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通过对番茄和玉米分泌物的转录组反应揭示植物定植菌东湖假单胞菌 P482 的宿主适应性特征
假单胞菌具有代谢灵活性，可以在不同的植物宿主上茁壮成长。然而，宿主滥交所需的代谢适应性尚不清楚。在这里，我们通过采用 RNAseq 并比较东湖假单胞菌 P482 对两种植物宿主（番茄和玉米）根系分泌物的转录组反应来弥补这一知识空白。我们的主要目标是找出这两种反应之间的差异和共同点。仅由番茄分泌物上调的途径包括一氧化氮解毒、铁硫簇的修复、通过对氰化物不敏感的细胞色素 bd 进行呼吸以及氨基酸和/或脂肪酸的分解代谢。前两个表明测试植物的分泌物中存在 NO 供体。玉米特异性地诱导了 MexE RND 型外排泵的活性和铜耐受性。与运动相关的基因由玉米诱导，但被番茄抑制。对渗出液的共同反应似乎受到来自植物的化合物和来自其生长环境的化合物的影响：砷抗性和细菌铁蛋白合成上调，而硫同化、柠檬酸铁和/或其他铁载体的感知、血红素获取和极性氨基酸的运输下调。我们的研究结果为探索植物相关微生物的宿主适应机制提供了方向。
冥想中的药物特征：来自内部工程静修的转录组连接图分析
冥想练习以其压力管理和健康益处而闻名，正越来越多地被纳入健康养生法和慢性病的辅助疗法中。我们认为，在非药理学的外表下，冥想练习可能通过药物靶标调节来发挥作用。在这里，我们利用连接图 (CMap) 来研究 (a) 冥想诱导的分子特征与已确定的药物反应之间的重叠，以及 (b) 有助于冥想治疗效果的途径和机制。这是在一个全面的时间 RNAseq 数据集中研究的，该数据集包含一项临床试验的冥想前、冥想和后续阶段，该试验涉及 106 名练习内在工程冥想的参与者。最引人注目的是，我们观察到冥想特征与 438 多种药物的交集，其中负连接分数和正连接分数≥ 98%，并且个体集群具有不同的反应。这些药物主要针对神经活性配体受体信号通路，广泛用于神经精神疾病、高血压、偏头痛、疼痛、失眠、尼古丁成瘾、酒精中毒和癌症。这项研究强调了以下必要性：（a）以与药物治疗相同的谨慎态度对待冥想；（b）根据个人健康状况、疾病状况和同时服用的药物定制和校准冥想练习；（c）在专家指导下进行冥想。
单核细胞中的细胞因子分析和转录组学定义了Meniere病中的免疫变异 青春期的持续选择性关注 饮食无序饮食与糖尿病自我护理之间的双向关系的认知行为模型，患有1型糖尿病的成年男性 癌症 - UCL发现 通过其MRS代谢物特征对小儿脑肿瘤的表征 通过减少射血分数与心力衰竭的减少和保留的射血分数区分心力衰竭：一种现象学方法 Bayliss -Starling奖演讲：脊髓和皮质伤害性电路的发育生理学 青春期违反直觉科学和数学推理的神经和认知基础 COPD中的心血管疾病和风险：最先进的审查 DNA复制终止期间姐妹染色单体内聚力 T细胞与化学免疫疗法相比 - UCL发现 计算精神病学系列Tobias U. Hauser 心血管疾病知识门户 b''
Meniere病（MD）是一种慢性内耳障碍，其特征是眩晕攻击，感觉性听力损失，耳鸣和听觉饱满感。因此，通过使用转录组分析，我们发现了支持MD炎症病因的广泛证据，我们旨在描述MD的炎症变体。我们对45例定义MD和15个健康对照的患者进行了大量RNASEQ。MD患者根据其基础IL-1β的基础水平分为2组：高和低。使用Exphunter Suite进行了差异表达分析，并使用估计算法XCELL，ABIS和CIBERSORTX评估细胞类型比例。MD患者显示出15个差异表达的基因（DEG）。顶部DEG包括IGHG1（p = 1.64´10-6）和IgLV3-21（p = 6.28´10-3），支持在适应性免疫反应中的作用。细胞因子促填充定义具有高水平IL-1β患者的亚组，具有IL6上调（p = 7.65´10-8）和INHBA（p = 3.39´10-7）基因。来自外周血单核细胞的转录组数据支持高水平IL6和幼稚的B细胞和记忆CD8 + T细胞的MD患者的临床亚组。
A3907 是一种系统性 ASBT 抑制剂，可通过多器官活性改善小鼠胆汁淤积，并显示出与人类的转化相关性
缩写：α-SMA，α-平滑肌肌动蛋白；ALP，碱性磷酸酶；ALT，丙氨酸氨基转移酶；ASBT，顶端钠依赖性胆汁酸转运蛋白；ASBTi，ASBT 抑制剂；ATCC，美国典型培养物保藏中心；AUC inf，从给药时间到最后可测量浓度的 AUC 并外推至无穷大；BAs，胆汁酸；BDL，胆管结扎；C4，7α-羟基-4-胆甾烯-3-酮；CA，胆酸；CDCA，鹅去氧胆酸；CK7，细胞角蛋白-7；CMC，羧甲基纤维素；Cyp7a1，细胞色素 P450 家族 7 亚家族 A 成员 1；d，天；DCA，脱氧胆酸；DEGs，差异表达基因；GCDCA，甘氨鹅去氧胆酸； GO，基因本体；H&E，苏木精-伊红；IC50，半数最大抑制浓度；LCA，石胆酸；LC-MS/MS，液相色谱串联质谱法；MCA，鼠胆酸；MCP-1，单核细胞趋化蛋白-1；MDR3，多药耐药蛋白3；基质金属蛋白酶7 (MMP-7)，基质金属蛋白酶7；NRC，正常大鼠胆管细胞；NTCP，Na+-牛磺胆酸共转运多肽；OST α /OST β，有机溶质转运蛋白α/β；QWBA，定量全身放射自显影；RNAseq，RNA测序；RT-qPCR，定量实时PCR；SAD，单次递增剂量；t 1/2，终末半衰期；UDCA，熊去氧胆酸；WT，野生型。
A3907 是一种系统性 ASBT 抑制剂，可通过多器官活性改善小鼠胆汁淤积，并显示出与人类的转化相关性
缩写：α-SMA，α-平滑肌肌动蛋白；ALP，碱性磷酸酶；ALT，丙氨酸氨基转移酶；ASBT，顶端钠依赖性胆汁酸转运蛋白；ASBTi，ASBT 抑制剂；ATCC，美国典型培养物保藏中心；AUC inf，从给药时间到最后可测量浓度的 AUC 并外推至无穷大；BAs，胆汁酸；BDL，胆管结扎；C4，7α-羟基-4-胆甾烯-3-酮；CA，胆酸；CDCA，鹅去氧胆酸；CK7，细胞角蛋白-7；CMC，羧甲基纤维素；Cyp7a1，细胞色素 P450 家族 7 亚家族 A 成员 1；d，天；DCA，脱氧胆酸；DEGs，差异表达基因；GCDCA，甘氨鹅去氧胆酸； GO，基因本体；H&E，苏木精-伊红；IC50，半数最大抑制浓度；LCA，石胆酸；LC-MS/MS，液相色谱串联质谱法；MCA，鼠胆酸；MCP-1，单核细胞趋化蛋白-1；MDR3，多药耐药蛋白3；基质金属蛋白酶7 (MMP-7)，基质金属蛋白酶7；NRC，正常大鼠胆管细胞；NTCP，Na+-牛磺胆酸共转运多肽；OST α /OST β，有机溶质转运蛋白α/β；QWBA，定量全身放射自显影；RNAseq，RNA测序；RT-qPCR，定量实时PCR；SAD，单次递增剂量；t 1/2，终末半衰期；UDCA，熊去氧胆酸；WT，野生型。
花青素合酶 1 (Ans-1) 基因中的 CACTA 样转座子决定了树莓 (Rubus idaeus) 品种‘Varnes’的杏子果实颜色
栽培的树莓 (Rubus idaeus L.) 最常见的果实是小而红、香气浓郁的果实。它们的颜色主要来自花青素，这是一种水溶性多酚色素，但除了红色果实外，还有一些品种的果实呈黄色和杏色。在这项研究中，我们使用了多组学方法来阐明树莓杏色果实颜色的遗传基础。利用代谢组学，我们对红色和杏色树莓果实中的花青素进行了量化，并证明与红色果实树莓相比，杏品种“Varnes”的果实仅含有少量浓度的花青素化合物。通过执行 RNASeq，我们揭示了杏果实‘Varnes’中花青素生物合成途径基因的差异表达模式，并在使用长读牛津纳米孔技术测序进行全基因组测序后，我们在花青素合酶（Ans）基因的第二个外显子中发现了一个 CACTA 样转座因子（TE），它导致预测的 ANS 蛋白截短。PCR 证实了无关的红果品种‘Veten’中转座子以杂合形式存在，这表明杏果实颜色是红色的隐性遗传，并且可能在覆盆子种质中广泛存在，这可能解释了为什么杏子形式在现代覆盆子育种种群中会定期出现。
细胞壁脂蛋白CD1687在脱氧氯酸诱导的生物膜艰难梭菌中形成的生物膜中充当DNA结合蛋白
细菌病原体建立复发和持续感染的能力经常与它们形成生物膜的能力有关。梭状芽胞杆菌的差异感染具有较高的复发率和复发率，并且假设生物膜参与其致病性和持久性。生物膜通过C.差异仍然很少了解。已经表明，诸如脱氧胆酸（DCA）或甲硝唑诱导生物膜形成的特定分子，但所涉及的机制仍然难以捉摸。在这项研究中，我们描述了C.差异脂蛋白CD1687在DCA诱导的生物膜形成过程中的作用。我们表明，CD1687的表达是CD1685-CD1689基因簇中的操纵子的一部分，由多个转录启动位点控制，有些是响应DCA诱导的。生物膜形成只需要CD1687，而CD1687的过表达足以诱导生物膜形成。使用RNASEQ分析，我们表明CD1687影响转运蛋白和代谢途径的表达，我们通过下拉测定法（包括转运 - 相关的细胞外蛋白）来识别几个潜在的结合伴侣。然后，我们证明了CD1687在C.差异中暴露于表面，并且该定位是DCA诱导的生物膜形成所必需的。鉴于这种定位以及C.差异形成Edna富生物膜的事实，我们确认CD1687以非特定方式结合DNA。因此，我们假设CD1687是通过通过结合EDNA促进细胞与生物纤维矩阵之间的相互作用，是对DCA的下游响应的组成部分。
压力超负荷中的心室节点功能障碍 -
心力衰竭与心力衰竭中的心室（AV）节点功能障碍有关，AV节点功能障碍与死亡率和心力衰竭住院的风险增加有关。本研究旨在通过研究整个节点转录组的变化来了解心力衰竭中AV节点功能障碍的原因。研究了压力超负荷引起的心力衰竭的小鼠横向主动脉缩减模型；使用心电图和超声心动图评估功能变化，并使用RNASEQ对AV节点的转录组进行定量。心力衰竭与PR间隔的显着增加有关，表明AV节点传导和AV节点功能障碍的放缓以及3,077个转录本的显着变化（占转录组的5.6％）。许多系统受到影响：支持AV节点传导的转录本被下调，并且GWAS确定为PR间隔的决定因素的转录本发生了变化。此外，还有证据表明肌节重塑，从脂肪酸转变为葡萄糖代谢，细胞外基质的重塑以及转录和翻译机械的重塑。有证据表明，这种广泛重塑的原因是AV节点：多种细胞内信号通路失调的证据，109个蛋白激酶和148个转录因子的失调以及中性粒细胞，单细胞，巨噬细胞，巨噬细胞，b -lymphocyquly和cytysrecred and cytscultion和andytrecred的免疫反应以及免疫反应。总而言之，心力衰竭中AV节点的AV节点构成AV节点的广泛转录重塑。
2025夏季研究机会-Dickinson博客
•将毛毛虫饲养到蝴蝶上，持续了多代。•通过微分解从卵巢，脂肪体和神经系统中分离组织。•探索使用RNASEQ的天然植物产物和药物HDAC抑制剂对酶活性和基因表达的影响。•记录植物天然产品和药物减缓发育和衰老的潜力。•测试诱导表型的跨代表观遗传遗传的潜力。•探索气候变暖对这些“表观遗传武器”有效性的影响。申请人应在上层（200级或更高）完成至少一个生物学，化学或环境科学课程。学生应该在夏季生物信息学训练营期间学习一些生物信息学技术，包括基本编程。这些是在5月28日开始的迪金森学院校园的8周付费职位。研究学生每周赚取$ 450（8周的3600美元），并在校园内免费住房。符合条件，学生必须在2023年夏季成为现任迪金森学生。将以下信息通过电子邮件发送给Arnold教授 - arnoldt@dickinson.edu - 在星期五2/14/25之前。申请书应长1页，包括您的姓名，电子邮件，专业和小调，预期的毕业月和年份，以及在生物学，化学，数学，计算机，计算机，计算机科学和/或环境科学领域所录的课程或正在进行的课程清单。此外，请（a）分享您为什么要在今年夏天进行基于实验室的研究，（b）描述您未来五年的职业目标，以及（c）列出您开发或希望开发的任何相关实验室经验和相关技能。
小非编码 RNA CjNC110 影响空肠弯曲菌的运动性、1 自凝集、AI-2 定位和鸡 2 定植 3
小的非编码RNA参与27种病原微生物的许多重要生理功能。先前的研究已经确定了主要人畜共患病原体空肠弯曲菌中存在非编码RNA 28 ，但迄今为止，很少有非编码RNA在功能上得到表征。CjNC110是空肠弯曲菌中保守的ncRNA，位于30 luxS基因下游，该基因负责产生群体感应分子自诱导物-2 31 (AI-2)。在本研究中，我们利用链特异性高通量RNA测序来识别空肠弯曲菌羊流产克隆中CjNC110的潜在32靶标或相互作用伙伴。这些数据被用于进一步表型评估 CjNC110 在空肠弯曲菌的生长、运动、34 自体凝集、群体感应和鸡定植中的作用。与野生型相比，35 CjNC110 ncRNA 的失活导致自体凝集能力显著下降，同时 36 运动能力增强。37 ∆CjNC110 中细胞外 AI-2 检测降低，然而，细胞内 AI-2 积累显著增加，同时 LuxS 表达增加，这表明 CjNC110 在调节 39 AI-2 运输方面发挥着关键作用。值得注意的是，∆CjNC110 还显示出定植鸡的能力存在显著缺陷。CjNC110 的补充将所有表型变化恢复到野生型 41 水平。我们数据中观察到的表型和转录组变化的总体结果 42 为 C. jejuni 羊流产克隆的病理生物学提供了宝贵的见解，并强烈 43 表明 CjNC110 在调节能量趋向性、鞭毛 44 糖基化、通过群体感应的细胞通讯和鸡定植中起着重要作用。 45 重要的人畜共患病原体。46