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易转化普通小麦品种‘Fielder’的染色体规模基因组组装
我们已为六倍体普通小麦品种“Fielder”建立了高质量的染色体水平基因组组装，Fielder 是美国软质白色糕点型小麦，于 1974 年推出，以易受农杆菌介导的转化和基因组编辑而闻名。使用 HiFi 方法的 PacBio 环状共识测序获得了准确的长读序列。使用 hifiasm 组装器组装的 16 个 SMRT 细胞的序列读数产生了 N50 大于 20 Mb 的组装体。我们使用 Omni-C 染色体构象捕获技术将重叠群排序为染色体水平组装体，得到 21 个伪分子，累计大小为 14.7，未锚定重叠群为 0.3 Gb。对含有已编辑的种子休眠基因 TaQsd1 的转基因小麦植物的已发表短读段进行定位，确定了转基因插入小麦染色体的四个位置。在伪分子中检测向导 RNA 序列为脱靶突变诱导提供了候选。这些结果证明了使用 PacBio HiFi 读段进行染色体规模组装的效率及其在小麦基因组编辑研究中的应用。
计算生物学会议2025 -IBDC
从长远阅读的PACBIO HIFI数据Sharmila Mande博士Sharmila Mande博士，Ayush杰出的科学家Ayush部，Ayush部长Sharmila Mande博士，揭示了粘液细菌和计算工作流的生物合成潜力； IIT-Gandhinagar，IIT-Kanpur和Iiser-Trivandrum的客座教授IIT-Gandhinagar； TCS研究顾问研究微生物组信息学：新德里贾瓦哈拉尔·尼赫鲁大学教授山地·艾哈迈德教授
微型小马种马的精液微生物组
上下文。对种马精液的微生物组成知之甚少。目标。描述在健康微型小马种马中检测到的微生物群。方法。精液标本是在一个时间点使用密苏里人的人工阴道收集的。在这些标本上进行了16S rRNA基因的基因组DNA测序 PACBIO（PACBIO（PACICICIENCES），随后进行了下一代微生物组生物信息组平台qiime2用于处理快速Q纤维并分析amplicon数据。 数据分为属，家庭，阶级，顺序和门。 关键结果。 Firmicutes和杀菌植物占主导地位（76％），其次是proteeobacteria（15％）。 杀菌剂，梭菌和心杆菌占据了微生物等级的占主导地位（86％）。 类主要由细菌，梭状芽胞杆菌和γ-杆菌（87％）组成，而家族主要由卟啉单核，family_xi和心杆菌科（62％）组成。 在属的水平上，有80％的丰度由七个属，即卟啉单胞菌，suttonella，peptoniphilus，peptoniphilus，oftidiosipila，ezakiella，petrimonas和一个不知名的分类单元组成。 结论。 发现表明特定的微生物群可能是健康微型小马种马的特征，并且观察到一些个体间的变化。 含义。 本研究可以告知涉及肥沃和不育受试者的较大的马研究，并可以探索精液微生物组与男性生育能力的关系。PACBIO（PACBIO（PACICICIENCES），随后进行了下一代微生物组生物信息组平台qiime2用于处理快速Q纤维并分析amplicon数据。数据分为属，家庭，阶级，顺序和门。关键结果。Firmicutes和杀菌植物占主导地位（76％），其次是proteeobacteria（15％）。杀菌剂，梭菌和心杆菌占据了微生物等级的占主导地位（86％）。类主要由细菌，梭状芽胞杆菌和γ-杆菌（87％）组成，而家族主要由卟啉单核，family_xi和心杆菌科（62％）组成。在属的水平上，有80％的丰度由七个属，即卟啉单胞菌，suttonella，peptoniphilus，peptoniphilus，oftidiosipila，ezakiella，petrimonas和一个不知名的分类单元组成。结论。发现表明特定的微生物群可能是健康微型小马种马的特征，并且观察到一些个体间的变化。含义。本研究可以告知涉及肥沃和不育受试者的较大的马研究，并可以探索精液微生物组与男性生育能力的关系。
产品注意：使用HIFI WGS的Agilent Fem Tuls系统快速，准确的DNA尺寸
安捷伦（Agilent）开发了一个基因组质量数量（GQN）度量，用于敏捷的数据分析软件，以评分基因组DNA质量。Prosize软件根据用户定义的指定尺寸阈值的总测量浓度的比例计算出GQN值从0到10。1建议的阈值和可接受的GQN将取决于应用程序和样本准备工作流程。对于整个基因组测序，PACBIO建议启动基因组DNA在10 kb时至少具有7.0或更高的GQN（GQN10KB≥7.0），而GQN为5.0或更高，为30 Kb（GQN30KB≥5.0）的GQN为5.0或更高。图4显示了使用Agilent基因组DNA 165 Kb试剂盒在FEM脉冲系统上分析的人类唾液样本的示例。由于该样品在10 kb和30 kb的GQN阈值以下，因此建议使用短读取消除剂（SRE）试剂盒处理以耗尽分子量下分子量DNA片段，以在DNA剪切之前提高样品质量。请参阅PACBIO库准备协议，以获取有关基因组DNA质量，GQN指南和尺寸选择选项的其他信息。2
DNA-M6A用光纤呼叫和整合长阅读的表观遗传和遗传分析
长阅读的DNA测序最近已成为一种强大的工具，用于研究单分子和单核苷酸分辨率下的遗传和表观遗传体系结构。长阅读的表观遗传学研究涵盖了天然胞嘧啶甲基化的直接鉴定以及鉴定外源放置的DNA N 6-甲基二氨酸（DNA-M6A）。但是，使用单分子测序检测DNA-M6A修饰，以及对单分子遗传和表观遗传体系结构的协调，受到计算需求和缺乏支持工具的限制。在这里，我们介绍了Fibertools，这是一种最先进的工具包，它具有半监视的卷积神经网络，可快速准确地使用PACBIO单分子长读测序对M6A标记的碱基进行快速识别，并使用长期遗传和探测平台或Oxefore n NANEORE生产的长期读取和测试数据的共同处理。我们沿着> 20千个酶长的DNA分子表现出准确的DNA-M6A识别（> 90％精度和回忆），速度提高了约1,000倍。此外，我们证明了纤维可以在单分子分辨率下容易地整合遗传和表观遗传数据，包括分子和参考坐标系统之间的无缝转化，从而可以在结构和体面可变的基因组区域内进行精确的遗传和表观分析。
从碎片 DNA 中制备 Onso 文库以用于短...
对于每个样本，从步骤 4b.15 中取出 2 µL PCR 扩增文库进行定量分析：接下来必须按照“Onso TM 文库的 qPCR 定量分析”程序使用 Onso Library 定量试剂盒 (PacBio 102-431-800) 通过 qPCR 准确评估文库数量。这将确保在簇生成期间能够实现最佳簇密度。注意：步骤 4b.17 可以与步骤 4b.16 同时进行。
湖水中细菌群落的宏基因组分析
摘要M依赖依词学涉及遗传材料提取和直接从环境样本中进行测序，以获得微生物及其周围环境之间存在的见解和关系。在包括在坦桑尼亚阿鲁沙地区发现的苏打湖等极端环境中进行的研究很少。这项研究记录了确认湖泊末端的高pH值和盐度值。全长16S rRNA读取通过PACBIO测序的读数用于揭示细菌群落的首次宏基因组快照，从海岸线水域的10个随机点。结果表明，蛋白细菌和企业的优势分别为98.46％和70.46。α-杆菌（93.59％），拟杆菌（23.80％）和杆菌（23.19％）是最主要的类别。Oceanibaculaceae（52.43％），Rhizobiaceae（66.62％）和Izemoplasmataceae（12.50％）是最主要的家庭。主属分别为Oceanibaculum（52.44％），Allorhizobium（65.59％）和Izimaplasma（12.50％）。多样性指数显示出高水平的社区多样性，大量物种，稀有物种的存在以及在抽样点中细菌的平均分布。这项研究提供了有关纳特隆湖中各种分类单元的首次报告，但建议进行功能性元基因组分析，以进一步研究已鉴定物种的生态和生物技术意义。关键字：宏基因组学； PACBIO测序；细菌多样性；苏打湖；纳特隆湖简介
从头读数，使用长读和简短的抛光
您将组装来自锯齿状铜菌菌株Cav1492的分离株。该菌株具有一个染色体和五个质粒。测序数据包含7,038个小小的读取，平均读取长度超过12,000 bp，一组Illumina读取了从同一菌株进行测序的读取。Illumina读取已被删除，以降低本教程中的分析时间。数据集中包含的参考基因组是由深层覆盖的PACBIO和配对末端测序数据制成的。可从https://ncbi.nlm.nih.gov/datasets/ genome/gca_001022215.1/。
长阅读的元素组装产生数百种来自不同土壤类型的高质量磁质量
元基因组组件和后处理完整数据集。使用hifiasm-meta和metamdbg组装了三个土壤中每一个的组合数据集。使用PACBIO HIFI-MAG-PIPELINE（V2+）3处理每个结果的重叠群集，该组件执行了长阅读特定的binning，QC和分类学注释步骤。我们评估了针对不同质量类别生产的MAG数量，包括单纤维高质量（SC- HQ）MAG，高质量（HQ）MAGS和中等质量（MQ）MAGS。我们显示了每个样品中最佳组装方法的结果。
2024-弹药 - 瓦斯特瓦特 - 塞 - nextseq-zymo-poster.pdf
废水监视已成为公共卫生流行病学中的关键工具。特别是由19009年大流行的催化，现代文化独立的测序方法由于能够提供全面的观点而变得必不可少。在这项研究中，我们提出了一种创新的，综合的方法，用于同时病原体检测，抗菌耐药性（AMR）监测以及废水系统中的功能分析。通过利用Zymo Research提供的先进样品制备技术并利用PACBIO ONO SO-READ-READ测序，我们的目标是提高我们对废水环境中微生物动力学的理解。