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聚焦CRISPR-CAS9遗传筛查揭示了USO1是B细胞急性淋巴细胞白血病的脆弱性
转录后基因调节，包括RNA结合蛋白（RBP），最近被描述为癌症的重要机制。我们以前已经确定了一组RBP，这些RBP在B细胞急性淋巴细胞白血病（B-All）中具有高度失调的RBP，其预后较差。在这里，我们试图通过在B-all细胞系中进行重点的CRISPR辍学屏幕来在功能上表征这些失调的RBP基因，从而发现对包括EIF3E，EPRS和USO1在内的多种基因的依赖性。验证了我们的发现，CRISPR/CAS9介导的USO1在MLL易位的B-ALL细胞中造成的破坏可降低细胞生长，促进细胞死亡并改变细胞周期。对USO1缺陷细胞的转录组分析显示，与MTOR信号传导，RNA代谢和MYC靶标有关的途径发生了变化。此外，这些实验样品中USO1调节的基因在B-All患者收集的主要样本中与USO1表达显着，并一致相关。最后，我们发现USO1的损失抑制了来自Cas9 -EGFP小鼠的原代骨髓细胞中MLL的菌落形成。一起，我们的发现证明了一种执行集中的亚基因组CRISPR筛选的方法，并突出了MLL转移的B-All中推定的RBP脆弱性，从而鉴定了该疾病中的潜在治疗靶标。
噬菌体的生物多样性感染了乳链球菌嗜热
摘要：嗜热链球菌 - 感染噬菌体是乳制品工业中的一个主要问题，尤其是与嗜热生产系统有关的问题。因此，已经进行了许多与全球乳制品行动中这种噬菌体的生物多样性有关的研究。在当前的综述中，我们概述了这些噬菌体的遗传和形态多样性，并通过比较蛋白质组的比较蛋白质组分析复制噬菌体的复制和形态发生模块来强调噬菌体中遗传镶嵌物的来源和程度。评估了选定的噬菌体编码受体结合蛋白（RBP）的系统发育，表明在某些情况下，RBP编码基因已分别获取到形态发生模块，从而突出了这些噬菌体的适应性。这篇综述进一步强调了这些噬菌体的遗传多样性群体所取得的显着进步，同时还总结了该研究领域的剩余知识差距。
语义意识的对象坐标空间...
Rael，10月23日至27日，2022年，第IX部分，第19-34页。Springer，2022。3 [3] Ruoxi Shi，Zhengrong Xue，Yang You和Cewu Lu。Skeleton合并：无监督的对齐键盘检测器。在IEEE/CVF计算机视觉和模式识别会议的会议记录中，第43-52页，2021年。1，2 [4] Ruida Zhang，Yan di，Zhiqiang Lou，Fabian Manhardt，Fed- Erico Tombari和Xiangyang Ji。RBP置态：类别级姿势估计的残留框架投影。在Compoter Vision-ECCV 2022：第17届欧洲会议，特拉维夫，以色列，10月23日至27日，2022年，会议记录，第一部分，第655-672页。Springer，2022。3 [5] Ruida Zhang，Yan Di，Zhiqiang Lou，Fabian Manhardt，Fed- Erico Tombari和Xiangyang ji。RBP置态：类别级姿势估计的残留框架投影。在Compoter Vision-ECCV 2022：第17届欧洲会议，特拉维夫，以色列，10月23日至27日，2022年，会议记录，第一部分，第655-672页。Springer，2022。4
FUS 改变携带 ALS 相关 P525L 突变的人类运动神经元中的 circRNA 代谢
摘要：RNA 代谢失调已成为导致肌萎缩侧索硬化症 (ALS) 疾病中运动神经元 (MN) 退化的关键事件之一。事实上，RNA 结合蛋白 (RBP) 或参与 RNA 代谢方面的蛋白质的突变占 ALS 常见形式的大多数。特别是，与 ALS 相关的 RBP FUS 突变对 RNA 相关过程的许多方面的影响已得到广泛研究。FUS 在剪接调控中起着关键作用，其突变严重改变了编码参与神经发生、轴突引导和突触活动的蛋白质的转录本的外显子组成。在本研究中，通过使用体外衍生的人类 MN，我们研究了 P525L FUS 突变对导致环状 RNA (circRNA) 形成的非规范剪接事件的影响。我们观察到 FUS P525L MN 中 circRNA 的水平发生变化，并且突变蛋白优先与下调 circRNA 两侧含有反向 Alu 重复序列的内含子结合。对于一部分 circRNA，FUS P525L 还会影响它们的核/细胞质分配，证实其参与了不同的 RNA 代谢过程。最后，我们评估了细胞质 circRNA 作为 miRNA 海绵的潜力，这可能与 ALS 发病机制有关。
RNA 结合蛋白的功能筛选可识别促进或限制 CD138+ 浆细胞积累的基因
B 细胞向浆细胞的转变需要对转录组进行大量重新编程。这在一定程度上是通过转录因子和表观遗传调节因子的作用实现的，它们在分层系统中发挥作用，控制分化的时间及其与细胞外信号的协调。信号转导途径和转录后调节因子的整合进一步赋予了该系统内的动态控制。转录后控制的核心作用是由微小 RNA 介导的，例如 Mir148a ( Porstner et al., 2015 ) 和 Mir155 ( Lu et al., 2014 ) 促进浆细胞分化，而 Mir125b ( Gururajan et al., 2010 ) 抑制浆细胞分化。RNA 结合蛋白 (RBP) 在转录过程中或转录后发挥作用，影响表达基因的质量和数量。
AIIB PSI P000880_马哈拉施特拉邦气候适应型分布式可再生能源接入计划
利益相关方参与、信息披露和项目申诉机制。亚投行的环境和社会专家和顾问将在评估期间进一步开展桌面和现场环境和社会筛查和评估，并与项目利益相关方进行磋商，以便进行知情的环境和社会管理系统评估。评估草案将在评估 RBP 之前及时以适当的方式公开披露。MSEDCL 已经有一个功能齐全的申诉机制，即项目级申诉机制 (GRM)。亚投行的 GRM 和受项目影响的人民机制 (PPM) 的信息将及时以适当的方式披露。在项目批准之前，将与 MSEDCL 商定弥补发现的任何差距的环境和社会行动。
基于核酸的靶向降解新进展...
基于核酸的TPD具有以下优势：首先，扩大了细胞内靶蛋白的范围。以核酸基序为弹头的PROTAC已成功用于降解缺乏活性配体结合位点的蛋白质，包括RNA结合蛋白（RBP）、转录因子（TF）和G-四链体（G4）结合蛋白。其次，可用于开发膜蛋白靶向降解的平台（例如双特异性适体嵌合体），核酸适体还可作为靶向递送工具，实现肿瘤特异性靶向降解。第三，核酸基序可作为靶向降解的底物用于治疗RNA疾病。一种新兴的RNA降解技术——核糖核酸酶靶向嵌合体（RIBOTAC）表明PROTAC的嵌合降解原理已扩展到RNA领域。本综述介绍了近年来新兴的基于核酸的TPD策略以及针对核酸（RNA）靶标的靶向降解新策略[3]。
Gene W. Yeo，博士，工商管理硕士 加州大学圣地亚哥分校细胞与分子医学教授 加州大学圣地亚哥分校基因组医学研究所创始成员
Gene Yeo PhD MBA 是加州大学圣地亚哥分校 (UCSD) 细胞和分子医学教授，基因组医学研究所的创始成员，也是 UCSD 干细胞项目和摩尔斯癌症中心的成员。Yeo 博士拥有伊利诺伊大学香槟分校化学工程学士学位和经济学学士学位，麻省理工学院计算神经科学博士学位以及 UCSD 拉迪管理学院 MBA 学位。Yeo 博士担任 UCSD 生物信息学和系统生物学研究生课程联合主任以及遗传学 T32 培训项目副主任。Yeo 博士是一位计算和实验科学家，为 RNA 生物学和治疗学做出了贡献。他的主要研究兴趣是了解 RNA 加工的重要性以及 RNA 结合蛋白 (RBP) 在发育和疾病中的作用。自成立以来，Yeo 博士的实验室一直致力于揭示 RBPs 影响基因表达的分子原理、RBP 介导的转录后基因网络如何促进干细胞和大脑的细胞稳态，以及 RBPs 突变如何导致人类发育和神经退行性疾病。他的实验室率先在人类疾病相关系统中采用计算算法和实验方法，以进行系统和大规模研究。这些多学科方法结合了机器学习、生物化学、分子生物学、基因组学、化学和材料研究。他的实验室开发了系统、稳健且可采用的方法，例如用于大规模绘制蛋白质-RNA 相互作用的增强型 CLIP（Van Nostrand 等人，Nature Methods，2016 年）。 Gene 实验室是研究 RBPs 的主要资源贡献者，这些资源使生物科学许多领域的数百个实验室能够利用这些资源，例如世界上最大的 RBP 特异性抗体资源，这有助于生成和解释迄今为止最全面的数百种 RBP 的 RBP 结合位点图谱 (Van Nostrand 等人，Nature，2020)。他们还系统地发现了在应激过程中凝结成 RNA 颗粒的 RBPs，并展示了利用这些 RBPs 治疗神经退行性疾病的策略 (Markmiller 等人，Cell，2018；Fang 等人，Neuron，2019；Wheeler 等人，Nature Methods，2020)。他的实验室还展示了使用 CRISPR/Cas 蛋白的体内 RNA 靶向 (Nelles 等人，Cell，2016)，并在重复扩增障碍中进行了概念验证 (Batra 等人，Cell，2017；Batra 等人，Nature Biomedical Engineering，2020)。最近，他的实验室开发了 STAMP 技术（Brannan 等人，Nature Methods，2021），这是第一种在转录组范围内识别 RNA 结合蛋白位点和以单细胞分辨率进行翻译测量的方法。Yeo 实验室的工作被《Nature Methods》和《Nature Reviews Genetics》列为“值得关注的方法”，并被《Discover》杂志列为头条新闻。这些努力促成了开发 RNA 相关疾病药物的临床项目。Yeo 博士撰写了 180 多篇同行评议出版物，包括神经退行性疾病、RNA 处理、计算生物学和干细胞模型领域的特邀书籍章节和评论文章；并担任两本 RNA 结合蛋白生物学书籍的编辑。Gene 是 Cell Reports、Cell Research 和 eLife 杂志的编辑委员会成员，也是 Review commons 的顾问委员会成员。Gene 于 2008 年加入加州大学圣地亚哥分校担任助理教授，2014 年晋升为副教授，2016 年晋升为教授。Gene 是索尔克研究所第一位克里克-雅各布斯研究员 (2005-2008)。其他奖项包括阿尔弗雷德·P·斯隆奖学金（表彰他在计算分子生物学领域的工作）（2011 年）、Alpha Chi Sigma-Zeta Chapter Krug 讲师奖（2016 年）、新加坡国家研究基金会访问研究员奖（2017 年）、国际 RNA 学会颁发的首届早期职业奖（2017 年）、Blavatnik 国家奖决赛入围者（2018 年和 2019 年）、圣地亚哥 Xconomy 奖“大创意”获得者（2019 年）和跨领域类别的高被引研究员（2019 年和 2020 年），表彰过去十年全球最具影响力的研究人员。Gene 还是 Paul Allen 杰出研究员（2020 年），并获得了 RNA 学会颁发的 2021 年 Elisa Izaurralde 研究、教学和服务创新奖。 Gene 是 Locanabio、Eclipse Bioinnovations、Enzerna、Proteona、Trotana 和 Circ Bio 等生物技术公司的联合创始人。Gene 曾任或担任 Allen Institute of Immunology、Locanabio、Eclipse Bioinnovations、Proteona、CircBio、Aquinnah、Cell Applications、Tecan、LGC、Sardona Therapeutics、Ladder Therapeutics、Insitro、Trotana、Nooma 和 Ribometrix 的科学顾问委员会成员。Gene 是 Accelerator Life Sciences Partners 的高级顾问。Gene 的实验室目前或之前曾得到美国国立卫生研究院、美国国家科学基金会、加州再生医学研究所、TargetALS、ALS 基金会、国防部、肌强直性营养不良协会、肌强直性营养不良基金会、陈-扎克伯格倡议、武田、基因泰克和罗氏的支持。 Gene 是圣地亚哥新冠疫情研究企业网络 (SCREEN，2020 年) 的创始人，也是圣地亚哥新冠疫情流行病学和研究联盟 (SEARCH，2020 年) 的创始成员。SCREEN 在圣地亚哥拥有约 1000 名科学家成员，专注于基层研究协调和社区外展。SEARCH 专注于病毒流行情况的流行病学研究，完成了一项涉及 12000 人的病毒传播研究。Gene 是 EXCITE (快速新冠识别环境) 实验室的联合主任，该实验室在 UCSD 进行新冠高通量测试，并且是 UCSD 重返学习指导委员会的成员。Gene 是 Biocom 重返工作岗位工作组的成员。吉恩是 DASL（2020 年多样性与科学讲座系列）的创始人，该系列为科学家提供了一个讨论多样性、公平性和包容性挑战并庆祝他们的科学成就的机会。吉恩于 1999 年在军官学校获得荣誉之剑（最高荣誉），并曾在新加坡海军担任海军军官。吉恩已经完成了 2 次全程铁人三项赛和多次半程铁人三项赛、奥运会铁人三项赛、短距离铁人三项赛、全程马拉松和半程马拉松，但现在花时间进行攀岩。
通过长的非编码RNA（LNCRNA）的转录后调节
从真核基因组中发现了数千种非编码RNA（NCRNA）已彻底改变了生物学的“中心教条”，并转移了对RNA作为调节分子的作用的关注，而不仅仅是基因组信息的传统介体。非编码RNA是不编码蛋白质的转录本，通常根据其平均大小（<或> 200 nt）分类为短或长。在几乎所有生物体中都发现了非编码RNA。其中，长期的非编码RNA（LNCRNA）在许多生物过程中在发育和疾病中起关键作用。自发现以来，lncRNA领域已经爆炸，而lncrnas的新作用不断出现，这使得他们的研究是研究任何水平的基因表达调节的优先事项。本期特刊涵盖了NCRNA场专家的七篇评论论文和一篇原始研究文章，并说明了LNCRNA在转录后层次调节基因表达的主要机制。此文章集提供了其多功能角色的完整概述，并在基因表达和相关细胞过程的调节中提出了额外的复杂性。lncRNA的长度，低表达和缺乏序列保守性经常代表其识别和表征的主要技术限制。在他们的评论中，Carter等。提供了详尽的指南，在硅和低到高的吞吐量实验方法中，以帮助研究人员面对这一挑战。Sadeq等。在扩散的大B细胞淋巴瘤细胞中发现他们还提供了关键的见解，以促进我们对LNCRNA如何参与肿瘤发生的理解[1]。已显示出多种RNA结合蛋白（RBP）与LNCRNA合作以调节基因表达。在评论中，Briata和Gherzi引起了人们对LNCRNA – RBP关联的复杂性的关注[2]。它们说明了LNCRNA-RBP复合物可以控制细胞中所有转录过程的各种机制。讨论了内源性LNCRNA相关的DSRNA结构的耐受性，而病毒衍生的DSRNA触发了一个复杂的防御网络；并进一步研究了自身免疫性疾病和癌症治疗的潜在影响[3]。在他们的综述中，Pisignano和Ladomery描述了LNCRNA有助于调节替代剪接的多种机制，以及它们的作用如何进一步增强了mRNA刺激变体的表达，从而增加了复杂生物体中蛋白质组织的多样性[4]。在更细胞质的环境中，卡拉卡斯和Ozpolat讨论了LNCRNA如何通过控制正常和肿瘤条件下的翻译因子和信号通路来影响mRNA的翻译[5]，而Sebastian-Delacruz等。强调了LNCRNA在调节mRNA稳定性和离职率方面的重要性，这是细胞过程和稳态的正确功能的基础[6]。在这方面，在本期特刊中提出的另一项工作中，Munz等。