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利用交叉注意力网络发现成对相互作用来预测药物-靶标亲和力 S. Falahati a、F. Zamani* a、MA Khodamoradi b
在药物发现中，药物-靶标亲和力 (DTA) 被视为至关重要的一步，因为它有助于在开发过程中识别最有前途的候选药物。由于必须考虑药物和靶分子的结构和功能，以及它们复杂而非线性的相互作用，DTA 预测是一项具有挑战性的任务。本研究的目的是提出一种新颖的 DTA 预测框架，该框架利用图神经网络 (GNN) 的交叉注意网络 (CAN) 的优势。然而，使用 GNN 表示图会保留其 3D 结构信息。现有的基于注意力的方法并未充分利用它们。我们的框架使用 CAN 通过分析药物分子的不同部分如何与蛋白质的特定区域相互作用来捕获药物-靶标对的更准确表示。我们在顺序架构中使用 GIN 和 GAT 来捕获药物图分子的局部和全局结构信息。我们在两个基准数据集 Davis 和 KIBA 上评估了所提出方法的性能。其性能令人鼓舞，在均方误差 (MSE) 和一致性指数 (CI) 方面优于许多最先进的方法。具体来说，对于 Davis 数据集，我们实现了 0.222 的 MSE 和 0.901 的 CI，而对于 KIBA，我们获得了 0.144 的 MSE 和 0.883 的 CI。我们的方法提高了相互作用分析的可解释性和特异性，为药物发现过程提供了更深入的见解，并为预测的 DTA 提供了有价值的解释。我们的研究代码可在以下网址获取：https://github.com/fsonya88/CAN-DTA。
没有随机传递性的成对比较
成对比较数据在统计学和机器学习中受到了广泛关注，并在各个领域有着广泛的应用。这类数据通常来自锦标赛，其中每个成对比较结果都来自两个选手或队伍之间的比赛，或来自众包环境，其中个人负责比较两个项目，例如图像、电影或产品。具体而言，著名的瑟斯顿 (Thurstone, 1927) 和布拉德利-特里 (BT; Bradley and Terry, 1952) 模型为该领域奠定了基石，随后进行了许多扩展，包括 Shah 等人 (2016a) 提出的参数序数模型，拓宽了参数模型的类别。Oliveira 等人 (2018) 放宽了已知链接函数的假设，并提出了允许链接函数属于广泛函数家族的模型。非参数方法也已出现，例如 Shah 和 Wainwright (2018) 中基于 Borda 计数算法介绍的工作，以及 Chatterjee (2015) 和 Chatterjee 和 Mukherjee (2019) 研究的非参数 Bradley-Terry 模型。此外，还开发了用于众包环境的成对比较模型，如 Chen 等人 (2013) 和 Chen 等人 (2016) 等所讨论的。成对比较模型已获得广泛的应用，包括排名聚合（Chen and Suh，2015；Chen 等人，2019；Heckel 等人，2019；Chen 等人，2022b）、预测比赛 / 锦标赛（Cattelan 等人，2013；Tsokos 等人，2019；Macr`ı Demartino 等人，2024）、测试博彩市场的效率（McHale and Morton，2011；Ly´ocsa and V`yrost，2018；Ramirez 等人，2023）以及基于人工评估改进大型语言模型（Christiano 等人，2017；Ouyang 等人，2022；Zhu 等人，2023）。虽然上述模型对该领域做出了重大贡献，但它们依赖于随机传递性的假设，这意味着球员/球队/项目之间存在严格的排名。然而，这种假设可能不切实际，特别是在涉及多种技能或策略的环境中，不传递性自然会出现。尽管它具有实际重要性，但对允许不传递性的模型的研究仍然有限。一些值得注意的例外包括 Chen 和 Joachims (2016) 和 Spearing 等人 (2023) 的工作，他们通过引入额外参数来描述不传递性以及基于 Bradley-Terry 概率指定绝对优势的参数，扩展了 Bradley-Terry 模型。Spearing 等人 (2023) 提出了一种在完整贝叶斯框架下进行参数估计的马尔可夫链蒙特卡罗算法。然而，他们的贝叶斯程序计算量大，对于涉及许多球员或相对较高潜在维度的高维设置不切实际。 Chen 和 Joachims (2016) 将参数视为固定量，并通过优化正则化目标函数来估计它们。然而，它们的目标函数是非凸的，并且它们的模型高度过度
表征对象中的成对策略证明规则...
我们考虑将单个对象分配给有偿代理的问题。代理的偏好不一定是拟线性的。我们用优先规则来描述满足成对策略防护性和非强加性的规则类。即使我们将成对策略防护性替换为较弱的有效成对策略防护性或较强的群体策略防护性，我们的描述结果仍然有效。通过利用我们的描述，我们可以确定同时满足以下属性的规则类：(i) 附加于 ，(ii) 福利连续 ，(iii) 最低限度公平 ，(iv) 在满足两个属性的规则类中受限于效率 ，或 (v) 在满足属性的规则类中收入不受支配，并发现在成对策略防护性下效率、公平和收入最大化的最低属性之间的张力。
观察和模拟驱动固态陶瓷合成的顺序成对反应
固态陶瓷合成涉及在高温（通常 > 700 ° C）下加热前体粉末混合物，并已用于实现无数功能材料。 [1–3] 最近的原位表征研究表明，固态反应通常在形成平衡相之前通过各种非平衡中间体进行。 [4–10] 这些复杂的相演变序列目前难以理解，导致需要费力地反复试验以优化陶瓷合成配方。 理论和计算可以帮助指导合成规划，但计算主要用于评估热力学稳定性或总反应能量。 [11–16] 虽然这些量很有价值，但它们并不能提供在反应过程中会出现哪些非平衡中间体的机制见解。