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编辑的作用是什么？了解腺苷脱氨酶作用于 RNA 的 A-to-I RNA 编辑的生理功能
腺苷到肌苷 (A-to-I) 编辑是一种 RNA 转录后修饰，可改变其序列、编码潜力和二级结构。在作用于 RNA 的腺苷脱氨酶 (ADAR) 蛋白 ADAR1 和 ADAR2 的催化下，A-to-I 编辑发生在小鼠的约 50 000 – 150 000 个位点上，而人类的位点则达到数百万个。绝大多数 A-to-I 编辑发生在重复元素中，这解释了物种间位点总数的差异。ADAR1 在哺乳动物中编辑的主要物种保守作用是抑制未编辑的细胞来源的内源性 RNA 引起的先天免疫激活。在没有编辑的情况下，反向配对序列（例如 Alu 元素）被认为会形成稳定的双链 RNA (dsRNA) 结构，从而触发 dsRNA 传感器（例如 MDA5）的激活。一小部分编辑位点位于编码序列内，并且在后生动物中进化保守。已证明 ADAR2 编辑对于大脑神经递质受体的重新编码具有生理重要性。此外，RNA 编辑的变化与各种病理状态有关，从严重的自身免疫性疾病 Aicardi-Goutières 综合征到各种神经发育和精神疾病以及癌症。但是，检测到编辑位点是否意味着功能重要性？人类和转基因小鼠模型中的遗传学研究以及进化基因组学已开始阐明 A-to-I 编辑在体内的作用。此外，最近的发展表明在癌症等病理条件下编辑可能具有不同的功能。
利用 CasPlus 和优化的向导 RNA 预防工程化人类原代 T 细胞中的大量缺失和染色体丢失
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。
https://doi.org/10.1038/s41551-024-01245-z 文章通过体外和原位环化 RNA 实现稳健的基因组和细胞工程
环化可以提高 RNA 的持久性，但缺乏简单且可扩展的方法来实现这一点。在这里，我们报告了两种有助于寻找环状 RNA (cRNA) 的方法：使用 II 组内含子通过体外环化开发的 cRNA，以及通过普遍表达的 RtcB 蛋白通过细胞内环化开发的 cRNA。我们还报告了简单的纯化方案，可实现高 cRNA 产量 (40-75%)，同时保持低免疫反应。这些方法和方案促进了干细胞工程的广泛应用，以及通过锌指蛋白和 CRISPR-Cas9 实现强大的基因组和表观基因组靶向。值得注意的是，与心肌细胞和神经元中的线性加帽 RNA 相比，带有脑心肌炎内部核糖体进入的 cRNA 能够实现强大的表达和持久性，这突出了 cRNA 在这些非分裂细胞中的效用。我们还描述了通过以 cRNA 形式递送的去免疫 Cas9 进行基因组靶向，以及用于组合筛选去免疫蛋白质变体的远程多路复用蛋白质工程方法，该方法使 cRNA 递送蛋白质的表达持久性和免疫原性之间能够兼容。cRNA 工具集将有助于治疗学的研究和开发。
化学修饰的 AsCas12a 向导 RNA 可改善不同组织中脂质纳米颗粒介导的体内基因编辑
（Cytiva）。LNP 货物是编码工程 AsCas12a 核酸酶和 gRNA 的 mRNA，重量比为 1:1。通过 RiboGreen 测定法（ThermoFisher Scientific）评估 LNP 的包封率大于 80%，多分散性指数 (PDI) <0.2，通过 Zetasizer 分析（Malvern Panalytical，型号 ZSU3205）评估平均直径大小 <105 nm。• 细胞培养处理：用指定浓度的包封 AsCas12a mRNA 的 LNP 处理细胞，并在转染后 72 小时分离 gDNA。原代人肝细胞 (PHH) 的转染包括重组人载脂蛋白 E。进行基于扩增子的下一代测序 (NGS) 以确定编辑百分比。 • 小鼠眼内体内编辑：通过前房内注射将 LNP 递送至每只 hMYOC Y437H（具有 Y437H 突变的人类肌动蛋白基因）敲入小鼠的一只眼中。注射后一周，解剖眼球，从前房分离 mRNA。采用基于转录本的 RT-ddPCR 检测来测量剩余 hMYOC mRNA 的程度。 • 小鼠肝脏内体内编辑：通过尾静脉静脉注射将 LNP 递送至 hMYOC Y437H 小鼠。注射后一周，解剖肝脏，分离 gDNA，并进行基于扩增子的 NGS 以确定编辑百分比。 • 体外结合亲和力测量：将标记的未修饰的向导与重组工程 AsCas12a 和浓度不断增加的修饰“测试”向导混合，在室温下孵育 3 小时，然后在硝酸纤维素印迹膜 (Cytiva) 和 Hybond N+ 膜 (Cytiva) 上进行双重过滤分离。在每个膜上定量荧光标记的未修饰向导，并计算结合的未修饰向导的百分比。标记的未修饰向导的结合百分比降低是由于来自修饰的“测试”向导的结合竞争。
CRISPR-CAS9基因组和长期非编码RNA作为前列腺癌治疗的新型诊断指数，该指数通过脂质体涂层化合物
crispr/cas9是一种最近发现的基因组编辑技术，它改变了科学家在研究基因功能方面的视力。cas9通过引导（g）RNA控制，该引导符合裂解以修饰相应基因的DNA。前列腺癌（PC）建模的发展不仅是针对识别前列腺细胞癌的信号传导途径的新型资源的，而且还为检查治疗的治疗剂来抵消这种类型的癌症的治疗方法创造了广泛的储藏。已经开发了几乎模仿人类前列腺癌的各种培养的针对前列腺癌的体细胞大鼠模型。纳米药物可以通过特定的传说增加生物利用度和结合来被动地靶向癌细胞，从而有助于系统性降低和提高疗效。本文重点介绍了脂质体负载的纳米米医学作为前列腺罐的潜在治疗方法，并阐明了伴有前列腺癌的CRISPR/CAS9变异。PC是通过乙基雌二醇在西大鼠模型中实验诱导的4周和SC。剂量为3，2'-二甲基-4-氨基苯基雌二醇（DAE）（50mg/kg），然后通过靶向脂质体涂层化合物进行处理，然后通过脂质体涂层化合物（例如脂质体去氨甲米松（DXM）），脂质体doxoru- doxoru- bicIn（dox）和四周（dox）（dox）（dox）（dox）turmical iperic（turmic of turmical（turmic of turmeric of）对其非靶向类似物地塞米松，阿霉素和姜黄的比较研究。3，2'-二甲基-4-氨基苯基雌二醇在5个月内引起西部大鼠的前列腺癌。 据报道，包括Malat1在内的前列腺细胞癌中对几个长的非编码RNA进行了管制。3，2'-二甲基-4-氨基苯基雌二醇在5个月内引起西部大鼠的前列腺癌。据报道，包括Malat1在内的前列腺细胞癌中对几个长的非编码RNA进行了管制。与这些脂质体化合物同时补充对前列腺癌的影响；通过前列腺特异性抗原（PSA），一氧化氮（NOX）和CRISPR/CAS9基因编辑研究了肿瘤标记。 另一方面，还研究了apoptotic生物标志物局灶性激酶（AKT-1），磷脂酰氨基烷醇激酶（PI3K）和糖原合酶激酶3（GSK-3）的基因表达，并还研究了这些结果，并通过HIS-HIS-拓扑核对学检查了这些结果。 脂质体负载的地塞米松；阿霉素和姜黄可以通过调节CRISPR/CAS9基因编辑和长期非编码基因MALAT1来视为前列腺癌的有希望的治疗剂。与这些脂质体化合物同时补充对前列腺癌的影响；通过前列腺特异性抗原（PSA），一氧化氮（NOX）和CRISPR/CAS9基因编辑研究了肿瘤标记。另一方面，还研究了apoptotic生物标志物局灶性激酶（AKT-1），磷脂酰氨基烷醇激酶（PI3K）和糖原合酶激酶3（GSK-3）的基因表达，并还研究了这些结果，并通过HIS-HIS-拓扑核对学检查了这些结果。脂质体负载的地塞米松；阿霉素和姜黄可以通过调节CRISPR/CAS9基因编辑和长期非编码基因MALAT1来视为前列腺癌的有希望的治疗剂。
使用植物衍生的外泌体样纳米颗粒作为基于CRIS/ CAS9的疗法的输送系统，用于编辑癌症中长的非编码RNA div>
结肠癌是美国癌症的主要原因之一。结肠癌是由结肠癌细胞基因组中的许多基因突变发展而来的。长的非编码RNA（LNCRNA）会导致许多癌症（包括结肠癌）的发育和进展。lncRNA已经并且可以通过簇状的定期间隔短的短质体重复序列（CRISPR）相关的核酸酶9（CRISPR/CAS9）系统的聚类重复序列的基因编辑技术来纠正，以减少结肠癌细胞的增殖。但是，许多用于运输基于CRISPR/CAS9的疗法的当前输送系统需要更多的安全性和效率。基于CRISPR/CAS9的治疗药需要安全有效的递送系统，以更直接，更明确地靶向结肠中存在的癌细胞。本综述将提供有关使用植物衍生的外泌体样纳米颗粒作为纳米载体的效率和安全性的相关证据，以提供基于CRISPR/CAS9的疗法以直接靶向结肠癌细胞。
摄入单个引导 RNA 可通过激活 CRISPR 来诱导基因过度表达并延长秀丽隐杆线虫的寿命
秀丽隐杆线虫是一种用于研究发育和衰老遗传学的多功能模型生物，通过给线虫喂养表达特定 dsRNA 的细菌可以抑制其基因表达。之前已证实通过常规转基因技术过表达缺氧诱导因子 1 ( hif-1 ) 或热休克因子 1 ( hsf-1 ) 可延长线虫寿命。然而，目前尚不清楚其他基因过表达方法是否可行，尤其是随着基于 CRISPR 的技术的出现。本文中，我们表明，给经过基因改造以稳定表达 Cas9 衍生的合成转录因子的秀丽隐杆线虫喂养表达启动子特异性单向导 RNA (sgRNA) 的细菌也可以激活基因表达。我们证明，通过摄取针对 hif-1 或 hsf-1 各自启动子区域的 sgRNA 激活 CRISPR 可增加基因表达并延长秀丽隐杆线虫的寿命。此外，作为旨在使用 CRISPR 激活秀丽隐杆线虫的未来研究的计算机资源，我们提供了预测的启动子特异性 sgRNA 靶序列，用于超过 13,000 个秀丽隐杆线虫基因，并具有实验定义的转录起始位点。我们预计本文描述的方法和组件将有助于促进全基因组基因过表达研究，例如，通过将表达 sgRNA 的细菌喂给线虫来诱导转录，以识别衰老或其他感兴趣的表型的调节因子。
方法，一种简单有效的方法，可在T7 RNA聚合酶转录的RNA的3 9个末端减少非伪装的核苷酸添加
在体外通过T7 RNA聚合酶在体外进行转录是最广泛使用的方法，用于生产用于多种应用的RNA，包括结构和生化研究以及潜在的治疗学（Mil- Liligan等，1987; Turek＆gold，1990; Symensma等，1996; Siegel et al +，1996; ity of the T7 polymerase products and necessitate the careful purification of the desired RNAs + These reac- tions include the synthesis of oligonucleotides aborted during the initiation of transcription (Martin et al +, 1988 ; Moroney & Piccirilli , 1991) , polymerase slippage (Mac- Donald et al +, 1993) , the use of alternative template initiation sites (Pleiss et al +, 1998; Krupp，1988） +以前，Moran等人（1996）证明了DNA模板
通过选择性修饰带有 2'-氟和锁定核酸的向导 RNA 来提高 CRISPR/Cas9 系统的稳定性和特异性
摘要：利用 CRISPR/Cas 系统组件的基因组编辑方法已广泛应用于分子生物学、基础医学和基因工程。一种有前途的方法是通过修改基于 CRISPR/Cas 的基因组编辑系统的组件来提高其效率和特异性。在这里，我们设计并化学合成了含有修饰核苷酸（2'-O-甲基、2'-氟、LNA — 锁定核酸）或在某些位置含有脱氧核糖核苷酸的向导 RNA（crRNA、tracrRNA 和 sgRNA）。我们比较了它们对核酸酶消化的抵抗力，并检查了由这些修饰向导 RNA 引导的 CRISPR/Cas9 系统的 DNA 切割效率。用 2'-氟修饰或 LNA 核苷酸替换核糖核苷酸增加了 crRNA 的寿命，而其他类型的修饰不会改变它们的核酸酶抗性。 crRNA 或 tracrRNA 的修饰可保持 CRISPR/Cas9 系统的有效性。否则，具有修饰 sgRNA 的 CRISPR/Cas9 系统会显著降低 DNA 切割有效性。2'-氟修饰 crRNA 的系统 DNA 切割动力学常数较高。crRNA 的 2'-修饰还可降低体外 dsDNA 切割的脱靶效应。
NHL和CLL中的PI3K抑制剂：未实现的承诺
目的：积累证据表明，长的非编码RNA（LNCRNA）在胃癌化学抗性（GC）中起着至关重要的作用。目前的系统评价总结了与化学抗性有关的LNCRNA的新兴作用，潜在目标或途径以及调节机制，并提出了LNCRNA作为GC的新治疗靶点的许多临床意义。方法：对参与GC化学抗性的LNCRNA的研究进行了系统的综述，直到2020年7月在PubMed和Web of Science数据库中进行了研究，并且详细概述了表达形式，在化学耐药性，靶或途径中的作用，相应的药物和相关LNCRNAS的潜在机制。结果：该系统综述总共包括48项研究。在这些研究中，有32个涉及单一耐药性，16个涉及多药耐药性（MDR）。收集的48项研究描述了GC药物耐药细胞中的38个LNCRNA，包括33个上调和5个下调的LNCRNA。顺铂（DDP）是研究最多的药物，LncRNA Malat1是与GC化学耐药性有关的研究最多的LNCRNA。GC中LNCRNA的化学耐药性的潜在机制主要包括凋亡的减少，自噬的诱导，DNA损伤的修复，促进上皮 - 间质转变（EMT）和相关信号通路的调控。结论：lncRNA在GC的化学上起着至关重要的作用，并且是该疾病的新型治疗靶标。迫切需要详细的化学抗性机制，翻译研究和临床试验GC中的LNCRNA。关键字：胃癌，GC，长的非编码RNA，LNCRNA，化学抗性，多药耐药性，MDR