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果蝇ATG8蛋白的分析显示多个...
AndrásJipa1.2，Viktor Vedelek 3，ZsoltMerényi4，Adélürmösi1.2，SzabolcsTakáts5，AndrásJipa1.2，Viktor Vedelek 3，ZsoltMerényi4，Adélürmösi1.2，SzabolcsTakáts5，
从重组蛋白到干细胞和类器官| ...从重组蛋白到干细胞和类器官| ...
摘要近年来生物制剂在各种疾病中的使用已大大增加。中风是一种脑血管疾病，是第二大最常见的死亡原因，也是全球发病率高的残疾原因。用于用于治疗急性缺血性中风的生物制剂，Alteplase是唯一的溶栓剂。同时，当前的临床试验表明，两种重组蛋白，Tenecteplase和非免疫原性葡萄球菌酶，作为用于急性缺血性中风治疗的新溶栓剂的最有前途的。此外，使用干细胞或类器官进行中风治疗的基于干细胞的治疗在临床前和早期临床研究中显示出令人鼓舞的结果。这些急性缺血性中风的策略主要依赖于未分化的细胞的独特特性来促进组织修复和再生。但是，在这些方法成为常规临床用途之前，仍有一段巨大的旅程。这包括优化细胞输送方法，确定理想的细胞类型和剂量以及解决长期安全问题。本综述介绍了缺血性中风中溶栓治疗的当前或有希望的重组蛋白，并突出了中风治疗中干细胞和大脑器官的前景和挑战。
多种抗原表位的计算预测
摘要。由于密码子字母的高变性，从密码子到氨基酸的映射是溢出的，这表明密码子空间可能具有更高的信息含量。嵌入密码子语言模型最近在各种下游任务中表现出成功。然而，磷酸化位点的预测模型，可以说是研究最多的翻译后修饰（PTM）和PTM位点，主要依赖于氨基酸级表示。这项工作引入了一种新的方法，通过通过近来开发的密码子语言模型的嵌入来预测磷酸化位点，该方法专门培训了蛋白质编码DNA序列。蛋白质序列首先精心映射到可靠的编码序列，并使用此编码器编码以生成密码子感知的嵌入。然后将这些嵌入与通过早期融合策略从蛋白质语言模型获得的氨基酸感知的嵌入整合。随后，从定义的窗框内的融合嵌入式形成了感兴趣的位点的窗口级表示。Convbigru网络提取物具有捕获窗口内近端残基之间的时空相关性，然后是基于高斯（Dog）小波范围函数的衍生物的Kolmogorov-Arnold网络（KAN），以产生该站点的预测推断。我们将整体模型配音为Calmphoskan。在独立测试中使用丝氨酸 - 硫代氨酸（合并）和酪氨酸测试集，Calmphoskan优于现有方法。此外，我们证明了该模型在预测蛋白质内在无序区域内的位点的有效性。总体而言，Calmphoskan成为蛋白质中一般磷酸材料的强大预测指标。Calmphoskan将很快公开发布。
识别尿素蛋白 - II的新靶蛋白...
使用转录组数据的药物重新定位研究最近引起了人们的关注。In this study, we attempted to identify new target proteins of the urotensin-II receptor antagonist, KR-37524 (4-(3-bromo-4-(piperidin-4-yloxy)benzyl)- N -(3-(dimethylamino)phenyl)piperazine-1-carboxamide dihydrochloride), using a transcriptome-based drug repositioning approach.为此，我们获得了KR-37524诱导的基因表达分布在四种细胞系（A375，A549，MCF7和PC3）中的变化，并将其与鉴于lincs L1000数据库中可用的药物诱导的基因表达变化的变化进行了比较，以识别出批准的基因表达谱的识别基因表达谱的变化。此处，使用连接得分计算两个基因表达谱变化之间的相似性。然后，我们选择了在每种细胞系中连通性评分最高（总共12种药物）作为KR-37524的潜在靶标的最高连通性评分的最高连接性评分的蛋白质。使用体外结合测定法实验证实了七个潜在的靶蛋白。通过此分析，我们确定了神经学调节的5-羟色胺转运蛋白是KR-37524的新靶蛋白。这些结果表明，基于转录组的药物重新定位方法可用于识别给定化合物的新靶蛋白，我们提供了本研究中开发的独立软件，该软件将作为药物重新定位的有用工具。
memprot.gpcr-modsim：否则膜蛋白的建模和模拟
。圣地亚大学，加利亚，加利亚，15706年，UPSALA，SE 750 02，SWEED医院Universitorio，33011电子邮件：ng.teran@cinn; Modsim Pharmar AB，Box 2022，SE-75002BMC -BMC -BMC -Box 596，Uppsala，SE电子邮件：悬挂。副编辑：
全长层粘连蛋白蛋白对于干细胞至关重要
a）全长层粘连蛋白在组织上皮组织和内皮组织的基底膜方面起着核心作用。它们通过与几个细胞表面受体结合，包括整联蛋白，Syndecans，Lutheran血液组糖蛋白以及其他基质蛋白（如Nidogen和Agrin），从而激活细胞信号级联，从而形成细胞外基质和细胞之间的直接结合。b）层粘连蛋白521是天然干细胞生态位的钥匙基底膜蛋白，由人多能干细胞（HPSC）在预植物植入的胚胎的内部细胞质量中表达和分泌。[5] c）层粘连蛋白是三聚体蛋白，同工型是根据相互交织的α，β和γ链的组合指定的。
找到我自己的路径信息文本14 tex
阿尔茨海默氏病（AD）是一种神经退行性疾病，其特征是记忆力和其他认知功能的前期下降，最终导致痴呆症。根据2019年世界阿尔茨海默氏症的报告，据估计，目前有5000万人患有AD和相关疾病的人，由于人口越来越老化，预计到2050年，这一数字预计将增加到1.5亿。AD是由Alois Alzheimer在1907年描述的，他将广告与大脑中的组织病理学标志相关联：老年斑块和神经纤维缠结（NFTS）。仅在1980年之后才发现斑块主要由淀粉样蛋白β肽的凝集组成（Aβ）（Glenner and Wong 1984），而神经纤维缠结的主要组成部分是错误折叠的tau蛋白（TAU）（tau）（grundke-iq bal et a e e eT al。1986）。 In 1992, Hardy and Higgins (Hardy and Higgins 1992 ) formulated the so-called amyloid cascade hypothesis for the progression of AD: “the deposition of A β , the main component of the plaques, is the causative agent of Alzheimer's pathol- ogy and the neurofibrillary tangles, cell loss, vascular damage, and dementia follow as a direct result of这个沉积”。 随后，这一假设经过了多年的修订：尽管老年斑块与AD相关，但它们的存在与疾病的严重程度并不严格相关。 高水平的可溶性Aβ与认知降低的存在和程度更好地相关。 的确，弥漫性淀粉样蛋白斑块通常存在于认知完整的老年人的大脑中。 类似地，已经证明β单体缺乏神经毒性（Shankar等人 2002）。1986）。In 1992, Hardy and Higgins (Hardy and Higgins 1992 ) formulated the so-called amyloid cascade hypothesis for the progression of AD: “the deposition of A β , the main component of the plaques, is the causative agent of Alzheimer's pathol- ogy and the neurofibrillary tangles, cell loss, vascular damage, and dementia follow as a direct result of这个沉积”。随后，这一假设经过了多年的修订：尽管老年斑块与AD相关，但它们的存在与疾病的严重程度并不严格相关。高水平的可溶性Aβ与认知降低的存在和程度更好地相关。的确，弥漫性淀粉样蛋白斑块通常存在于认知完整的老年人的大脑中。类似地，已经证明β单体缺乏神经毒性（Shankar等人2002）。2002）。一些作者（例如，参见Haass和Selkoe 2007）推翻了传统观点，并声称β的大骨料实际上可能是惰性的，甚至可以保护健康的神经元。2008），实际上被认为是神经保护作用（Giuffrida等人2009; Zou等。此外，实验数据表明，淀粉样蛋白级联假说无法对AD的演变提供完全令人满意的描述，因为β和Tau似乎以协同的方式起作用以引起细胞死亡（例如，参见Ittner和Götz，2011年； Ricciarelli 2011; Ricciarelli and Ricciarelli and ricciarelli and ricciarelli and rricciarelli and ricciarelli and rricciarelli and ricciarelli and 2017）。在这些结果的基础上，已经假定在AD进程中，“Aβ是触发因素，而Tau是子弹”（Bloom 2014）。因此，尽管β和tau目前仍然是AD治疗的主要治疗靶标（但到目前为止缺乏有效的疗法），但我们将在Sect中看到。2最近的文献表明，两种蛋白质之间的相互作用对于疾病的发展至关重要，必须考虑到不应分别针对两种蛋白质的新疗法的发展。我们提到的是Bertsch等。（2021b）讨论当前的医学文献。数学模型是计算机模拟的基础，该模拟是在体内和体外研究中有效补充的硅研究中所谓的。在Carbonell等人中可以找到有关2018年现有数学模型的详尽历史概述。（2018）。在对宏观建模的最新贡献中，我们提到（Bertsch等人。2020; Raj等。2020，2021a; Fornari等。2019，2020; Franchi等。2020; Goriely等。2020; Kevrekidis等。2021;汤普森等。2020，2021; Weickenmeier等。2019）及其参考。Bertsch等人讨论了几种数学模型，它们的困难，利弊。（2021b），作者提出了一个高度灵活的数学模型，旨在考虑
蛋白质和癌症免疫疗法的翻译后修饰
蛋白质后翻译修饰（PTM）是一种调节机制，用于调节，定位，表达和与其他细胞分子的相互作用。它涉及在蛋白质的氨基酸残基上添加或去除特定的化学基团。其共同形式包括磷酸化，泛素化，甲基化和乙酰化。新兴研究强调了乳酸化，琥珀酰化和糖基化。PTM参与重要的生物学过程。疾病的发生和发展取决于蛋白质的丰度，并受到各种PTM的调节。此外，肿瘤免疫疗法的进步表明，蛋白质PTM也参与了肿瘤微环境中免疫细胞的增殖，激活和代谢重编程。这些PTM在肿瘤免疫疗法中起重要作用。在这篇综述中，我们全面总结了几种PTM在肿瘤免疫疗法中的作用。本综述可以为肿瘤免疫疗法提供新的见解和未来研究方向。
可吸毒的蛋白质影响心脏结构和功能
右心室或左心室功能障碍会导致心力衰竭（HF）以及随后的发病率和死亡率。我们进行了全基因组关联研究（GWAS）的16个心脏磁共振（CMR）成像测量的双室功能和结构。顺式孟德尔随机化（MR）来鉴定与CMR性状相关的血浆蛋白以及与以下任何心脏结果：HF，非缺血性心肌病，扩张的心肌病（DCM），胸膜纤维化或心脏病。总共将33个血浆蛋白优先考虑，包括重新利用DCM和/或HF：IL18R（IL18的间接证据），I17RA，GPC5，LAMC2，LAMC2，PA2GA，CD33，CD33和SLAF7。此外，可以将25种药物蛋白（52％; 95％置信区间，0.31至0.72）中的13个映射到具有已知肿瘤学指示或副作用的化合物。这些发现提供了促进心脏病的药物发育的导致，并表明几种癌症治疗的心脏毒性可能代表基于机制的不良反应。
溴结构域蛋白在肾细胞中的重要作用...
摘要。组蛋白改变是肾癌的标志。组蛋白乙酰化修饰由溴结构域蛋白（BRD）介导，已被认为与多种癌症类型有关，已证明几种靶向抑制剂是癌症辅助治疗的有希望的方式。作为肾细胞癌（RCC）对放射疗法或化学疗法不敏感，对有效的辅助疗法的探索仍然是晚期RCC的重要研究方向。目前，RCC中溴结构域家族蛋白的研究有限，溴结构域家族蛋白在RCC中的作用尚未完全阐明。本综述讨论了溴结构域蛋白在RCC中的作用，旨在探索BRD相关药物在这类癌症中的潜在治疗靶标。