XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemRNASEQ
马达加斯加长春花基因组的最新版本
摘要 马达加斯加长春花（Catharanthus roseus）属于夹竹桃科。这种药用植物原产于马达加斯加，可生产许多重要药物，包括单萜吲哚生物碱 (MIA) 长春新碱和长春花碱，用于世界各地治疗癌症。在这里，我们提供了一个新版本的 C. roseus 基因组序列，该序列是通过结合 Oxford Nanopore Technologies 长读和 Illumina 短读获得的。这个更连续的组装由 173 个支架组成，总长度为 581.128 Mb，N50 为 12.241 Mb。使用公开的 RNAseq 数据，预测并功能注释了 21,061 个蛋白质编码基因。总共 42.87% 的基因组被注释为可转座因子，其中大多数是长末端重复序列。随着对 MIA 产生植物基因组的了解日益增多，这个更新版本应该会简化进化研究，从而更好地了解 MIA 生物合成途径的进化。
结肠癌中的铝生物蓄积，撞击上皮 - 间质转换和细胞死亡
我们研究了人类结肠癌样品中铝（AL）的存在及其与涉及癌症进展的生物学过程的潜在关联，例如上皮到间充质转变（EMT）和细胞死亡。从接受结肠切除的患者中收集了连续的结肠样品。从每位患者中收集肿瘤和正常粘膜，并进行组织学，超微结构和无组织化学分析。此外，来自两名Al阳性患者的结肠样品接受了多摩变ANA乳胶，包括整个基因组测序和RNA测序（RNASEQ）。莫林染色，用于鉴定原位铝生物积累，显示出在24％的患者肿瘤区域中存在AL。透射电子显微镜和能量分散性X射线微分析证实了Al在与线粒体结肠癌细胞相邻的细胞质内义电义纳米异常中的存在。进行了波形蛋白和核β-蛋白酶的免疫组织化学分析，以突出EMT现象的发生
生物打印 - UTS的作品
3D生物打印斑块的心外膜移植代表了针对梗塞诱导的心肌损伤的有前途的保护策略。我们先前表明，含有心脏球体的3D生物打印组织（在藻酸盐/明胶（alggel）水凝胶中）促进了细胞活力/功能和内皮细胞管状自组件。在这里，我们假设生物打印的心脏球体斑块可改善心肌梗塞后心脏功能（MI）。为了确定单独或用细胞的水凝胶的治疗效果，将MI小鼠移植到：（i）Alggel caellular斑块，（ii）具有自由悬浮心脏细胞的alggel，（III）带有心脏球体的Alggel。我们包括对照MI小鼠（无治疗）和接受假手术的小鼠。我们进行了28天的测量，包括超声心动图，流式细胞仪和转录组分析。我们的结果测量了所有小鼠的基线基线（手术前）左心室射血分数（LVEF％），为66％。手术后，假（非敏感）的LVEF％为58％，MI（无治疗）小鼠为41％。斑块移植增加了LVEF％：55％（细胞； P = 0.012），59％（细胞； P = 0.106），64％（球体； P = 0.010）。流式细胞术表明宿主心脏组织免疫细胞种群随着治疗而变化。RNASEQ转录组显示了用心脏球形斑块处理的假和小鼠的类似基因表达谱。 挤出3D生物打印允许水凝胶斑块的产生，甚至可以保留直接悬浮在生物墨水中的微动心球体。RNASEQ转录组显示了用心脏球形斑块处理的假和小鼠的类似基因表达谱。挤出3D生物打印允许水凝胶斑块的产生，甚至可以保留直接悬浮在生物墨水中的微动心球体。炎症和遗传机制可能在梗塞心脏斑块移植后调节宿主反应中起重要作用。未来的研究来阐明这些初始发现的潜在的免疫细胞和基因表达相关的分子机制。
成年哺乳动物中的神经干细胞不是星形胶质细胞
在21世纪的研究结束时摘要属于成年哺乳动物亚脑室内区（SVZ）的细胞，将神经干细胞（NSC）定为星形胶质细胞的亚型。在随后的几年中，许多研究进一步构成了这些NSC的特性，并将其与实质星形胶质细胞进行了比较。在这里，我们已经评估了迄今为止收集的证据，以确定将NSC分类为星形胶质细胞是否适当且有用。我们还使用了4个先前发布的数据集进行了元分析，这些数据集使用细胞分类和无偏的单细胞RNASEQ突出显示成年鼠NSC和小裂星形胶质细胞的独特基因表达蛋白。根据我们对星形胶质细胞与NSC的性质和功能的特性和功能的理解，从我们的比较转录组分析中，我们得出的结论是，将成年哺乳动物NSC作为星形胶质细胞分类为潜在的误导。从我们的角度来看，提到成年哺乳动物SVZ中的细胞，该细胞保留了生产新神经元和麦克罗利亚作为NSC的能力而不连接“星形胶质细胞样”一词的能力。”
南方 & 北方印迹
南方印迹和北方印迹都是将核酸转移到膜上的分子生物学技术，随后通过杂交程序检测特定的核酸序列。南方印迹用于识别特定的 DNA 序列，例如找出生物体中存在多少个特定基因的拷贝，而北方印迹用于比较不同生物体之间的 mRNA 池。由于 RNAseq、微阵列和 RT-PCR 现在是分析物种间 mRNA 池的常用方法，有时也更灵敏，因此北方印迹现在不太常用。另一方面，南方印迹仍然是一种非常流行的方法，因为与 PCR 相比，它还可用于识别直系同源或旁系同源基因、外来基因的部分插入或基因组内特定基因的拷贝数，因为只需要知道基因的基本序列，而不需要知道特定的引物结合位点。由于如今很少进行北方印迹实验，因此本信息手册将主要关注南方印迹实验。
的欧洲女主角格式
技能在基因组和功能基因组领域的经验大约25年，在各种类型的肿瘤病理学中占据了“多霍米克”分析的发展和执行。在织物和液体活检（血浆，CSF，尿液等）的NGS分析方面具有深入的知识，其平台的平台为：i）第二代人（NextSeq，Novaseq XPlus）对整个ESOM，RNASEQ，miRNaseq，miRNaseq，甲基化，甲基化，CNV，Metagenomica和Metagenomica和Metatrastrascittomica; ii）第三代作为甲基化/CNV的纳米孔。在“多霍姆”数据的管理和处理方面具有悠久的经验，包括使用工具的能力：i）在R环境中分析统计计算和图形的R环境中的数据； ii）识别由大学课程认证的途径（GSEA，Ingenuitity途径分析，Cytoscape）（“生物信息学”和“生物信息学方法”； Valentini教授。米兰的生物分子和生物信息学生物技术学位）。
supp。数据文件
低通的全基因组测序，整个外显子组测序和RAW RNASEQ数据可在SRA数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra）中提供 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA672256), PRJNA1144469 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/ PRJNA1144469) and PRJNA889550, （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=prJNA889550）。rpe1-htert克隆的全基因组CRISPR/CAS9筛选数据可在DEPMAP数据库21Q3版本（https://figshare.com/articles/dataset/ depmap_21q3_public/15160110）中获得。miRNA表达原始数据可在GEO数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）中获得，登录号GSE247267（https：///www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo/qeo/quer/query/acc.cc.cc.cccccc.comcc，c，c，c，c，cccccccccccc，ccccc，ccccc，ccccc，24,,,蛋白质表达式原始数据可在登录号下方的骄傲数据库中获得PXD048833（http://central.proteomeomexchange.org/cgi/getDataSet？id = PXD048833）。药物筛查数据可在药物重新利用中心（https://repo-hub.broadinstitute.org/repurposing#home）中获得。癌细胞系的表达，CRISPR/CAS9和RNAi数据可在DEPMAP数据库22Q1版本（https://figshare.com/articles/dataset/depmap_22q1_public/19139906）中获得。所有这些都是自出版之日起公开可用的。
减少皮肤CD200：牛皮癣中的CD200R1信号传导增强了中性粒细胞的皮肤
pn皮肤具有前杂种蛋白质组学21和静态22 - 24个特征，导致炎症状态。8个因素决定这种有利状态的因素尚不清楚，但可能涉及遗传学和以前的环境侮辱。确定CD200R1信号是否失调并因此导致牛皮癣易感性，通过流式细胞仪在NN和PN皮肤中评估CD200R1水平。PP皮肤很大程度上没有检查，因为变化可能是发病的结果，而不是导致易感性。CD200R1在大多数免疫和非拓扑（CD45-阴性）细胞上表达，并在NN和PN皮肤中类似表达（支持信息：图S1）。尽管CD200R1水平相似，但如果配体水平受干扰，信号传导可能会失调。因此，通过定量聚合物ASE链反应（QPCR）评估CD200表达，揭示了PN与NN皮肤的表达降低（图1A），从而确认了先前的RNASEQ数据。25 CD200在PP皮肤中也可能会降低（图1A），但是需要增加样本量以确认这一点。通过流式细胞术，在止血细胞中无法检测到CD200（数据未显示），但在CD45，hla -hla -dr，dr， - - 和cd45 -hla -hla -hla- dr +
蛋白质降解和基因表达博士后研究员
德克萨斯大学西南医学中心细胞生物学系 Kevin Mark 博士的实验室提供博士后培训职位，研究蛋白质质量控制和降解如何在发育过程中调节基因表达。Mark 实验室有几个令人兴奋的项目，涉及了解泛素-蛋白酶体系统靶向转录和翻译机制以影响细胞过程的机制，以及此类途径的破坏如何导致癌症和神经退行性疾病。博士后学者将有机会在令人兴奋、快速发展的生物医学科学领域工作，同时学习核酸和蛋白质生物学的最新方法。我们的实验室使用多种方法进行研究，包括基因组编辑、流式细胞术、共聚焦显微镜和蛋白质组学，以及标准生化技术，如克隆、免疫沉淀、蛋白质印迹和 RNAseq。博士后候选人将可以使用德克萨斯大学西南分校的众多共享设施，这些设施为高通量筛选、下一代测序、活细胞成像、质谱和低温电子显微镜 (cryo-EM) 提供支持。
子宫内膜癌的 Wee1 靶向治疗
摘要：EphA2 酪氨酸激酶在许多癌症中上调，与患者（包括子宫内膜癌患者）的较差生存率相关。针对 EphA2 的药物已显示出适度的临床益处。为了提高对此类药物的治疗反应，我们进行了高通量化学筛选，以发现针对 EphA2 的新型协同伙伴。我们的筛选确定了 Wee1 激酶抑制剂 MK1775 是 EphA2 的协同伙伴，并通过体外和体内实验证实了这一发现。我们假设 Wee1 抑制会使细胞对 EphA2 靶向治疗敏感。联合治疗降低了细胞活力，诱导了细胞凋亡，并降低了子宫内膜癌细胞系的克隆形成潜力。子宫内膜癌的体内 Hec1A 和 Ishikawa-Luc 原位小鼠模型对联合治疗的抗肿瘤反应比单一疗法更强。 RNASeq 分析强调了细胞增殖减少和 DNA 损伤反应通路缺陷是该组合效应的潜在介质。总之，我们的临床前研究结果表明，Wee1 抑制可以增强子宫内膜癌对 EphA2 靶向疗法的反应；因此，该策略值得进一步开发。