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蛋白质组学练习
使用Proteome Central上的链接转到此数据的Pride条目（https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/archive/project/projects/pxd043985）。阅读提交的详细信息，以查看您期望看到的样本。有一个查看，看看数据最初是如何处理和分析的。使用哪个程序进行搜索？查看可下载的文件列表。您可以识别原始原始数据和量化结果吗？有多少个样本，您可以将它们与顶部文本中描述的那些匹配？在这项研究中，有一个“实验Designtemplate.txt”文件，这不是必需的文件。可以查看此文件的内容，以查看是否有助于解释哪个文件是哪个文件。如果您想要有关研究的更多详细信息，那么您可以找到描述这项研究的论文。
多组学整合用于新型疗法设计和新型生物标志物的识别
摘要：多组学是一种前沿方法，它结合了来自不同生物分子水平的数据，例如 DNA、RNA、蛋白质、代谢物和表观遗传标记，以获得对生命系统如何工作和相互作用的整体看法。多组学已用于生物医学研究中的各种目的，例如识别新疾病、发现新药物、个性化治疗和优化疗法。本综述总结了多组学在设计人类疾病新疗法方面的最新进展和挑战，重点介绍了如何整合和分析多种蛋白质组数据以及如何使用多蛋白质组学数据识别新药物靶点的示例。我们还讨论了多组学通过解密蛋白质组的复杂性来开发创新有效疗法的未来方向和机遇。
打破 TPD 药物发现的障碍 Jutta Fritz 博士...
实验。我们通常在一次实验中定量多达 11,000 种蛋白质，这使我们能够全面评估降解剂的功效、评估脱靶效应并确定降解剂的潜在新靶蛋白。在这方面，我们的深度蛋白质组覆盖与可靠的蛋白质定量相结合，对于识别可能对药物发现具有重要意义的低丰度蛋白质（例如转录因子）至关重要。还可以分析降解剂在不同时间点或浓度对整个蛋白质组的影响，以确定其作用的速度和强度以及何时可能发生次级效应。凭借我们的高通量能力，我们可以筛选数千种化合物的降解剂库（有关深度蛋白质组筛选数据的呈现方式的示例，请参见图 1）。
胰岛素抵抗和2型糖尿病的个性化分子特征
图1。人类骨骼肌的蛋白质组和磷蛋白组是全身胰岛素敏感性的关键决定因素。研究设计示意图：我们招募了77个患有正常葡萄糖耐受性（NGT）（n = 43; 21雄性和22位女性）或2型糖尿病（T2D）（n = 34; 21雄性和13雌性和13个雌性）的个体，并收集了胰岛素前的30分钟。还招募了46个NGT（n = 12; 7名男性和5位女性）或T2D（n = 34; 21雄性和13个女性）的验证队列（a）。在夹具的稳态周期内的葡萄糖灌注速率的箱形图，其中水平线表示中位数（b）。排名的条图显示了所有个体的胰岛素灵敏度异质性（C）。可再现和高通量（Phospho）蛋白质组学在翠鸟机器人和Evoseop-timstofpro液相色谱量表质谱法设置上的蛋白质组学工作流程。样品以DIA-PASEF模式测量，并在Spectronaut软件（D）中进行量化。在至少5个样品中定量的蛋白质，磷酸蛋白，肽和位点的数量。丝氨酸，苏氨酸和酪氨酸残基上的位点磷酸化分布（E）。对蛋白质组（基线，禁食条件）和磷酸蛋白质组（基线和胰岛素）（F）的所有个体的变异系数计算的受试者间变异。蛋白质组（蓝色）和磷酸蛋白质组（基线=红色，胰岛素=紫色）与血糖临床指标的关联。Venn图描绘了M-Value与HOMA1-IR（G）之间关联的重叠。gir =葡萄糖输注率。T2D = 2型糖尿病。主成分分析M值对蛋白质组和磷酸蛋白质组有色。热图展示了Z尺寸的PC负载贡献跨性别，性别和夹具（H-I）。胰岛素灵敏度关联是基于Kendall与Benjamini-Hochberg校正的P值<0.05被认为是显着的。ngt =正常的葡萄糖耐受性。p <0.001 = ***。图1中显示的所有数据均来自发现队列。
工具睫状刺猬响应的时间分辨蛋白质组学分析
主要纤毛是一个信号室，通过其蛋白质，脂质和第二信使组成的变化来解释刺猬信号。在这里，我们将纤毛的接近标记与定量的质谱法结合了响应于刺猬的纤毛蛋白质组的时间依赖性变化。这种方法正确地识别了已知经历刺猬调节的睫状重新分布的三个因素，并揭示了两种此类额外的蛋白质。首先，我们发现cAMP依赖性蛋白激酶（PKA）的调节亚基迅速退出纤毛，以及G蛋白 - 耦合受体GPR161响应HEDGEHOG，我们建议GPR161/PKA模块的感觉和camp Signals Camp Signals Signals Signals CILAIRY PKA。第二，我们将磷酸酶圣丁素识别为细胞类型 - 刺猬信号的特定调节剂，该刺猬信号传导在途径激活时进入原发性纤毛。定量睫状蛋白质组谱分析的广泛适用性有望快速表征纤毛病及其潜在信号故障。
工具包用于支持针对目标的药物发现恶性疟原虫赖氨酸TRNA合成酶
摘要：迫切需要新药物来预防和治疗疟疾。大多数抗疟药发现依赖于表型筛查。但是，随着改进的目标验证策略的发展，现在正在利用以目标为中心的方法。在这里，我们描述了工具包的开发，以支持有希望的靶靶标，赖氨酸TRNA合成酶（PF KRS）的治疗性开发。该工具包包括抗性突变体，以探测抗性机制和针对特定化学型的靶向参与；一种能够产生适合配体浸泡的晶体的杂种KRS蛋白，从而提供高分辨率的结构信息以指导化合物优化；化学探针促进旨在揭示各种特定相互作用蛋白质和热蛋白质组谱分析（TPP）（TPP）的下拉研究；以及简化的等温TPP方法，可在生物学相关的环境中无公正地确认靶向靶向。这种工具和方法的组合充当开发未来目标软件包的模板。关键字：疟原虫，赖氨酸TRNA合成酶，热蛋白质组分析（TPP），等温TPP，化学下拉，抗疟药
磷酸化蛋白质组学分析揭示了人类骨髓衍生的基质干细胞的成骨细胞谱系的定义遗传程序
骨髓 - 衍生的间充质干细胞（MSC）在其小众中存在的信号刺激后分化为成骨细胞。由于与MSC的成骨细胞（OB）分化相关的全局信号传导级联反应没有很好地定义，因此我们使用定量质谱法来描述人类MSC蛋白质组和磷酸化型的变化。6252蛋白和15,059个磷光位点的时间曲线表明至少两个不同的信号传导波：刺激后30至60分钟内的一个峰值在30至60分钟内峰值，在24小时后进行了第二次升高。除了在早期MSC分化过程中提供蛋白质组和磷酸蛋白质组动力学的全面视图外，我们的分析还确定了丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶D1（PRKD1）在OBS中的关键作用。在OB分化开始时，PRKD1通过触发组蛋白脱乙酰基酶HDAC7的磷酸化和核排除来启动促稳态转录因子Runx2的激活。
出色的质谱仪
恒星质谱仪用于发现和靶向定量分析，对从供体池中提取的消化细胞外囊泡（EV）进行了神经退行性下降。为了创建目标库，将500 ng的EV消化物加载到列上，并使用LC-DIA MS使用100个顺序2季度的DIA DIA扫描事件进行分析。在400–1,200个DA前体M/z范围内进行了四次重复注射。使用Thermo Scientific™Proteome Discoverer™软件处理所得的DIA数据。使用Thermo Scientific™PRM导体工具将搜索结果上传到天际线中，以进行过滤和靶向MS2（TMS2）方法，该方法根据用户定义的LC和MS标准将11,092个确定的肽过滤为最终的8,686。重复以确定TMS2方法的可重复性。样品由华盛顿大学迈克尔·J·麦科斯教授提供。
