5.16 使用“真空提取”向导创建运行文件 5-94 5.16.1 启动“真空提取”向导 5-95 5.16.2 “真空提取器配置向导”步骤 5-95 5.16.3 “表格设置”步骤:配置布局 5-98 5.16.4 “配置 [1]”步骤 5-100 5.16.5 “配置 [2]”步骤 5-101 5.16.6 “加载预捕获试剂 1”步骤 5-103 5.16.7 “加载捕获板”步骤 5-105 5.16.8 “清洗步骤 1 至清洗步骤 n”步骤 5-106 5.16.9 “干燥样品”步骤 5-108 5.16.10 “洗脱步骤”步骤 5-109 5.16.11 向导摘要 5-111 5.16.12 指定真空处理 5-112
本应用说明介绍了使用 QIAGEN CLC Genomics Workbench 进行质体组装的三种不同工作流程。工具和工作流程的选择取决于目标物种中质体的结构以及测序数据的类型。组装具有长 IR 的质体需要足够长的读取以跨越重复。这种长读取通常保真度较低,组装需要完善。组装没有长 IR 的质体可以使用“较短”的高保真长读取来实现,并且不需要重叠群完善。我们强调的另一个步骤是在组装质体之前减少 NGS 数据集。我们描述了从全基因组测序数据中预选和不预选叶绿体读取的不同从头组装工作流程。
商标:QIAGEN ® 、Sample to Insight ® 、QIAcuity ® (QIAGEN Group);Windows ® (Microsoft Corporation)。本文件中使用的注册名称、商标等,即使未明确标记,仍受法律保护。
图 3. 已发布的 CDS 轨道(顶部)、从头创建的 QIAGEN CLC Genomics Workbench 注释(2 个 CDS)和包含三个 CDS 的合并轨道的可视化。底部轨道是 QIAGEN CLC Genomics Workbench 预测转录本的读取映射支持。
图1。配置QASTAT-DX胃肠道弹药筒及其特性。注意:棉塞孔不用于胃肠道QAISTAT-DX测试。
4。离心1分钟@≥8000x g。这是“洗手#1”。5。将列转移到新的1.5 ml管,标有相同名称和“洗手#2”。6。将50 µL缓冲液直接添加到柱膜上,然后在新管中离心1分钟 @≥8000x g。这是洗脱#2。7。将样品(洗脱#1和洗脱#2存储在4°C下。如果几个月不使用DNA,请为冰箱制作等分试样并保留
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图6。使用Qiagen多路复用PCR加套件有效的19-PLEX PCR。使用Qiagen Multiplex PCR Plus套件的标准条件进行了19个目标(99-955 bp)的多重PCR,而无需进一步优化(QIAGEN)或使用供应商A II的各种热启动DNA聚合酶。使用琼脂糖凝胶进行分析。B分析使用Qiaxcel高级系统。Qiagen多路复用PCR加套件可导致所有目标的特定扩增,而无需优化。尽管使用不同的酶浓度进行了长时间的优化,但使用Supper A II的试剂盒的多重PCR也会导致片段缺失,即使使用较高的浓度也是如此。m:gelpilot 100 bp加梯子。