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CNFET晶体管优化-IMEC出版物存储库
摘要 - 在本文中，我们提出了一个基于性能，稳定性，稳定性，稳定性，稳定性，稳定性之间的折叠式晶体管晶体管（CNT）效果晶体管（CNFET）基于基于5-NM技术节点的静态静态随机访问mem-Ory（SRAM）设计。除了尺寸优化外，还评估并对CNFET SRAM性能改善（包括CNT密度，CNT直径和CNFET频率）在内的物理模型参数进行了评估和优化。优化的CNFET SRAM与基于亚利桑那州立大学的最先进的FinFET SRAM细胞[ASAP 7-nm FinFET预测技术模型（PTM）]库进行了比较。我们发现，与FinFET SRAM细胞相比，所提出的CNFET SRAM细胞的读取，编写EDP和静态功率分别提高了67.6％，71.5％和43.6％，其稳定性稍好。CNT互连都被认为是组成全碳基SRAM（ACS）阵列，该阵列将在本文的第二部分中进行讨论。实现并使用具有铜互连的7 nm FinFET SRAM单元进行比较。
DNA双链断裂修复中的液态液相分离
DNA修复因子通过时空的隔离和DNA双链断裂（DSB）的溶解作用。最近的进步表明，某些DSB修复因子经历了液 - 液相分离（LLP），并显示出类似液滴的特性以及动态材料交换。重要的是，LLP调节了各种生物学过程，异常LLP参与了农业疾病的病理发展。此外，DSB修复过程中DNA修复因子的动态冷凝和溶解的表型呈现了LLP的特性。显着，RNA，聚（ADP-核糖）[PAR]和转录后修饰（PTM），例如磷酸化，泛素化和甲基化，被认为有助于DSB修复因子的LLP。从DSB期间LLP的功能的观点中，DNA修复因子可能会在DSB传感和DNA损伤修复信号转导中作用，参与同源推荐（HR）（HR）和非同源性端始终连接（NHEJ） - 介导的DSB介导的DSB修复，并调节下游径流的途径。基于这些发现，研究人员专注于
ufmylation在肿瘤发生和癌症免疫疗法中的作用
蛋白质后翻译修饰（PTMS）代表细胞调节的关键方面，在蛋白质合成mRNA后发生。这些修饰包括磷酸化，泛素化，乙酰化，甲基化，糖基化，糖基化，sumoylation和棕榈酰化，在调节蛋白质功能中起关键作用。PTM会影响蛋白质的定位，稳定性和相互作用，从而响应内部和外部刺激来策划各种细胞过程。失调与一系列疾病，例如癌症，炎症性疾病和神经退行性疾病有关。ufmylation是一种PTMS，最近因其在众多细胞过程中的调节作用而获得了突出的，包括蛋白质稳定性，对细胞应激的反应以及关键信号通路影响细胞功能。本评论强调了ufmylation在肿瘤发展和发展中的关键功能，强调了其作为治疗靶标的潜力。此外，我们讨论了ufmyration在肿瘤发生和恶性进展中的关键作用，并探索其对癌症免疫疗法的影响。本文旨在详细概述ufmylation的生物学功能，并提出靶向ufmylation如何增强癌症免疫疗法策略的有效性。
核小体中的DNA修复：来自组蛋白修饰和突变体的见解
摘要：DNA修复途径在基因组稳定性中起关键作用，但是在真核细胞中，它们必须在染色质的紧凑和纠结环境中进行修复DNA病变。先前的研究表明，将DNA包装到核小体中，构成了染色质的基本构件，对DNA修复具有深远的影响。在这篇综述中，我们讨论了有关染色质DNA修复的原理和机制。我们关注组蛋白翻译后修饰（PTM）在修复中的作用，以及组蛋白突变体影响细胞对DNA损伤剂和染色质修复活性的分子机制。重要的是，这些机制被认为会显着影响人类癌症的体细胞突变率，并有可能导致癌变和其他人类疾病。例如，许多主要在酵母中研究的组蛋白突变体已被确定为不同癌症中酒精酮突变的候选者。本综述强调了这些联系，并讨论了DNA修复在染色质中的潜在重要性。
深度蛋白质组分析促进食管鳞状细胞癌的全蛋白质组表征和药物发现
蛋白质是各种细胞过程的关键参与者。作为细胞过程的最终执行者，它们在连接基因型和表型方面发挥着至关重要的作用。蛋白质表达和翻译后修饰（PTM）异常与癌症的发生和发展密切相关，它们携带着基因组学和转录组学无法获得的生物学信息1。蛋白质组学补充了基因组和转录组数据，从而能够全面分析癌症的发病机制并加速生物医学研究2。由于蛋白质定量仪器和方法的局限性，蛋白质组学的发展大大落后于基因组学和转录组学。幸运的是，基于质谱的蛋白质组学技术的最新进展大大增加了可定量的蛋白质数量（高分辨率）和可在合理时间范围内分析的样本数量（高通量）3。因此，现在可以大规模地进行全蛋白质组定量，从而能够以更高的统计意义进行蛋白质组表征、鉴定蛋白质组亚型以及发现潜在药物。我们指的是高分辨率、高通量
PD-1/PD-L1在癌症免疫疗法中的泛素化/去泛素化修饰的新兴作用 血清三甲胺氧化胺水平升高，作为糖尿病肾脏疾病的潜在生物标志物 引用Antunes MSM，Sugiyama FHC，Gravina HD，Castro RC，Mercado FJR，Lima JO，Fontanari C和Frantz FG（2023）Covid-19灭活和非Replica
缩写：b -trcp，β-transducin重复蛋白； CBL-B，Casitas B淋巴瘤B； C-CBL，Casitas B谱系淋巴瘤； COP1，组成性的光型1; CSN5，组成型光形态发生9信号体5; DCUN1D1，有缺陷的Cullin Neddylation 1含域1;配音，去泛素化酶； FBXO38，仅F-box蛋白38; FBXW7，F-box，具有7个串联WD40重复； HRD1，HMG-COA还原酶降解蛋白1; KLHL22，Kelch喜欢家庭成员22； OTUB1，含有OTU结构域的泛素醛蛋白1； PD-1，编程死亡-1； PD-L1，编程死亡-1配体； PTM，翻译后修改； RBX1，环盒蛋白1；汤匙，斑点型poz蛋白； Stub1，stip1同源性和含有蛋白质1的u-box E； UPS，泛素蛋白酶体系统； USP7，泛素特异性蛋白酶7; USP9X，泛素特异性肽酶9，X连接； USP22，泛素特异性蛋白酶22。*通讯作者。1 Xinsi Road，Xi'an，Shaanxi 710038，中国。**通讯作者。中国北京100853的海德安，豪德路28号。***通讯作者。1 Xinsi Road，Xi'an，Shaanxi 710038，中国。电子邮件地址：hanjing.cn@163.com（J。Han），huyi301zlxb@sina.com（y. hu），yanxiaolong@fmmu.edu.edu.cn（X。yan）。在重庆医科大学的责任下进行同伴审查。1这些作者为这项工作做出了同样的贡献。
同时映射6mA标签，本机DNA ...
基因转录受组蛋白转化后修饰（PTM），染色质蛋白（CAPS）和DNA甲基化（DNAME）之间的复杂相互作用的调节。绘制其基因组位置并检查这些染色质元素之间的关系是一种强大的疾病机制方法，从而可以发现新型的生物标志物和治疗剂。领先的表观基因组映射技术（例如，Chip-Seq，Cut＆Run）依靠DNA碎片来隔离感兴趣的区域以在短读平台上进行测序（例如Illumina）。这种策略导致有关周围DNA的上下文信息的实质性丧失，从而排除了单个DNA分子上多个同时出现的表观基因组特征的鉴定。相比之下，长阅读测序（LRS）平台能够从单个分子（通常> 10KB）进行很长的读取，从而使单个分子上的特征之间的关系可以用于解决混合群体内的异质性。在这里，我们报告了一种强大的多摩变方法，该方法利用LRS在单个测定中同时介绍了组蛋白PTMS（或CAPS），DNAME和父母单倍型。
基于网络的综合蜂窝签名（LINCS）虚拟研讨会
AD Alzheimer's disease AE adverse event ALS amyotrophic lateral sclerosis API application programming interface AUD Alcohol Use Disorder CMap Connectivity Map DCIC Data Coordination and Integration Center DGE differential gene expression DIA data independent acquisition DToxS Drug Toxicity Signature Generation Center ECM extracellular matrix FAIR findable, accessible, interoperable, reusable FDA Food and Drug Administration GAN generative adversarial network GBM glioblastoma multiforme GCP global chromatin profiling GEO gene expression omnibus GR Growth Rate inhibition GREIN GEO RNA-seq Experiments Interactive Navigator (h)iPSC (human) induced pluripotent stem cell HMS Harvard Medical School KE knowledge environment LINCS Library of Integrated Network-based Cellular Signatures MEP Microenvironment Perturbagen MIT Massachusetts Institute of Technology ML Machine Learning MSDW Mount Sinai Data Warehouse NCATS National Center for Advancing Translational Sciences NIDDK National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases NIH National Institutes of Health OSC Office of Strategic Coordination PBMC peripheral blood mononuclear cell PTM post-translational modification PRISM Profiling Relative Inhibition Simultaneously in Mixtures R&D research and development SMA脊柱肌肉萎缩TAS转录活性评分WGS全基因组测序
针对癌症中的蛋白质 - 蛋白质相互作用
因突变或翻译后修饰 (PTM) 而产生的替代蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI)，称为表型转换 (PS)，对于替代致病信号的传递至关重要，在癌症中尤其重要。近年来，PPI 已成为合理药物设计的有希望的靶标，主要是因为它们的高特异性有助于靶向与疾病相关的信号通路。然而，在分子水平上存在障碍，这些障碍源于相互作用界面的性质以及小分子药物与多个裂隙表面相互作用的倾向。难以识别可作为激活剂或抑制剂来抵消突变的生物学效应的小分子，这引发了以前从未遇到过的问题。例如，小分子可以紧密结合，但可能不能作为药物或结合到多个位点（相互作用混乱）。另一个原因是蛋白质表面没有明显的裂隙；如果存在口袋，它可能太小，或者其几何形状可能阻碍结合。 PS 源自致癌（替代）信号传导，可导致耐药性并构成肿瘤系统稳定性的基础。本综述研究了与靶向药物设计和开发相关的 PPI 界面特性。此外，还讨论了用作药物的三种酪氨酸激酶抑制剂 (TKI) 之间的相互作用。最后，通过计算机模拟确定了其中一种药物的潜在新靶点。
植物SUMO化对抗病毒的两面性
与大多数生物体一样，植物也具备复杂而精巧的分子机制来应对不断变化的环境。在翻译后修饰 (PTM) 中，小肽（如泛素或 SUMO（小泛素相关修饰物））的结合能够快速有效地适应各种非生物和生物胁迫条件。SUMO 化过程涉及使用类似于泛素化的分级多酶级联将 SUMO 共价附着到目标蛋白上（图 1）[ 1 ]。这种可逆修饰可导致构象变化、改变蛋白质相互作用并影响修饰蛋白质的整体功能，包括稳定性、亚细胞定位和转录调控。除了与目标蛋白结合之外，SUMO 还能够与许多含有 SUMO 相互作用基序 (SIM) 的蛋白质非共价相互作用。将相同或不同蛋白质中的 SUMO 化位点与 SIM 相结合，有助于形成蛋白质宏观结构，从而通过将其他 SUMO 靶标募集到有利于 SUMO 化的环境中来增强 SUMO 化 [1]。拟南芥基因组含有 8 个 SUMO 基因，但只有 4 个得到表达（AtSUMO1/2/3/5）。几乎相同的 AtSUMO1/2 是 SUMO 原型，因为它们是哺乳动物 SUMO2/3 的最近同源物。SUMO 蛋白在发育和防御过程中的时空表达和功能有所不同 [2]。植物通常表达高水平的高度保守的 SUMO 异构体（AtSUMO1/2）和至少一种弱表达的非保守异构体（AtSUMO3/5）。