蛋白质组是在特定时间由基因组,细胞,组织或生物体表达的完整蛋白质集。复杂性来自几个关键因素,包括:大量不同的蛋白质,给定蛋白质的潜在蛋白质成型数量以及生理相关蛋白质浓度的广泛动态范围。此外,蛋白质组处于恒定状态,并且可以随着时间的推移明显变化。在蛋白质组学中,这种变化用于将特定蛋白质与其功能和健康或疾病状态相关联。反过来,这些知识被利用用于诊断疾病和开发新药物靶标。
抽象的质谱法(MS)的最新进展使定量蛋白质组学成为药物发现领域的强大工具,尤其是当应用于蛋白质组广泛的目标参与研究时。类似于温度梯度,增加有机溶剂浓度会刺激细胞蛋白质组的展开和沉淀。该特性可能受到与配体和其他分子的物理关联的影响,使单个蛋白质或多或少容易受到溶剂诱导的变性的影响。在此,我们通过将溶剂诱导的降水原理(Zhang等,2020)与现代定量蛋白质组学相结合,报告了全蛋白质组溶剂转移测定的开发。使用这种方法,我们开发了溶剂蛋白质组分析(SPP),该蛋白蛋白谱分析能够通过SPP变性曲线的分析来建立目标参与。我们很容易地确定了具有已知作用机理的化合物的特定靶标。作为进一步的效率提升,我们应用了曲线分析下的面积概念来开发溶剂组蛋白质组的积分溶解度改变(溶剂-PISA),并证明该方法可以作为SPP的可靠替代物。我们提出,通过将SPP与替代方法(例如热蛋白质组分析)结合在一起,可以增加通过任何一种方法来实现的高质量熔融曲线的绝对数量,从而增加可以筛选的蛋白质组的比例,从而增加以获得配体结合的证据。
热蛋白质组分析 (TPP) 和蛋白质组整体溶解度变化 (PISA) 等高通量技术的进步彻底改变了我们对药物-蛋白质相互作用的理解。尽管有这些创新,但缺乏用于对稳定性和溶解度变化数据进行交叉研究分析的综合平台,这是一个重大瓶颈。为了解决这一差距,我们推出了 DORSSAA(基于稳定性/溶解度变化分析的药物靶标相互作用组学资源),这是一个基于网络的交互式平台,用于系统分析和可视化蛋白质组稳定性和溶解度变化分析数据集。DORSSAA 拥有 480,456 条记录,涵盖 37 种细胞系和生物体、39 种化合物和 40,004 个潜在蛋白质靶标。通过其用户友好的界面,该资源支持比较药物-蛋白质相互作用分析并促进可操作治疗靶标的发现。我们通过白血病细胞系联合治疗中 DHFR-甲氨蝶呤相互作用和药物-靶标相互作用的两个案例研究,证明了 DORSSAA 在跨实验条件识别蛋白质-药物相互作用方面的实用性。该资源使研究人员能够加速药物发现并增强我们对蛋白质行为的理解。
热蛋白质组分析 (TPP) 和高通量蛋白质组整体溶解度变化 (PISA) 检测等高通量技术的进步彻底改变了我们对药物-蛋白质相互作用的理解。尽管有这些创新,但缺乏用于对稳定性和溶解度变化数据进行交叉研究分析的综合平台,这是一个重大瓶颈。为了解决这一差距,我们推出了 DORSSAA(基于稳定性/溶解度变化检测的药物-靶标相互作用组学资源),这是一个交互式且可扩展的基于网络的平台,用于系统分析和可视化蛋白质组稳定性和溶解度变化检测数据集。目前,DORSSAA 拥有 480,456 条记录,涵盖 37 种细胞系和生物体、39 种化合物和 40,004 个潜在蛋白质靶标。通过其用户友好的界面,该资源支持比较药物-蛋白质相互作用分析并促进可操作治疗靶标的发现。我们利用白血病细胞系联合治疗中 DHFR-甲氨蝶呤相互作用和药物-靶标相互作用的两个案例研究,证明了 DORSSAA 在跨实验条件识别蛋白质-药物相互作用方面的实用性。该资源使研究人员能够加速药物发现并增强我们对蛋白质行为的理解。
蛋白质组是在特定时间由基因组,细胞,组织或生物体表达的完整蛋白质集。复杂性来自几个关键因素,包括:大量不同的蛋白质,给定蛋白质的潜在蛋白质成型数量以及生理相关蛋白质浓度的广泛动态范围。此外,蛋白质组处于恒定状态,并且可以随着时间的推移明显变化。在蛋白质组学中,这种变化用于将特定蛋白质与其功能和健康或疾病状态相关联。反过来,这些知识被利用用于诊断疾病和开发新药物靶标。
摘要:高温应力导致植物功能的复杂变化,这会影响I.A.,细胞壁结构和细胞壁蛋白组成。在这项研究中,响应高(40°C)温度应力的木拟 - 叶丁叶叶叶的细胞壁蛋白质组的定性和定量变化被表征。使用蛋白质组学分析,发现了1533个非冗余蛋白,从中区分了338个细胞壁蛋白。在高温下,我们确定了46种差异丰富的蛋白质,其中4个被过度累积,42个被低估了。在作用在细胞壁多糖上的蛋白质中观察到最显着的变化,特别是2种过度和12种含量低的蛋白质。基于定性分析,确定了一个细胞壁蛋白,该蛋白在40°C下唯一存在,但在对照中不存在,在对照中存在24个蛋白,但在40°C下不存在。总体而言,在40°C下细胞壁蛋白质组的变化表明蛋白酶活性较低,木质化和细胞壁扩张。这些结果提供了对高温响应细胞壁蛋白质组变化的新见解。
抽象蛋白质组学是一个科学领域,致力于研究蛋白质结构功能和生物体中的相互作用。审查论文探讨了蛋白质组学及其在各个研究领域的各种应用方面。评论阐明了蛋白质组在生物体中的关键作用,受其生理状况和周围环境等因素的影响。营养蛋白质组学(称为神经蛋白质组学)采用蛋白质组学方法来研究食物中发现的蛋白质与生物活性成分之间的相互作用。营养蛋白质组学和营养学,可以全面研究营养素和蛋白质如何相互作用和影响人类蛋白质组和基因组。评论强调了探索与疾病相关的蛋白质组改变,并强调了营养蛋白质组学在疾病治疗中的作用。它突出了蛋白质组学在鉴定疾病的生物标志物以及与各种疾病有关的复杂蛋白质水平变化(例如传染病,癌症,心血管疾病和神经退行性疾病)相关的潜力。还讨论了药物发现蛋白质组学技术之间的联系。审查进一步强调了不同的“幻象”学科的整合如何提供对复杂生物系统的整体理解。最终,审查结束了,强调蛋白质组学技术在进行研究和医疗保健方面的有前途的作用。
心肌细胞和成纤维细胞蛋白质组景观的抽象病理重编程驱动心脏纤维化的起始和进展。尽管功能障碍性心肌细胞的分泌成为病理成纤维细胞重编程的重要驱动力,但我们对下游分子娱乐体的理解仍然有限。在这里,我们表明心脏成纤维细胞激活(αSMA +)和由TGFβ刺激的心肌细胞的分泌介导的氧化应激与其蛋白质组和磷酸蛋白酶景观的深刻重新编码有关。在成纤维细胞全局蛋白质组中,蛋白质的失调引起的失调与细胞外基质,蛋白质定位/代谢,KEAP1-NFE2L2途径,溶酶体,碳水化合物,碳水化合物的代谢和转录调节。激酶底物富集分析磷酸肽在此重塑过程中激酶(CK2,CDK2,PKC,GSK3B)的潜在作用。 我们验证了酪蛋白激酶2(CK2)在分泌理论治疗的成纤维细胞中的上调活性,药理学CK2抑制剂TBB(4,5,6,7-四氢苯甲酰苯二唑)显着消除了纤维细胞激活和氧化应激。 我们的数据提供了对心肌细胞对心脏成纤维细胞串扰的分子见解,以及CK2在调节心脏成纤维细胞激活和氧化应激中的潜在作用。激酶底物富集分析磷酸肽在此重塑过程中激酶(CK2,CDK2,PKC,GSK3B)的潜在作用。我们验证了酪蛋白激酶2(CK2)在分泌理论治疗的成纤维细胞中的上调活性,药理学CK2抑制剂TBB(4,5,6,7-四氢苯甲酰苯二唑)显着消除了纤维细胞激活和氧化应激。我们的数据提供了对心肌细胞对心脏成纤维细胞串扰的分子见解,以及CK2在调节心脏成纤维细胞激活和氧化应激中的潜在作用。
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