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血浆蛋白质组学识别缺血性心脏病的药物靶标
angptl1¼血管生成素相关蛋白1; Asgr1¼Asialogoprotoin受体1; CC4D¼心脏图ÞC4D; CCL17¼C-C基序趋化因子17; ckb¼中国kadoorie生物库； EFNA1 ephrin-a1; F2R¼蛋白酶激活的受体1; Furin¼Furin; ID¼标识； IHD¼缺血性心脏病； MAF¼小等位基因频率； mmp3¼基质金属蛋白酶-3; OBP2B¼气味结合蛋白2b; PGF¼胎盘生长因子； reg1b¼岩性磷酸1-β;排序1¼Sortilin; tchem¼t化学; tclin¼t-t-linical; TFPI¼组织因子途径抑制剂； tnc¼tenascin; UKB¼UKBIOBACE。
diaPASEF 蛋白质组学证实 Caspase-9 是成骨细胞迁移的正调节剂
摘要：传统上，Caspase-9 被认为是内在凋亡途径的启动蛋白酶。然而，在过去十年中，除了启动/执行细胞死亡之外，还描述了其他功能，包括细胞类型依赖性的增殖、分化/成熟、线粒体和内体/溶酶体稳态调节。由于先前的研究揭示了 caspase 在成骨和骨稳态中的非凋亡功能，因此进行了这项研究以识别小鼠 MC3T3-E1 成骨细胞中 caspase-9 敲除导致失调的蛋白质和途径。使用数据独立采集 - 并行累积连续碎片 (diaPASEF) 蛋白质组学来比较对照和 caspase-9 敲除细胞的蛋白质谱。总共量化了 7669 个蛋白质组，其中 283 个上调/141 个下调蛋白质组与 caspase-9 敲除表型相关。失调的蛋白质主要富集在与细胞迁移和运动以及 DNA 复制/修复相关的蛋白质中。在 MC3T3-E1 细胞中，通过基因和药理学抑制 caspase-9 证实了迁移的改变。ABHD2 是一种已确定的细胞迁移调节剂，被确定为 caspase-9 的可能底物。我们得出结论，caspase-9 可作为成骨细胞 MC3T3-E1 细胞迁移的调节剂，因此可能参与骨重塑和骨折修复。关键词：ABHD2、Caspase 9、diaPASEF、迁移、成骨细胞、蛋白质组学 ■ 简介
使用癌症蛋白质组学数据来识别用于治疗靶向的基因候选
基因级关联从基于质谱的癌症蛋白质组学数据集获得的基因级关联代表了用于识别候选基因研究的资源。最近对多种癌症类型的肿瘤级相关的蛋白质组学相关时，我们确定了对子宫子宫内膜癌细胞具有功能影响的特定蛋白激酶。这项先前发表的研究仅提供了一个模板，用于利用公共分子数据集发现潜在的新型治疗靶标和癌症患者的方法。蛋白质组织分析数据与相应的人类肿瘤和细胞系的相应多摩学数据相结合，可以通过各种方式分析，以优先考虑对生物学的兴趣基因的优先级。在数百种癌细胞系中，CRISPR的功能丧失和药物敏感性评分可以很容易地与蛋白质数据集成在一起，以预测任何基因的功能影响，然后再进行台式实验。公共数据门户使研究界更容易访问癌症蛋白质组学数据。药物发现平台可以为针对感兴趣的基因或感兴趣途径的人筛选数亿个小分子抑制剂。在这里，我们讨论了一些可用的公共基因组和蛋白质组学资源，同时考虑了如何利用它们来用于分子生物学见解或药物发现的方法。我们还证明了Bay1217389的抑制作用，Bay1217389是一种在I期临床试验中测试的TTK抑制剂，用于治疗实体瘤，对子宫癌细胞系生存能力。
使用化学蛋白质组学方法的抗癌天然产物的目标识别
在各种植物提取物（树皮，根，叶，种子等）中发现了几种具有药理活性的化合物。从世界各地的角落。在2006年至2013年中，发现大量生物活性成分（17 000）正在临床前试验中，并且发现许多传统药物对肿瘤和癌细胞具有很高的影响。5从天然产物或基于天然产物的衍生物的新型抗癌剂的开发已经增加了基于天然产物的衍生物的数量在过去30年中，在136中的136个衍生物数量已增加。6中很少有人表现出有希望的抗癌活性，此类例子是紫杉醇，多西他赛（乳腺癌），长黄质，长春新碱（膀胱癌和乳腺癌），Cab- Azitaxel和Romidepsin（肺癌）等。，目前可作为商业药物使用。7然而，由于多种因素（DNA修复，药物代谢，表观遗传修饰等），现有药物正在各种癌细胞中发展抗性。）。8为了减轻此问题，有持续不断的效果来带来具有高效率和选择性的新抗癌药（图1）。举例来说，在上一年中，已广泛开处方了两种重要的市售他莫昔芬和ibrutinib，但目前，他莫昔芬尚无对人类乳腺癌的抗癌活性的显着性抗癌活性，这可能是由于ER A突变（雌激素受体 - A）的耐药性而引起的。9同样，由于BTK（布鲁顿的酪氨酸激酶）的变形，伊布鲁替尼也对慢性淋巴细胞性白血病产生了分析。10目前，许多现有药物已经具有抵抗力，为了避免问题，已经使用基于目标的表型和基于探针的方法发现了许多管线候选药物。11中，通过化学蛋白质组学方法基于探针的药物设计有助于我们鉴定靶蛋白质和机制
无偏血浆蛋白质组学发现生物标志物，用于改进亚临床动脉粥样硬化的检测
但是，属于相同风险类别的个体之间的动脉粥样硬化量存在很大差异，2、3和利益在使用非侵入性成像技术方面已经出现了，以筛选动脉粥样硬化负担来改善CV风险评估。许多作品表明，使用非现象成像工具检测冠状动脉钙化或颈动脉斑块可改善风险预测和重新分类，而仅与常规风险因素相比。4 13的确，当前的指南（2021 ESC指南）考虑冠状动脉钙评分和颈动脉斑块检测是简历风险评估中的风险修改器，特别是基于确定的CV风险的个体，基于确定阈值周围的主要常规风险因素。14但是，关于可用性和成本效益的重要问题，14
以肽为中心的定量蛋白质组学数据集用于对阿尔茨海默氏病的表型评估
阿尔茨海默氏病（AD）是一场迫在眉睫的公共卫生灾难，干预措施有限。阿尔茨海默氏症是一种复杂的疾病，可以带有或不带有病因突变，并且可以伴随一系列与年龄相关的合并症。这种多样化的表现使得研究特定于AD的分子变化变得困难。为了更好地了解疾病的分子特征，我们构建了一个独特的人脑样品队列，其中包括常染色体显性AD痴呆症（ADD），散发性添加和那些没有痴呆症的人，但具有高AD组织病理学负担，并且具有高度的AD型正常人，没有/最小的AD AD组织病理学负担。所有样品在临床上的表征都很好，并且通过快速尸检保留了术后脑组织。通过数据无关的采集LC-MS/MS处理和分析了四个大脑区域的样品。在这里，我们在每个大脑区域的肽和蛋白质水平上提出了一个高质量的定量数据集。本实验中包括多个内部和外部控制策略，以确保数据质量。所有数据都存放在蛋白酶换档存储库中，并从我们的处理的每个步骤中获得。
使用血浆蛋白质组学的肥厚性心肌病中心力衰竭恶化的预测
抽象客观心力衰竭（HF）是肥厚性心肌病（HCM）最常见和生活方式限制的并发症之一。仅使用临床措施预测HF恶化仍然有限。此外，尚未阐明HC患者患有HF的患者的机制。因此，这项研究的目的是开发基于等离子体蛋白质组学的模型，以预测HCM患者的HF恶化，并确定随后导致HF恶化恶化的人对受差异调节的信号传导途径。方法。开发了一种基于蛋白质组学的随机森林模型，以使用一个机构的数据预测HF恶化（训练集，n = 268）。该模型在不同机构的患者中得到了外部验证（测试集，n = 121）。使用错误发现率（FDR）阈值<0.001的蛋白质与未执行的患者相比，随后发育恶化的患者的蛋白质分析显着失调。使用从训练组得出的11蛋白质组学模型的结果，在测试集中，接收器操作特征曲线下的区域预测HF恶化的HF为0.87（95％CI：0.76至0.98）。途径分析表明，在随后导致HF恶化恶化的患者中，RAS-MAPK途径（FDR <0.00001）和相关途径失调。结论本研究以全面的等离子体蛋白质组学分析表明，可以预测HCM患者的HF恶化，并确定RAS-MAPK和相关信号通路是潜在的潜在机制。
将TMTPRO试剂扩展到32-PLEX，用于Orbitrap平台上的高通量定量蛋白质组学
Thermo Scientific™TMTPRO试剂使研究人员能够在单个LC-MS/MS实验中同时识别和量化许多样品中的蛋白质和肽。当前的TMTPRO同质质量标签结合了13 C＆15 N稳定的同位素，以通过高分辨率MS/MS分析并行对多达18个样品进行定量分析。为了进一步提高多路复用能力，我们开发了17种同位素的同型同位同位素集，该集合在记者组上包含一个2 h同位素，以产生不同的记者离子质量，与3 MDA的现有集合不同。与传统的试剂集合结合使用，氘化试剂可以对Thermo Scientific™Orbitrap平台上多达35个样品进行多重定量分析。在这里，我们表征了新型的TMTPRO变体，并评估了它们的32个PLEX定量的性能。
采用减法蛋白质组学方法鉴定针对寄生虫的可能药物靶点
简介：寄生虫病影响人类，一直是发病和死亡的主要原因，尤其是在热带和亚热带国家。随着许多疾病出现多重耐药形式，制定新策略以确定替代药物靶点变得越来越重要。一种用于分析病原体蛋白质序列的策略是减法蛋白质组学方法 (SPA)，它可以为药物靶点识别提供有用的见解和标记。在此数据集中，宿主和病原体蛋白质组被减去并进行分析，从而提供有关一组可能对病原体至关重要但宿主中不存在的蛋白质的信息。减法蛋白质组学方法 (SPA) 是最有效的方法之一，其中包括使用各种精确的软件数据库。
核糖测序、免疫肽组学和蛋白质组学能告诉我们有关非规范蛋白质组的哪些信息？
核糖体分析 (Ribo-Seq) 揭示了目前注释的编码序列 (CDS) 之外的数千个非规范核糖体翻译位点，从而改变了我们对人类基因组和蛋白质组的理解。保守估计至少有 7000 个非规范 ORF 被翻译，乍一看，这有可能将人类蛋白质 CDS 的数量扩大 30%，从约 19,500 个注释的 CDS 增加到超过 26,000 个注释的 CDS。然而，对这些 ORF 的进一步审查提出了许多问题，即它们中有多少部分真正产生了蛋白质产物，又有多少部分可以根据对该术语的传统理解理解为蛋白质。进一步复杂化的是，已发表的非规范 ORF 估计值相差约 30 倍，从几千到几十万。这项研究的总结让基因组学和蛋白质组学界既对人类基因组中新编码区域的前景感到兴奋，又在寻找如何继续的指导。在这里，我们讨论了非规范 ORF 研究、数据库和解释的现状，重点是如何评估给定的 ORF 是否可以说是“蛋白质编码”。