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2023年有关Hupo Human Proteome项目蛋白质组的报告
科学家和决策者之间达成共识，即尽管人们将来减少了温室气体排放，但人类引起的气候变化正在发生，但不可避免地会产生实质性的影响（IPCC 2022）。气候变化的后果在地理上是复杂的，并且在区域和局部尺度上表现出来。为了减少或防止这些结构，我们必须降低排放。此类行动称为缓解策略。但是，气候变化的影响是不可逆转的，当我们遇到这些影响时，我们必须适应新的条件。IPCC（2022）将这些措施描述为必须跨量表起作用并解决气候变化引起的机会和风险的适应策略。迄今为止的缓解反应是有限的，适应策略已获得应对气候变化及其对当地社区的影响的重视（Baker等人2012）。水是一种复杂的资源，不仅支持人类和生态系统的健康，并且对于食品和能源生产和运输服务至关重要，而且还提供文化，美学和娱乐价值（Miller＆Belton 2014）。Khaniya等。 （2021）同意水对于人类的福祉和可持续生态系统的运作至关重要，因此，气候的任何变化都可能对水资源的质量和可用性产生负面影响。 因此，正如Cross＆Latorre（2015）强调的那样，开发必要的响应机制以保护公共卫生和环境很重要。Khaniya等。（2021）同意水对于人类的福祉和可持续生态系统的运作至关重要，因此，气候的任何变化都可能对水资源的质量和可用性产生负面影响。因此，正如Cross＆Latorre（2015）强调的那样，开发必要的响应机制以保护公共卫生和环境很重要。
心肌蛋白质组发生长期有氧运动的主动脉狭窄大鼠的变化
缩写：二尖瓣环的末端 - 舒张速度的A'，TDI； AO，主动脉直径；作为ex，运动主动脉狭窄；作为久坐的主动脉狭窄； BW：体重； c- ex，行使控制； c塞久坐的控制； DPWT，舒张后壁厚度； E'，二尖瓣早期舒张期早期舒张期的TDI； E/A，早期（E）与晚期（a）舒张二尖瓣流入的比率； EDT，E波减速时间； EF，射血分数；人力资源，心率； IVRT，等光量放松时间；洛杉矶，左心房直径； LVDD，左心室舒张直径； MSF，心肌缩短部分； PWSV，后壁缩短速度； RWT，相对壁厚； S'，收缩期缩短速度的组织多普勒成像（TDI）。
将独立数据与Spike-In Silac（DIA-SIS）结合起来改善蛋白质组覆盖范围和定量
与数据无关的采集（DIA）越来越优于数据依赖性的获取，因为其吞吐量较高，缺失值较少。尽管数据依赖性采集通常使用稳定的同位素来改善量化，但DIA主要依赖于无标签的方法。将DIA与同位素标记整合的努力包括化学方法，例如用于相对和绝对定量和二甲基标记的质量差异标签，虽然有效地使样品制备复杂化。通过氨基酸在细胞培养物（SILAC）中通过氨基酸标记稳定的同位素标记，通过将重标记纳入体内蛋白质的代谢掺入中，实现了高标记的效率。但是，对代谢掺入的需求限制了在临床方案和某些高通量实验中的直接使用。Spike-In Silac（SIS）方法使用外部生成的重样品作为内部参考，即使对于无法直接标记的样品，也可以基于SILAC的定量。在这里，我们结合了DIA-SIS，利用SILAC的稳健定量，而没有与化学标记相关的复杂性。我们开发了DIA-SIS，并严格评估了其性能，并在散装和单细胞样水平上的混合物种基准样品进行了评估。我们证明，与无标签方法相比，DIA-SIS显着改善了蛋白质组的覆盖范围和定量，并减少了错误量化的蛋白质。此外，DIA-SIS被证明可有效分析低输入福尔马林固定的paraffiffinembedded组织切片中的蛋白质。dia-sis结合了稳定的基于同位素的量化的精度和无标签样品制备的简单性，促进了简单，准确且全面的蛋白质。
肝炎病毒感染后猪肝蛋白质组的无标记定量分析
摘要：乙型肝炎代表了由乙型肝炎病毒（HEV）引起的一种新兴的人畜共患病，为此，主要的传播途径是食源性的。尤其是，人类感染与消耗被污染的猪起源未污染的未污染的肉有关。这项研究的目的是应用比较蛋白质组学来确定是否可以使用猪肝蛋白谱来区分HEV的猪血清阳性和血清凝性。初步地，使用ELISA评估136只动物的血清中抗HEV抗体的存在。在分析的样品中，估计的血清阳性为72.8％，也可以鉴定出10只动物，5个阳性和5个阴性，来自同一农场。此条件为均质动物之间的定量蛋白质组学比较创造了基础，在该动物中，只有与HEV的接触应代表区分因子。对所有肝脏渗出液样品中蛋白质组的分析导致两个实验组之间差异表达的554个蛋白质的鉴定，其中293个蛋白质在阳性样品中具有更大的丰度，而在阴性泄漏中则更多。途径富集分析使我们能够强调HEV与宿主生物系统之间相互作用在诱导69个途径的潜在富集中的影响。其中，碳代谢在41种蛋白质的参与中脱颖而出，这些蛋白质经过相互作用分析。这种方法使我们能够将注意力集中在参与糖酵解的三种酶上：6-磷酸葡萄糖异构酶（GPI），3-磷酸3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）和果糖糖 - 双磷酸醛糖酶A（Aldoa）。因此，HEV感染似乎引起了该过程的加强，这涉及葡萄糖的分解，以获得对病毒生存有用的能量和碳残基。总而言之，通过与HEV的相互作用，无标签的LC-MS/MS方法在突出猪肝蛋白质组引起的主要差异方面显示出有效性，从而在识别宿主代谢上的病毒特征方面提供了重要信息。
TN002780：在Orbitrap星体质谱仪上的单细胞样品的更深的蛋白质组覆盖率和更快的吞吐量
通用实验室设备 - 不用于诊断程序。©2024 Thermo Fisher Scientific Inc.保留所有权利。除非另有说明，否则所有商标都是Thermo Fisher Scientific及其子公司的财产。Cellenone是细胞烯的商标。Spectronaut，Directdia和Spectronaut Pulsar是Biognosys AG的商标。Chimerys是MSAID GmbH的商标。Uniprot是欧洲分子生物学实验室的商标。此信息作为Thermo Fisher Scientific Products的功能的一个例子。无意以任何可能侵犯他人知识产权的方式来鼓励使用这些产品。规格，条款和定价可能会发生变化。并非所有产品都在所有国家 /地区提供。请咨询您的当地销售代表以获取详细信息。TN002780-EN 0324S
探索血浆蛋白质组的研究论文：识别连接衰老，稳态和器官功能的枢纽蛋白
1。北京第七医学中心临床实验室，北京100700，P.R。中国。 2。 北京IPE临床实验室公司研究与发展部，北京100176，P.R。 中国。 3。 生物化学和分子生物学系，神经和血管生物学的主要实验室，中国教育部，河比医科大学，赫吉亚岛，赫比050017，p.r. 中国。 4。 呼吸科，北京儿童医院，首都医科大学，国家国家临床研究中心，国家儿童健康中心，北京100045，P.R。 中国。 5。 北京医院，北京医院100730，P.R。 中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。2。北京IPE临床实验室公司研究与发展部，北京100176，P.R。中国。 3。 生物化学和分子生物学系，神经和血管生物学的主要实验室，中国教育部，河比医科大学，赫吉亚岛，赫比050017，p.r.中国。3。生物化学和分子生物学系，神经和血管生物学的主要实验室，中国教育部，河比医科大学，赫吉亚岛，赫比050017，p.r.中国。 4。 呼吸科，北京儿童医院，首都医科大学，国家国家临床研究中心，国家儿童健康中心，北京100045，P.R。 中国。 5。 北京医院，北京医院100730，P.R。 中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。4。呼吸科，北京儿童医院，首都医科大学，国家国家临床研究中心，国家儿童健康中心，北京100045，P.R。中国。 5。 北京医院，北京医院100730，P.R。 中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。5。北京医院，北京医院100730，P.R。中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。6。北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R.中国。中国。
一锅法时间诱导蛋白质组整体溶解度改变 (OPTI-PISA) 检测法可实现自动化和灵敏的药物靶标识别
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 8 月 13 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.08.13.607299 doi：bioRxiv 预印本
通过反相蛋白阵列 (RPPA) 分析肺腺癌的代谢蛋白质组，强调线粒体是治疗目标
尽管针对致癌驱动因素和免疫检查点抑制剂的疗法取得了成功，但肺癌仍然是全球癌症相关死亡的主要原因。尽管代谢酶为治疗提供了额外的靶点，但肺腺癌的精确代谢蛋白质组尚不清楚，阻碍了其临床转化。在此，我们使用反相蛋白阵列量化 128 个肿瘤和配对的肺腺癌非肿瘤邻近组织中糖酵解酶、丙酮酸氧化、脂肪酸代谢、氧化磷酸化、抗氧化反应和蛋白质氧化损伤的变化，以分析代谢蛋白质组。脂肪酸氧化、氧化磷酸化和抗氧化反应的线粒体蛋白的稳态水平是肺腺癌患者生存和/或疾病复发的独立预测因子。接下来，我们讨论了 ATPase 抑制因子 1（氧化磷酸化的生理抑制剂，是疾病复发的独立预测因子）的过度表达预防转移性疾病的机制。我们强调，IF1 过度表达会促进肺腺癌细胞更脆弱、侵袭性更低的表型。最后，作为概念验证，我们在患有肺腺癌的小鼠中研究了针对脂肪酸同化或氧化与氧化磷酸化抑制剂联合治疗的治疗潜力。结果表明，与顺铂治疗相比，这种治疗方法显著延长了小鼠的寿命，并为小鼠提供了更好的福利，支持将线粒体活动作为肺腺癌患者治疗的目标。
无标签的定量热蛋白质组谱分析揭示了目标转录因子，其活动由MC3R信号调节
摘要：使用离子动力增强的LC-MS提供无标记定量的热蛋白质组分析，提供了多功能数据集，提供有关蛋白质差异表达，热稳定性和转录因子活性的信息。我们开发了一种多维数据分析工作流程，用于无标记的定量热蛋白质组分析（TPP）实验，该实验结合了基因集富集分析的各个方面，差异蛋白蛋白表达分析以及从LC- MS数据中推断转录因子活性的推断。我们将其应用于黑色素质素3受体（MC3R）激活的信号传导过程，这些激动剂源自促蛋白酶素皮质素激素：ACTH，α -MSH和γ -MSH。获得的信息用于绘制MC3R下游的信号通路，并推断出负责配体治疗的细胞反应的转录因子。使用我们的工作流程，我们确定了差异表达的蛋白质并研究了它们的热稳定性。我们在总共298个蛋白质中发现了由MC3R激活导致的热稳定性改变的蛋白质。在这些中，几种蛋白质是转录因子，表明它们是参与MC3R信号级联的下游目标调节剂。我们发现转录因子CCAR2，DDX21，HMGB2，SRSF7和TET2的热稳定性改变了。MC3R信号级联中的这些明显的目标转录因子在免疫反应中起着重要作用。此外，我们推断了数据集中确定的转录因子的活动。这种综合方法生成复杂这是使用贝叶斯统计数据使用我们使用无标签定量LC-MS获得的差异表达数据完成的。通过我们观察到的磷酸化肽丰度，在我们的生物学管道中验证了推断的转录因子活性，这突出了转录因子调节中翻译后修饰的重要性。我们的多维数据分析工作流程允许对MC3R激活下游的信号过程进行全面表征。它提供了有关蛋白质差异表达，热稳定性和关键转录因子活性的见解。本研究中生成的所有蛋白质组学数据均可在DOI上公开获取：10.6019/pxd039945。■引入蛋白质 - 配体相互作用在几乎所有生物过程中都起着至关重要的作用，这使得他们的研究对于不足的细胞功能和发展疗法至关重要。已经开发了许多方法来表征这些相互作用，通常集中于配体亲和力。然而，随访蛋白 - 配体相互作用与其下游效应（包括跨文字组，蛋白质组学和翻译后修饰（PTM）变化）非常重要。热蛋白质组分析（TPP）已成为一种有价值的技术，可以深入了解蛋白质功能，蛋白质 - 蛋白质相互作用，甚至预测与生理相关环境中的不良药物影响。1，2 TPP基于蛋白质 - 配体相互作用的内在特性，例如，当配体结合稳定蛋白质结构并因此增加了其熔化温度时。1，2详细使用，TPP采用了多步方法，包括配体处理，加热，提取，纯化，消化和LC -MS分析。