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实时 PCR 检测猴痘病毒的方案 1 提取外部裂解 (LSB3)：200µl 样品 + 200µl 裂解缓冲液 (Qiagen QIAamp DNA mini kit) 内部控制：10µl SPCY 1/100。手动提取，洗脱量为 200µl。 QIAamp DNA 迷你试剂盒：编号：51304 批号：172023567 2 PCR 试剂盒名称：猴痘病毒 (MPV) DNA 检测试剂盒（冻干）制造商：广东华银医药科技有限公司供应商：Primadiag 标记：IVD 编号：HY06162 手册：？储存温度/30°C。批号：20220601 / 20240605 基质：血清/血浆、咽拭子、唾液、其他病变。目标荧光团激发发射猴痘FAM 495 nm 515 nm 内部控制VIC 538 nm 554 nm 3 条件热循环仪：BioRad OPUS96 参考：795BR03596 PCR 混合物体积：20µl DNA 体积：5µl 循环：
实时 PCR 检测猴痘病毒的方案 1 提取外部裂解 (LSB3)：200µl 样品 + 200µl 裂解缓冲液 (Qiagen QIAamp DNA mini kit) 内部控制：10µl SPCY 1/100。手动提取，洗脱量为 200µl。 QIAamp DNA 迷你试剂盒：编号：51304 批号：172023567 2 PCR 试剂盒名称：猴痘病毒 (MPV) DNA 检测试剂盒（冻干）制造商：广东华银医药科技有限公司供应商：Primadiag 标记：IVD 编号：HY06162 手册：？储存温度/30°C。批号：20220601 / 20240605 基质：血清/血浆、咽拭子、唾液、其他病变。目标荧光团激发发射猴痘FAM 495 nm 515 nm 内部控制VIC 538 nm 554 nm 3 条件热循环仪：BioRad OPUS96 参考：795BR03596 PCR 混合物体积：20µl DNA 体积：5µl 循环：
开发用于从遥远个体获得基因检测的生物样品的方案
Omega Bio Tek E.Z.N.A. 组织DNA KIT D3396-01 OMEGA BIO TEK MAG-BIND®血液和组织DNA HDQ 96 KIT M6399-00 OMAMGA BIO TEK E.Z.N.A. Kit CMG-196 Promega Wizard Genomic DNA Purification Kit A1120 Promega Wizard SV Genomic DNA Purification System A2360 Promega MagaZorb DNA Mini-Prep Kit MB1004 Promega ReliaPrep gDNA Tissue Miniprep System A2051 Promega Wizard HMW DNA Extraction Kit A2920 Promega ReliaPrep™ Blood gDNA Miniprep System A5081 Qiagen DNEasy Blood and Tissue Kit 69504 Qiagen QIAamp Fast DNA Tissue Kit 51404 Qiagen Puregene Tissue Kit 158063 Qiagen QIAGEN Genomic-tips 20/G 10223 Qiagen MagAttract HMW DNA Kit 67563 Qiagen QIAamp DNA Blood Mini Kit 51104 Qiagen Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (25) 13323 Sigma-Aldrich Extract-N-AMP Tissue PCR Kit XNAT2-1KT Sigma-Aldrich GenElute Blood Genomic DNA Kit NA2010-1KT Takara NucleoSpin Tissue 740952.5 Takara NucleoMag Tissue 744300.1 Takara NucleoSpin® 96 DNA RapidLyse 740110.1 Takara NucleoBond HMW DNA 740160.2 Takara NucleoMag DNA Swab 744601.1 Takara NucleoSpin® Blood 740951.5 Takara NucleoMag® Blood 200 µL 744501.1 Thermo DNA Extract All Reagents Kit 4403319 Thermo MagMax DNA Multi-Sample Kit 4413020 Thermo JetFlex Genomic DNA Purification Kit A30700 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo ChargeSwitch gDNA Mini Tissue Kit CS11204 Zymo Quick-DNA MiniPrep D3024 Zymo Quick-DNA Miniprep Plus D4068 Zymo Quick-DNA magbead Plus Kit D4081 Zymo Quick-DNA HMW HMW Magbead d6060Omega Bio Tek E.Z.N.A.组织DNA KIT D3396-01 OMEGA BIO TEK MAG-BIND®血液和组织DNA HDQ 96 KIT M6399-00 OMAMGA BIO TEK E.Z.N.A. Kit CMG-196 Promega Wizard Genomic DNA Purification Kit A1120 Promega Wizard SV Genomic DNA Purification System A2360 Promega MagaZorb DNA Mini-Prep Kit MB1004 Promega ReliaPrep gDNA Tissue Miniprep System A2051 Promega Wizard HMW DNA Extraction Kit A2920 Promega ReliaPrep™ Blood gDNA Miniprep System A5081 Qiagen DNEasy Blood and Tissue Kit 69504 Qiagen QIAamp Fast DNA Tissue Kit 51404 Qiagen Puregene Tissue Kit 158063 Qiagen QIAGEN Genomic-tips 20/G 10223 Qiagen MagAttract HMW DNA Kit 67563 Qiagen QIAamp DNA Blood Mini Kit 51104 Qiagen Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (25) 13323 Sigma-Aldrich Extract-N-AMP Tissue PCR Kit XNAT2-1KT Sigma-Aldrich GenElute Blood Genomic DNA Kit NA2010-1KT Takara NucleoSpin Tissue 740952.5 Takara NucleoMag Tissue 744300.1 Takara NucleoSpin® 96 DNA RapidLyse 740110.1 Takara NucleoBond HMW DNA 740160.2 Takara NucleoMag DNA Swab 744601.1 Takara NucleoSpin® Blood 740951.5 Takara NucleoMag® Blood 200 µL 744501.1 Thermo DNA Extract All Reagents Kit 4403319 Thermo MagMax DNA Multi-Sample Kit 4413020 Thermo JetFlex Genomic DNA Purification Kit A30700 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo ChargeSwitch gDNA Mini Tissue Kit CS11204 Zymo Quick-DNA MiniPrep D3024 Zymo Quick-DNA Miniprep Plus D4068 Zymo Quick-DNA magbead Plus Kit D4081 Zymo Quick-DNA HMW HMW Magbead d6060
法医学
•使用QIAAMP DNA FFPE组织试剂盒（Qiagen）进行DNA提取。•使用该套件的建议总DNA输入量（适用10 ng或100 ng）对五个样品进行了四种不同的处理，并进行了相关的模板量为1NG。•WGA使用GenomePlex®完整WGA试剂盒（Sigma-Aldrich），Illinea™Ready-Go™Genomiphi™V3（GE Healthcare Life Sciences），Repli-G FFPE Kit（Qiagen）进行。•根据制造商的协议，使用Infinium HD FFPE还原套件（Illumina）进行DNA修复。插入/删除（Indels）可以从福尔马林损坏（FD）样本中提供最有证明的信息，以实现人类识别（HID）目的。结果表明，FD样品的生产力方法可能是使用大量平行测序（MPS）技术利用Indel面板或SNP标记。
基于不同DNA提取方法的肠道微生物组轮廓的研究文章变化：比较研究
目标。比较了从哺乳动物粪便样品中恢复细菌DNA的四种DNA提取方法。方法和结果。评估了来自Qiaamp，Tianamp和Magen的三种商业试剂盒，以及经典的切丁酰三甲基铵溴化物（CTAB）方法，评估了它们在从肠道菌群中提取细菌DNA的性能中心曲霉）和小鼠（mus musculus）。首先，我们根据DNA产量，纯度和完整性评估了四种方法的效率。然后，我们研究了这些方法对微生物组成和多样性的影响，并根据16S rRNA基因测序和实时定量PCR检查了显性门细菌的相对丰度。我们的结果表明，CTAB方法产生的DNA量相对较大，而Magen套件产生了更多的Firmicutes DNA，并更准确地反映了微生物群的真实状态。结论。取得了最佳性能。作为CTAB方法和MAGEN试剂盒具有不同的优势，我们进一步测试并比较了其在定义的菌群上的DNA提取性能，其中包含来自四个主要门的六种菌株，以查看哪一个更好地反映了微生物群的真实状态。总而言之，发现Magen套件优于CTAB方法，因为测试结果更接近定义的微生物群。
Serambi-微辐射微生物DNA
分子研究的重要步骤之一是DNA提取。使用试剂盒或沸腾技术开发了许多用于细菌DNA提取的方法。对于沸腾技术，可以使用水浴，热块和微波炉进行加热。微波炉是使用微辐射光线的工具。本研究旨在确定微波辐射对细菌DNA的影响。本研究中使用的分离株是将接种到NB培养基中的B.J.T.A.2.1分离株。微波暴露进行0、30和90秒。使用QIAAMP DNA迷你试剂盒分离培养物。 从PCR RAPD产物的电泳DNA带中分析了暴露于微波炉后的DNA质量。 细菌的微波暴露会导致DNA的变化。 PCR RAPD反应使用暴露于微波的细菌中的分离DNA产生有关电泳结果的新频带。 细菌暴露在微波炉上的时间越长，新的DNA带模式的越亮和较厚。 微波暴露于细菌培养物会影响分离的DNA。 培养物暴露于微波炉时的时间越长，新的DNA带模式的越亮和较厚。 关键字：微波炉，分子，DNA，细菌培养物。从PCR RAPD产物的电泳DNA带中分析了暴露于微波炉后的DNA质量。细菌的微波暴露会导致DNA的变化。PCR RAPD反应使用暴露于微波的细菌中的分离DNA产生有关电泳结果的新频带。细菌暴露在微波炉上的时间越长，新的DNA带模式的越亮和较厚。微波暴露于细菌培养物会影响分离的DNA。培养物暴露于微波炉时的时间越长，新的DNA带模式的越亮和较厚。关键字：微波炉，分子，DNA，细菌
16S rRNA基因的基于不同鸟类粪便的微生物群在很大程度上独立于DNA保存和提取方法
鸟类肠道菌群一直是最近关注的主题，对诸如家禽行业，微生物生态学和保护等各种领域的潜在影响。粪便微生物群经常用作肠道菌群的非侵入性代理，但是从鸟类粪便中提取高质量的微生物DNA经常被证明具有挑战性。在这里，我们旨在评估两种DNA保存方法（95％乙醇和rnalater）和五种提取方法（Indispin病原体试剂盒，Qiaamp PowerFecal ProFecal Pro DNA Kit，Microgem Prepgem Prepgem细菌试剂盒，Zymbobiommics DNA Miniprep Kit和In Bane In In Base AVA AVA）用于研究。对这些方法对来自最初三种禽类（鸡，鸵鸟和无飞行parrotkākāpō）的粪便样品的功效的系统测试发现，提取的DNA的质量，数量和完整性在提取的DNA的质量，数量和完整性上存在实质性差异，但对16S rRNA Gene基于基于基于的RRNA Gene Microbobiota profiles的质量，数量和完整性却微不足道。随后在10种系统发育和生态上多样化的鸟类物种上选择了保存和提取方法的选定组合，重申了所选方法的疗效，细菌群落结构通过技术复制的特定禽类强烈聚集。我们发现，提取功效的明显差异似乎不会影响16S基因基因的细菌群体概况，为正在进行的对鸟类肠道微生物群的研究奠定了重要的基础。
COVID-19 宿主遗传学研究的 DNA 提取方法比较
2019 冠状病毒病 (COVID-19) 大流行导致全球诊断检测用品短缺，尤其是在发展中国家。COVID-19 严重程度的危险因素包括既往合并症、高龄和男性，但其他变量也可能影响疾病结果。确实有越来越多的证据支持宿主遗传学在 COVID-19 结果的易感性中的作用。与 SARS-CoV-2 感染病程相关的遗传因素的识别依赖于 DNA 提取方法。本研究比较了使用患者鼻咽样本进行 COVID-19 宿主遗传研究的三种 DNA 提取方法（Chelex ® 100 树脂、苯酚-氯仿和 QIAamp DNA 提取试剂盒）。比较了这些方法的执行步骤数、样品处理时间、提取材料的质量和数量以及在遗传研究中的应用。我们发现 Chelex ® 100 方法最便宜（分别比商用试剂盒和苯酚-氯仿便宜 33 倍和 13 倍），DNA 产量最高（分别比商用试剂盒和苯酚-氯仿高 306 倍和 69 倍），处理步骤最少，同时为下游应用提供足够的 DNA 质量。总之，我们的结果表明 Chelex ® 100 树脂是一种廉价、安全、简单、快速且适合从 COVID-19 患者鼻咽样本中提取 DNA 以进行遗传学研究的方法。这在发展中国家尤其重要，因为成本和处理是材料加工的关键步骤。
分离唾液游离 DNA 用于癌症检测
唾液是一种新兴的疾病生物标志物来源，特别是对于头颈部癌症而言。尽管唾液中的游离 DNA (cfDNA) 分析有望成为一种用于癌症检测的液体活检方法，但目前尚无用于研究 DNA 的唾液收集和分离标准化方法。在本文中，我们评估了各种唾液收集容器和 DNA 纯化技术，比较了 DNA 数量、片段大小、来源和稳定性。然后，我们使用优化的技术，测试了从患者唾液样本中检测人乳头瘤病毒 (HPV) DNA（头颈部癌症亚群中的真正癌症生物标志物）的能力。对于唾液收集，我们发现 Ora-gene OG-600 容器可产生最高浓度的总唾液 DNA 以及对应于单核小体游离 DNA 的 < 300 bp 的短片段。此外，与其他唾液收集容器相比，这些短片段在收集后 48 小时仍然保持稳定。对于从唾液中纯化 DNA，QIAamp 循环核酸试剂盒可产生最高浓度的单核小体大小的 DNA 片段。唾液样本的冻融不会影响 DNA 产量或片段大小分布。发现从 OG-600 容器中分离的唾液 DNA 由单链和双链 DNA 组成，包括线粒体和微生物来源。虽然核 DNA 水平随时间保持一致，但线粒体和微生物 DNA 水平变化更大，并在收集后 48 小时增加。最后，我们发现 HPV DNA 在 OG-600 容器中稳定，在 HPV 阳性头颈癌患者的唾液中可以可靠地检测到，并且在单核小体大小的无细胞 DNA 片段中含量丰富。我们的研究已经确定了从唾液中分离 DNA 的最佳技术，这将有助于未来基于液体活检的癌症检测应用。
牛奶和奶制品中甲型流感病毒的提取和检测 - 2024 年 8 月 22 日
a. 95% 乙醇（Sigma E7023 或同等溶液） b. 不含 DNase/RNase 的水（Life Technologies AM9937 或同等溶液） c. 去离子水/蒸馏水/Milli-Q 水 d. NaCl（Sigma S3014 或同等溶液） e. NaOH（Sigma S5881 或同等溶液） f. HCl（Sigma H1758 或同等溶液） g. 甘氨酸（Sigma G7126 或同等溶液） h. 10X PBS 组织培养 (tc) 级（Sigma P5493）稀释至 1X i. KCl（Sigma P9541 或同等溶液） j. 磷酸二氢钾（Sigma P9791 或同等溶液） k. 磷酸氢二钠（Sigma S5011 或同等溶液） l. 甘油（Sigma G5516 或同等溶液） m.无 DNase/RNase 微量离心管，不粘连、低吸附、硅化 0.5 ml（Life Technologies AM12350 或同等产品） n. 无 DNase/RNase 微量离心管 1.5 ml，不粘连、低吸附、硅化（Life Technologies AM12450 或同等产品） o. 无 DNase/RNase 微量离心管 2.0 ml，不粘连、低吸附、硅化（Life Technologies AM12475 或同等产品） p. 过滤屏障防气溶胶微量移液器吸头，无 DNase/RNase（0.2 – 1000 µl） q. Qiagen QIAamp 病毒 RNA 小量试剂盒（Qiagen 52904） r. Qiagen 收集管（Qiagen 19201） s. OneStep™ PCR 抑制剂去除试剂盒（Zymo Research D6030） t. 2.0 mL 微量离心管，不含 DNase/RNase（USA Scientific 1620-2799 或同等产品） u. OneStep RT-PCR 试剂盒（Qiagen 210210 或 210212） v. Ambion Superase·In RNase 抑制剂（20 单位/µl）；Life Technologies AM2694 (2,500 U) 或 AM2696 (10,000 U) w. Eppendorf DNA LoBind Tubes 5.0 mL Fisher Scientific 0030108310 或同等产品 x. 15 ml 聚丙烯锥形管（Fisher Scientific 14-959-70C 或同等产品） y. 50 mM MgCl 2（BioRad 1708872 或同等产品）或 25 mM MgCl 2（ThermoFisher Scientific AB0359 或同等产品）z.内部对照 RNA（BioGX 目录号 750-0001 - 联系公司）aa. 所有 RTqPCR 检测的标准脱盐引物和 HPLC 探针（Integrated DNA Technologies 或同等公司）bb. RT-qPCR 阳性对照（甲型流感病毒的定量基因组 RNA