面对面培训中推出。与此同时，PDST 正在开发在线材料和网络研讨会。DES 教师支持服务为小学和中学新获得资格和在职的教师提供了全面的 CPD 计划，以支持 SPHE 计划。由于 COVID-19 疫情，2020 年 CPD 的授课方式转移到了线上。但这并没有影响为教师提供的 CPD 水平，因为他们可以继续参加定期的 CPD 活动，且提供的 CPD 水平与 2019 年相似。与福祉（包括 SPHE）相关的 CPD 机会目录已更新至 2020/21 学年，可在以下页面找到：https://www.gov.ie/en/publication/af24b-wellbeing-guidance-documents-for-parents-students-and-schools/#school-staff-primary-schools 所有新任命的 HSCL 协调员均于 2020 年接受入职培训。
引入新工具项目 (i NTP) 靶向下一代测序在药物依赖性检测中的应用
2022 年，icddr,b 开始使用 MiniSeq 测序系统（美国圣地亚哥 Illumina）和 Deeplex® Myc-TB 检测（法国里尔 GenoScreen），该检测可检测导致对 15 种抗结核药物产生耐药性的突变。到 2022 年 12 月，已对 icddr,b 的结核病筛查和治疗中心 (TBSTC)、国立胸科医院疾病研究所 (NIDCH) 和 Shaymoli 250 张床位的结核病医院登记的 310 名患者采集的痰液样本进行了 tNGS。同时，还使用固体（Löwenstein-Jensen）和液体培养（Bactec TM MGIT TM ）对样本进行表型药物敏感性测试 (pDST) 以及通过线探针测定（GenoType MTBDRplus 和 MTBDRsl）进行测试。
脑脊液靶向测序快速鉴定耐药结核性脑膜炎
摘要 结核性脑膜炎 (TBM) 的死亡率仍然保持在 30% 左右，大多数死亡发生在开始治疗后的 2 个月内。耐药菌株的死亡率更高，因此及早发现耐药性 (DR) 至关重要。靶向下一代测序 (tNGS) 产生高读取深度，可以检测低频率的 DR 相关等位基因。我们将 Deeplex Myc-TB（一种 tNGS 检测）应用于 72 名经微生物学确诊的 TBM 成人的脑脊液 (CSF) 样本，并将其基因组药物敏感性预测与表型敏感性测试 (pDST) 和全基因组测序的综合参考标准以及临床结果进行了比较。Deeplex 在 24/72 (33.3%) 个 CSF 样本中检测到结核分枝杆菌复合体 DNA，并为 22/24 (91.7%) 生成了完整的 DR 报告。 Deeplex 生成的读取深度与 MTB/RIF Xpert 的半定量结果相关。在与一线 DR 相关的典型基因座上可以看到频率 <20% 的等位基因。忽略这些低频等位基因，Deeplex 与除吡嗪酰胺和链霉素以外所有药物的综合参考标准 100% 一致。三名患者在治疗 30 天后脑脊液培养呈阳性；参考测试和 Deeplex 在其中两名患者中鉴定出异烟肼耐药性，而 Deeplex 单独在一名患者中鉴定出低频利福平耐药等位基因。五名患者死亡，其中一名患者通过 pDST 鉴定出吡嗪酰胺耐药性。脑脊液 tNGS 可以快速准确地检测出耐药 TBM，但其应用仅限于细菌负荷较高的患者。对于细菌负荷较低的患者，需要开发诊断和耐药性检测的替代方法。