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心脏成功：对于心力衰竭和癌症的患者
我们已经对对RPPA方法有用的信号分子进行了大约500种不同的单特异性抗体的验证。使用培养细胞或肿瘤组织的蛋白质提取物评估这些抗体的特异性，定量和灵敏度（动态范围）。这些抗体特异性识别作用在多种信号通路上的蛋白质，包括受体酪氨酸激酶，PI3K -AKT和MAPK CASCADES，LKB1 -AMPK和TGFβ级联反应，以及DNA修复，细胞周期和凋亡/自噬调节器。我们目前正在验证一组抗体，以监测对癌症发展和癌症治疗的免疫反应。我们会定期更新抗体清单，并将其公开发布到我们的网站上，以介绍世界各地的蛋白质组学社区。该列表可以在我们的RPPA网站上找到“资源和协议”。
RPPA描述
1有关诊断标准的 1请参阅附录A 2考虑减少心力衰竭，终末期肝或肾脏疾病或年龄> 65年3年3年晶体IV液包括0.9％的氯化钠，质子级别或乳酸的环液包括0.9％（请参阅附录B）4（请参阅附录B）4的急性肾脏受伤，估计肾小球/估计型毛细血管均为1. EG/1 1. EG MIM MIM MIM MIM MIM MIM/EG MIMM MIM MIM MIM MIM MIM MIM（EG）MIM（EG）MIM MIM（EG）。 , end stage renal disease, or anuric, consider reducing potassium replacement by 50% 5 Refer to the Critical Care Adult PRN Electrolyte Replacement Orders via CVAD, PIV 6 Consider reducing insulin dose for patients with renal or liver dysfunction/failure 7 Round infusion dose to nearest 0.1 units/hour 8 If eGFR < 45 mL/minute/1.73 m 2 or age > 70 years, reduce glargine每12小时剂量至0.1单位/千克皮下1请参阅附录A 2考虑减少心力衰竭，终末期肝或肾脏疾病或年龄> 65年3年3年晶体IV液包括0.9％的氯化钠，质子级别或乳酸的环液包括0.9％（请参阅附录B）4（请参阅附录B）4的急性肾脏受伤，估计肾小球/估计型毛细血管均为1. EG/1 1. EG MIM MIM MIM MIM MIM MIM/EG MIMM MIM MIM MIM MIM MIM MIM（EG）MIM（EG）MIM MIM（EG）。 , end stage renal disease, or anuric, consider reducing potassium replacement by 50% 5 Refer to the Critical Care Adult PRN Electrolyte Replacement Orders via CVAD, PIV 6 Consider reducing insulin dose for patients with renal or liver dysfunction/failure 7 Round infusion dose to nearest 0.1 units/hour 8 If eGFR < 45 mL/minute/1.73 m 2 or age > 70 years, reduce glargine每12小时剂量至0.1单位/千克皮下
通过反相蛋白阵列 (RPPA) 分析肺腺癌的代谢蛋白质组，强调线粒体是治疗目标
尽管针对致癌驱动因素和免疫检查点抑制剂的疗法取得了成功，但肺癌仍然是全球癌症相关死亡的主要原因。尽管代谢酶为治疗提供了额外的靶点，但肺腺癌的精确代谢蛋白质组尚不清楚，阻碍了其临床转化。在此，我们使用反相蛋白阵列量化 128 个肿瘤和配对的肺腺癌非肿瘤邻近组织中糖酵解酶、丙酮酸氧化、脂肪酸代谢、氧化磷酸化、抗氧化反应和蛋白质氧化损伤的变化，以分析代谢蛋白质组。脂肪酸氧化、氧化磷酸化和抗氧化反应的线粒体蛋白的稳态水平是肺腺癌患者生存和/或疾病复发的独立预测因子。接下来，我们讨论了 ATPase 抑制因子 1（氧化磷酸化的生理抑制剂，是疾病复发的独立预测因子）的过度表达预防转移性疾病的机制。我们强调，IF1 过度表达会促进肺腺癌细胞更脆弱、侵袭性更低的表型。最后，作为概念验证，我们在患有肺腺癌的小鼠中研究了针对脂肪酸同化或氧化与氧化磷酸化抑制剂联合治疗的治疗潜力。结果表明，与顺铂治疗相比，这种治疗方法显著延长了小鼠的寿命，并为小鼠提供了更好的福利，支持将线粒体活动作为肺腺癌患者治疗的目标。
DEPMAP：癌症依赖图数据包
描述DepMap软件包是一个数据包，该数据包使用Broad Institute DepMap Cancer依赖性研究使用实验室。可用的数据集可用，包括RNAi和CRISPR-CAS9基因敲除筛查量量化精选癌细胞系的遗传依赖性。其他数据集也可用于与选择细胞系的基因的日志拷贝数，通过反相蛋白质裂解的蛋白质表达，通过反相裂解的蛋白质裂解物微阵列（RPPA），“百万到百万）（TPM）数据（TPM）数据，以及包含元数据和突变的补充数据集，并在当前释放中发现了其他数据集。19Q3释放添加了Drug_Depentency数据集，该数据集包含有关药物和药物候选化合物的癌细胞系依赖数据。20Q2释放添加了蛋白质组学数据集，该数据集包含通过质谱法对蛋白质进行定量分析。该软件包将每季度更新，以合并最新的广泛研究所的公共癌症依赖性数据集。该软件包中提供的所有数据都是由Broad Institute DepMap生成的，用于研究目的，而不是用于临床使用。此数据根据创意共享许可（属性4.0国际（CC By 4.0））分发。
DEPMAP：癌症依赖图数据包
描述DepMap软件包是一个数据包，该数据包使用Broad Institute DepMap Cancer依赖性研究使用实验室。可用的数据集可用，包括RNAi和CRISPR-CAS9基因敲除筛查量量化精选癌细胞系的遗传依赖性。其他数据集也可用于与选择细胞系的基因的日志拷贝数，通过反相蛋白质裂解的蛋白质表达，通过反相裂解的蛋白质裂解物微阵列（RPPA），“百万到百万）（TPM）数据（TPM）数据，以及包含元数据和突变的补充数据集，并在当前释放中发现了其他数据集。19Q3释放添加了Drug_Depentency数据集，该数据集包含有关药物和药物候选化合物的癌细胞系依赖数据。20Q2释放添加了蛋白质组学数据集，该数据集包含通过质谱法对蛋白质进行定量分析。该软件包将每季度更新，以合并最新的广泛研究所的公共癌症依赖性数据集。该软件包中提供的所有数据都是由Broad Institute DepMap生成的，用于研究目的，而不是用于临床使用。此数据根据创意共享许可（属性4.0国际（CC By 4.0））分发。
重新定义乳腺癌亚型以指导治疗优先次序并最大程度提高疗效：10 种癌症疗法中的预测生物标志物
† 主要联系人和通讯作者：Denise Wolf 博士，加利福尼亚大学旧金山分校实验室医学系，2340 Sutter Street，旧金山 CA 94115，denise.wolf@ucsf.edu。其他通讯作者：Christina Yau cyau@buckinstitute.org，Laura van 't Veer laura.vantveer@ucsf.edu。作者贡献 DMW 和 CY 对本研究的贡献相同。DMW、CY、LV、JW 和 EFP 设计了这项研究，解释了数据，并与 LE 和 LP 一起准备和审阅了手稿。DMW 和 CY 在 PEL、ZZ、MM 和 AB 的协助下分析了数据。JW、IRG 和 EFP 生成了 RPPA 数据。LBS 领导 I-SPY 实验室，负责监督分子检测。NO 管理数据。 GLH 管理由 LV 领导的生物标志物工作组，成员包括 DMW、CY、JW、LBS、MM、RS、AB、AD、MCL、JPC 和 WFS。LS 管理 I-SPY2/2.2 P01；JP 和 AD 是患者倡导者；NL、MCL、PP、WFS、HSR、CI、AMD、DY 是 I-SPY2 工作组负责人。SMA 管理 I-SPY 试验运营；RL 和 JB 是试验统计员；LE、DB 和 NH 是 I-SPY2 的主要研究人员。I-SPY2 试验研究人员和生物标志物及其他工作组成员参与试验的各个方面，并为试验的成功做出贡献。所有作者都参与了稿件的准备和审查。*贡献相同
DNA 损伤反应相关蛋白具有预后作用...
摘要：恶性白血病细胞的存活依赖于 DNA 损伤修复 (DDR) 信号传导。使用来自 810 名成人和 500 名儿童急性髓性白血病 (AML) 患者的诊断样本组装了反相蛋白阵列 (RPPA) 数据集，并分别用 412 种和 296 种经过严格验证的抗体进行探测，其中包括检测直接参与 DDR 的蛋白质表达的抗体。无偏层次聚类确定了成人和儿童 AML 中强烈的复发性 DDR 蛋白表达模式。从整体上看，DDR 表达与基因突变状态相关，并且可预测包括总生存期 (OS)、复发率和缓解持续时间 (RD) 在内的结果。在成人患者中，七种 DDR 蛋白可单独预测 RD 或 OS。当将 DDR 蛋白与在不同细胞信号通路中运作的 DDR 相关蛋白一起分析时，这些扩展的分组也对 OS 具有高度的预后性。对接受常规化疗或维奈克拉联合低甲基化剂治疗的患者进行分析后发现，蛋白质簇对每个治疗组中的有利和不利预后存在差异预测。总之，这项研究深入了解了 AML 中不同的 DDR 通路激活情况，并可能有助于指导未来针对 AML 患者的个性化 DDR 靶向疗法。
重新定义乳腺癌亚型以指导治疗优先次序并最大程度提高疗效：10 种癌症疗法中的预测生物标志物
† 主要联系人和通讯作者：Denise Wolf 博士，加利福尼亚大学旧金山分校实验室医学系，2340 Sutter Street，旧金山 CA 94115，denise.wolf@ucsf.edu。其他通讯作者：Christina Yau cyau@buckinstitute.org，Laura van 't Veer laura.vantveer@ucsf.edu。作者贡献 DMW 和 CY 对本研究的贡献相同。DMW、CY、LV、JW 和 EFP 设计了这项研究，解释了数据，并与 LE 和 LP 一起准备和审阅了手稿。DMW 和 CY 在 PEL、ZZ、MM 和 AB 的协助下分析了数据。JW、IRG 和 EFP 生成了 RPPA 数据。LBS 领导 I-SPY 实验室，负责监督分子检测。NO 管理数据。 GLH 管理由 LV 领导的生物标志物工作组，成员包括 DMW、CY、JW、LBS、MM、RS、AB、AD、MCL、JPC 和 WFS。LS 管理 I-SPY2/2.2 P01；JP 和 AD 是患者倡导者；NL、MCL、PP、WFS、HSR、CI、AMD、DY 是 I-SPY2 工作组负责人。SMA 管理 I-SPY 试验运营；RL 和 JB 是试验统计员；LE、DB 和 NH 是 I-SPY2 的主要研究人员。I-SPY2 试验研究人员和生物标志物及其他工作组成员参与试验的各个方面，并为试验的成功做出贡献。所有作者都参与了稿件的准备和审查。*贡献相同
纤连蛋白通过EGR1在甲状腺癌中有助于BRAF抑制剂驱动的侵入性表型，可以通过抑制ERK1/2
BRAF中的突变在晚期乳头状和甲状腺甲状腺癌（PTC和ATC）中很常见。但是，BRAF突变的PTC患者目前缺乏针对此途径的疗法。尽管BRAF和MEK1/2对BRAF-突变ATC患者的批准组合，但这些患者经常进展。因此，我们筛选了一组BRAF突变甲状腺癌细胞系，以识别新的治疗策略。我们表明甲状腺癌细胞具有抗BRAF抑制作用（BRAFI）的侵袭增加，并且对BRAFI的反应促进侵入性分泌组。使用反相蛋白阵列（RPPA），我们确定了响应BRAFI治疗的细胞外基质蛋白（纤连蛋白）的表达增长近2倍，而纤连蛋白纤维蛋白分泌的相应增加了1.8至3.0倍。因此，外源性纤连蛋白的添加表现出Brafi诱导的侵袭增加，而抗纤维蛋白在抗性细胞中的耗竭导致侵袭增加。我们进一步表明，BRAFI诱导的侵袭可以通过抑制ERK1/2来阻止。在抗BRAFI的患者衍生异种移植模型中，我们发现对BRAF和ERK1/2的双重抑制减慢了肿瘤的生长和循环纤连蛋白的降低。使用RNA序列，我们将EGR1鉴定为响应BRAF/ERK1/2抑制作用的顶级下调基因，并且进一步表明，对于Brafi诱导的侵袭和纤维蛋白对BRAFI的响应而言，EGR1对于BRAFI诱导的诱导诱导是必要的。
能源政策
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