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https://doi.org/10.1038/s41551-024-01245-z 文章通过体外和原位环化 RNA 实现稳健的基因组和细胞工程
环化可以提高 RNA 的持久性，但缺乏简单且可扩展的方法来实现这一点。在这里，我们报告了两种有助于寻找环状 RNA (cRNA) 的方法：使用 II 组内含子通过体外环化开发的 cRNA，以及通过普遍表达的 RtcB 蛋白通过细胞内环化开发的 cRNA。我们还报告了简单的纯化方案，可实现高 cRNA 产量 (40-75%)，同时保持低免疫反应。这些方法和方案促进了干细胞工程的广泛应用，以及通过锌指蛋白和 CRISPR-Cas9 实现强大的基因组和表观基因组靶向。值得注意的是，与心肌细胞和神经元中的线性加帽 RNA 相比，带有脑心肌炎内部核糖体进入的 cRNA 能够实现强大的表达和持久性，这突出了 cRNA 在这些非分裂细胞中的效用。我们还描述了通过以 cRNA 形式递送的去免疫 Cas9 进行基因组靶向，以及用于组合筛选去免疫蛋白质变体的远程多路复用蛋白质工程方法，该方法使 cRNA 递送蛋白质的表达持久性和免疫原性之间能够兼容。cRNA 工具集将有助于治疗学的研究和开发。
lncRNA在肿瘤微环境及黑色素瘤免疫治疗中的作用
黑色素瘤是恶性程度最高、转移性最强的肿瘤之一，免疫治疗和靶向治疗对黑色素瘤有一定的治疗作用，但相当一部分患者在治疗后仍然产生耐药性。最近的研究表明，长链非编码RNA（lncRNA）是公认的癌症调控因子，可以调控细胞增殖、转移、上皮间质转化（EMT）进展和免疫微环境等多种细胞过程。lncRNA在恶性肿瘤中的作用备受关注，而lncRNA与黑色素瘤的关系还有待进一步研究。本文综述了与黑色素瘤发生发展密切相关的抑癌和致癌lncRNA，总结lncRNA在免疫微环境、免疫治疗和靶向治疗中的作用，为临床治疗提供新的靶点和治疗方法。
无偏 lncRNA 缺失 CRISPR-Cas9 筛选显示 RP11-350G8.5 是多发性骨髓瘤的新治疗靶点
Katia Grillone（意大利Catanzaro的Magna Graecia）Serena Ascrizzi（意大利卡塔萨罗大学的Magna Graecia）Paolo Cremaschi（计算生物学研究中心，意大利人类技术研究中心）意大利的人类technopole罗伯塔·罗卡（Roberta Rocca）（意大利卡塔扎罗大学的麦格纳·格雷西亚（Magna Graecia））Caterina riillo（意大利卡塔萨罗大学的Magna Graecia）Francesco Conforti（意大利Cosenza，Cosenza，Annunziata Hospital） Ele caracciolo（意大利卡坦扎罗大学的Magna Graecia大学）Stefano Alcaro（意大利卡塔萨罗的Magna Graecia” Bruno Pagano（那不勒斯大学）费德里科二世大学，意大利） Antonio Randazzo（那不勒斯费德里科二世大学，意大利） Pierosandro Tagliaferri（大希腊大学，意大利） Francesco Iorio（人类科技城，意大利） Pierfrancesco Tassone（大希腊大学，意大利）
Alphafold 3是否为RNA取得了成功？
尽管该领域的进步持续发展，但预测RNA的3D结构是一个显着的挑战。尽管Al-Phafold成功解决了蛋白质的问题，但RNA结构预测由于蛋白质和RNA之间的基础差异而引起了困难，这阻碍了直接适应。Alphafold的最新版本Alphafold 3扩大了其范围，以包括多个不同的分子，例如DNA，配体和RNA。虽然本文讨论了最后一个CASP-RNA数据集的结果，但RNA的性能范围和局限性尚不清楚。在本文中，我们对RNA 3D结构的预测中Alphafold 3的性能进行了全面分析。通过五个不同的测试集的广泛基准测试，我们讨论了Alphafold 3的性能和局限性。我们还将其表现力与十种现有的最新最新的，基于模板和深度学习的方法进行了比较。我们的结果可以在evryrna平台上免费获得：https：// evryrna。ibisc.univ-evry.fr/evryrna/alphafold3/。
非编码 RNA 作为发展中的新兴参与者......
非编码RNA（ncRNA），包括微小RNA（miRNA）、小干扰RNA（siRNA）、长链非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA），占据了人类转录组的重要组成部分。这些RNA因无法编码功能性蛋白质而被视为“垃圾”。然而，从过去20年的研究中可以明显看出，这些ncRNA在转录和转录后水平的基因调控中起着关键作用，并控制各种生物途径、细胞生理、发育过程和疾病发病机制，包括癌症。最近，这些ncRNA因其特异性表达和在各种癌症的诊断、预后和治疗中的良好应用而受到广泛关注（Piergentili et al.，2022；Uppaluri et al.，2023）。在本研究主题中，我们很高兴能呈现四篇出色的文章，这些文章既涵盖原创研究，也涵盖评论，讨论了该领域的最新进展，重点关注 ncRNA 在癌症的发展、诊断和治疗以及抗癌疗法耐药性中的作用。癌症是全球负担，2020 年有 1000 万人死亡，肺癌是最常见的癌症，占新病例总数的 12.4% 和癌症死亡总数的 18.7%。大多数肺癌患者由于缺乏早期临床症状而被诊断出癌症已到中晚期。曹等人。
鉴定阿尔茨海默氏病中不受管制的lncRNA
Non coding RNAs (ncRNAs), as long non coding RNAs (lncRNAs), circular RNAs (circRNAs) and microRNA (miRNAs) are key regulators of many cellular processes and are known to be widely expressed in the brain where they play crucial roles in proliferation, survival, metabolism and differentiation of neuronal cells ( Salta and De Strooper, 2017 ).在NCRNA中，LNCRNA在转录和转录后水平上的基因表达的新型表观遗传调节剂受到了越来越多的关注（Nadhan等，2022）。随着测序技术的进步，转录组学研究逐渐识别出新的LNCRNA，即使仍然缺乏全面的功能注释。据估计，大约40％的lncRNA在脑组织中特异性表达，它们参与了不同的脑生理功能（Zimmer-Bensch，2019; Srinivas et al。，2023）。在几种神经退行性病理中，LNCRNA的失调表达与神经元损伤有关，例如AD，帕金森氏病（PD），肌萎缩性侧面硬化症（ALS）和亨廷顿氏病（HD）（HD）（HD），但如何影响这些疾病的疾病，这些疾病是否仍未影响这些疾病的发作（srinivas et srinivas等）。到目前为止，在AD中，最有记录的LncRNA放松管制是lncRNA，是源自已知的AD相关基因的MRNA的反义转录，作为Bace1-AS，51A，17A和BC200，这些基因已直接参与A iposition和neuromation（Fagsphopphormation and neuromation and flagiration and a a a a iarlimation（fagsphoft）。等人，2012年； Ahmadi等人，2020年；此外，对死后人类大脑的转录组分析表明，尽管LNCRNA在疾病发作中的作用仍然难以捉摸，但AD患者的基因表达显着改变（Cain等，2023）。这一证据，以及他们对新的AD治疗策略的开采的可能性，逐渐要求对LNCRNA在AD中的作用进行更深入的研究（Balusu等，2023）。
长期非编码RNA和阿尔茨海默氏病
1哥伦比亚Barranquilla 081007大学医学系； mosquerai@uninorte.edu.co（m.i.m.-h.）; oorjuela@uninorte.edu.co（O.M.V. div>）; bubanoc@uninorte.edu.co（l.c.m. div>）; csilvera@uninorte.edu.co（C.S.-R。）2哥伦比亚哥伦比亚研究所，哥伦比亚Barranquilla 080020； erbarcelo@yahoo.com 3 Department of Health Sciences, University of the Costa, Barranquilla 080002, Colombia 4 International Group of Neuro-Conductual Research (Giinco), University of the Costa, Barranquilla 080002, Colombia 5 Institute for Neurological Research Fleni, mountaineers 2325, Buenos Aires C1428aqk, Argentina; rallegri@fleni.org.AR 6心理学家研究小组（GIPSI），梅西尔林大学医学院研究所精神病学系，哥伦比亚梅德基亚大学医学院，哥伦比亚； mauricio.arcos@udea.edu.co 7工业工程系，北北奎拉081007，北部北奎拉 *通信：jvelezv@uninorte.edu.edu.co）; mpgaravi@uninorte.edu.co（P.G.G.）†Tohese作者为这项工作做出了同样的贡献。 div>
microRNA 在三阴性乳腺癌中的作用和...
摘要。乳腺癌已超过肺癌，成为全球女性最常见的恶性肿瘤。三阴性乳腺癌 (TNBC) 是预后最差的乳腺癌类型。作为一种异质性疾病，TNBC 的发病机制涉及多种致癌途径，包括基因突变和信号通路改变的参与。微小 RNA (miRNA) 是小的内源性单链非编码 RNA，可与靶细胞 mRNA 的 3' 非翻译区结合，以负向调节这些特定 mRNA 的基因表达。因此，miRNA 参与细胞生长、发育、分裂和分化阶段。miRNA 还参与肿瘤发生、肿瘤生长和转移调控中的基因靶向，包括乳腺癌。同时，miRNA也调控信号通路的成分。本文详细介绍了近年来发现的miRNA在TNBC信号通路中的作用。还探讨了利用miRNA和人工智能进行乳腺癌双靶向治疗的新概念。
结合工程化的 FnCas9 和扩展的 gRNA，实现 PAM 灵活、稳健且核碱基特异性的编辑和诊断
CRISPR 疗法的临床成功取决于 Cas 蛋白的安全性和有效性。来自新凶手弗朗西斯菌 (FnCas9) 的 Cas9 对错配底物的亲和力可以忽略不计，这使得它即使在结合水平上也能以非常高的精度区分 DNA 中的脱靶。然而，它的细胞靶向效率很低，限制了它在治疗应用中的使用。在这里，我们合理地设计了蛋白质以开发增强的 FnCas9 (enFnCas9) 变体，并将其细胞编辑活性扩展到以前无法访问的基因组位点。值得注意的是，一些变体释放了从 NGG 到 NGR/NRG 的原间隔区相邻基序 (PAM) 约束，使其在人类基因组位点上的可访问性增加了约 3.5 倍。enFnCas9 蛋白在体外和细胞中都具有单一错配特异性，从而扩大了基于 FnCas9 的 CRISPR 诊断的靶标范围，用于检测点突变和致病 DNA 特征。重要的是，它们在编辑效率、敲入率和脱靶特异性方面比其他经过设计的 SpCas9 高保真版本（SpCas9-HF1 和 eSpCas9）更胜一筹。值得注意的是，enFnCas9 变体可以与延长长度的 gRNA 结合使用，在 PAM 约束的规范碱基编辑器无法访问的位点进行强大的碱基编辑。最后，我们展示了使用 enFnCas9 腺嘌呤碱基编辑器完全纠正患者衍生的 iPSC 中的疾病特异性视网膜色素变性突变，突出了其在治疗和诊断中的广泛应用。
非编码RNA参与阿尔茨海默氏病的分子病理：系统评价
1 Scilore LLC，美国德克萨斯州金斯伯里，2个生物学研究所，菲律宾大学迪利曼大学科学学院，菲律宾Quezon City，菲律宾3，3 Manila De Manila大学医学和公共卫生学院，菲律宾，PASIPPIPS，PASIPPINS PASIPPINES，PERCERMOLOGY，PORCONOLOGY，POTERMELOGY，PORCERMELIMS，POTERMALOGY，PICERNE，POSERMALOGY，PORBERUM，POSERMELIM，POSERMALOGY，PORBERUM，POSERMEL，澳大利亚墨尔本大学，墨尔本大学墨尔本大学肿瘤学系6国立菲律宾菲律宾大学迪利曼大学科学学院分子生物学与生物技术研究所，菲律宾Quezon City，7菲律宾马尼拉，马尼拉，菲律宾，9个心理健康研究部门，国家心理健康中心，菲律宾曼德鲁扬市