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对基于 CRISPR 的转录激活因子进行系统比较，揭示增强子-启动子相互作用的基因调控特征
基于核酸酶失活 CRISPR/Cas (dCas) 的系统已成为一种强大的技术，可以综合重塑人类表观基因组和基因表达。尽管这些平台的采用越来越多，但它们的相对效力和机制差异尚未完全表征，特别是在人类增强子-启动子对中。在这里，我们系统地比较了最广泛采用的基于 dCas9 的转录激活因子，以及由与人类 CBP 蛋白催化核心融合的 dCas9 组成的激活因子，以及人类增强子-启动子对。我们发现这些平台在不同人类细胞类型中显示出不同的相对表达水平，并且它们的转录激活效率因效应域、效应子募集结构、靶位点和细胞类型而异。我们还表明，每种基于 dCas9 的激活剂都可以诱导增强子 RNA (eRNA) 的产生，并且这种 eRNA 诱导与同源启动子的下游 mRNA 表达呈正相关。此外，我们使用基于 dCas9 的激活剂来证明人类增强子和启动子之间可以存在内在的转录和表观遗传互惠性，并且可以通过将基于 dCas9 的转录激活剂靶向增强子来合成驱动增强子介导的下游启动子的追踪和参与。总之，我们的研究为增强子介导的人类基因表达控制和基于 dCas9 的激活剂的使用提供了新的见解。
利用基于病毒的向导 RNA 递送系统对小麦进行多重启动子和基因编辑
c GUG-C413-1-12-48-3 GW2T2 A: caaGCTCGCGCCCTGCTACCCGGGGGctg WT 301 (AABBDD) B: caaGCTCGCGCCCTGCTACCCGGGGGctg WT 209 D: caaGCTCGCGCCCTGCTACCCGGGGGctg WT 369 UPL3T11 A: gggCAAGGAGCAGCAGGAGCCCTCGGaga WT 10948 (AaBbDD) gggCAAGGAGCAGCAGGAG-CCTCGGaga-1 7316 B: gggCAAGGAGCAGCAGGAGCCCTCGGaga WT 6854 gggCAAGGAGCAGCAGGAG-CCTCGGaga-1 5787 D: gggCAAGGAGCAGCAGGAGCCCTCGGaga WT 15964 gggCAAGGAGCAGCAGGAG-CCTCGGaga -1 2494 GW7T6 A：gacTCCATCAACCGGGACTCGGGAGGgtt WT 58（AabbDd）gacTCCATCAACC ------------ Ggtt -12 73 B：gacTCCATCAACCGGGACT - GGGAGGgtt -1 208 D：gacTCCATCAACCGGGACTCGGGAGGgtt WT 109 gacTCCATCAACCGGGA -- CGGGAGGgtt -2 106
tert启动子突变是不良预后的独立预后标记，MAPK抑制剂治疗的黑色素瘤
1实体瘤，病理学和癌症学的生物学实验室，中心医院的蒙彼利埃大学，法国34000蒙彼利埃； p-blateau@chu-montpellier.fr（p.b.）; b-beganton@chu-montpellier.fr（B.B.）; v-ducros@chu-montpellier.fr（V.D.）; g-chauchard@chu-montpellier.fr（G.C.）; j-vendrell@chu-montpellier.fr（J.A.V.）2 Institute for research in the Cancan é rologie de Montpellier, Inserm, University of Montpellier, Institut du Cancer de Montpellier, University of Montpellier, 34000 Montpellier, France 3 Laboratory Prot omique r e ponse in fl ammmattoire spectromé de mass (Prism), Inserm U1192, University Center,里尔（Lille），F-59000 Lille，法国； coyleud@gmail.com（E.C。）; estellelaurent81@gmail.com（E.L。） *通信：j-soletol@chu-montpellier.fr;这样的。： + 33-467-33-58-71
通过 CRISPR/Cas9 靶向编辑木薯中的 MeSWEET10a 启动子来改造抗细菌性枯萎病植物
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者，此版本于 2022 年 3 月 4 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.03.02.482644 doi：bioRxiv 预印本
基于计算病理学的胶质母细胞瘤 MGMT 启动子甲基化状态弱监督预测模型
胶质瘤是中枢神经系统最常见的原发性恶性肿瘤。胶质母细胞瘤 (GBM) 是最常见的胶质瘤亚型，是发病和死亡的重要原因。该病进展迅速，预后最差，5 年生存率不足 7% (1)。对于新诊断的 GBM 患者，目前的标准治疗仍然是全切除术，然后联合放射治疗和替莫唑胺 (TMZ) 治疗 (2)。O6-甲基鸟嘌呤-DNA 甲基转移酶 (MGMT) 是一种 DNA 修复酶，可逆转烷化剂引起的 DNA 损伤，导致肿瘤对 TMZ 和亚硝脲类全身治疗产生耐药性。启动子甲基化使 MGMT 基因表观遗传沉默，使肿瘤对烷化剂治疗更敏感，并且与接受 TMZ 化疗的 GBM 患者的总体生存期更长有关 (3)。检测MGMT启动子甲基化的方法有很多种，包括甲基化特异性PCR、甲基化特异性高分辨率
利用 CRISPR-Cas9 和 Cre-Lox 系统在天然启动子的控制下生成条件突变敲入
通过产生突变来调节基因活性对理解蛋白质功能做出了重大贡献。然而，突变分析通常使用过表达研究，其中蛋白质脱离了其正常的环境和化学计量。在目前的研究中，我们试图开发一种方法，同时使用 CRISPR/Cas9 和 Cre-Lox 技术来修改内源性 SAT1 基因，以引入蛋白质的突变形式，同时仍受其天然基因启动子的控制。我们通过转录终止元件克隆了野生型 (WT) SAT1 的 C 末端部分，并在关键结合位点包含点突变的相同版本 SAT1 前面与 LoxP 位点相邻。在 CRISPR/Cas9 诱导的 DNA 双链断裂后，通过非同源末端连接 (NHEJ) 将构建体插入内源性 SAT1 基因座。在确认插入事件不会改变 SAT1 的正常功能后，我们便能够通过引入 Cre 重组酶来评估点突变的影响。因此，该系统能够生成内源性 WT SAT1 可以有条件地修改的细胞，并允许在正常启动子和染色质调节的背景下研究位点特异性突变的功能后果。
LSHITA Drugs＆Industries Ltd。
Name(s) of the acquirer and Persons Acting in REshn Sumit Agrawal Concert rpAcl with the acquirer Whether the acquirer belongs to Promoter Group Promoter/Promoter group Name(s) of the Stock Exchange(s) where the BSE Limited shares ofTC are Listed Details of the acquisition / disposal as follows Number % w.r.t.Totalshare/fotingCapitalWhereVeraPllicabler*1％W.R.T.TotalDilutedShare/fotingcapitalofthetcf ** 1
dCas9 与计算机设计的 PRC2 抑制剂融合，揭示远端启动子区域有功能性的 TATA 盒
Shiri Levy、1,2 Logeshwaran Somasundaram、1,2 Infencia Xavier Raj、1,2 Diego Ic-Mex、1,2 Ashish Phal、1,3 Sven Schmidt、1,2,17 Weng I. Ng、1,2 Daniel Mar、1,4 Justin Decarreau、2,5,6 Nicholas Moss、1,7,8 Ammar Alghadeer、1,9,10 Henrik Honkanen、1,2,18 Jay Sarthy、11,12 Nicholas Vitanza、13,14 R. David Hawkins、1,7,8 Julie Mathieu、1,15 Yuliang Wang、1,16 David Baker、2,5,6 Karol Bomsztyk、1,4 和 Hannele Ruohola-Baker 1,2,3,8,9,19, * 1 研究所华盛顿大学医学院干细胞与再生医学，美国华盛顿州西雅图 98109 2 华盛顿大学医学院生物化学系，美国华盛顿州西雅图 98195 3 华盛顿大学医学院生物工程系，美国华盛顿州西雅图 98105 4 华盛顿大学医学系、过敏和传染病科，美国华盛顿州西雅图 98195 5 华盛顿大学蛋白质设计研究所，美国华盛顿州西雅图 98195 6 华盛顿大学霍华德休斯医学研究所，美国华盛顿州西雅图 98195 7 华盛顿大学医学院医学系医学遗传学分部，美国华盛顿州西雅图 98195 8 华盛顿大学医学院基因组科学系，美国华盛顿州西雅图 98195 9 华盛顿大学牙科学院口腔健康科学系， WA 98109，美国 10 伊玛目阿卜杜勒拉赫曼·本·费萨尔大学牙科学院生物医学牙科科学系，沙特阿拉伯达曼 31441 11 弗雷德·哈钦森癌症研究中心基础科学部，华盛顿州西雅图 98109，美国 12 西雅图儿童医院癌症和血液病中心，华盛顿州西雅图 98105，美国 13 西雅图儿童研究所本·汤恩儿童癌症研究中心，华盛顿州西雅图，美国 14 华盛顿大学儿科系儿科血液学/肿瘤学分部，华盛顿州西雅图，美国 15 华盛顿大学比较医学系，华盛顿州西雅图 98195，美国 16 华盛顿大学保罗·G·艾伦计算机科学与工程学院，华盛顿州西雅图 98195，美国 17 现地址：尤利乌斯·马克西米利安斯·维尔茨堡大学，维尔茨堡 97070，德国 18 现地址：卡罗琳斯卡医学院学习、信息学、管理和伦理学系，斯德哥尔摩 17177，瑞典 19 主要联系人 *通信地址：hannele@u.washington.edu https://doi.org/10.1016/j.celrep.2022.110457
甲状腺癌中的端粒酶逆转录酶启动子突变：精确肿瘤学的含义 - 叙事评论
v600e），或RAS突变或RET -PTC融合，而大多数FTC具有PAX8 -PPARγ融合或RAS突变，但很少表现出改变的BRAF。同时，BRAF和RAS突变都经常出现在PDTC和ATC中，并且抑制肿瘤抑制剂TP53的失活很常见，尤其是在ATC中（7,9,10）。此外，在大约三分之一和十分之一的ATC中看到了其他肿瘤抑制剂（包括CDKN2A-RB1和PTEN）的畸变（7,9）。与分化的FTC或PTC相比，肿瘤抑制器的失活显然是未分化的PDTC和ATC的定义特征。总体而言，上面的基因组和表观遗传改变以及对患者特定临床特征的认识的越来越多，使TC护理中的精确药物成为疾病诊断，风险分层，预后和治疗决策或靶向治疗药物的实现范式。