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文章探讨了青光眼中的眼表面微生物组和撕裂蛋白质组
摘要：尽管青光眼是全球不可逆性失明的主要原因，但其发病机理尚不完全理解，而眼内压（IOP）是靶向这种疾病的唯一可修改的危险因素。已经提出了包括IOP在内的肠道微生物组和青光眼之间的几个关联。越来越多的证据表明，在眼表面上的微生物之间的相互作用称为眼表面微生物组（OSM）和泪液蛋白质（统称为泪液蛋白质组），也可能在诸如青光眼等眼疾病中起作用。这项研究旨在在青光眼患者中找到OSM和撕裂蛋白的特征。32个结膜拭子的全元基因组shot弹枪测序鉴定出肌动杆菌，富公司和蛋白质细菌是同类中的主要门。该物种仅在健康对照中发现，与青光眼患者相比，它们的结膜微生物组可能富含磷脂酶途径的基因。尽管OSM在OSM中存在较小的差异，但与对照组相比，患者表现出与免疫系统相关的许多撕裂蛋白的富集。与OSM相反，这强调了蛋白质组的作用，并可能引起免疫过程在青光眼中的参与。这些发现可能有助于设计针对青光眼和其他相关疾病的新治疗方法。
细菌裂解物免疫疗法的感染性疾病和癌症的进展
自2010年以来，人类蛋白质组计划（HPP）的人类蛋白质组计划（HPP）是人类蛋白质组组织（HUPO）的旗舰计划，一直追求两个目标：（1）可靠地识别蛋白质零件清单和（2）使蛋白质组学成为人类健康和疾病多组学研究的组成部分。HPP依赖于peptideatlas和Massive-kb对国际合作，数据共享，标准化重新分析，并使用HPP指南使用HPP指南，用于质量保证，NextProt的MS和非MS蛋白质数据的整合和策划，以及人类蛋白质蛋白质的广泛使用抗体，以及大量使用抗体。根据Next Prot版本2023-04-18，现在已经可靠地检测到蛋白质表达（PE1）（PE1），在19,778的19,778 Next Prot预测人类基因组中编码的蛋白质（93％）。通过质谱（MS）检测到17,453，并通过多种非MS方法检测到944。Next Prot PE2，PE3和PE4缺少蛋白的数量现在为1381。实现对从所有染色体中编码的93％的预测蛋白的明确鉴定代表了人类蛋白质组零件清单上的显着实验进度。同时，无论使用哪种基于蛋白质的方法，都有几类预测的蛋白质可抵抗检测。此外，还有一些PE1-4蛋白可能应重新分类为PE5，尤其是21个linc条目和〜30 HERV条目；这些正在今年解决。在广泛的生物学和临床研究中应用蛋白质组学可确保与生物学和疾病驱动的HPP团队以及抗体和病理资源支柱的报道，可确保与其他OMICS平台集成。当前的进步已将HPP定位为过渡到其大挑战项目，重点是确定每个蛋白质本身的主要功能以及在人类健康和疾病背景下的网络和途径中的主要功能。
天然蛋白质组织的接近性分析揭示了自闭症和相关神经发育条件的小鼠模型中的表型修饰符
自闭症谱系障碍的主要驱动因素之一是数百个基因内的风险等位基因，它们可能在共享但未知的蛋白质复合物中相互作用。在这里，我们开发了一种可扩展的基因组编辑介导的方法来靶向小鼠大脑内的14个高强烈的自闭症风险基因，用于基于接近性的内源性蛋白质组学，从而实现了高特异性空间蛋白质组织的识别。产生的天然接近蛋白质组富含自闭症个体大脑失调的人类基因，并揭示了来自高强调风险基因与低调的蛋白质之间的接近性相互作用，这些蛋白质与较低信号的蛋白质之间可能提供新的途径，从而可以为遗传风险确定优先确定遗传风险。重要的是，数据集丰富了可能构成条件的共享旋转功能和遗传相互作用。我们通过两个自闭症模型中的空间蛋白质组学和基于CRISPR的表达调节来测试这一概念，证明了调节其失调机制的功能相互作用。一起，这些结果揭示了与自闭症相关的体内蛋白质组网络，从而为理解和操纵其病因的细胞驱动器提供了新的侵害。
探索血浆蛋白质组的研究论文：识别连接衰老，稳态和器官功能的枢纽蛋白
1。北京第七医学中心临床实验室，北京100700，P.R。中国。 2。 北京IPE临床实验室公司研究与发展部，北京100176，P.R。 中国。 3。 生物化学和分子生物学系，神经和血管生物学的主要实验室，中国教育部，河比医科大学，赫吉亚岛，赫比050017，p.r. 中国。 4。 呼吸科，北京儿童医院，首都医科大学，国家国家临床研究中心，国家儿童健康中心，北京100045，P.R。 中国。 5。 北京医院，北京医院100730，P.R。 中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。2。北京IPE临床实验室公司研究与发展部，北京100176，P.R。中国。 3。 生物化学和分子生物学系，神经和血管生物学的主要实验室，中国教育部，河比医科大学，赫吉亚岛，赫比050017，p.r.中国。3。生物化学和分子生物学系，神经和血管生物学的主要实验室，中国教育部，河比医科大学，赫吉亚岛，赫比050017，p.r.中国。 4。 呼吸科，北京儿童医院，首都医科大学，国家国家临床研究中心，国家儿童健康中心，北京100045，P.R。 中国。 5。 北京医院，北京医院100730，P.R。 中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。4。呼吸科，北京儿童医院，首都医科大学，国家国家临床研究中心，国家儿童健康中心，北京100045，P.R。中国。 5。 北京医院，北京医院100730，P.R。 中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。5。北京医院，北京医院100730，P.R。中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。6。北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R.中国。中国。
皮质转录组和蛋白质组的功能分析揭示体内反复脑外伤后的神经发生、炎症和细胞死亡
摘要 反复性创伤性脑损伤 (TBI) 的病理效应在很大程度上是未知的。为了详细了解一两次 TBI 后皮质组织的急性生物反应，我们利用了 RNA 测序和蛋白质质谱技术。使用我们之前验证过的 C57Bl/6 重量下降模型，我们施加了一两次轻度或中度的 TBI。双重损伤情况间隔 7 天，皮质组织在最后一次损伤后 24 小时分离。通过功能基因注释和基因本体论对蛋白质组和转录组进行分析。四种不同条件下的主要主题包括：神经发生；炎症和免疫反应；细胞死亡；血管生成；蛋白质修饰；和细胞通讯。发现与神经发生相关的蛋白质在单次损伤后上调。在中度单次、轻度双重和中度双重 TBI 条件下，与血管生成相关的转录本均上调。与炎症和免疫反应相关的基因在每种情况下均上调，其中中度单一情况报告的功能组最多。与细胞死亡或凋亡有关的蛋白质或基因在每种情况下均上调。我们的结果强调了单次损伤和双重损伤中蛋白质组学和转录组学变化的显著差异。此外，皮质组学分析为未来研究提供了重要见解，旨在深化对脑外伤后继发性损伤和神经行为障碍发展的当前认识。
将独立数据与Spike-In Silac（DIA-SIS）结合起来改善蛋白质组覆盖范围和定量
与数据无关的采集（DIA）越来越优于数据依赖性的获取，因为其吞吐量较高，缺失值较少。尽管数据依赖性采集通常使用稳定的同位素来改善量化，但DIA主要依赖于无标签的方法。将DIA与同位素标记整合的努力包括化学方法，例如用于相对和绝对定量和二甲基标记的质量差异标签，虽然有效地使样品制备复杂化。通过氨基酸在细胞培养物（SILAC）中通过氨基酸标记稳定的同位素标记，通过将重标记纳入体内蛋白质的代谢掺入中，实现了高标记的效率。但是，对代谢掺入的需求限制了在临床方案和某些高通量实验中的直接使用。Spike-In Silac（SIS）方法使用外部生成的重样品作为内部参考，即使对于无法直接标记的样品，也可以基于SILAC的定量。在这里，我们结合了DIA-SIS，利用SILAC的稳健定量，而没有与化学标记相关的复杂性。我们开发了DIA-SIS，并严格评估了其性能，并在散装和单细胞样水平上的混合物种基准样品进行了评估。我们证明，与无标签方法相比，DIA-SIS显着改善了蛋白质组的覆盖范围和定量，并减少了错误量化的蛋白质。此外，DIA-SIS被证明可有效分析低输入福尔马林固定的paraffiffinembedded组织切片中的蛋白质。dia-sis结合了稳定的基于同位素的量化的精度和无标签样品制备的简单性，促进了简单，准确且全面的蛋白质。
nuxl中的蛋白质组发现器软件
伯纳德·德兰格（Bernard DeLanghe）1，蒂莫·萨克森伯格（Timo Sachsenberg）2,3，路易莎·韦尔普4，阿迪蒂·夏尔马1,9，阿尔斯兰·西拉吉3，亚历山大·沃尔夫4，法尼·巴兹索4，法尼·巴兹索4，艾莱克桑达尔·乔恩夫4，艾尔·塞恩夫4，yi he 8，yi he 8，yi he he he 8，henning henning Urlaub 4,7，1 Thermo Fisher Scientific（Bremen）GmbH，28199 Bremen，德国，2tübingen大学生物信息学和医学信息学研究所，德国72076Tübingen，德国，3次应用。德国图宾根大学72076，德国图宾根，4个生物分析质谱小组，麦克斯·普朗克多学科科学研究所，德国37077Göttingen，德国37077发展生物学，72076Tübingen，德国，7个生物分析小组，临床化学研究所，大学医学中心Göttingen，37075Göttingen，德国，德国Göttingen，8，美国圣何塞州8 Thermo Fisher Scientific，美国，9 TUM LIFE SCIENCE，9 TUM SCIICESS，DUM SCIICESS，DEM SCUICES，DEMICH DEMICH INSCELY，DEMICH，德国，德国，>德国图宾根大学72076，德国图宾根，4个生物分析质谱小组，麦克斯·普朗克多学科科学研究所，德国37077Göttingen，德国37077发展生物学，72076Tübingen，德国，7个生物分析小组，临床化学研究所，大学医学中心Göttingen，37075Göttingen，德国，德国Göttingen，8，美国圣何塞州8 Thermo Fisher Scientific，美国，9 TUM LIFE SCIENCE，9 TUM SCIICESS，DUM SCIICESS，DEM SCUICES，DEMICH DEMICH INSCELY，DEMICH，德国，德国，
一锅法时间诱导蛋白质组整体溶解度改变 (OPTI-PISA) 检测法可实现自动化和灵敏的药物靶标识别
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 8 月 13 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.08.13.607299 doi：bioRxiv 预印本
评估小分子抑制剂马立马司他对蛇毒毒素的靶向特异性：热蛋白质组分析的新应用
能够规避传统抗蛇毒疗法缺陷的新疗法对于解决全球蛇咬伤问题至关重要。许多蛇毒毒素抑制剂已显示出在体内和体外有希望的跨物种中和医学上重要的蛇毒毒素的效果。开发用于筛选此类抑制剂的高通量方法可以加速它们的鉴定、测试和实施，因此具有改善全球蛇咬伤治疗和结果的巨大潜力。基于能量学的蛋白质组学方法，包括热蛋白质组分析和蛋白质组整体溶解度改变 (PISA) 检测，代表了用于高通量、全蛋白质组鉴定药物靶点和配体的“深度蛋白质组学”方法。在以下研究中，我们应用热蛋白质组分析和 PISA 方法来表征 Crotalus atrox（西部响尾蛇）的毒液毒素蛋白质形式与蛇毒金属蛋白酶 (SVMP) 抑制剂马立马司他之间的相互作用。我们研究了其对毒液蛋白质组的影响，并表征了其与特定 SVMP 蛋白质形式的相互作用，以及其对非 SVMP 毒液毒素家族的潜在靶向性。我们还使用两种抑制剂浓度比较了 PISA 热窗口和可溶性上清液与不溶性沉淀物的性能，首次证明了灵敏的高通量基于 PISA 的方法来评估蛇毒小分子抑制剂的直接靶标的实用性。
肝炎病毒感染后猪肝蛋白质组的无标记定量分析
摘要：乙型肝炎代表了由乙型肝炎病毒（HEV）引起的一种新兴的人畜共患病，为此，主要的传播途径是食源性的。尤其是，人类感染与消耗被污染的猪起源未污染的未污染的肉有关。这项研究的目的是应用比较蛋白质组学来确定是否可以使用猪肝蛋白谱来区分HEV的猪血清阳性和血清凝性。初步地，使用ELISA评估136只动物的血清中抗HEV抗体的存在。在分析的样品中，估计的血清阳性为72.8％，也可以鉴定出10只动物，5个阳性和5个阴性，来自同一农场。此条件为均质动物之间的定量蛋白质组学比较创造了基础，在该动物中，只有与HEV的接触应代表区分因子。对所有肝脏渗出液样品中蛋白质组的分析导致两个实验组之间差异表达的554个蛋白质的鉴定，其中293个蛋白质在阳性样品中具有更大的丰度，而在阴性泄漏中则更多。途径富集分析使我们能够强调HEV与宿主生物系统之间相互作用在诱导69个途径的潜在富集中的影响。其中，碳代谢在41种蛋白质的参与中脱颖而出，这些蛋白质经过相互作用分析。这种方法使我们能够将注意力集中在参与糖酵解的三种酶上：6-磷酸葡萄糖异构酶（GPI），3-磷酸3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）和果糖糖 - 双磷酸醛糖酶A（Aldoa）。因此，HEV感染似乎引起了该过程的加强，这涉及葡萄糖的分解，以获得对病毒生存有用的能量和碳残基。总而言之，通过与HEV的相互作用，无标签的LC-MS/MS方法在突出猪肝蛋白质组引起的主要差异方面显示出有效性，从而在识别宿主代谢上的病毒特征方面提供了重要信息。