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REDInet：基于 TCN 的 A-to-I RNA 编辑检测分类器，利用数百万个已知事件
和 WGS 数据中存在 A-to-G 证据或所有样本中均无 A-to-G 证据的位点被标记为阳性。相反，在 WT、SI 和 WGS 数据中存在 A-to-G 证据或所有样本中均无 A-to-G 证据的位点被标记为阴性。RNAseq 的最小深度为 50，WGS 的最小深度为 10。如果每个 A-to-G 变化至少有 3 个 G 支持或显示替换率 > = 1%，则将其视为阳性和阴性候选者。最终使用 REDItools [12, 19] 包中兼容 python3 的 AnnotateTable.py 脚本版本对阳性和阴性候选者进行注释。重复性位点
Laurine Lambelin | irhs- inraeLaurine Lambelin | irhs- inrae
«鉴定候选基因的定量抗性，是由真菌外交斑rosae»irhs Angers引起的 - “装饰植物的遗传学和多样性”的目的：表征耐药性玫瑰基因型，广泛用于繁殖级别，从表型级别到繁殖水平，从而更好地相互作用，并获得了工厂的互动，并获得了植物互动的理解。RNASEQ数据分析（FastP，FastP，Salmon，R packages deseq2，DegReport），KASP标记的设计，QTL分析（JoinMap，r/QTL），显微镜
转录组在法医遗传学中的重要性。
确定污渍年龄 • 了解污渍的沉积时间 (TsD) 至关重要 • 通过分析 DNA 和 RNA 等生物分子随时间变化的降解来确定 TsD • RNA 完整性数 (RIN) 可用于评估降解的质量和水平，这已由 Lin 等人的研究证实。 • Weinbrecht 等人使用 RNASeq 分析一些染色剂随时间降解的情况 材料与方法：样本描述 RNA 分离 cDNA 文库制备 测序
将个性化药物带到新的水平
BostonGene achieves the most comprehensive overview of a tumor through whole exome (WES) and transcriptome (RNAseq) sequencing to detect genomic alterations such as fusions, single nucleotide variants (SNV), indels, copy number alterations (CNA), tumor mutational burden (TMB), microsatellite instability (MSI), fusions, frameshifts,超过20,000个基因的重排和表达水平。Bostongene肿瘤肖像™测试结合了精确的数据处理和专有算法，以生成易于理解的肿瘤示意图，即分子功能肖像*。
应用基因技术防治水产养殖传染病
图 1 探索提供宿主抵抗力的机制的遗传基础。宿主对海虱的抵抗力可能受到环境和饮食因素的影响，这些因素可增强或抑制鲑鱼的免疫力、免疫细胞反应（适应性和先天性免疫系统）、吸引虱子到宿主的利他素以及虱子分泌的抑制或触发宿主免疫力的蛋白质（红色文本）。绿色文本列出了可能促进大西洋鲑、粉红鲑和抵抗力更强的鲑鱼品系宿主免疫力的更详细过程和因素。寻找感染后关键时间点上调或下调的宿主基因：（1）全基因组关联研究可以识别与宿主抗性相关的染色体区域的基因，（2）单核 RNA 测序（snRNA 测序）可用于研究靠近鲑鱼和虱子界面的宿主组织中哪些细胞类型群体有反应，（3）空间转录组学和空间蛋白质组学可用于精确绘制反应发生的位置，（4）蛋白质组学可用于发现宿主细胞和虱子免疫调节蛋白之间的相互作用（抑制或触发宿主免疫），（5）RNA 测序可用于研究宿主的信息化学产生和虱子对利他素的转录组反应，（6）基因编辑可用于测试影响宿主抗性的假定基因，通过用海虱实验挑战编辑和未编辑的鲑鱼并比较附着的虱子数量
Gomez-Deza实验室正在寻找一个雄心勃勃的生产后博士后加入团队。
涉及我们：我们的团队致力于了解人类神经元在健康和疾病中退化的分子机制。我们通过将神经元暴露于已知会引起疼痛的化学治疗剂中诱导变性。但是，我们的研究广泛适用于其他神经退行性疾病，例如青光眼，创伤性脑损伤或肌萎缩性侧索硬化症（ALS）。我们采用了广泛的分子和生化技术，包括IPSC分化为人类神经元，整个基因组CRISPR干扰筛选，RNASEQ，CRISPR敲除/敲除和高级显微镜。
Oric-944，一种具有最佳特性的有效和选择性的变构PRC2抑制剂，可与AR途径抑制剂结合结合
注意：EZH1，增强Zeste同源物1。ezh2，增强Zeste同源物2。eed，胚胎外胚层的发育。suz12，zeste 12的抑制器。H3K27，赖氨酸的组蛋白H3 27。右 - 使用弹弓[Street等。Bolis等人的RNASEQ数据集上的 BMC基因组学（2018）。 nat Comm（2021），Yun等。 Oncotarget（2017），Liu等。 nat Comm（2020）。 PRC2靶基因：87基因多孔抑制特征，源自转移性前列腺肿瘤[Yu等。 癌症Res（2007）]。BMC基因组学（2018）。nat Comm（2021），Yun等。Oncotarget（2017），Liu等。 nat Comm（2020）。 PRC2靶基因：87基因多孔抑制特征，源自转移性前列腺肿瘤[Yu等。 癌症Res（2007）]。Oncotarget（2017），Liu等。nat Comm（2020）。PRC2靶基因：87基因多孔抑制特征，源自转移性前列腺肿瘤[Yu等。癌症Res（2007）]。癌症Res（2007）]。
一种富含克罗恩氏病的新型非常规T细胞群
抽象目的是解释IBD中促炎性免疫反应的当前假设之一是T细胞对但未知的肠道抗原的失调。因此，可以通过分析IBD和对照组的患者的外围和肠受体（TCR）库来鉴定与疾病相关的T细胞clonotypes。设计，我们使用高吞吐量测序对TCRα和β链进行了散装TCR库分析，该测序是在共有244例IBD和健康对照患者的外周血样本中，以及59例具有IBD和疾病对照的患者的血液和肠道组织的患者。我们通过单细胞RNASEQ进一步表征了特定的T细胞clonotypes。结果，我们确定了一组以半不变的TCRα链为特征的克隆型，将在克罗恩病（CD）患者的血液中显着富集，并且在CD8 + T细胞群中尤其扩大。单细胞RNASEQ数据显示了这些细胞的先天样表型，具有可比的基因表达与非常规T细胞（如粘膜相关的不变T和天然杀伤T（NKT）细胞），但具有独特的TCR。结论我们确定并表征了非常规Crohn相关的不变T（CAIT）细胞的亚群。多个证据表明这些细胞是NKT II型人群的一部分。该人群对CD或其子集的潜在影响尚待阐明，并且在未来的研究中，CAIT细胞的免疫表型和抗原反应性需要进一步研究。
欧洲的历史学家diIEL研究IEL研究
大约15-30％的晚期乳腺癌患者的大脑转移肿块。去除与肿瘤相关的巨噬细胞（TAM）决定了肿瘤进展的增加（表明TAM的肿瘤作用），而微细胞细胞的作用是脑部的大多数，代表了大脑的大多数，其潜在的电位是免疫疗法工具，目前尚不清楚。在最近在杂志自然细胞生物学上发表的文章中，作者证明了Micoglia的抗肿瘤作用，该抗肿瘤作用支持T和NK淋巴细胞的活性，能够限制脑转移的发展。 t淋巴细胞反过来促进了微型乳突的活性，从而诱导了微细胞细胞的全部激活及其抗肿瘤活性。 结果。 分析（通过单细胞上的RNASEQ）在临床前模型中，在大脑中转移中的免疫细胞的基因表达（通过注入带有GFP标记的乳腺癌细胞的血液获得），作者几乎完全鉴定了一种特定的小胶质细胞亚群。 这些与转移酶相关的泥层细胞的基因表达谱为在最近在杂志自然细胞生物学上发表的文章中，作者证明了Micoglia的抗肿瘤作用，该抗肿瘤作用支持T和NK淋巴细胞的活性，能够限制脑转移的发展。t淋巴细胞反过来促进了微型乳突的活性，从而诱导了微细胞细胞的全部激活及其抗肿瘤活性。结果。分析（通过单细胞上的RNASEQ）在临床前模型中，在大脑中转移中的免疫细胞的基因表达（通过注入带有GFP标记的乳腺癌细胞的血液获得），作者几乎完全鉴定了一种特定的小胶质细胞亚群。这些与转移酶相关的泥层细胞的基因表达谱为
在深层转录组数据集中研究RNA编辑，并用重新分类
RNA编辑是一种广泛的转录后机制，能够通过插入/缺失或基本替换来修改成绩单。它在哺乳动物中很突出，其中数百万腺苷被酶的成员脱离插入。a-to-i RNA编辑具有大量的生物学功能，但在大规模转录组数据集中的检测仍然是未解决的计算任务。为此，我们开发了Reditools，这是第一个软件包，该软件包专门用于RNA编辑Pro filefifing RNA序列（RNASEQ）数据。它已成功地用于人类转录组中，证明了RNA编辑的组织和细胞类型特异性及其普遍性。在我们的专业重复数据库中收集了有关人类RNASEQ数据的大规模重新分析分析的结果，其中包含超过450万个事件。在这里，我们详细描述了两个基于我们的计算资源，重新数字和重复的生物信息学过程。在第一个程序中，我们概述了在人类细胞系NA12878中检测RNA编辑的工作流，为此，转录组和整个基因组数据可用。在第二个程序中，我们展示了如何在亨廷顿疾病供体的验尸样本中鉴定在特定的重新编码位点上的非调节编辑。在64位计算机上运行≥32GB的随机存储器（RAM）的Linux上，这两个过程均应使用4至24个内核，〜76 h。我们的方案旨在研究具有可用转录组和/或基因组读数的不同生物体中的RNA编辑。可以在https://github.com/bioinfouniba/reditools上获得完成这两个过程和Docker映像的脚本。