- LibraryPrep o Starting material o Overview of different techniques o Panel design (commercial and custom panels), LibraryPrep - NGS o Requirements o Sequencing methods - Data analysis o Requirements o Bcl2Fastqs, fastq.file o Mapping sequences to the reference genome: bam.files o Quality parameters: fastQC, demultiplexing Stats, read counts, coverage, read distribution, deduplication rate o SNP and small InDels calling, copy number analysis, LOH analysis, fusion analysis - Data interpretation, hands on part: o AMP / ASCO / CAP guideline (PMID: 27993330) o Mutations, small InDels → IGV, OncoKG, InterVar, QCI: hands on interpretation o Copy number variations / LOH o RNA-Fusion → Cosmic Fusion curation - Wrap up: Learning content summary, Quiz
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6 月 1 日至 6 月 3 日(上午 9 点至下午 5 点)– 第 2 个时段 时间和休息时间:在线课程将在上述时间准时开始和结束。学员有责任全程出席课程。根据讲师的指导,课程之间将有几分钟的休息时间。 网速:学员应确保自己有足够的带宽以及每日观看在线课程的配额。我们不对您那边的电源、设备故障或互联网中断的任何问题负责,因为这超出了我们的控制范围。 在线平台:学员有责任为在线平台设置扬声器/麦克风:Teams 和 Google Colab 分别用于理论和实验课程。讲师无法解决个人学员的连接或平台问题。请学员在课程期间关闭音频和视频。但是,他们可以继续在对话的短信部分发布他们的疑问。 疑问:请学员等待讲师开启讨论和问答环节。在课程间使用语音聊天打断学员的疑问并不令人意外。但是,学员可以在评论框中以文本形式发布他们的疑问,讲师将在课程间予以解决。 幻灯片和资源:课程结束后,讲师将把幻灯片、实验室代码和其他资源发送到您注册的电子邮件 ID。 评估:将在第 3 天进行在线测验以评估学员。测验为时 40 分钟,包含 40 道多项选择题(没有负面标记),涵盖研讨会期间讨论的主题。测验将通过 HackerRank 平台进行。因此,请学员使用注册的电子邮件 ID 和正确姓名在 HackerRank 中创建一个帐户。讲师将在第 3 天公布评估链接。
选择符合您学习目标的视频,并创建一些大多数学生能够独立完成的简短活动。这些活动可以包括:写下您仍有的 3 个问题、总结视频、分享您学到的 3 件事、绘制展示视频目的的漫画、创建 5 个视频问题测验等。
RNA位置p。 13-互动凝胶电泳实验室 - 观看有用的视频:蛋白质;转录;翻译 - 使用此文档进行修订的主要概念:ENG / AFR-在此处对DNA和RNA上的自我标记测验 - 在此处找到有关此主题的修订练习 - 在p上修改此主题的术语。 113单元1RNA位置p。 13-互动凝胶电泳实验室 - 观看有用的视频:蛋白质;转录;翻译 - 使用此文档进行修订的主要概念:ENG / AFR-在此处对DNA和RNA上的自我标记测验 - 在此处找到有关此主题的修订练习 - 在p上修改此主题的术语。 113单元1
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定期出席(亲自出席)是成功完成本课程的关键。每周三将进行课堂测验,周一将进行论文参与。周一的论文讨论将由学生主持。学生参加讨论并与同事互动非常重要,因此将在周一记录出勤情况,并且必须参加 13 节课中的 10 节才能获得全部学分。这意味着学生可以因任何原因(生病、约会、交通问题、面试等)缺席 3 次论文讨论。额外的缺席将不予原谅,因此无需就缺席的论文讨论联系老师。每周三将进行课堂测验,周一将进行图表事实提交(在 D2L 上)。学生可以放弃最低的测验和图表事实分数。如果您要缺席测验或演示,您必须在活动开始前联系老师,并且必须出示医生或院长办公室的书面请假条。如果您缺席某项活动,且在活动开始前未联系讲师,则该活动的分数将为零分 (0)。以下“MSU 课程政策”部分列出了使用哀悼缺席和宗教信仰政策的详细信息。
•如果您出于记录的紧急医疗或家庭原因缺席,将安排替代测验日期或作业提交日期。替代安排仅向那些可以提供有效的医疗/家庭理由的人开放。如果您无法提供缺席的正当理由,则将获得错过的测验或作业提交的0分。•我不需要看到您不上课的借口。没有进行民意调查的借口,因为您可能会错过20%并仍然获得全部信誉。•如果您错过了课堂测验,我保留将口头测验作为化妆测验的权利。•如果您错过了作业签名,我还保留分配不同HW分配的权利。•由于宗教假期而需要错过课程的学生应至少在假期前四天通知我。如果您必须错过课程,考试,工作任务或项目才能观察宗教假期,则将有机会在缺席后合理的时间内完成错过的工作。
I. 印度自由战士肖像展 2024 年 8 月 10 日至 2024 年 8 月 15 日,Shri Vasant Nagarsekhar 举办了印度自由战士肖像展。展览由果阿天文之友协会主席 Shri Satish Nayak 于 2024 年 8 月 10 日揭幕。约有 1509 名学生、教师和公众参观了此次展览。 II. Tiranga 集会 2024 年 8 月 9 日,在中心内举行了一场挥舞三色旗的集会,2024 年 8 月 15 日,从中心到 Miramar 海滩再返回。共有约 65 名学生、中心工作人员和公众参加。 III. 现场问答 2024 年 8 月 9 日至 2024 年 8 月 15 日,向来访的学生、教师和公众进行了一场关于独立以来科学和技术的现场问答。共进行了 4 次现场问答,共有 105 名游客参加。 四、自拍亭和向游客分发旗帜 中心在有趣的科学画廊中安装了一个自拍亭,游客可以在这里与三色国旗合影。还安装了一块空白画布,上面印有 HGT 门户网站上提供的印刷设计,官员和游客在上面用当地语言写下了他们的 Har Ghar Tiranga 信息。总共有大约 1353 名游客参加。 五、建筑物三色照明 2024 年 8 月 9 日至 2024 年 8 月 15 日,建筑物正面亮起三色灯。中心的场地也用三色图案装饰,以激发游客的爱国主义自豪感。 六、升旗 2024 年 8 月 15 日,果阿科学中心项目协调员 Shri Vilas D. Chaudhari 升起了印度国旗。其他工作人员和公众也出席了此次仪式。总共约有 67 名员工和访客参加了此次活动。 VII. 科学演示讲座 2024 年 8 月 15 日,中心和创新中心的成员以及公众参加了一场干冰表演和迷人的微观世界演示。总共有 148 名访客参加了此次活动。 3. 实验技能测试