XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemProteome
癌症及其治疗意义中的基因表达谱
公共领域中可用的大量肿瘤和细胞系的大量基因表达数据代表了巨大的资源。对于任何主要的癌症类型，表达数据都可以识别分子亚型，预测患者的结果，确定治疗反应的标志物，确定体细胞突变的功能后果，并阐明转移性和晚期癌症的生物学。本综述提供了癌症中基因表达分析的广泛概述（可能包括转录组和蛋白质组水平）以及使用这些数据做出的发现的类型。本综述还提供了访问公共癌基因表达数据集并产生独特的数据观点和产生的感兴趣基因的特定示例。这些例子涉及泛癌分子亚型，代谢相关的表达相关性的患者存活涉及多种癌症类型，以及乳腺肿瘤中化学疗法反应的基因表达相关。
解开tau
通过类固醇激素和共生微生物组对子宫颈的调节在女性生殖道的健康中起着核心作用。在这里，我们描述了带有功能性上皮屏障的人体上皮界面界面的器官芯片（器官芯片）模型，并使用类似于活着的囊的功能性上皮屏障和粘液的生产和生物化学和激素反应性。当子宫颈碎片中填充最佳健康与动物障碍微生物群落（分别由乳酸乳杆菌crispatus和阴道乳杆菌和gardnerella阴道主导）时，组织的先天免疫反应，屏障，障碍功能，细胞能力，蛋白质组和Mucus组成的显着差异，相似地观察到了VIV。因此，人宫颈器官芯片代表了研究子宫颈生理学和宿主 - 微生物组相互作用的生理相关模型，因此可以用作开发治疗干预措施以增强女性健康的临床前测试。
靶向蛋白质降解
蛋白质降解是维持细胞蛋白质稳态的关键机制。溶酶体和/或蛋白酶体去除非功能性蛋白质的功能受损会导致聚集体的形成，而聚集体与帕金森病和阿尔茨海默病等各种疾病的发生有因果关系。另一方面，通过劫持细胞降解机制对靶蛋白进行独特降解有望成为一种治疗癌症、自身免疫和神经系统疾病等疾病的新型治疗策略。与传统的小分子疗法相比，这些降解药物可能具有多种优势，例如扩大“可用药”蛋白质组、延长药代动力学和催化作用方式，从而可以使用较低的全身浓度。分子胶和蛋白水解靶向嵌合体（PROTAC）是迄今为止开发的此类新型药物小分子降解剂（例如LYTAC、PHOTAC、PROTAC、分子胶、AUTAC、疏水标签）中最突出的代表。
非核苷SARS-COV-2 RDRP抑制剂的新型类似物作为潜在的抗毒素
病毒RNA依赖性RNA聚合酶（RDRP）均编码在所有RNA病毒中，并在病毒RNA复制中起着至关重要的作用。在SARS-COV-2的蛋白质组中，与辅因子NSP7和NSP8一起表达的催化亚基NSP12构成RDRP [8]。RDRP通常由核苷酸类似物抑制剂（NAI）靶向[9]。这类抗病毒药可以通过充当延迟的链终结剂或引起病毒RNA的遗传腐败来抑制复制，其中包括对Covid-19患者治疗的第一个FDA批准的抗病毒药物，Remdesivir [10]和Molnupiravir [11]。NAI的可用性可能在很大程度上取决于代谢激活，并且还与天然核苷三磷酸盐（NTPS）的细胞内池竞争。非核苷酸模拟抑制剂（NNAIS）在与活性的RDRP的活性相结合时不会面临这些挑战，因此它们代表了有希望的NAI替代方案[12]。
微生物群的溶物磷脂酰胆碱可通过抑制铁铁作用来减轻阿尔茨海默氏病的病理
Xu Zha，1，2，5 Xicheng Liu，1，2，5， * Mengping Wei，1 Huanwei Huang，1 Jiaqi Cao，1 Shuo Liu，1 shuo liu，1 xiaomei bian，1 Yuting Zhang，1 Yuting Zhang，1 Fenyan hang，1 Fenyan hang，1 fenyan xiao，1 yuping xie of them，3 wei s extart of tastion zie，3 wei s z wang，1，1，1，1，1，1，1，1，1，1，1，1， *科学，北京神经再生与修复与北京肿瘤入侵和转移的关键实验室，北京口腔健康实验室，首都医科大学，北京，中国2个国家肿瘤药物开发的国家主要实验室，南京，南京中国北京的生命分子学4中国大脑研究所，中国北京5这些作者同样贡献了6个领导联系 *通信：liuxicheng@ccmu.edu.edu.cn（X.L.），wangwei@ccmu.edu.cn（W.W.），czhang@ccmu.edu.cn（c.z。）https://doi.org/10.1016/j.cmet.2024.10.006https://doi.org/10.1016/j.cmet.2024.10.006
缬氨酸氨基酰基-TRNA合成酶促进黑色素瘤的耐药性
转移RNA动力学通过调节密码子特异性信使RNA翻译有助于癌症的发展。特定的氨基酰基-TRNA合成酶可以促进或抑制肿瘤发生。在这里我们表明valine氨基酰基-TRNA合成酶（VARS）是密码子偏置翻译重编程的关键参与者，该重编程是由于对靶向（MAPK）疗法在黑色素瘤中的抗性（MAPK）。患者衍生的MAPK治疗耐药性黑色素瘤中的蛋白质组会重新布线，偏向于valine的使用，并且与valine cognate trnas的上调以及VARS的表达和活性相吻合。引人注目的是，VAR敲低重新敏感了MAPK-耐药的患者衍生的黑色素瘤体外和体内。从机械上讲，VARS调节了富含Valine的转录本的使者RNA翻译，其中羟基酰基-COA脱氢酶mRNA编码用于脂肪酸氧化中的关键酶。耐药性黑色素瘤培养物依赖于脂肪酸氧化和羟基乙酰-COA脱氢酶在MAPK治疗后的生存。一起，我们的数据表明，VAR可能代表了治疗耐药性黑色素瘤的有吸引力的治疗靶点。
噬菌体的生物多样性感染了乳链球菌嗜热
摘要：嗜热链球菌 - 感染噬菌体是乳制品工业中的一个主要问题，尤其是与嗜热生产系统有关的问题。因此，已经进行了许多与全球乳制品行动中这种噬菌体的生物多样性有关的研究。在当前的综述中，我们概述了这些噬菌体的遗传和形态多样性，并通过比较蛋白质组的比较蛋白质组分析复制噬菌体的复制和形态发生模块来强调噬菌体中遗传镶嵌物的来源和程度。评估了选定的噬菌体编码受体结合蛋白（RBP）的系统发育，表明在某些情况下，RBP编码基因已分别获取到形态发生模块，从而突出了这些噬菌体的适应性。这篇综述进一步强调了这些噬菌体的遗传多样性群体所取得的显着进步，同时还总结了该研究领域的剩余知识差距。
科学的聚光灯：突破，挑战和见解
为了促进和增强沟通，Josha分享了其编辑的主观选择，而不是所有研究的全面概述。此版本的摘要摘要了七本引人入胜的研究论文和计划，探讨了各种领域的关键进步和挑战。主题包括欺诈性论文对系统评价的影响，科学社区向蓝军的迁移以及对恶性疟原虫毒素耐药机制的关键见解。一项关于“黑暗蛋白质组”的开创性研究揭示了成千上万的新人类基因，而美国科学和技术愿景（广阔）工作队的建议旨在重塑美国科学领导的未来。重点还包括2024年世界获奖协会奖品，庆祝对算法和视觉科学的关键贡献，以及分析错误信息如何利用在线道德愤怒来传播的道德愤怒。，这些总结为科学创新，伦理和社会影响的动态景观提供了一个窗口。探索完整的文章，以深入了解这些开创性的作品。
药理学和毒理学年度评论从沙利度胺到用于靶向蛋白质降解的合理分子胶设计
沙利度胺及其衍生物是强效的癌症治疗药物，也是最容易理解的分子胶降解剂 (MGD) 之一。这些药物选择性地重新编程 E3 泛素连接酶 cereblon (CRBN)，使靶蛋白被泛素-蛋白酶体系统降解。MGD 在 E3 连接酶表面产生新的识别界面，参与诱导的蛋白质-蛋白质与新底物的相互作用。对其作用机制的分子洞察为通过特定的识别基序 G 环与大量靶标进行接触提供了令人兴奋的机会。我们的分析表明，目前基于 CRBN 的 MGD 原则上可以识别人类蛋白质组中超过 2,500 种包含 G 环的蛋白质。我们回顾了在调整 CRBN 与其 MGD 诱导的新底物之间的特异性方面的最新进展，并推断出一组控制这些相互作用的简单规则。我们得出结论，合理的 MGD 设计工作将能够选择性降解更多的蛋白质，从而将这种治疗方式扩展到更多的疾病领域。