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lncRNA 在水果和蔬菜中的新作用和机制
随着基因组测序技术的发展，水果和蔬菜中发现了许多长链非编码RNA（lncRNA）。lncRNA主要由RNA聚合酶II（Pol II）或植物特异性Pol IV/V转录和剪接，表现出有限的进化保守性。lncRNA通过基因表达调节、与激素和转录因子的相互作用、microRNA调控以及参与可变剪接等多种机制，对水果和蔬菜的各个方面进行复杂的调控，包括色素积累、生殖组织发育、果实成熟以及对生物和非生物胁迫的反应。本综述全面概述了lncRNA的分类、基本特征，最重要的是，对其功能和调控机制的最新进展进行了了解。
从间充质干细胞中的外泌体miRNA作为皮肤增强剂的应用
摘要：皮肤是人体的外层，对于防御伤害和损害至关重要。暴露于外部刺激引起的衰老和皮肤受损的再生能力受到严重损害。目前，平均预期寿命的上升和现代人群的美学标准引发了人们对可以解决皮肤健康状况的基于干细胞的疗法的渴望。近年来，作为治疗剂的间充质干细胞（MSC）为管理皮肤再生和恢复活力提供了一种有希望的和有效的替代方法，这归因于可用于受损和老化的皮肤的愈合能力。但是，已经确定MSC的治疗作用可能主要是由旁分泌机制介导的，尤其是外泌体（EXOS）的释放。外泌体是具有脂质双层和膜结构的纳米级细胞外囊泡（EV），可以由不同类型的细胞自然释放。它们通过转移各种生物活性分子（包括脂质，蛋白质和核酸）（例如Messenger RNA（mRNA）（mRNA）和细胞之间的核酸（包括脂质）和核酸来影响受体细胞的生理和病理过程，从而在靶细胞中在细胞间通信和激活信号途径中起重要作用。中，miRNA是一种内源性调节的非编码RNA，通常被掺入外泌体中，作为调节蛋白质生物合成的重要信号分子。新兴证据表明，MSC的外泌体miRNA通过靶向多个基因并调节各种生物学过程，例如参与炎症反应，细胞迁移，增殖和凋亡，在皮肤再生和恢复中起关键作用。在这篇综述中，我们总结了有关MSC衍生的外泌体miRNA如何促进皮肤组织再生和复兴的研究和观察结果，并特别关注生物工程方法的应用来操纵外部货物的miRNA含量以提高其治疗潜力。本综述可以为诊断和治疗皮肤损伤和衰老提供新的线索，并协助研究人员探索创新的治疗策略，以治疗多种皮肤问题，目的是延迟皮肤老化，促进皮肤再生并保持健康的皮肤。
自发皮肤中的生物传输循环microRNA ...
microRNA（miRNA）在早期诊断自动流动性疾病中起着至关重要的作用，而Hidradenenitis Purpurativa（HS）是一个显着的例子。hs，一种影响毛s骨单位的自身炎性皮肤疾病，对患者的生活质量产生了深远的影响。其隐藏的性质，具有阴险的初始症状和患者不愿寻求医疗咨询的情况，通常会导致长达7年的诊断延迟。认识到早期诊断工具的紧迫性，最近的研究确定了循环miRNA表达的显着差异，包括miR-24-1-5p，miR-146a-5p，miR26a-5p，miR26a-5p，miR-206，miR-206，miR338-3p，miR338-3p和miR-338-5p，HS患者和健康对照者之间的miR-338-5p。这些miRNA是早期疾病检测的潜在生物标志物。传统的分子生物学技术，例如使用特定引物和探针进行检测，例如逆转录定量 - 聚合酶链反应（RT-QPCR）。另外，短肽为捕获miRNA提供了一种多功能和有效的手段，提供了特定的养殖，易于合成，稳定性和多重潜力。在这种情况下，我们提出了一种用于制作肽序列的计算模拟管道，该管道可以捕获自身炎性皮肤疾病（包括HS）患者的血液中的循环miRNA。这种创新的方法旨在加快早期诊断并增强治疗性随访，以解决及时干预HS和类似疾病的关键需求。
发育中的小鼠大脑皮层中miRNA之间的特异性表达模式和共同靶向关系
。cc-by-nc 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本于2024年3月28日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.12.16.571081 doi：Biorxiv Preprint
Streamline your discovery with premade mRNAs
TriLink's premade mRNAs are manufactured following leading-edge in vitro transcription (IVT) processes such as our CleanScript™ method, reducing double-stranded RNA (dsRNA) levels and enhancing in vivo protein expression. To provide confidence in using our mRNAs, standard analytical tests are performed and provided on their certificates of analysis.
circrNA在线粒体中的作用
线粒体参与各种细胞事件。人类线粒体基因组编码13种蛋白质，2个rRNA和22个TRNA，这是广泛接受的。源自人核基因组的基因变异无法完全解释线粒体疾病。高通量测序的出现，再加上新型生物信息学分析，解释了线粒体衍生的转录本的复杂性。最近，发现人线粒体基因组和核基因组的圆形RNA（CIRCRNA）位于线粒体。研究了核编码ciRCRNA到线粒体和线粒体在哺乳动物中编码circrnas的作用和分子机制的研究。这些circrnas与多种疾病，尤其是癌症有关。在这里，我们通过审查其鉴定，表达模式，调节作用和功能机制来讨论线粒体划分的circrnas的新兴领域。线粒体置换的ciRCRNA在细胞生理和病理学中具有调节作用。我们还强调了未来的观点和研究线粒体分离的circrnas及其潜在的生物医学应用方面的挑战。
批量RNASEQ数据分析简介
## kegg_code scientific_name ## 26 mmur microcebus murinus ## 30 mmu mus musculus ## 31 mcal mus caroli ## 32 mpah mus pahari ## 34 mcoc mastomys coucha ## 40 pleu peromyscus lemyscus leucopus ## 50 plopime pacime ## Myotis ## 188 CSTI Colius Striatus ## 5722 ASF Candidatus Arthromitus sp。SFB-Mouse-JEAPAN ## 5723 ASM Candidatus Arthromitus sp。SFB-MOUSE-YIT ## 5724 ASO CANDIDATUS ARMTHROMITUS sp。SFB-mouse-NL ## common_name ## 26 gray mouse lemur ## 30 house mouse ## 31 Ryukyu mouse ## 32 shrew mouse ## 34 southern multimammate mouse ## 40 white-footed mouse ## 50 Pacific pocket mouse ## 113 greater mouse-eared bat ## 188 speckled mousebird ## 5722 Candidatus Arthromitus sp.SFB-Mouse-JEAPAN ## 5723 Candidatus Arthromitus sp。sfb-Mouse-yit ## 5724 candidatus arthromthomitus sp。sfb-Mouse-nl
果蝇幼虫大脑中高度不稳定的mRNA编码了动态调节的转录因子
每种 RNA 的水平取决于其产生率和衰变率之间的平衡。尽管先前的研究已经测量了组织培养和单细胞生物中整个基因组的 RNA 衰变，但很少有实验是在完整的复杂组织和器官中进行的。因此，尚不清楚在培养细胞中发现的 RNA 衰变决定因素是否在完整组织中保留，以及它们在邻近细胞类型之间是否不同以及在发育过程中是否受到调节。为了解决这些问题，我们通过使用 4-硫尿苷对整个培养的果蝇幼虫大脑进行代谢标记，测量了全基因组的 RNA 合成和衰变率。我们的分析表明，衰变率范围超过 100 倍，并且 RNA 稳定性与基因功能有关，编码转录因子的 mRNA 比参与核心代谢功能的 mRNA 稳定性低得多。令人惊讶的是，在转录因子 mRNA 中，更广泛使用的转录因子与在发育过程中仅短暂表达的转录因子之间存在明显的界限。编码瞬时转录因子的 mRNA 是大脑中最不稳定的。这些 mRNA 的特点是大多数细胞类型中的表观遗传沉默，如其富含组蛋白修饰 H3K27me3 所示。我们的数据表明存在针对这些瞬时表达的转录因子的 mRNA 不稳定机制，从而可以快速高精度地调节它们的水平。我们的研究还展示了一种测量完整器官或组织中 mRNA 转录和衰减率的通用方法，为了解 mRNA 稳定性在调节复杂发育程序中的作用提供了见解。
分析M6a相关的LNCRNA用于预后和...
背景：RNA甲基化修饰是以表观遗传学方式调节的重要后翻译后修饰。最近，n 6-甲基腺苷（M 6 A）RNA修饰已成为肿瘤生物学的潜在表观遗传标记。方法：LIHC的基因表达和临床病理数据是从癌症基因组图集（TCGA）数据库中获得的。使用PERL和R软件通过基因表达分析确定长期非编码RNA（LNCRNA）和M 6 A与M 6与A之间的关系。共表达网络，并使用单变量COX回归分析鉴定了与预后相关的相关LNCRNA。然后将这些LNCRNA分为两个簇（群集1和群集2），以确定不同LNCRNA亚型之间的存活率，病原参数和免疫细胞浸润的差异。进行了最低的绝对收缩和选择算子（Lasso）进行回归分析和预后模型。HCC患者被随机分为火车组和测试组。根据模型的中位风险评分，HCC患者分为高风险和低风险组。我们使用火车组建立了模型，并通过测试组确认了模型。使用R软件分析了肿瘤突变负担（TMB），免疫逃避和免疫功能的M 6 A-LNCRNA。AL355574.1被确定为重要的M 6 A相关LNCRNA，并选择进行进一步研究。伤口愈合和Transwell分析用于确定细胞迁移能力。最后，进行了体外实验，以确认AL355574.1对HCC生物学功能和可能的生物学机制的影响。HUH7和HEPG2细胞，通过CCK-8，EDU和菌落形成测定法测量细胞增殖能力。MMP-2，MMP-9，E-钙粘着蛋白，N-钙粘着蛋白和Akt/mTOR磷酸化的表达水平均由Western blotting确定。结果：通过一致的聚类分析将具有显着预后值的LNCRNA分为两个亚型。我们发现lncRNA亚型之间的临床特征，免疫细胞浸润和肿瘤微环境（TME）显着差异。我们的分析表明，这些不同的LNCRNA亚型与免疫浸润和基质细胞之间的显着相关性。我们使用LASSO回归创建了最终风险概况，其中特别包括三个LNCRNA（AL355574.1，AL158166.1，TMCC1-AS1）。构建了由三个LNCRNA组成的预后特征，该模型显示出出色的预后预测能力。低风险队列的总生存期（OS）显着高于火车和测试组的高风险队列。两个风险评分[危险比（HR）= 1.062; P <0.001]和阶段（HR = 1.647; P <0.001）被视为通过单变量和多元COX回归分析的HCC预后独立指标。在HUH7和HEPG2细胞中，AL355574.1敲低抑制了细胞的增殖和迁移，抑制了MMP-2，MMP-9，N-钙粘着蛋白和AKT/MTOR磷酸化的蛋白质表达水平，但促进了E-Cadherin的蛋白质表达水平。
肝细胞癌中的非编码RNA
摘要：肝细胞癌 (HCC) 的发病率正在上升，40% 的患者在晚期才被诊断出来。在过去 5 年中，临床上可用于治疗 HCC 的药物数量急剧增加，使得患者管理变得尤为复杂。免疫检查点抑制剂 (ICI) 提高了患者的总体生存率，显示出随时间推移的持久治疗效果，并且与酪氨酸激酶抑制剂 (TKI) 相比，其反应模式不同。尽管对免疫疗法有反应的病例的生存率有所提高，但相当一部分患者是原发性进展者或不适合接受免疫疗法。事实上，患有非病毒病因（例如非酒精性脂肪性肝炎 (NASH)）和特定驱动基因发生改变的患者对免疫疗法的反应可能较低。因此，提高对药物耐药机制的理解并识别出可用于指导最佳治疗方法的生物标志物是提高患者生存率的必要措施。大量证据表明，非编码 RNA (ncRNA) 是癌症的关键参与者。 ncRNA 在癌症进展和耐药性中发挥作用的分子机制已被广泛研究。然而，尚无研究总结临床前环境中基于 ncRNA 的策略与 TKI 或 ICI 之间的协同作用。本综述旨在提供最新信息，说明 ncRNA 可能作为治疗靶点与分子靶向药物和免疫疗法联合使用，以及作为选择晚期 HCC 最佳治疗方案的预测工具。