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从 DNA 到 RNA：RNA 转录和 mRNA 加工
9/03/24 Alberts 的第 6 章 – 第 1 部分：DNA 到 RNA • RNA 转录 • RNA 加工 • 一些相关的 CMB 技术 9/05/24 第 7 章 - 基因表达的控制 • 转录因子 • 激活因子和抑制因子 • RNAi + 文章讨论
异染料素感应组蛋白脱甲基酶IBM1
。cc-by 4.0未经同行评审获得的未获得的国际许可证是作者/筹款人，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年4月6日。; https：//doi.org/10.1101/2024.04.04.04.05.588317 doi：biorxiv Preprint
DNA/RNA Shield™
•DNA/RNA SHIELD™试剂是一种在任何生物样品中稳定核酸的裂解溶液。•消除冷链。确保在环境温度下样品传输/存储期间的DNA/RNA稳定性。•灭活感染剂（病毒，细菌，真菌和寄生虫）。•简单的样品处理。DNA/ RNA可以直接分离而无需取消样品沉淀或试剂去除（与大多数DNA和RNA纯化试剂盒/高通量工作流程兼容）。
RNA 时间戳可识别 RNA 测序中单个分子的年龄
目前的单细胞 RNA 测序 (RNA-seq) 方法仅提供有关基因表达动态的有限信息。我们在此介绍 RNA 时间戳，这是一种通过利用 RNA 编辑推断 RNA-seq 数据中单个 RNA 年龄的方法。为了引入时间戳，我们用一个报告基序标记 RNA，该基序由多个 MS2 结合位点组成，这些位点会募集与 MS2 衣壳蛋白融合的腺苷脱氨酶 ADAR2。ADAR2 与标记 RNA 结合会导致 A-to-I 编辑随时间累积，从而可以以小时级精度推断 RNA 的年龄。通过结合由同一启动子驱动的多个带时间戳的 RNA 的观察结果，我们可以确定启动子何时处于活跃状态。我们证明该系统可以推断多个过去转录事件的存在和时间。最后，我们应用该方法根据过去转录活动的时间来对单个细胞进行聚类。RNA 时间戳将允许将时间信息纳入 RNA-seq 工作流程。
RNA相互作用的肺炎高度毒性克雷伯氏菌的相互作用揭示了一个小的RNA
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
RNA语言模型预测提高RNA功能的突变
结构化的RNA位于许多中心生物学过程的核心，从基因表达到催化。RNA结构预测由于缺乏与有机体表型相关的高质量参考数据而无法为RNA功能提供的，因此无法进行预测。我们提出了石榴石（GTDB获得了带有环境温度的RNA），这是一个固定在基因组分类数据库（GTDB）的RNA结构和功能分析的新数据库。石榴石将RNA序列与GTDB参考生物的实验和预测的最佳生长温度联系起来。使用石榴石，我们开发了序列和结构感知的RNA生成模型，重叠的三重态Tokeni-Zation为GPT样模型提供了最佳的编码。在石榴石和这些RNA生成模型中利用高嗜热RNA，我们确定了核糖体RNA中的突变，这些突变赋予了赋予大肠杆菌核糖体的热稳定性。此处介绍的GTDB衍生的数据和深度学习模型为理解RNA序列，结构和功能之间的连接提供了基础。