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噬菌体 - 含量可诱导的染色体岛武器竞赛设计了dutpases的抑制剂
摘要STL是金黄色葡萄球菌致病岛（SAPIS）的主要阻遏物，靶向噬菌体编码的蛋白质来进行过度加压，并同步SAPI和辅助噬菌体生命周期。为了激活其循环，一些SAPI STL靶向噬菌体二聚体和噬菌体三聚体dutpass（DUT）作为抗压迫剂，它们是结构上无关的蛋白质，这些蛋白质对噬菌体执行相同的功能。SAPI的阻遏物与噬菌体诱导剂之间的这种紧密联系对STL进行了进化优化，从而允许与无关生物体的DUT相互作用。在这项工作中，我们通过与原型Sapibov1 STL的结构与原型和真核生物三聚合物进行了结构来表征这种复杂的专业化机制。与结核分枝杆菌和智人的杂膜复合物显示了STL的分子策略，以靶向来自不同王国的三聚体。我们的结构结果证实了三聚体在STL结合中的五个催化基序的参与，包括通过拥抱STL来增加因素的C末端活跃基序V。在有机硅和体外分析中，单次DUT支持STL认识到第三个DUT家族的能力，并确认该蛋白在不同王国的生活中是一种普遍的DUT抑制剂。
全基因组的系统绘制映射，以识别噬菌体中的非必需基因
噬菌体是微生物群落动态，功能和进化的关键生态驱动因素之一。尽管它们在细菌生态学和进化过程中的重要性，但噬菌体基因的特征很差，阻碍了它们在各种生物技术应用中的用法。表征此类基因的方法，即使是对噬菌体生命周期至关重要的基因，也是劳动密集型的，通常是噬菌体的。在这里，我们开发了一种可扩展到可扩展到新的噬菌体 - 宿主组合的系统基因质量映射方法，该方法促进了非必需基因的鉴定。作为概念证明，我们使用阵列的基因组宽CRISPR干扰（CRISPRI）分析来映射基因coliphagesλ和p1中的基因本质景观。是由一系列CRISPRI探针导致的，这在很大程度上是根据lambda的数十年遗传分析确定的基本基因花名册，并为P1中必不可少的和非必要的基因座提供了新的见解。我们提供了CRISPRI极性如何导致假阳性基因的必要性分配的证据，并建议对解释CRISPRI的基因本质数据的谨慎态度。最后，我们表明我们可以通过将DNA条形码插入新确定的内部区域来设计噬菌体，这将增强各种应用中噬菌体的识别，量化和跟踪过程的能力。
TIR 信号激活细菌中的 caspase 样免疫
胱天蛋白酶家族的蛋白酶以及 Toll/白细胞介素-1 受体 (TIR) 结构域蛋白在人类的先天免疫和调节细胞死亡中发挥着核心作用。在本研究中，我们描述了一种由胱天蛋白酶样蛋白酶和 TIR 结构域蛋白组成的细菌免疫系统。我们发现，一旦 TIR 蛋白识别出噬菌体入侵，它就会产生以前未知的免疫信号分子 ADP-环[N7:1′′]-核糖 (N7-cADPR)。这种分子特异性地激活细菌胱天蛋白酶样蛋白酶，然后无差别地降解细胞蛋白以阻止噬菌体复制。TIR-胱天蛋白酶防御系统（我们称之为 IV 型 Thoeris）在细菌中含量丰富，可有效防止噬菌体繁殖。我们的研究突出了 TIR 产生的免疫信号分子的多样性，并表明由胱天蛋白酶家族蛋白酶调节的细胞死亡是一种古老的先天免疫机制。
M.Sc. （分子生物学与生物技术）（AY 2023-24）M.Sc. （分子生物学与生物技术）（AY 2023-24）
V.实践•良好的实验室实践，缓冲液和试剂的准备。•离心和分光光度计原理。•细菌培养的生长和生长曲线的制备，从细菌中分离基因组DNA。•从细菌中分离质粒DNA。•lambda噬菌体的生长和噬菌体DNA的分离。•植物DNA的隔离和限制（例如大米 /月光 /芒果 / Merigold）。•通过（a）琼脂糖凝胶电泳和（b）分光光度法•使用分离的DNA定量DNA。•pagegel电泳。•质粒和噬菌体DNA，结扎，重组DNA构建的限制消化。•大肠杆菌的转化和转化体的选择•色谱技术a。 TLC b。凝胶过滤色谱法，c。离子交换色谱法，d。亲和色谱•点印迹分析，南部杂交，北部杂交。•Western印迹和Elisa。•辐射安全性和非拉迪奥同位素程序。
CRISPR 与基于标记的方法的比较......
摘要：随着近年来人们对使用溶菌噬菌体作为治疗剂的兴趣日益浓厚，迫切需要了解它们的基本生物学，以便对其基因组进行工程改造。目前的噬菌体工程方法依赖于同源重组，然后通过选择系统来识别重组噬菌体。对于 T7 噬菌体，宿主基因 cmk 或 trxA 已被用作选择机制，以及 I 型和 II 型 CRISPR 系统，以对抗野生型噬菌体并富集所需的突变体。在这里，我们系统地比较了这三个系统；我们表明使用基于标记的选择是最有效的方法，我们使用这种方法来生成多个 T7 尾纤维突变体。此外，我们发现在噬菌体 T7 的工程改造中，II 型 CRISPR-Cas 系统比 I 型系统更易于使用，并且通常更有效。这些结果为未来更有效地改造噬菌体 T7 奠定了基础。
基因组DNA和cDNA库
基因组库：基因组库也称为克隆银行或基因库。它是来自单个生物体的DNA的集合，尽管不一定一定包含其整个基因组DNA序列。来自感兴趣的源生物的DNA分为多个片段，并包装在克隆载体中，使每个片段都带有一部分。由于以下原因，可以将矢量DNA插入由λ噬菌体载体而不是质粒矢量制成的宿主生物。整个人类基因组的长度约为3 x 109 bp，而质粒或λ噬菌体载体可能带有多达20 kb的碎片。这将需要1.5 x 105重组质粒或λ噬菌体。将大肠杆菌菌落镀在3英寸的培养皿上时，允许单个菌落隔离的最大数量约为每盘菌落。因此，构建人类基因组文库需要至少700种培养皿。相比之下，可以在典型的培养皿上筛选多达5 x104λ噬菌体鼠疫。这仅需要30培养皿来构建人类基因组文库。λ噬菌体载体的另一个优点是其转化效率比质粒载体高约1000倍。互补DNA（cDNA）：cDNA是mRNA的逆转录酶产物，代表mRNA分离时所有转录基因的编码序列
短尾噬菌体识别宿主机制的研究进展
therapy as strategy to face post-antibiotic era: a guide to beginners and experts.Archives of Microbiology , 2021, 203(4): 1271‒1279.[5] Zrelovs N, Dislers A, Kazaks A. Motley crew: overview of the currently available phage diversity.Frontiers in Microbiology , 2020, 11: 579452.[6] 张永雨 , 黄春晓 , 杨军 , 焦念志 .海洋微生物与噬菌 体间的相互关系 .科学通报 , 2011, 56(14): 1071‒1079.Zhang YU, Huang CX, Yang J, Jiao NZ.Interactions between marine microorganisms and their phages.Chinese Science Bulletin , 2011, 56(14): 1071‒1079.(in Chinese) [7] Olszak T, Latka A, Roszniowski B, Valvano MA, Drulis-Kawa Z. Phage life cycles behind bacterial biodiversity.Current Medicinal Chemistry , 2017, 24(36): 3987‒4001.[8] Nobrega FL, Vlot M, De Jonge PA, Dreesens LL, Beaumont HJE, Lavigne R, Dutilh BE, Brouns SJJ.Targeting mechanisms of tailed bacteriophages.Nature Reviews Microbiology , 2018, 16(12): 760‒773.[9] King AM, Lefkowitz E, Adams MJ, Carstens EB.Virus Taxonomy: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses.St Louis: Elsevier , 2011.[10] Hrebík D, Štveráková D, Škubník K, Füzik T, Pantůček R, Plevka P. Structure and genome ejection mechanism of Staphylococcus aureus phage P68.Science Advances , 2019, 5(10): eaaw7414.[11] Letarov AV, Kulikov EE.Adsorption of bacteriophages on bacterial cells.Biochemistry Biokhimiia , 2017, 82(13): 1632‒1658.[12] Knirel YA, Valvano MA.Vienna: Springer-Verlag , 2011.[13] Casjens SR, Molineux IJ.细菌脂多糖：结构，化学合成，生物发生和与宿主细胞的相互作用。短的非收集尾巴机：podoviruses的吸附和DNA递送。病毒分子机器，2012：143-179。[14] Latka A，Leiman PG，Drulis-Kawa Z，BriersY。在克雷伯氏菌噬菌体中建模含有解聚酶的受体结合蛋白的结构。微生物学的前沿，2019，10：2649。[15] Brown L，Wolf JM，Prados-Rosales R，Casadevall A.通过墙壁：革兰氏阳性细菌，分枝杆菌和真菌中的细胞外囊泡。自然评论微生物学，2015，13（10）：620-630。
M.Sc.在生物信息学中 信息空间的法律法规作为... 的一种方式 建立能源翻新和可再生能源在社会住房中的智能整合到近零的能源状态
项目描述该项目的目的是表征富含噬菌体和噬菌体的氨基酸序列（SCFV）靶向SARS-COV2抗原的物体。该项目是由IDP-MCST资助的加速项目的分支。我们通过噬菌体显示生物塑料生成了多克隆SCFV抗体群和单克隆抗体，这些抗体与SARS-COV-2 Trimer，S1，RBD或Zikav信封特异性结合。我们已经纯化了DNA，并将使用多克隆人群的牛津纳米孔技术进行长阅读的NG。Sanger测序也将用于单克隆A的身体。在此MSC期间必须设置编码SCFV的DNA序列的管道。
秋季2024 Olli目录-UCI |继续教育
噬菌体或噬菌体是专门针对细菌的病毒，它提供了消除病原细菌而不损害人体有益的微生物的精确方法。我们的团队对噬菌体及其细菌宿主之间的复杂互动非常感兴趣。我们从废水中收集噬菌体，对它们进行序列并表征其生命周期。通过研究各种噬菌体＆＃39;感染周期和进化策略，我们旨在制作专业的噬菌体鸡尾酒。这些量身定制的疗法代表了治疗不再反应传统抗生素的感染的有希望的进步，这可能彻底改变了我们的细菌疾病方法，并为临床应用开辟了新的途径。