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moshpit：Qiime 2框架上的可访问，可再现的元基因组数据科学
图1。Moshpit和示范分析的概述。（a）当前分析工作流的示意图。对Kaiju的分类注释得到了原始阅读的支持，并且可以将Kraken 2应用于对原始读取，重叠群或脱封的MAGS进行分类。用蛋酒贴剂的功能注释可用于重叠群或（解换）mags。（b）塔拉海洋数据集的重新分析。该地图描绘了全球收集样品的香农多样性，对四个位置的缩放视图显示了跨样本深度的分类学分配。bray-curtis主坐标散点图突出了深海样品之间的组成相似性。（C-D）基于读取（C）和基于MAG的可可分析（D）在发酵过程中表现出一致的多样性下降，并伴随着功能基因谱的变化。
Qiime 2可以对各种微生物组数据和比较研究进行全面的末端分析
Qiime 2是基于流行的Qiime平台的完全重新设计的微生物组生物信息学平台，已更换。QI-IME 2促进了全面且完全可重复的微生物组数据科学，从而通过添加多个用户界面来提高对不同用户的可访问性。Qiime 2可以与基于开源Web的平台Qiita结合使用，以重新利用可用的荟萃分析数据。以下基本供应托有描述了如何在单台计算机上安装Qiime 2并分析Mi-Crobiome序列数据，从原始DNA序列的处理通过生成可发布的交互式图形来读取。这些交互式数字允许对研究的读数与作者相同的数据进行互动，从而提高了微生物组科学的透明度和可重复性。我们还展示了社区开发的插件如何在Qiime 2中安装和使用分析功能，从而增强了微生物组分析的各个方面，例如提高了分类学分类精度。最后，我们说明了用户如何使用Qiita轻松使用的公共数据来执行荟萃分析。在本教程中，我们分析了儿童早期抗生素和微生物组（ECAM）研究的一部分，该研究跟踪了从出生到2岁的美国43名婴儿的微生物组组成和发育，从而确定了与抗体暴露，递送模式和饮食的微生物组关联。有关Qiime 2的更多信息，请参见https://qiime2.org。进行故障排除或询问有关Qiime 2和
使用 QIIME 2 进行可重复、交互、可扩展和可扩展的微生物组数据科学
致编辑 — 过去 20 年里，DNA 测序和生物信息学技术的飞速发展大大提高了我们对微生物世界的了解。这种日益增长的了解涉及微生物的巨大多样性；微生物区系和微生物组如何影响疾病 1 和医学治疗 2；微生物如何影响地球的健康 3 ；以及微生物组生物技术在医学 4 、法医 5 、环境 6 和农业 7 应用的新兴探索。这方面的工作大部分是由标记基因调查（例如，细菌/古细菌的 16S rRNA 基因、真菌内部转录间隔区和真核生物的 18S rRNA 基因）推动的，这些调查以不同程度的分类特异性和系统发育信息来分析微生物区系。该领域目前正在转向整合其他数据类型，如代谢物 8 、宏蛋白质组 9 或宏转录组 9,10 图谱。