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在鼠感染模型中发现具有功效的SARS-COV-2蛋白酶样蛋白酶（PLPRO）抑制剂
图4。AFUPMV-1M感染的A. fumigatus的蛋白质组改变了。在生理和氧化应激条件下，使用质谱法（MS）表征了Fumigatus AF293和环己酰亚胺病毒（VC）的蛋白质含量。a。通过其存在/不存在鉴定蛋白的分布。只有每组3个三分之一（n = 3）中出现的蛋白质出现在最终列表中。b。通过方差分析（ANOVA）的未校正值<0.05（ANOVA），总共有117种蛋白质在菌株和生长条件下具有差异性丰富。c。在对照条件下以及通过QRT-PCR分析的对照条件下以及氧化挑战（5 mM H 2 O 2，4H）下，AF293与VC和RI的相对mRNA水平。分析的基因：BRF1，pol III transcranced Genes：U6 snRNA（U6），tRNA-arg（arg），tRNA-phe（phe）和tRNA-phe（phe）和tRNA-tyr（tyr），pol i-pol i-transciped procyclin（proc）。数据是平均 + s.e.m.，n = 3。** = 0.0085，*** = 0.0002，**** <0.0001。d。通过QRT-PCR分析，AF293与VC和RI的相对MIS6水平相对于VC和RI（5 mM H 2 O 2，4H）。数据是平均 + s.e.m，n = 3。e。 5天后，在使用10 mM羟基脲的固体GMM培养基上抑制生长。gmm用作对照。f-g。有丝分裂测定。分生孢子5小时，然后在指定的时间段内在YG培养基中再次洗涤并再次孵育。**** <0.0001。通过Hoechst染色和光学显微镜评估每个分生孢子（F）和分生孢子直径（G）中核的数量（每次重复计数50种生殖，这是三个独立实验±SD的平均值）。分生孢子悬浮液，以说明每个实验之前的分生孢子生存力差异。
将已知药物重新用于共价和非...
在没有获批疫苗的情况下，开发有效的 SARS-CoV-2 抗病毒药物对于应对当前因 COVID-19 传播而导致的大流行性健康危机至关重要。由于任何传统的药物发现计划都是一个耗时且昂贵的过程，需要十多年才能完成，因此对现有药物进行计算机模拟再利用是快速选择有希望的临床候选药物的首选方法。在此，我们提出了一项虚拟筛选活动，以识别 SARS-CoV-2 木瓜蛋白酶样蛋白酶 (PLpro) 的共价和非共价抑制剂，这些抑制剂显示出对 COVID-19 治疗的潜在多靶点活性。从 ChEMBL（版本 27.1）下载了一个包含 688 种 III 期和 1702 种 IV 期临床试验药物的数据集，并将其对接到最近发布的 PLpro 与共价结合肽抑制剂复合物的晶体结构上。通过结合蛋白质-配体相互作用指纹相似性、常规对接分数和 MMGBSA 结合自由能对获得的结果进行分析，并确定了一些有趣的候选药物以进行进一步的体外测试。据我们所知，这项研究代表了首次尝试重新利用药物来共价抑制 PLpro，并可能为针对 COVID-19 的新治疗策略铺平道路。
抗核纳病毒植物次生代谢产物的潜力...
尽管抗病毒药物开发已经增长，并且疫苗已经可以访问，但仍需要具有成本效益且易于适用的治疗方法来打击Covid-19 [13]。可以口服或通过吸入来施用广谱冠状病毒抑制剂，可能在处理新兴的SARS-COV-2变体方面起着至关重要的作用[13]。这种疗法将对未来的致病性冠状病毒的爆发的准备将是极大的[13]。响应于199的大流行，已经对SARS – COV-2蛋白质和病毒细胞蛋白复合物的结构特性进行了许多研究，以找到治疗性干预措施的潜在靶标[14]。尖峰蛋白，主蛋白酶（MPRO），木瓜样蛋白酶（PLPRO）和RNA-脱纤维RNA聚合酶（RDRP）是最深入研究的药理靶标[14]。通常，针对
食品与功能
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 被世界卫生组织 (WHO) 命名为 2019 冠状病毒病 (COVID-19)。1 这种呼吸道病毒已在世界范围内造成严重局势，并对成人和儿童群体产生持久的负面影响。2,3 SARS-CoV-2 属于感染脊椎动物的有包膜正链 RNA 病毒家族。4 其基因组由 14 个功能性开放阅读框 (ORF) 组成，其中包括编码非结构蛋白 (NSP) 以及辅助蛋白和结构蛋白的区域。5 当这种病毒感染宿主细胞时，ORF1a 和 ORF1b 分别通过核糖体移码翻译为多聚蛋白 pp1a 和 pp1ab。 6 然后，NSP 由两种病毒蛋白酶的作用形成，即主蛋白酶 (Mpro)，也称为胰凝乳蛋白酶样蛋白酶 3CLpro，以及木瓜蛋白酶样蛋白酶 (PLpro)。最后，具有少量宿主因子的 NSP 是病毒基因组复制的主要参与者，并且
通过分子对接对罗红霉素抗 SARS-CoV-2 (COVID-19) 冠状病毒受体进行计算筛选
冠状病毒是造成严重影响的病毒之一，始于 2019 年；世界各地已记录了许多死亡病例。这种病毒会引起咳嗽、呼吸急促、高热和急性呼吸道综合征，随后呼吸困难和死亡。尽管已经研制出几种疫苗使我们能够控制冠状病毒，但我们仍然没有有效的药物来治疗它；我们的目标是利用分子对接找到一种对 COVID-19 具有良好活性的药物。在这项研究中，我们使用了 GOLD 程序（一种模拟程序），并检查了几种化合物与蛋白酶、婴儿蛋白酶等酶的结合程度。结果是罗红霉素可能对治疗冠状病毒非常有效，并且具有高结合率，化合物 TT 的结合率达到 97%。本研究以SARS-CoV-2的木瓜蛋白酶样蛋白酶和RNA依赖性RNA聚合酶为对照分子，估算了其结合亲和力，结果表明罗红霉素的结合亲和力最高。本研究得出结论，在对Mpro、PLpro和RdRp这3种酶进行分子对接后，罗红霉素显示出良好的对接结果。单独使用罗红霉素或与其他药物联合使用，对抗新冠病毒是可能的。
评论耦合分子对接研究
摘要自2020年2月底以来，由于病毒SARS-COV-2（严重的急性呼吸综合症冠状病毒2），世界已经停滞不前。从那时起，全球科学界探索了针对该病毒的各种疗程和治疗方法，包括由于其许多好处而一直是一种选择的天然产品。各种已知的植物化学物质的抗病毒特性已充分记录。正在进行研究以发现新的天然植物产品或现有产品作为该疾病的治疗方法。这方面的三个重要目标是 - 像蛋白酶（PLPRO），尖峰蛋白和3种胰凝乳蛋白酶（例如蛋白酶）（3Clpro）。还阐明了各种对接研究，以鉴定调节病毒关键蛋白质的植物化学物质。本文同时进行了全面的综述，涵盖了各种植物衍生的天然产物的影响的最新进展，作为针对冠状病毒病2019（Covid-19）的替代治疗方法。此外，对接分析表明，鲁丁蛋白（SARS-COV-2的主要蛋白酶的抑制剂），Gallocatechin（例如，与03氢键与尖峰样蛋白质相互作用），氨基酯，表现出与氨基酸GLN498，Thrn498，Thr500和gln446的最佳结合亲和力（显示出最佳的结合亲和力）在其残基ASP216，PHE219和ILE259中）是SARS-COV-2的有前途的抑制剂。
全面的SARS-COV-2基因组分析确定了药物重新利用的潜在目标
严重的急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-COV-2），这是一种新型的人类冠状病毒菌株（HCOV），最初于2019年12月在中国武汉市报道。这种急性感染会导致肺炎样症状和其他呼吸道疾病。其更高的传播和感染率已成功地使其在很小的时间内具有全球范围。涉及SARS-COV-2的主要问题之一是突变率，它增强了病毒的进化和基因组变异性，从而使治疗剂的设计变得困难。在这项研究中，我们从单倍型网络中确定了最常见的单倍类型。分析了保守的基因和种群水平的变异。非结构蛋白10（NSP10），核蛋白，类木瓜蛋白酶样蛋白酶（PLPRO或NSP3）和3-偶联蛋白酶（如蛋白酶）（3ClPro或NSP5），它们在最高阈值中保守，用作分子动力学模拟的药物靶标。div> darifena- cin，Nebivolol，Bictegravir，Alvimopan和Irbesartan是潜在的药物，建议进行进一步的临床前和临床试验。这项特定的研究提供了保守基因的预定靶向。我们还确定了整个病毒基因组的突变频率。
通过高通量逆对接识别抗 SARS-CoV-2 的再利用药物的靶点
摘要 筛选已批准的药物以检测其对抗新型病原体的活性可能是全球应对流行病的快速反应策略的重要组成部分。这种高通量重新利用筛选已经确定了几种具有对抗 SARS-CoV-2 潜力的现有药物。然而，要将这些热门药物开发为专门针对这种病原体的药物，需要明确识别它们相应的靶标，而高通量筛选通常无法揭示这一点。我们在此介绍了一种新的计算逆对接协议，该协议使用全原子蛋白质结构和对接方法的组合对几种现有药物的靶标进行排序，最近的多个高通量筛选检测到了这些药物的抗 SARS-CoV-2 活性。我们用已知的药物-靶标对（包括非抗病毒和抗病毒化合物）证明了该方法的有效性。我们对 152 种可能适合重新利用的不同药物进行了逆对接程序。最常见的优先靶标是人类酶 TMPRSS2 和 PIKfyve，其次是病毒酶解旋酶和 PLpro。所有选择 TMPRSS2 的化合物都是已知的丝氨酸蛋白酶抑制剂，而那些选择 PIKfyve 的化合物都是已知的酪氨酸激酶抑制剂。对对接姿势的详细结构分析揭示了这些选择产生的原因，并可能有助于更合理地设计针对这些靶标的新药。
PolypharmDB 是一种基于深度学习的资源，可快速识别 COVID-19 的再利用候选药物
迫切需要发现治疗 COVID-19（由 SARS-CoV-2 病毒引起的流行病）的方法。考虑到发现、开发和临床测试的时间表，从库筛选开始的标准小分子药物发现工作流程是不切实际的。为了加快患者测试的时间，我们在此探索了在临床环境中经过一定程度测试的小分子药物（包括已批准的药物）作为 COVID-19 的可能治疗干预措施的治疗潜力。我们这个过程的动机是一个称为多药理学的概念，即可能具有治疗潜力的脱靶相互作用。在这项工作中，我们使用了深度学习药物设计平台 Ligand Design 来查询获得联邦批准或正在进行临床试验的内部小分子药物集合的多药理学概况，目的是识别预计会调节与 COVID-19 治疗相关的靶标的分子。我们努力的成果是 PolypharmDB，这是一种药物资源，以及它们在人类蛋白质组中预测的蛋白质靶标结合。挖掘 PolypharmDB 产生了预测与 COVID-19 的人类和病毒药物靶标相互作用的分子，包括与病毒进入和增殖相关的宿主蛋白以及与病毒生命周期相关的关键病毒蛋白。此外，我们收集了针对两个特定宿主靶标 TMPRSS2 和组织蛋白酶 B 的优先批准药物集合，最近显示它们的联合抑制可以阻止 SARS-CoV-2 病毒进入宿主细胞。总体而言，我们证明了我们的方法有助于快速响应，确定了 30 种优先候选药物，用于测试它们可能用作抗 COVID 药物。使用 PolypharmDB 资源，可以在一个工作日内为新发现的靶标确定重新利用的候选药物。我们正在免费向合作伙伴提供我们确定的分子的完整列表，以便合作伙伴能够对它们的功效进行体外和/或临床测试。关键词：SARS-CoV-2 病毒、COVID-19、冠状病毒、TMPRSS2、组织蛋白酶 B、宿主-靶标、多药理学、脱靶相互作用 缩写：SARS-CoV-2：严重急性呼吸综合征相关冠状病毒 COVID-19：冠状病毒病-2019 3CLpro：木瓜蛋白酶样蛋白酶 PLpro：主要蛋白酶 RdRp：非结构蛋白 ACE2：血管紧张素转换酶 2 TMPRSS2：跨膜蛋白酶丝氨酸 2
抑制ULK1/2和KRASG12C控制肺癌临床前模型中肿瘤的生长 宿主细胞丝氨酸蛋白酶抑制剂MM3122对SARS-COV-2的疗效用于治疗和预防COVID-19 设计多面体DNA纳米结构的简单工具 北颜色：北极的4种产生色素细菌的隔离和表征 相同任务的多个大脑激活模式 标题1将性视为... 中的生物变量 NIPBL+ 中的胃阶段基因表达 珊瑚准确解决具有长阅读测序的外染色体外DNA基因组结构 在鼠感染模型中发现具有功效的SARS-COV-2蛋白酶样蛋白酶（PLPRO）抑制剂 标题：曲霉DSRNA病毒驱动真菌健身和... 通过深入的强化学习来鉴定SARS-COV-2 MPRO抑制剂，用于新的药物设计和计算化学方法
1。犹他州犹他州盐湖城肿瘤科学系。2。犹他州盐湖城犹他大学亨斯曼癌症研究所。3。德克萨斯大学医学博士安德森癌症中心遗传学系，德克萨斯州休斯敦4。Deciphera Pharmaceuticals LLC，堪萨斯州劳伦斯市643 ST。5犹他州盐湖城病理学系。 6。 犹他州盐湖城医学肿瘤学部内科学系。 7。 犹他州盐湖城皮肤科系皮肤科系。 *通讯作者马丁·麦克马洪（Martin McMahon），博士 俄罗斯大学，犹他大学，2000年希望圈，HCI-RS-2725盐湖城，盐湖城，UT 84112（801）213 5790电子邮件：martin.mcmahon@hci.utah.utah.utah.utah.utah.uta.edu作者贡献：PCG，PCG，PCG，MM，MM，MM，MB，BDS和DLF设计了实验者； PCG和MM分析了数据； PCG执行了大多数实验。 KTO协助免疫印迹；太太进行了体外协同作用测定； SSB和MTS协助体内动物研究； ELS进行了组织病理学分析； PCG和MM写了手稿；所有作者均审查并编辑了手稿。 相互竞争的利益声明：此处描述的研究得到了犹他大学和Deciphera Pharmaceuticals，LLC的赞助研究协议的支持，并授予MM和CGK。 关键字：KRAS，ULK，LKB1，TP53，自噬，KRAS G12C的基因工程小鼠模型 - 驱动的肺癌5犹他州盐湖城病理学系。6。犹他州盐湖城医学肿瘤学部内科学系。7。犹他州盐湖城皮肤科系皮肤科系。*通讯作者马丁·麦克马洪（Martin McMahon），博士俄罗斯大学，犹他大学，2000年希望圈，HCI-RS-2725盐湖城，盐湖城，UT 84112（801）213 5790电子邮件：martin.mcmahon@hci.utah.utah.utah.utah.utah.uta.edu作者贡献：PCG，PCG，PCG，MM，MM，MM，MB，BDS和DLF设计了实验者； PCG和MM分析了数据； PCG执行了大多数实验。 KTO协助免疫印迹；太太进行了体外协同作用测定； SSB和MTS协助体内动物研究； ELS进行了组织病理学分析； PCG和MM写了手稿；所有作者均审查并编辑了手稿。相互竞争的利益声明：此处描述的研究得到了犹他大学和Deciphera Pharmaceuticals，LLC的赞助研究协议的支持，并授予MM和CGK。关键字：KRAS，ULK，LKB1，TP53，自噬，KRAS G12C的基因工程小鼠模型 - 驱动的肺癌