使用一个野外收集的标本进行测序。DNA提取。根据制造商的说明,使用Illumina Truseq套件构建了配对的测序库。该库是在配对端,2×150 bp格式的Illumina Hi-Seq平台上进行测序的。用三型V0.33(Bolger,Lohse和Usadel 2014)修剪了所得FASTQ文件的适配器/引物序列和低质量区域。修剪序列由黑桃v2.5组装(Bankevich,Nurk,Antipov等2012)随后使用Zanfona V1.0(Kieras 2021)进行完成步骤,以基于相关物种中保守的区域加入附加的重叠群。
请选择您想要为样本提供的服务。______Service 1- Reading DNA/Primer concentrations and making necessary dilutions ______Service 2- Performing Sequencing PCR reactions ______Service 3- Running the Sequencing reactions Sample Information, please circle or fill in the blank ______Service 4- Purification of Sequencing PCR reactions Method Purified: CHCI3/phenolCscl Gel Column (Qiagen, Promega, Other_______) None ______服务仅加载(3730)和发送数据准备方法:碱性裂解沸腾的ctab其他______服务6-确定在二十四小时内确定的数据浓度:分光光度计荧光计凝胶其他有关详细信息,请参见我们的网站。DNA最初来自_______________的生物体会寄回额外的模板吗?是否
该方案描述了从多种不同物种的多个不同组织样品中手动提取HMW DNA,不包括植物和真菌,用于使用Qiagen MagAttract HMW DNA提取试剂盒进行长阅读测序。此过程对于生命之树计划所涵盖的各种分类群体都是有效的。该方案对于组织可用性有限的样品特别有用,因为它始终从这些较小的样品中产生的DNA比等效的自动化方法更多。The output of this protocol is HMW DNA, which depending upon yield and the genome size of the species, can be directed towards HMW DNA Pooling, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI HiFi, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio or HMW DNA Fragmentation: g-Tube for ULI PacBio.
此外,DHS-8800Z QIAseq Targeted DNA panel 涵盖了可用于推断微卫星不稳定性状态的有用基因位点。该状态测量几个微卫星基因位点长度分布的统计变化,并将测试样本的统计变化与正常样本基线(包含在 QIAGEN 参考数据集中,可在 Workbench 中下载)进行比较。如果不稳定性微卫星基因位点的比例高于预定义阈值,则认为样本不稳定。许多 MSI-High 肿瘤患者对免疫疗法产生了积极的反应。此外,美国食品药品监督管理局 (FDA) 已加速批准 pembrolizumab 用于治疗微卫星不稳定性 (MSI)-High 的儿童和成人患者,这使其成为首个获批用于治疗具有这种生物标志物的实体瘤的药物,无论肿瘤来源如何 [ Chang et al., 2018 ]。
• As of May 2, 2024 all BCR::ABL1 RT-PCR quantitative testing (major and minor) will be transitioned to the Health Canada-approved Asuragen QuantideX qPCR BCR-ABL IS kit and Minor kit respectively, due to recent lack of availability and quality issues with the previously utilized BCR::ABL1 reagents (QIAGEN Ipsogen kits).新测定法检测到与先前测定的相同的成绩单变体,并根据通过IRIS建立的国际标准(用于主要断点)报告。新的主要断点测定法具有略有改善的转录检测下限(log 4.7降低 /%为0.002%;先验套件,log 4.5降低)。新的次要断点测定法具有提高的转录检测的下限(log 4.61降低 /%为0.0025%;先验套件,log 3.6降低)。
该协议详细介绍了海洋大藻类组织的高分子量DNA提取。海洋大量藻类包含各种独特的细胞壁成分,包括硫酸化的多糖和多酚。这些成分通常与高分子量(HMW)DNA共同流行,并导致文库准备和测序结果减少。该方案融合了聚乙烯 - 丙烯吡啶酮(PVPP)和β-莫咖啡乙醇(BME),以减少多酚污染,并以乙酸钾(KOAC)(KOAC)的早期盐盐措施来解决多糖。该方案在很大程度上是从牛津纳米孔HMW DNA从拟南芥叶片中提取的,该叶子叶结合了QIAGEN血液和细胞培养DNA MIDI KIT进行柱清洁。DNA产品通常需要在洗脱后进行额外的清理,我们建议所有HMW应用的Bluepippin 15KB尺寸选择。
Johann De Bono 本手稿的所有支持(例如资金、提供研究材料、医学写作、文章处理费等)- CT900/ONX-0801/BCG945 由癌症研究所发现。 JDB 是癌症研究所的一名员工。来自任何实体的资助或合同 - 安进、阿斯利康、默克夏普 Dohme Corp、安斯泰来、拜耳、Bioxcel Therapeutics、勃林格殷格翰、Cellcentric、大一、卫材、基因泰克/罗氏、Genmab、葛兰素史克、Harpoon、ImCheck Therapeutics、杨森、默克雪兰诺、美纳里尼/Silicon、默沙东、BIosystems、Orion、辉瑞、Qiagen、赛诺菲、Aventis、Sierra Oncology、Taiho、Terumo、Vertex Pharmaceuticals 特许权使用费或许可证 - 阿比特龙 - 对阿比特龙有商业利益的 ICR - 无个人收入 - PARP 抑制 - 无个人收入 - P13K/AKT - 无个人收入 咨询费 - 安进、阿斯利康、默克夏普 Dohme
Johann De Bono 本手稿的所有支持(例如资金、提供研究材料、医学写作、文章处理费等)- CT900/ONX-0801/BCG945 由癌症研究所发现。 JDB 是癌症研究所的一名员工。来自任何实体的资助或合同 - 安进、阿斯利康、默克夏普 Dohme Corp、安斯泰来、拜耳、Bioxcel Therapeutics、勃林格殷格翰、Cellcentric、大一、卫材、基因泰克/罗氏、Genmab、葛兰素史克、Harpoon、ImCheck Therapeutics、杨森、默克雪兰诺、美纳里尼/Silicon、默沙东、BIosystems、Orion、辉瑞、Qiagen、赛诺菲、Aventis、Sierra Oncology、Taiho、Terumo、Vertex Pharmaceuticals 特许权使用费或许可证 - 阿比特龙 - 对阿比特龙有商业利益的 ICR - 无个人收入 - PARP 抑制 - 无个人收入 - P13K/AKT - 无个人收入 咨询费 - 安进、阿斯利康、默克夏普 Dohme
公司概述Qiagen是全球领先的样本提供商,介绍了洞察解决方案,使客户能够从任何生物样本中获得有价值的分子见解。我们的样品技术分离并加工脱氧核糖核酸(DNA),核糖核酸(RNA)和蛋白质(蛋白质) - 生命的基础 - 与血液,组织和其他材料相比。测定技术使这些生物分子可见,并准备使用一系列技术进行分析。生物信息学软件和知识库用于解释复杂的基因组数据集,以提供相关,可操作的见解。仪器和自动化解决方案用于将这些产品结合在一起,分成无缝且具有成本效益的工作流程。我们为全球500,000多名分子诊断(人类医疗保健)和生命科学(学术研究,制药和生物技术公司以及应用程序识别 /法医和食品安全等应用)提供解决方案。截至2023年12月31日,我们在全球35个地点雇用了大约6,000名员工。
利益冲突:ESA是Janssen,Astellas,Sanofi,Dendreon,Pfizer,Amgen,Lilly,Lilly,Lilly,Lilly,Bayer,Astrazeneca,Bristol-Myers Myers Squibb,Clovis和Merck的有偿顾问/顾问;他从Janssen,Johnson&Johnson,Sanofi,Dendreon,Genentech,Novartis,Tokai,Bristol Myers-Squibb,Astrazeneca,Clovis和Merck获得了研究资金;他是AR-V7生物标志物技术的共同文化(专利编号CA2959336A)已获得许可获得Qiagen。SRD已从阿斯特拉斯(Astellas)向他的机构获得了研究资金。AMDM是默克和Cepheid的有偿顾问/顾问,并获得了Janssen和Myriad的研究资金。Sy从Bristol-Myers Squibb和Celgene,Janssen和Cepheid获得了他的机构研究资金,并曾担任Cepheid的顾问。他拥有Brahm Astra Therapeutics和Digital Harmonic的创始人权益。MCM是Clovis和Exelixis的付费顾问。