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使用 ThyroSeq v3 对 50 734 个 Bethesda Ill-VI 甲状腺结节进行分子分析：对个性化管理的启示
1 匹兹堡大学医学中心病理学系，宾夕法尼亚州匹兹堡 15213，美国 2 纽约大学罗伯特 I.格罗斯曼医学院，纽约大学朗格尼健康中心，纽约州纽约 12297，美国 3 匹兹堡大学医学中心内分泌外科分部，宾夕法尼亚州匹兹堡 15213，美国 4 犹他大学健康中心内科系内分泌学分部，犹他州盐湖城 84112，美国 5 乔治华盛顿大学内分泌与代谢分部，华盛顿特区 20037，美国 6 宾夕法尼亚大学医院佩雷尔曼医学院病理学系，宾夕法尼亚州费城 19103，美国 7 佛罗里达国际大学赫伯特沃特海姆医学院，佛罗里达州迈阿密 33199，美国 8 内分泌、糖尿病和代谢分部。迈阿密大学米勒医学院，美国佛罗里达州迈阿密 33146 9 科罗拉多大学医学院医学系内分泌、代谢和糖尿病科，美国科罗拉多州奥罗拉 80045 10 波士顿大学和塔夫茨大学洛厄尔综合医院，美国马萨诸塞州洛厄尔 01854 11 加利福尼亚大学旧金山分校病理学系，美国加利福尼亚州旧金山 94143 12 加州大学洛杉矶分校大卫·格芬医学院，美国加利福尼亚州洛杉矶 90095 13 莫菲特癌症中心，美国佛罗里达州坦帕 33612 14 埃默里大学医学院外科系，美国佐治亚州亚特兰大 30342 15 哈佛医学院，美国马萨诸塞州波士顿 02115 16 纪念斯隆凯特琳癌症中心，美国纽约州纽约 10065
Physiol. Res. 72 (Suppl. 3): S267-S275, 2023 https://doi.org/10.33549/physiolres.935154 综合基因组分析在 C 预测测试中的应用
斯洛伐克共和国。电子邮件：svoboda22@uniba.sk 简介 个性化医疗 (PM) 是一种医疗护理模式，它允许根据疾病的分子基础定制医疗保健、治疗和诊断程序。该模型通常使用实验室测试，重点是基于全面的分子和遗传分析选择适当且最佳的治疗方法。个性化医疗在肿瘤学领域最重要的方面之一是识别合适的分子生物标志物，可用于评估预后和预测创新生物治疗的靶点 [1-3]。有关个体肿瘤分子特征的信息有助于肿瘤学家补充传统方法，例如组织定位和肿瘤组织学。在当前的临床实践中，个性化医疗主要以基于单基因的检测形式使用。然而，这种方法正逐渐被下一代测序 (NGS) 所取代 [4]。使用 NGS 分析肿瘤 DNA 可以同时评估数十到数千个基因，从而创建全面的基因组图谱 (CGP)。使用综合基因组比分析单个基因有几个优势，因为它能够同时检测已知驱动恶性生长的所有类型的基因组改变，如单核苷酸变异 (SNV)、插入和
溶菌酶抑制剂作为溶菌酶分析的工具
摘要：溶菌酶是动物先天免疫系统的通用成分，它们通过水解其主细胞壁聚合物肽聚糖而杀死细菌。已经确定了三个主要的溶菌酶家族，称为鸡（c） - ，鹅（g）和无脊椎动物（i）-type。在反应中，细菌对三个溶菌酶家族中的每一个都进化了特定的蛋白抑制剂。在这项研究中，我们开发了由三个由C-，G-和I型型抑制剂功能化的三个Af-fiential矩阵的序列阵列，用于溶菌酶键入，即检测和区分溶菌酶从动物中流动或提取物。该工具在蓝贻贝（Mytilus Edulis）上进行了验证，其基因组具有多种推定的I-，G-和C型溶菌酶基因。血淋巴等离子体包含I-和G型，但不含C型溶菌酶。此外，分别分析了缺乏或过量产生I-type或G-type溶菌酶抑制剂的嗜水和大肠杆菌菌株的血淋巴存活，以研究两种溶菌酶在先天免疫中的作用。结果表明，G型溶菌酶在蓝贻贝的先天免疫中发挥了积极作用，但未能显示I-type溶菌酶的贡献。使用基于抑制剂的AFINIDE色谱法进行溶菌酶填充将是研究动物先天免疫的有用新工具。
无标签的定量热蛋白质组谱分析揭示了目标转录因子，其活动由MC3R信号调节
摘要：使用离子动力增强的LC-MS提供无标记定量的热蛋白质组分析，提供了多功能数据集，提供有关蛋白质差异表达，热稳定性和转录因子活性的信息。我们开发了一种多维数据分析工作流程，用于无标记的定量热蛋白质组分析（TPP）实验，该实验结合了基因集富集分析的各个方面，差异蛋白蛋白表达分析以及从LC- MS数据中推断转录因子活性的推断。我们将其应用于黑色素质素3受体（MC3R）激活的信号传导过程，这些激动剂源自促蛋白酶素皮质素激素：ACTH，α -MSH和γ -MSH。获得的信息用于绘制MC3R下游的信号通路，并推断出负责配体治疗的细胞反应的转录因子。使用我们的工作流程，我们确定了差异表达的蛋白质并研究了它们的热稳定性。我们在总共298个蛋白质中发现了由MC3R激活导致的热稳定性改变的蛋白质。在这些中，几种蛋白质是转录因子，表明它们是参与MC3R信号级联的下游目标调节剂。我们发现转录因子CCAR2，DDX21，HMGB2，SRSF7和TET2的热稳定性改变了。MC3R信号级联中的这些明显的目标转录因子在免疫反应中起着重要作用。此外，我们推断了数据集中确定的转录因子的活动。这种综合方法生成复杂这是使用贝叶斯统计数据使用我们使用无标签定量LC-MS获得的差异表达数据完成的。通过我们观察到的磷酸化肽丰度，在我们的生物学管道中验证了推断的转录因子活性，这突出了转录因子调节中翻译后修饰的重要性。我们的多维数据分析工作流程允许对MC3R激活下游的信号过程进行全面表征。它提供了有关蛋白质差异表达，热稳定性和关键转录因子活性的见解。本研究中生成的所有蛋白质组学数据均可在DOI上公开获取：10.6019/pxd039945。■引入蛋白质 - 配体相互作用在几乎所有生物过程中都起着至关重要的作用，这使得他们的研究对于不足的细胞功能和发展疗法至关重要。已经开发了许多方法来表征这些相互作用，通常集中于配体亲和力。然而，随访蛋白 - 配体相互作用与其下游效应（包括跨文字组，蛋白质组学和翻译后修饰（PTM）变化）非常重要。热蛋白质组分析（TPP）已成为一种有价值的技术，可以深入了解蛋白质功能，蛋白质 - 蛋白质相互作用，甚至预测与生理相关环境中的不良药物影响。1，2 TPP基于蛋白质 - 配体相互作用的内在特性，例如，当配体结合稳定蛋白质结构并因此增加了其熔化温度时。1，2详细使用，TPP采用了多步方法，包括配体处理，加热，提取，纯化，消化和LC -MS分析。
分子分析和靶向疗法
审查分子分析的抽象目的可以评估遗传改变，以诊断和分类神经胶质瘤和选择适当的疗法。本综述总结了分子分析和靶向疗法的当前作用。最近的发现分子分析是2021年WHO胶质瘤分类的组成部分。由于许多因素的存在和肿瘤异质性问题，靶向疗法发展的进展仍然有限。 Nonetheless, advances have been made with the IDH1/2 inhibitor vorasidenib for IDH-mutant grade 2 gliomas, the combination of dabrafenib and trametinib for BRAF V600E mutated gliomas, and the therapies for subsets of patients with fusions and H3K27M-altered diffuse midline gliomas. 总结虽然分子分析用于分类和治疗神经胶质瘤的进展，但有针对性疗法仍有许多工作以实现其潜力。靶向疗法发展的进展仍然有限。Nonetheless, advances have been made with the IDH1/2 inhibitor vorasidenib for IDH-mutant grade 2 gliomas, the combination of dabrafenib and trametinib for BRAF V600E mutated gliomas, and the therapies for subsets of patients with fusions and H3K27M-altered diffuse midline gliomas.总结虽然分子分析用于分类和治疗神经胶质瘤的进展，但有针对性疗法仍有许多工作以实现其潜力。
在智慧城市中分析公民：Wallonia的定量研究
摘要：基于公民可以参与智能城市发展的假设，本文旨在捕捉其专业筹词的多样性及其对智能城市动态的定位。本文从对某些公民模型的文献回顾开始，以更好地了解如何在智慧城市时代描绘它们。考虑到没有“普通公民”并且通常的类型仍然存在限制性，我们构建了量身定制的角色，即基于真实数据的精细利率。为此，我们介绍了一项大规模调查的结果，该调查在公共展览的框架内分发给了受过良好教育的瓦隆人。专业填写的重点是三个方面：（1）智能城市维度的感知，（2）有关智能城市解决方案的预期行为，以及（3）最喜欢的参与性方法。第一次通过描述性和非参数统计进行了第一次分析收集的答案，然后与K-均值群集分析进行分类。主要结果是五个角色，它突出了以特定方式思考和行为的不同公民群体的共存。这一过程的过程是公民的优先事项，行为和参与性的偏好，可以帮助专业设计师和地方政府在未来的智能解决方案和参与过程的设计中考虑各种公民的观点。
揭示土曲霉中潜在的葡萄糖苷酶抑制剂的分子方面：分子对接耦合动力学模拟和药代动力学分析的计算之旅
1 阿卜杜勒阿齐兹国王大学药学院天然产物系，吉达 21589，沙特阿拉伯；nhamadaelshoubaki@stu.kau.edu.sa（NMA）；melfaky@kau.edu.sa（MAE）；aekoshak@kau.edu.sa（AEK）2 阿卜杜勒阿齐兹国王大学精准医学人工智能中心，吉达 21589，沙特阿拉伯 3 阿卜杜勒阿齐兹国王大学药学院药物化学系，吉达 21589，沙特阿拉伯；maaalharbi1@kau.edu.sa 4 加拉拉大学药学院生药学系，新加拉拉 43713，埃及； reda.fouad@gu.edu.eg 5 苏伊士运河大学药学院生药学系，埃及伊斯梅利亚 41522 6 苏伊士运河大学药学院药物化学系，埃及伊斯梅利亚 41522 * 通讯地址：ssahmed@kau.edu.sa (SSE)；khaled_darwish@pharm.suez.edu.eg (KMD)；电话：+966-544-512-552 (SSE)；+20-100-5330-114 (KMD)
菲律宾Allium sativum linn的分子表征和代谢物分析：Ilocos pink
Ilocos粉红色大蒜（IPG）是菲律宾北部Ilocos的当地大蒜品种。最近以其中等β-肾上腺素能受体抑制活性在体内而闻名，仍有有限的研究描述其遗传和代谢物谱，以将其与其他大蒜品种区分开。在这项研究中，使用与序列相关的扩增多态性（SRAP）分析鉴定了IPG的遗传标记。超高性能液相色谱 - 四极杆质谱质谱法，然后使用主成分分析（PCA）将IPG的代谢物与Ilocos天然大蒜区分开。基于其外皮肤上的棕色条纹色素沉着程度，IPG样品可以分为三个 - 轻质，中度和沉重的色素沉着。这些亚组被发现共享七个SRAP标记对 - 即ME1-EM1（300bp），ME1-EM4（400BP），ME2-EM3（500BP），ME3-EM1，ME3-EM1（300BP），ME3-EM2，ME3-EM2，ME3-EM2（400BP），ME3-EM4（AT 200BEM）（AT 200BPP）（在200B）（和200B）（和200B），以及MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES MES。在亚组之间还观察到了唯一的SRAP标记对。pca揭示了与IPG组区分的Ilocos天然大蒜，但是标记矩阵工具仅在RT 1.40时显示出浓度的差异仅仅是M/z 247.129。浓度，可以提出九个标记物，以区分IPG光与IPG中度和重型，其中七个被推定地鉴定为皂苷。这些发现表明SRAP标记可以有效地将IPG区分为亚组，而代谢物分析可能几乎没有洞察IPG和Ilocos天然大蒜之间的差异。
基本，萨马尔，菲律宾的喀斯特生态系统的细菌和真菌社区分析
菲律宾在石灰石景观中有大量的喀斯特或森林，但只有一小部分的研究和保护。尽管喀斯特森林的动植物是多种多样且独特的，但对居住在该生态系统中的菌群知之甚少。使用Illumina shotgun metagenome测序分析了菲律宾萨马尔三个位置的土壤样品中细菌和真菌的分类和功能组成。蛋白菌细菌和细菌细菌序列在喀斯特土壤中最普遍，其次是粉状，酸性杆菌，氯反llexi，planctcomycetes，callomicrobacteria，verrumicrobia，capterrobia，capteriodetes和deinocococcus-thermus。最丰富的真菌序列属于Ascomycota，其次是basidiomycota。在所有站点中，平均检测到3300万个预测的蛋白质特征。氮和硫代谢以及几种碳固定途径的酶途径似乎几乎完整。据我们所知，这是第一份有关微生物群落及其在菲律宾喀斯特森林生态系统健康中的作用的基线信息，这可能导致识别具有专业代谢的新微生物，并促进菲律宾Karst Forest的生物多样性保护。此外，与植物多样性的相关性分析将揭示植物 - 微生物相互作用，从而导致了解微生物和植物的适应性，丰度，生存和多样性。
有机薄膜中碘的溅射深度分析
将簇离子加速到一个离子柱中，该柱包含WIEN滤波器，栅极阀（用于在维护过程中与仪器隔离），弯曲以去除中性，扫描板和最终焦点镜头。Wien过滤器可以为小簇选择单个簇大小；对于较大的群集，梁组成的质量分布围绕标称群集大小。群集的大小是重要的参数，可以通过调整源条件在较大范围内调节。