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程序和清单 - 使用Nanobind套件从DNA Genotek Oragene设备中收集的唾液中提取纳米宾HMW DNA
初始版本2024年10月1日仅研究使用。不适用于诊断程序。©2024加利福尼亚州的太平洋生物科学（“ PACBIO”）。保留所有权利。本文档中的信息如有更改，恕不另行通知。PACBIO对本文档中的任何错误或遗漏不承担任何责任。某些通知，条款，条件和/或使用限制可能与您使用PACBIO产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的PACBIO销售条款和条件以及PACB.com/license的适用许可条款。太平洋生物科学，PACBIO徽标，PACBIO，Circulomics，Omniome，Smrt，Smrt，Smrtbell，Iso-Seq，Sequel，sequel，Nanobind，sbb，sbb，sbb，revio，onso，apton，apton，kinnex，peretarget和sprq是Pacbio的商标。
puretarget：无扩增的工作流程，用于短串联重复扩展的遗传和表观遗传分析
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smrt链接发行说明v25.2
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MAS-SEQ，用于10倍单小区3'
10倍单细胞3'多路复用阵列测序（mas-seq）的Mas-Seq是一种方法，其中将cDNA片段串成长度测序库（图1）1。Mas-Seq大大增加了PACBIO测序仪上RNA测序的吞吐量，并提供了同工型级分辨率。基因组学和生物信息学共享资源（G＆BSR）现在使用PACBIO MAS-SEQ提供库的准备和测序服务，用于10倍单细胞3'Kit（PACBIO PN：102-659-600）。在G＆BSR进行的一项试点研究中，使用PACBIO MAS-SEQ制备了八个独特的样品，用于10倍单细胞3'试剂盒。最初，使用10倍基因组铬制备cDNA下一个宝石单细胞3ʹ试剂盒v3.1（10x基因组学PN：1000121/1000128），每个样品的目标恢复10,000个细胞。MAS-Seq库并测序。使用专用工作流程通过SMRT链接处理数据。
生物制药的测序解决方案
PACBIO测序溶液的出色精度为您提供了细胞和基因治疗开发所需的工具。这种准确性使您能够快速加速新型腺相关病毒（AAV）衣壳的工程和发现，监测和评估杂质并评估病毒整合。跨PACBIO平台的综合变体检测提供了CRISPR-CAS9基因编辑结果的全部表征，包括小和大插入或删除，以及目标构造集成站点。最后，PACBIO测序技术的精度使您可以确认转基因的正确表达和剪接以及细胞和基因治疗开发中使用的细胞系的身份和基因组完整性。
指南 - Revio系统站点准备
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评估HIFI长读取测序与整个基因组Bisulfite测序和甲基化史诗般的Beadchip阵列：利用DNA
DNA甲基化是最丰富，最广泛研究的表观遗传修饰之一，在各种生物学过程中起着至关重要的作用，例如发育，癌症，衰老和复杂疾病。在癌症基因组图集（TCGA）等大型队列研究中，Illumina阵列已被广泛用作高通量筛查的经典平台。但是，这种类型的阵列覆盖了人类基因组中的CpG位点的3％。最新一代的DNA测序技术以PACBIO HIFI系统为例，具有产生长序列读数的独特能力，最高为25千碱基。太平洋生物科学（PACBIO）的最新进步致力于提高每碱基准确性和检测DNA修饰的能力。在这项研究中，我们使用DNA甲基化标准评估了PACBIO HIFI测序的性能。由人DNA在CpG部位酶甲基化的DNA标准和未甲基化的人DNA源自HCT116 DKO细胞系。1 ug。样品被测序为约8倍覆盖范围。DNA甲基化数据，并使用PB-CPG-Tools从BAM文件中提取甲基化值。然后，我们比较了从PACBIO HIFI测序获得的结果与由史诗阵列和整个基因组亚硫酸盐测序（WGB）产生的结果。我们发现WGB和PACBIO HIFI天然DNA甲基化调用表现出很高的一致性，表现优于史诗般的阵列，这两种史诗阵列都与甲基化标准和报道的CPG数量一致。使用甲基化的标准样品，HIFI数据报告约有85％的CpG位点的甲基化比大于90％，平均基因组宽93％。同样，WGBS数据显示了约85％的CpG位点的甲基化比大于90％，平均基因组宽95％。相比之下，Epic阵列仅报告40％的CpG位点的甲基化比大于90％，而整个基因组中平均为87％。这些结果表明，HIFI长读取测序可以准确检测到接近100％甲基化的区域的DNA甲基化信号。我们的研究提供了对检测DNA甲基化模式的PACBIO HIFI测序表现的见解及其作为史诗阵列的替代方案的潜力。这项研究的发现说明了如何将DNA甲基化标准用作评估DNA甲基化调用模型的基础真实参考。
生命的桑格树碎片DNA清理：手动SPRI
使用sanger of Life of Life HMW DNA碎片剪切的DNA：DIAGENODEMEGAUPTOR®3用于PACBIO HIFI协议，使用0.6倍Ampure PB珠与DNA体积的比例。对于使用生命的Sanger树剪切的DNA HMW DNA碎片：DIAGENODEMEGAUPTOR®3用于LI PACBIO协议，使用1倍Ampure Pb珠与DNA体积的比例。对于使用生命的Sanger树剪切的DNA HMW DNA碎片：用于ULI PACBIO协议的G-Tube，使用0.6倍AMPURE PB珠与DNA体积的比例。为了允许执行QC并满足Sanger进行测序的内部需求，在步骤13中添加了49 µL的EB（3 µl为QC，45.4 µL用于测序），但是可以使用任何数量的EB缓冲液来洗脱剪切的DNA。
102-390-900技术概述 - 使用SMRTBELL PREP KIT 3.0
程序和清单 - 使用SMRTBELL PREP KIT 3.0（102-166-600）准备整个基因组和元基因组库，描述了使用SMRTBELL PREP KIT 3.0在PACBIO上进行pacBio的Semecencing Systems semect in semect in基因组和元基因组DNA中构建整个基因组测序（WGS）库的工作流程。可以手动执行此过程，也可以使用SMRTBELL PREP套件3.0的众多合格自动化方法之一。