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表观遗传疗法中的降解者：Protac和Beyond
1。中国郑州大学郑州大学与河畔癌症医院附属癌症医院的肿瘤学系。 2。 肿瘤学系，郑州大学和河南癌症医院，河南工程研究中心的胃肠道癌和Zhengzhou关键实验室的胃肠道癌精确治疗，中国Zhengzhou。 3。 中国教育部先进药物准备技术的主要实验室；食管癌预防与治疗的国家关键实验室；河南省的主要实验室药物质量和评估；药物发现与发展研究所；中国郑州郑州大学制药科学学院。 4。 XNA平台，中国郑州郑州大学制药科学学院。 5。 中医学院，香港大学，波克福拉姆，香港，中国。 6。 REGA医学研究所，医学化学研究所，Ku Leuven，Hestraat 49-Box 1041，3000 Belgium，Belgium。中国郑州大学郑州大学与河畔癌症医院附属癌症医院的肿瘤学系。2。肿瘤学系，郑州大学和河南癌症医院，河南工程研究中心的胃肠道癌和Zhengzhou关键实验室的胃肠道癌精确治疗，中国Zhengzhou。 3。 中国教育部先进药物准备技术的主要实验室；食管癌预防与治疗的国家关键实验室；河南省的主要实验室药物质量和评估；药物发现与发展研究所；中国郑州郑州大学制药科学学院。 4。 XNA平台，中国郑州郑州大学制药科学学院。 5。 中医学院，香港大学，波克福拉姆，香港，中国。 6。 REGA医学研究所，医学化学研究所，Ku Leuven，Hestraat 49-Box 1041，3000 Belgium，Belgium。肿瘤学系，郑州大学和河南癌症医院，河南工程研究中心的胃肠道癌和Zhengzhou关键实验室的胃肠道癌精确治疗，中国Zhengzhou。3。中国教育部先进药物准备技术的主要实验室；食管癌预防与治疗的国家关键实验室；河南省的主要实验室药物质量和评估；药物发现与发展研究所；中国郑州郑州大学制药科学学院。4。XNA平台，中国郑州郑州大学制药科学学院。5。中医学院，香港大学，波克福拉姆，香港，中国。6。REGA医学研究所，医学化学研究所，Ku Leuven，Hestraat 49-Box 1041，3000 Belgium，Belgium。REGA医学研究所，医学化学研究所，Ku Leuven，Hestraat 49-Box 1041，3000 Belgium，Belgium。
靶向 Clp 蛋白酶的 BacPROTAC：一种有前途的抗分枝杆菌药物研发策略
两千年来，结核病 (TB) 夺走的生命比世界上任何其他传染病都要多。2021 年，世界卫生组织 (WHO) 估计有 1060 万人被诊断出患有结核病，导致 140 万 HIV 阴性患者死亡。耐多药结核病 (MDR-TB)（定义为至少对利福平 (RIF) 和异烟肼 (INH) 具有耐药性）和广泛耐药结核病 (XDR-TB) 的出现是未来几年要克服的主要挑战。我们最近对该领域的投资和研究工作进行了广泛的分析，总体目标是到 2030 年实现消除结核病的既定里程碑。在过去几年中，在将多种有前景的化合物推进到临床开发阶段方面取得了显着进展，每种化合物都具有不同的作用机制。但值得注意的是，已经出现了对目前某些抗结核药物产生耐药性的分枝杆菌菌株。创新的蛋白水解靶标嵌合体 (PROTACs) 蛋白质降解方法的探索已成为发现新型抗菌药物的可行途径。虽然泛素系统是真核细胞独有的，但某些细菌使用类似的降解系统，该系统依赖于 ClpC:ClpP (ClpCP) 蛋白酶对磷酸化精氨酸残基 (pArg) 的识别，从而导致蛋白质降解。在这篇评论文章中，我们描述和分析了利用细菌蛋白水解机制 (BacPROTACs) 的 PROTACs 设计新型抗结核药物的进展。范围声明。由于耐药菌株的出现，开发用于治疗结核病的新型药物被认为迫切需要。在此背景下，引进能够减轻疾病并实现世界卫生组织所概述的目标的新技术势在必行。在创新策略中，降解对杆菌生存至关重要的蛋白质有望产生新药物，特别是那些对治疗潜伏（非复制性）结核分枝杆菌有效的药物。从这个角度来看，我们介绍了结核分枝杆菌治疗领域取得的进展和遇到的障碍
C-SRC激酶的选择性和有效的Protac降解器
C-SRC激酶Wuxiang Mao的选择性和有效的Protac Degrader，Nathalie M. Vandecan，Christopher R. Bingham，A Pui Ki Tsang，A Peter Ulintz，Brache ulintz，B Rachel Sexton，Daniel A. Bochar，Daniel A. Bochar，A Sofia D. Merajver，A Sofia D. Merajver，b and b and Matthew B.Softhew B. suellner*seellner*a。密歇根大学化学系，密歇根州安阿伯市930 N. University Ave.，48109。b。 密歇根大学内科系，1500 E. Medical Ave.，Ann Arbor，MI 48109。 使用链接到E3连接酶配体的dasatinib的摘要，我们确定了有效的双CSK/C-SRC Protac Degrader。 然后，我们用构象选择性类似物代替了dasatinib，稳定c-shelix c-Src的构象。 使用A c螺旋外配体，我们确定了一种对C-SRC有效且有选择性的Protac。 使用我们的C-SRC Protac，我们确定了与癌细胞增殖相比，C-SRC降解的药理优势。 引言蛋白激酶（PKS）在细胞信号传导和调节关键生物学过程（包括增殖，分化和凋亡）中起着至关重要的作用[1-3]。 对于许多激酶，对基因组敲低（例如siRNA）与激酶抑制剂的药理干预之间的细胞信号传导有不同的作用[4-6]。 基因组和药理学干预之间的这种断开是由于激酶的非催化功能仅被基因组敲低而破坏[4-6]。 因此，激酶指导的Protac代表了靶向激酶的潜在进步，该激酶非催化功能对于细胞信号很重要。密歇根大学化学系，密歇根州安阿伯市930 N. University Ave.，48109。b。密歇根大学内科系，1500 E. Medical Ave.，Ann Arbor，MI 48109。 使用链接到E3连接酶配体的dasatinib的摘要，我们确定了有效的双CSK/C-SRC Protac Degrader。 然后，我们用构象选择性类似物代替了dasatinib，稳定c-shelix c-Src的构象。 使用A c螺旋外配体，我们确定了一种对C-SRC有效且有选择性的Protac。 使用我们的C-SRC Protac，我们确定了与癌细胞增殖相比，C-SRC降解的药理优势。 引言蛋白激酶（PKS）在细胞信号传导和调节关键生物学过程（包括增殖，分化和凋亡）中起着至关重要的作用[1-3]。 对于许多激酶，对基因组敲低（例如siRNA）与激酶抑制剂的药理干预之间的细胞信号传导有不同的作用[4-6]。 基因组和药理学干预之间的这种断开是由于激酶的非催化功能仅被基因组敲低而破坏[4-6]。 因此，激酶指导的Protac代表了靶向激酶的潜在进步，该激酶非催化功能对于细胞信号很重要。密歇根大学内科系，1500 E. Medical Ave.，Ann Arbor，MI 48109。使用链接到E3连接酶配体的dasatinib的摘要，我们确定了有效的双CSK/C-SRC Protac Degrader。然后，我们用构象选择性类似物代替了dasatinib，稳定c-shelix c-Src的构象。使用A c螺旋外配体，我们确定了一种对C-SRC有效且有选择性的Protac。使用我们的C-SRC Protac，我们确定了与癌细胞增殖相比，C-SRC降解的药理优势。引言蛋白激酶（PKS）在细胞信号传导和调节关键生物学过程（包括增殖，分化和凋亡）中起着至关重要的作用[1-3]。对于许多激酶，对基因组敲低（例如siRNA）与激酶抑制剂的药理干预之间的细胞信号传导有不同的作用[4-6]。基因组和药理学干预之间的这种断开是由于激酶的非催化功能仅被基因组敲低而破坏[4-6]。激酶指导的Protac代表了靶向激酶的潜在进步，该激酶非催化功能对于细胞信号很重要。c-Src是一种酪氨酸激酶，是发现的第一个原始癌基因，并且在癌症中经常过表达[7-9]。虽然机制仍然鲜为人知[9]，但C-SRC过表达的程度通常与恶性肿瘤的转移潜力相关，并且抑制C-SRC已被证明会降低小鼠的乳腺癌转移[10]。c-Src通过遗传敲低被验证为许多实体瘤的目标。然而，药理学抑制（无论是在临床还是临床前模型中）导致信号传导表型与遗传敲低不同[10]。敲低（例如，siRNA），三阴性乳腺癌（TNBC）和基底膀胱癌表现出降低和侵袭特性[10,11]。不幸的是，对C-SRC的小分子抑制剂的研究（包括：dasatinib，bosutinib和Ponatinib）未能概括从C-SRC的遗传敲低的强抗癌表型中，并且在诊所没有成功[10,11]。Protac提供了一种化学敲低的手段[12]，因此我们有兴趣开发C-SRC的Protac。结果和讨论设计和评估C-SRC定向Protacs。为了识别C-SRC的PROTAC，我们设想将dasatinib（一种有效的C-SRC/ABL激酶抑制剂）与Thalidomide（Cereblon E3连接酶配体）结合在一起。据报道，基于dasatinib的daSatinib的protac是为了降解C-ABL和BCR-ABL，包括DAS-6-2-2-6（图1）[13]。我们希望DAS-6-2-2-6能够降解C-SRC，但是我们观察到Cal148细胞中C-SRC没有降解（18小时时100 nm）。与Protac文献一致[14]，我们假设在DAS-6-2-2-6中发现的柔性且较长的接头不适合降解C-SRC。
Homo-BacPROTAC 诱导 ClpC1 降解作为对抗 1 的策略
https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2022-8hnrh-v2 ORCID：https://orcid.org/0000-0002-5449-2253 内容未经 ChemRxiv 同行评审。许可证：CC BY-NC-ND 4.0
口服 PROTAC 药物的探索
ROTAC（蛋白水解靶向嵌合体），以下通常称为降解剂，是一种异双功能分子，能够诱导 E3 连接酶介导的泛素化并随后降解目标蛋白（目的蛋白或 POI）。其非常规的催化作用方式和相关优势使 PROTAC 成为一种新的治疗方式，引起了人们对药物发现的极大兴趣。1、2 PROTAC 除了能够靶向耐药癌症形式外，还具有针对无法用药的靶标的潜力，例如通常参与蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 的浅表面蛋白质，甚至支架蛋白，3、4 引起了制药/生物技术行业和学术界的兴趣。5、6 值得注意的是，PROTAC 具有大而灵活的结构，这在同时优化溶解度和细胞通透性方面带来了显著的挑战。具体而言，通过增强亲脂性来追求增加渗透性可能会导致溶解度和代谢稳定性降低。7、8
从protac到抑制剂：结构引导的有效和口服生物可用的赌注抑制剂
*相应的作者； Zr：zoran.rankovic@stjude.org，vs：vladimir.savic@pharmacy.bg.ac.rs。§授予该工作作者的贡献：MK，综合，数据收集和分析，手稿写作和修订。am，合成，研究设计和协调，数据收集和分析，手稿写作和修订。GT，合成，数据分析，手稿修订，FK，数据收集和分析。tr，结构生物学，手稿写作和修订。HC，提供的试剂。，数据收集和分析。yl，数据收集和分析。XF，数据收集和分析。sc，数据收集和分析。bj，数据收集。RH，数据收集。LP，数据收集和分析。VM，数据收集和分析。WCKP，提供的试剂。MFR，监督，髓母细胞瘤细胞系数据生成和分析，手稿写作和修订。JMK，监督，所有单元线数据生成和分析，手稿编写和修订。MF，监督，数据分析，结构生物学，手稿写作和修订。zr，构思了研究，监督，数据分析，手稿写作和修订。vs，监督，数据分析，手稿写作和修订
针对癌症的蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 的特异性递送及其在癌症免疫治疗中的应用
摘要：蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 通过诱导肿瘤过表达致癌蛋白的降解而迅速成为一种潜在的癌症治疗策略。它们可以通过募集 E3 连接酶和利用泛素-蛋白酶体途径特异性地催化目标致癌蛋白的降解。由于其作用方式具有普遍性、不可逆性、可回收性、持久性并且适用于“不可用药”的蛋白质，PROTAC 正在逐渐取代传统小分子抑制剂的作用。此外，它们的应用领域正在扩展到癌症免疫治疗，因为各种类型的致癌蛋白都参与了免疫抑制肿瘤微环境。然而，较差的水溶性和低细胞通透性大大限制了药代动力学 (PK) 特性，这需要使用适当的递送系统进行癌症免疫治疗。本综述首先简要介绍PROTAC的一般特性、发展现状和药代动力学。然后介绍近年来各类PROTAC的被动或主动靶向递送系统的应用研究，并描述它们对PROTAC的药代动力学和肿瘤靶向性的影响。最后，总结了近年来用于癌症免疫治疗的PROTAC药物递送系统。采用合适的PROTAC递送系统有望加速PROTAC的临床转化，并提高其对癌症治疗的有效性。
PROTAC 药物发现的计算策略
蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 是一种用于潜在临床药物发现的新型靶向蛋白质降解技术，由蛋白质靶向配体与 E3 连接酶配体共价连接而成。通过招募 E3 连接酶到靶蛋白，PROTAC 通过泛素-蛋白酶体系统引发泛素化并随后降解靶标。在过去的几十年中，分子对接和虚拟筛选已经成为一种有效的药物发现策略，用于从大量化学结构数据库中识别化合物。对于 PROTAC，分子对接可以准确模拟蛋白质-PROTAC-E3 三元复合物，从而大大加速构效关系分析，并提高配体的亲和力和选择性。在本综述中，我们总结了分子对接和虚拟筛选在 PROTAC 药物发现中的应用的最新进展。迄今为止，已有大约 9 种靶蛋白和 12 种 PROTAC 成功通过分子对接和虚拟筛选开发。最后，讨论了分子对接和基于虚拟筛选的 PROTAC 的潜在挑战。
针对雄激素受体的protac的情况
摘要：涉及蛋白水解靶向嵌合体（Protac）最近已成为药物发现景观中有希望的技术。对雄激素受体（AR）作为一种新的抗攻击性癌症策略的降解的极大兴趣导致了几篇论文，重点是针对AR的Protac。这项研究探讨了一些有机工具中一些在文献中经常报告的格式中AR降解数据中提取药物设计信息的潜力。在设置了具有一致的AR降解值的92个Protac的数据集后，我们采用了Bemis -Murcko方法进行分类。所产生的簇在结构 - 降级关系方面没有信息。随后，我们进行了降解悬崖分析，并确定了一些关键方面为活动提供积极贡献，以及将这种方法应用于Protacs时的一些方法学限制。还研究了接头结构降解关系。然后，我们构建并表征了三元络合物，以验证先前的结果。最后，我们实施了机器学习分类模型，并表明可以通过简单的与透气性相关的2D分子描述符预测基于VHL但基于CRBN的ProTAC的AR降解。
检查点纳米 - 普罗托克斯用于可激活的癌症照片...
©2022 Wiley -VCH GMBH。保留所有权利。这是以下文章的同行评审版本：检查点纳米 - 可激活的癌症光免疫疗法。高级材料，已在https://doi.org/10.1002/adma.202208553上以最终形式出版。本文可以根据Wiley使用自构货币版本的条款和条件来将其用于非商业目的。