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研究论文 小麦 RNA 编辑位点的全基因组调查和功能分析
小麦是一种重要的谷物，全球一半人口都食用小麦。小麦面临环境压力，人们使用了不同的技术（CRISPR、基因沉默、GWAS 等）来提高其产量，但 RNA 编辑 (RES) 在小麦中尚未得到充分探索。RNA 编辑在控制环境压力方面具有特殊作用。对不同类型的小麦基因型中的 RES 进行了全基因组鉴定和功能表征。我们通过 RNA 测序分析采用了六种小麦基因型来实现 RES。研究结果表明，RNA 编辑事件均匀发生在所有染色体上。RNA 编辑位点随机分布，在小麦基因型中检测到 10-12 种类型的 RES。在耐旱基因型中检测到的 RES 数量较多。在六种小麦基因型中还鉴定了 A-to-I RNA 编辑（2952、2977、1916、2576、3422 和 3459）位点。基因本体分析后发现，大多数基因参与了分子过程。还检查了小麦中的 PPR（五肽重复序列）、OZ1（细胞器锌指序列）和 MORF/RIP 基因表达水平。正常生长条件使这三个不同基因家族的基因表达出现差异，这意味着不同基因型的正常生长条件可以改变 RNA 编辑事件并影响基因表达水平。而 PPR 基因的表达没有变化。我们使用变异效应预测器（VEP）来注释 RNA 编辑位点，Local White 在蛋白质的 CDS 区域具有最高的 RES。这些发现将有助于预测其他作物的 RES，并有助于小麦抗旱性的发育。
不可避免的RNA图案和结构服务器
[1]可根据旋转不变性的最小值RNA结构基序的可扩展且可解释的识别，撰写的，Zhou，Malik，Tang，Mathews和Huang。重新梳理202 5。预印本：https：//arxiv.org/abs/2402.17206。[2]通过竞争对手结构的产生和结构分解，Zhou，Tang，Mathews和Huang通过竞争结构的产生和结构分解识别。RECOMB 2024，LNCS 14758的RECOMB会议记录，Springer。https://arxiv.org/abs/2311.08339 [3] RNA设计通过structure-ware Multi-Frontier合奏优化，作者：Zhou，Dai，Li，Li，Ward，Mathews和Huang。ISMB 2023的会议记录；生物信息学，39（supp。 1）。 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad252ISMB 2023的会议记录；生物信息学，39（supp。1）。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad252
NVX-COV2373诱导的具有多发性硬化症患者的T和B细胞免疫力未能对mRNA和病毒载体SARS做出反应
严重的急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-COV-2）大流行已经大大加快了病毒感染和疫苗接种研究的进展。直到2021年11月，有四种SARS-COV-2疫苗已在欧盟获得营销授权，其中两种是基于mRNA的，两个基于病毒矢量技术。多项研究表明，关于预防SARS-COV-2有症状感染和严重的冠状病毒病2019（COVID-19）疾病疗法的mRNA和病毒载体疫苗的良好效率（1-7）。免疫分析提供了针对SARS-COV-2的体液和T细胞反应的证据（8-18）。然而，进一步的研究表明，在某些亚群中，尤其是在因自身免疫性疾病或癌症引起的免疫抑制疗法的患者中，对SARS-COV-2疫苗接种的免疫反应减少甚至缺乏免疫学反应。不幸的是，由于免疫疗法，同一患者有严重的Covid-19疾病病程的风险。免疫抑制治疗用于多发性硬化症（PWMS）的人进行疾病改良。已显示两类MS药物会损害对mRNA和病毒载体疫苗接种的免疫反应。首先，已显示出可预防淋巴结淋巴结淋巴细胞的链球菌1-磷酸受体（S1PR）调节剂，已被证明会损害对SARS-COV-2疫苗接种的体液和T细胞反应（19-21）。第二，单克隆抗CD20抗体的治疗有限的患者能够对SARS-COV-2疫苗进行足够的体液反应能力（22-27）。2021年12月，基于蛋白质的SARS-COV-2疫苗NVX-COV2373在欧盟获得了有条件的营销授权。我们旨在澄清NVX-COV2373是否可以诱导SARS-COV-2特定t-和
改进的 gRNA 二级结构允许编辑抵抗 CRISPR-Cas9 切割的靶位
CRISPR-Cas9 介导的基因组编辑的第一步是切割与 CRISPR 向导 RNA (gRNA) 中所谓的间隔序列互补的目标 DNA 序列。然而，一些 DNA 序列对 CRISPR-Cas9 切割具有抵抗性，这至少部分是由于 gRNA 折叠错误造成的。为了解决这个问题，我们设计了 gRNA，使其恒定部分具有高度稳定的发夹结构，并通过化学修饰进一步增强了它们的稳定性。“基因组编辑优化锁定设计”(GOLD)-gRNA 将基因组编辑效率提高了约 1000 倍（从 0.08% 到 80.5%），其他不同靶标的平均效率提高了 7.4 倍。我们预计，无论间隔序列组成如何，这种改进的 gRNA 都将实现高效编辑，并且在所需的基因组位点难以编辑时将特别有用。
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第 14 章 CRISPR/Cas13：一种用于植物 RNA 编辑的新型新兴工具
摘要 成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）和CRISPR相关蛋白（Cas）是细菌和古菌中对抗入侵核酸和噬菌体的适应性免疫系统。根据效应蛋白的组成，CRISPR/Cas大致分为多种类型和亚型。其中，VI型CRISPR/Cas系统尤受关注，有VI-A、VI-B、VI-C和VI-D四个亚型，被认为从转座子进化而来。这些亚型在结构架构和机制上表现出差异，具有多种Cas13a（C2c2）、Cas13b1（C2c6）、Cas13b2（C2c6）、Cas13c（C2c7）和Cas13d效应蛋白。CRISPR/Cas13 核糖核酸酶将前 crRNA 加工成成熟的 crRNA，后者在病毒干扰过程中靶向并敲除噬菌体基因组的单链 RNA。这种蛋白质的高特异性 RNA 引导和 RNA 靶向能力使其能够与多种效应分子融合，为 Cas13 介导的 RNA 靶向、追踪和编辑领域开辟了新途径。CRISPR/Cas13 具有靶向包括植物在内的 RNA 的独特功能，因此可以用作一种新的工具，用于工程干扰植物病原体（包括 RNA 病毒），具有更好的特异性，并可用于植物中的其他 RNA 修饰。荧光探针标记的失活可编程 Cas13 蛋白可用作体外 RNA 研究的替代工具。工程化的 Cas13 也可用于可编程的 RNA 编辑。CRISPR/Cas13 的高靶向特异性、低成本和用户友好的操作使其成为多种基于 RNA 的研究和应用的有效工具。因此，本章的重点是 CRISPR/Cas 系统的分类、VI 型 CRISPR/Cas 系统的结构和功能多样性，包括其发现和起源、机制以及 Cas13 在植物 RNA 编辑中的作用。
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gdna柱洗涤3-1：gDNA 1st WB-2 [用于植物]500μL→CFG（14,000 rpm，30 sec，4°C）→删除溶液→hispin柱（透明环3-2：shispin ring）：3-2：hispin柱（透明环）GDNA 2ND WB500μL→CFG（cfg 500μl→14,000 sec），4,000 sec，4,000 sec，4,000 sec，4,000 sec，4,000 sec，4,000 rpm，c.14,000 rpm，°C cef（14,000 rpm cm cm c.14,000 sep，rpm cm cm c。集合管中的列（透明环）（2个重复）→[步骤4]进行
ISO/DTR 5757
该文档已开发出提供一套统一的标准术语和定义，以满足生物技术利益相关者的需求并作为基因组编辑技术的参考。基因组编辑领域的标准旨在协调和加速有效的沟通，技术开发，基因组编辑产品的资格和评估。该文档有望提高信心，并阐明基因组编辑领域中的科学沟通，数据报告和数据解释。不包括在农业和食物中应用基因组编辑技术的具体要求。针对特定要求，用户可以咨询由适当的ISO技术委员会制定的标准，例如ISO/TC 34/SC 16用于分子生物标志物分析的水平方法，或ISO/TC 215健康信息学。ISO/TC 34/SC 16用于分子生物标志物分析的水平方法，或ISO/TC 215健康信息学。
靶向免疫原性死亡 - 相关的非编码RNA
癌症免疫疗法已通过刺激宿主免疫系统识别和攻击癌细胞来治疗多种恶性肿瘤。免疫原性细胞死亡（ICD）可以扩增抗肿瘤免疫反应并逆转免疫抑制性肿瘤微环境，从而提高癌症免疫疗法的敏感性。近年来，非编码RNA（NCRNA）已成为ICD和肿瘤免疫的关键调节因素。因此，与ICD相关的NCRNA有望成为优化癌症免疫疗法有效性的新型治疗靶标。然而，尚未全面总结与ICD相关的NCRNA的免疫调节特性。因此，我们总结了有关ICD涉及的NCRNA的当前知识及其在癌症免疫疗法中的潜在作用。它加深了我们对与ICD相关的NCRNA的理解，并通过特定针对ICD相关的NCRNA提供了一种新的策略来增强癌症免疫疗法。