图 1 oxLDL 诱导的训练免疫力改变细胞内和细胞外类固醇激素的丰度。用 oxLDL(10 μ g/ml)或 RPMI 训练粘附的单核细胞 24 小时,用 PBS 清洗并在正常培养基中静置 5 天。(A)对细胞内代谢物进行非靶向代谢组学分析。表示的是未注释的基因集富集 (GSEA) 通路分析的结果,该分析已识别的原始 m / z 分数及其各自的 p 值(表格显示总通路命中数、上传代谢物数据的命中数、原始 p 值、伽马调整的 p 值和归一化富集分数 (NES);n = 3)。(B)在正常培养基中静置 5 天后,用 LPS(10 ng/ml)或 RPMI 刺激训练的单核细胞 24 小时。通过 ELISA 测定孕烯醇酮和孕酮的水平。 (Wilcoxon 匹配对符号秩检验,n = 6)
Pen/Strep:青霉素/链霉素 RPMI 1640:Roswell Park Memorial Institute 培养基(Thermo Fisher,目录号 21875-034) DMEM/F-12:杜氏改良 Eagle 培养基/营养混合物 F-12(Thermo Fisher,目录号 31330-038) IMDM:Iscove 改良杜氏培养基(Thermo Fisher,目录号 21980-032) DMEM,高葡萄糖:杜氏改良 Eagle 培养基,高葡萄糖(Thermo Fisher,目录号 41965-039) DMEM,高葡萄糖,GlutaMAX TM:杜氏改良 Eagle 培养基,高葡萄糖(Thermo Fisher,目录号 61965-026)
步骤:将Vero细胞接种在适当的培养基中(RPMI 1640,10%FBS)。将两个细胞培养容器分别放在一个Provi™CM20孵化监视器头上,该孵育型显示器头部安装在CellXpert C170I CO 2从Eppendorf的CellXpert C170i CO 2孵育器中,温度为21.2°C。细胞在37°C和5%CO 2下孵育。播种后约60小时监测细胞生长。CO 2浓度和温度同质性同时记录。根据DIN 12880:2007-05标准,通过外部探针在27个测量点处测量CO 2孵化器中的温度均匀性。
1。收集了三只小鼠的脾脏。2。将一个脾脏切成四个相等的碎片,浸入三种冷冻保存介质(Bambanker™,Cellbanker2和Stem -Cellbanker GMP级)中的每一个中的1 mL中,并存储在-80°C下10天。3。在37°C的水浴中解冻后,将脾样品浸入RPMI 1640中,含有约10 ml 10%的FBS和1%青霉素 - 链霉菌素。4。将样品离心,并丢弃上清液。5。脾脏,然后分离出细胞。6。rbcs在ACK裂解缓冲液中进行了血液,并重悬于PBS中。7。使用TC20细胞计数器(Bio-Rad)确定细胞计数和生存力。使用TC20细胞计数器(Bio-Rad)确定细胞计数和生存力。
图1。基因表达和CRISPR基因依赖性的整合以鉴定代谢途径依赖性。a)示意图概述了遗传途径依赖性富集分析(遗传PDEA)的方法。CCLE的癌细胞系首先通过培养类型(粘附,悬浮液)和培养基(RPMI,DMEM)进行分层,然后使用单样本GSEA(SSGSEA)推断其代谢途径活性。将所得的途径活性与基因依赖性整合在一起,以评估与代谢途径活性的关联。b-c)模拟数据(请参阅方法)用于评估遗传PDEA方法的灵敏度。热图代表每个添加每个梯度时的显着结果百分比。添加到表达梯度中的值与添加到依赖梯度的值相比,相关系数和遗传性PDEA结果稍强。
外周血单核细胞 (PBMC) 是从自愿参与本研究的健康捐赠者身上纯化的,这些捐赠者已获得研究内容的知情同意。所有这些过程均按照延世大学机构审查委员会批准的 IRP 程序 (#4-2016-0600) 进行。将血液与 PBS 以 1:1 的比例混合,并堆积在预先放入 ficoll (HISTOPAQUE-1077, Sigma, 10771) 的试管中。在 25°C 下以 400×g 离心 30 分钟,分离白细胞和红细胞,收集并转移到新试管中。用 PBS 冲洗细胞两次,并在室温下以 300×g 离心 10 分钟。重复此过程两次以完全去除血小板。然后,将 PBMC 重新悬浮在 RPMI 中
FDA 批准的 1,448 种药物化合物库购自 Selleck Chemicals。INC280 由 Novartis(瑞士巴塞尔)提供。将 HAP1、HAP1 RNF43 KO 和 HAP1 PWWP2B KO 细胞以 2,000 或 3,000 个细胞/孔的密度接种在 384 孔透明底培养板中,加入 20 µL 含有 10% FBS 的 IMDM 或 RPMI 1640 培养基,培养 24 小时。然后,将 10 µM FDA 批准的药物加入孔中,并将细胞再孵育 48 小时。对照细胞未暴露于药物。在增殖测定当天,除去培养基,向384孔板的每个孔中加入20μL新鲜培养基,然后加入5μL MTS溶液(Cell Titer 96 Aqueous One Solution细胞增殖测定试剂盒;美国威斯康星州麦迪逊市Promega公司),将板在37°C下孵育1小时。
东方肝胆外科医院 (EHBH) 使用了 10 名接受根治性手术切除的 CCA 患者的 CCA 组织和邻近正常组织。本研究中涉及人类参与者的所有程序均符合《赫尔辛基宣言》(2013 年修订)。该研究经东方肝胆外科医院伦理审查委员会批准,所有患者均提供了书面知情同意书。人类 CCA 细胞系 HuCCAT1(ATCC,马纳萨斯,美国)在罗斯威尔帕克纪念研究所 (RPMI)-1640 培养基中培养,培养基中含有 100 g/mL 链霉素、100 U/mL 青霉素和 10% 胎牛血清(GE Healthcare,Life Sciences,美国)。第三方生物学服务使用短串联重复序列 (STR) 分析来表征所有细胞系(中国成都飞欧尔生物有限公司)。
在获得患者的知情同意书并根据赫尔辛基宣言后,从CLL患者那里获得了外周血。研究得到剑桥郡研究伦理委员会的批准(07/MRE05/44)。通过在高纤维高压层(Pan-Biotech)上离心,将单核细胞从肝素化的血液中分离出来。Cells were harvested and cultured in RPMI 1640 (Gibco), supplemented with 10% fetal bovine serum, penicillin/streptomycin 50 U/mL, sodium pyruvate 1 mM, L-glutamine 2 mM, L-asparagine 20 mg/mL, 50 μ M 2-mercaptoethanol, 10 mM HEPES ( N -2-羟基乙基丙嗪-N'-2-乙磺酸)和最小必需的培养基非必需氨基酸(Gibco)。ZAP-70状态通过使用抗-ZAP-70抗体(Becton Dickinson Biosciences)使用细胞内染色来评估流量细胞仪。与同型对照相比,阳性细胞> 20%的样品被认为是ZAP-70阳性。阳性细胞> 20%的样品被认为是ZAP-70阳性。
循环!) 50280 EED,FLAG 标签 10 µg -80°C 52170-A 4x HMT 分析缓冲液 2A 4 ml -20°C 要求但未提供的材料或仪器: Anti-FLAG AlphaLISA ® 受体珠,5 mg/ml(PerkinElmer #AL112C) AlphaScreen ® 谷胱甘肽供体珠,5 mg/ml(PerkinElmer #6765300) Optiplate-384(PerkinElmer #6007290) AlphaScreen ® 微孔板读数仪可调节微量移液器和无菌吸头 应用: 用于研究 EZH2 结合试验、筛选抑制剂和选择性分析。禁忌症: DMSO 浓度高于 0.5%。吸收 AlphaScreen ® 信号发射范围 (520-620 nm) 内的光的绿色和蓝色染料,例如台盼蓝。避免使用强效单线态氧猝灭剂,例如叠氮化钠 (NaN 3 ) 或金属离子 (Fe 2+ 、Fe 3+ 、Cu 2+ 、Zn 2+ 和 Ni 2+ )。>1% RPMI 1640 培养基中存在过量生物素和铁会导致信号减弱。缺乏这些成分的 MEM 不会影响 AlphaScreen ® 检测。稳定性:按说明储存,自收到之日起至少可保存一年。参考文献:Kong, X., et al., J. Med. Chem. 2014; 57 :9512。