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自噬激活可以部分挽救蛋白酶体功能障碍介导的心脏毒性
图 1 心脏靶向（Gal4 Τ inC Δ 4 ）蛋白酶体 Pros β 5 基因的 KD 导致蛋白质组不稳定和线粒体数量减少。 (a) Pros β 5 siRNA 后心脏组织中 Pros β 5 基因的相对表达（与对照相比）。 (b, c) Pros β 5 RNAi（与对照相比）果蝇心脏组织中相对 (%) 26S 蛋白酶体活性 (b) 和 ROS 水平 (c)。 (d) Pros β 5 KD 后果蝇心脏组织中蛋白质组泛素化 (Ub) 和羰基化 (DNP) 的免疫印迹分析。 (e) CLSM 观察用 LysoTracker 染色的 Pros β 5 RNAi（与对照相比）果蝇心管（e1）、LysoTracker 定量（e2）和使用溶酶体标记物抗 Lamp1（e3）进行免疫印迹分析。(f) 所示基因型果蝇心脏组织中蛋白酶活性的相对（％）。(g) blw/ATP5A 免疫荧光染色后，CLSM 可视化所示果蝇品系心脏组织中的线粒体；细胞核用 DAPI 复染。(h) Pros β 5 KD 后，所示基因型分离心脏组织中所示线粒体基因的相对表达水平（与对照相比）。在 (a, h) 中，基因表达与相应对照作图；使用 RpL32/rp49 基因作为 RNA 输入参考。 （d）和（e3）中的 Gapdh 和 Actin 探测分别用作蛋白质输入参考。p 值采用非配对 t 检验计算。条形图，± SD（n ≥ 3）；* p < 0.05；** p < 0.01
大型数据库的跨膜β桶的一般特征
大数据集为典范以前研究的主题提供了新的见解。我们使用共同进化数据创建了跨膜β桶（TMBB）的大型高质量数据库。通过在生成的进化接触图上应用简单的特征检测，我们的方法（Isitabarrel）在区分蛋白质类别时可以达到95.88％的平衡精度。此外，与Isitabarrel的比较表明，在先前的TMBB算法中，假阳性率很高。除了比以前的数据集更准确之外，我们的数据库（在线可用）还包含来自38个门的1,938,936个细菌TMBB蛋白，比以前的Sets TMBB-DB和OMPDB大17和2.2倍。我们预计，由于其质量和大小，该数据库将作为需要高质量TMBB序列数据的有用资源。我们发现TMBB可以分为11种类型，其中三种尚未报告。我们发现，含TMBB的生物的蛋白质组百分比的巨大差异，其中一些使用其蛋白质组的6.79％用于TMBB，而另一些则使用其蛋白质组的0.27％。TMBBS长度的分布暗示了先前假设的重复事件。此外，我们发现C末端β-信号在不同类别的细菌之间会有所不同，尽管最常见的是LGLGYRF。但是，该β-信号仅是原型TMBB的特征。九种非原型枪管类型具有其他C末端基序，并且这些替代基序是否有助于TMBB插入或执行任何其他信号传导函数，尚待确定。
Bernhard Nocht 热带医学研究所的战略
在热带病原体的基础研究中，BNITM 采取了整体研究方法。重点是病原体本身及其与宿主生物在原子、分子、细胞和系统层面的相互作用。快速发展的生物化学和生物信息学方法开辟了新的有希望的途径。现在可以同时研究多种单个元素（基因组、转录组、蛋白质组、代谢组分析），包括它们的计算合并和调制（系统生物学），以及实验测试（例如通过改变病原体基因组）。感染过程可以完整阐明，从而涵盖从微小分子结构研究到创新临床研究的整个范围。
猪肉芽生菌在体外分泌的细胞外囊泡的隔离和表征
摘要：细胞外囊泡的分泌，EVS，是原核生物和真核细胞的常见过程，用于细胞间交流，生存和发病机理。先前的研究表明，来自细菌纯培养物的上清液中的EV存在，包括革兰氏阳性和革兰氏阴性的聚糖降解肠道分子。但是，复杂微生物群落分泌的电动汽车的隔离和表征尚未清楚地报告。在最近的一篇论文中，我们表明，木材衍生的复杂β -mannan与常规饮食纤维具有结构性相似，可用于调节猪肠道肠道菌群的组成和活性。在本文中，我们研究了24小时在复合β -Mannan富集后，猪粪便菌群分泌的EV的产生，大小，组成和蛋白质组。使用透射电子显微镜和纳米颗粒跟踪分析，我们以165 nm的平均大小识别电动汽车。我们利用猪蛋白的基于质谱的元蛋白质蛋白基于猪蛋白的数据库，并从猪群中鉴定出355个元基因组组装的基因组（MAG），从而鉴定出303蛋白。对于从β -mannan生长的培养物中分离出来的EV，大多数蛋白质映射到两个MAGS MAG53和MAG272，分别属于梭菌和细菌。此外，具有第三次蛋白质的MAG为MAG 343，属于肠杆菌阶。在β -Mannan EV蛋白质组中检测到的最丰富的蛋白质参与了翻译，能量产生，氨基酸和碳水化合物转运以及代谢。总体而言，这项概念验证研究表明，从复杂的微生物群落中释放出的电动汽车的成功隔离。此外，电动汽车的蛋白质含量反映了特定微生物对可用碳水化合物源的响应。
分子适应盐分子盐对盐盐盐水夹杂物
嗜卤代微生物长期以来一直在盐晶体的盐水内包含中生存，这证明了含有色素的卤素的盐晶体的变化。然而，允许这种生存的分子机制数十年来一直是一个空旷的问题。虽然halite（NACL）表面灭菌的方案已使细胞和DNA从卤石内盐水内包含内部分离出来，但基于“ - 组”的方法面临着两个主要技术挑战：（1）在所有污染有机生物元素（包括蛋白质）中取出所有污染物（包括蛋白质），并在卤代含有卤化物表面中脱离了（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性的（2），并（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性的（2）表现性。足够的速度以避免提取过程中基因表达的修饰。在这项研究中，我们测试了解决这两个技术挑战的不同方法。随后，我们将优化的方法应用于对模型卤素模型的早期适应（盐酸盐NRC-1）的早期适应来进行盐酸盐水夹杂物。蒸发后两个月对大杆菌细胞的蛋白质组进行检查显示，与固定相液体培养物相似，但核糖体蛋白的下调急剧下调。虽然中央代谢的蛋白质是液体培养物和盐酸盐夹杂物之间共有蛋白质组的一部分，但在卤石样品中，参与细胞迁移率（古细胞，气囊泡）的蛋白质不存在或较少。此处提出的方法和假设使未来对培养模型和天然halite系统中Halophiles生存的研究。蛋白质在盐水内含物中独有的蛋白质包括转运蛋白，表明细胞与周围的盐水包容微环境之间的改进相互作用。
Pathformer：使用多摩学数据
1 MOE生物信息学的主要实验室，合成与系统生物学中心，北京北京大学生命科学学院，生命科学学院，中国100084，2，北京大学研究所，北京大学，北京大学，北京大学，北京100084，100084 Research Center for Dermatologic and Immunologic Diseases (NCRC-DID), MST State Key Laboratory of Complex Severe and Rare Diseases, MOE Key Laboratory of Rheumatology and Clinical Immunology, Beijing 100730, China 4 State Key Laboratory of Medical Proteomics, Beijing Proteome Research Center, National Center for Protein Sciences (Beijing), Beijing Institute of Lifeomics, Beijing 102206,中国相应的作者。MoE生物信息学关键实验室，合成与系统生物学中心，北京100084，北京大学生命科学学院，生命科学学院。电子邮件：zhilu@tsinghua.edu.cn（z.j.l.）;北京蛋白质科学中心（北京）北京蛋白质组研究中心北京蛋白质组研究中心的国家主要实验室，北京生命学研究所，生命科学园，居民科学园，北京102206，中国。电子邮件：zhuyunping@ncpsb.org.cn（y。Z.）;北京联合医学院医学院的风湿病学和临床免疫学系，北京联合医学院，国家皮肤病学和免疫学疾病临床研究中心（NCRC-DID），MST国家主要的严重和稀有疾病的主要国家主要实验室，莫伊，莫伊，临床免疫学关键实验室。†¼等于贡献。电子邮件：编辑助理：Jonathan Wren
人类代谢组学
收到：29-01-2025 /接受了修订：02-02-2025 /发布：07-02-2025摘要：代谢组学是对涉及代谢物，小分子底物，中间体和细胞代谢产物的化学过程的科学研究。具体而言，代谢组学是“对特定细胞过程所留下的独特化学指纹的系统研究”，对它们的小分子代谢物概况的研究。代谢组代表了在生物细胞，组织，组织或生物体中的最终产物，是蜂窝化过程的最终产物，是基因rna（mmess rna）（MRNA）（MRNA），MRNA，MRNA，MRNA，MRNA（MRNA），代表了完整的代谢物。在细胞中产生的一组基因产物，代表细胞功能的一个方面。Conversely, metabolic profiling can give an instantaneous snapshot of the physiology of that cell,and thus, metabolomics provides a direct "functional readout of the physiological state" of an organism.There are indeed quantifiable correlations between the metabolome and the other cellular ensembles (genome, transcriptome, proteome, and lipidome), which can be used to predict metabolite abundances in biological来自mRNA丰度的样本。系统生物学的最终挑战之一是将代谢组学与所有其他 - 组信息整合在一起，以更好地了解细胞生物学。生物学的中心原理显示了从DNA到表型的信息流。与每个阶段相关的是相应的系统生物学工具，从基因组学到代谢组学。[图1]
下一代正向遗传筛选：单细胞分析将高通量扰动统一
可编程基因组工程技术，例如CRISPR（群集的阶层间隔短的短质体重复序列）核酸酶和大量平行的CRISPR筛选，这些筛选利用了这种可编程性，已经改变了生物科学。这些筛选将基因和非编码基因组元素连接到与疾病相关的表型，但直到最近才限于单个表型，例如生长或基因表达的流通记者。通过将大规模平行筛选与单细胞类型/状态的高维度配对，我们现在可以测量单个遗传扰动或扰动的组合如何影响细胞转录组，蛋白质组和表观基因组。我们审查了CRISPR屏幕与单细胞多组合和使用深层多模式表型扩展的汇总屏幕提供的独特机会。
采用减法蛋白质组学方法鉴定针对寄生虫的可能药物靶点
简介：寄生虫病影响人类，一直是发病和死亡的主要原因，尤其是在热带和亚热带国家。随着许多疾病出现多重耐药形式，制定新策略以确定替代药物靶点变得越来越重要。一种用于分析病原体蛋白质序列的策略是减法蛋白质组学方法 (SPA)，它可以为药物靶点识别提供有用的见解和标记。在此数据集中，宿主和病原体蛋白质组被减去并进行分析，从而提供有关一组可能对病原体至关重要但宿主中不存在的蛋白质的信息。减法蛋白质组学方法 (SPA) 是最有效的方法之一，其中包括使用各种精确的软件数据库。
Chem Soc Rev -Macmillan Group-普林斯顿大学
蛋白质以及RNA和DNA包括生物体中三种基本生物分子的类别之一。由于可能进行转录后和翻译后多元化的潜力，因此细胞蛋白质组被认为是巨大的，因此每个蛋白质成型机构保持独特的结构和功能。1这种广泛的生物分子的调色板几乎在每个细胞过程中都起作用，从而在基因和表型之间提供了至关重要的联系。通过构成其相互作用组的一组蛋白质（称为蛋白质 - 蛋白质相互作用）之间的相互作用，这种巨大的多样性进一步增加了。2具体，这些蛋白质的空间定位称为其微环境（图1）。在离散的细胞微环境中，PPI在调节细胞功能和生长中起着至关重要的作用。3这些