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SARS-COV-2生物医学文献的解剖学
背景：由19日大流行的驱动和可怕的发现抗病毒药，我们探索了SARS-COV-2生物医学出版物的景观，以识别潜在的治疗方法。目的：这项研究的目的是鉴定出可能对冠状病毒病大流行有益的标签药物，它提出了一种称为Covidx的新型排名算法，以建议现有的药物潜在的重新利用，并在临床试验中使用药物知识验证基于文献的基于文献的结果。方法：为了实现此类目标，我们应用了自然语言处理技术来识别药物和链接实体（例如疾病，疾病，基因，蛋白质，化合物）。当链接此类实体时，它们会形成一张可以使用网络科学工具进一步探索的地图。Covidx算法是基于我们称为“多样性”的概念。通过测量如何使用各种生物实体计算“多样化”药物的多样性评分（无论每个类别中实际实例的基础性如何）。该算法验证排名并授予目前正在开放临床试验中正在研究的药物。开放临床试验的基本原理是提供PubMed结果的验证机制。这确保提供了这种疾病快速发展的最新证据。结果：从分析的生物医学文献中，该算法确定了30种可能的候选药物进行重新利用，相应地对其进行排名，并根据临床试验的证据验证了排名结果。根据我们的算法，前10名候选者是羟氯喹，阿奇霉素，氯喹，氯喹，利托那韦，洛萨拉坦，losartan，remdesivir，favipipiviravir，favipiviravir，甲基丙糖酸酯，雷帕霉素，tilorone dilorone dilorone dilorone dihydrochloride。结论：排名在识别可以重新使用的药物方面表现出一致性和有望。但是，我们认为，完整的治疗方法是一种多方面的辅助方法，可能需要同时服用多种药物。
风湿病学家对冠状病毒病 19 的看法......
摘要 由严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 引起的正在大流行的冠状病毒病 19 (COVID-19) 是全球关注的问题。空气污染和吸烟等环境因素以及合并症（高血压、糖尿病和潜在的心肺疾病）可能会增加 COVID-19 的严重程度。大约七分之一的个体可能出现关节痛和关节炎等风湿性表现。COVID-19 可导致急性间质性肺炎、心肌炎、白细胞减少（伴有淋巴细胞减少）和血小板减少，也见于狼疮和干燥综合征等风湿性疾病。一部分患者的重症疾病可能是由细胞因子风暴引起的，可能是由于继发性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 (HLH)，类似于全身性发病的幼年特发性关节炎或成人发病的 Still 病。由于缺乏关于这种新兴疾病的高质量证据，了解其发病机制可能有助于推测潜在的治疗方法。血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 似乎对病毒进入肺泡细胞很重要；ACE 抑制剂或布洛芬引起的 ACE2 失衡可能导致严重疾病。初步证据表明氯喹或羟氯喹可能有益。洛匹那韦/利托那韦、法匹拉韦和瑞德西韦等抗病毒药物也正在研究中。细胞因子风暴和继发性 HLH 可能需要加强免疫抑制方案。目前国际社会的建议是，接受免疫抑制治疗的风湿病患者在感染 COVID-19 期间不应停止使用糖皮质激素，尽管可以使用尽可能小的剂量。应继续使用改善病情的药物；按照标准做法，在感染发作期间可以考虑停药。开发疫苗可能是预防这种疾病的唯一有效的长期保护措施。
引用本文：Blaess M，Sommerfeld O，Csuk R，Deigner HP。靶向内溶性酸化和败血症和Sever
败血症和严重的急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-COV-2）感染及其严重的冠状病毒疾病2019（Covid-19），代表了现代时代的主要医疗挑战。治疗选择是有限的，主要是症状的，部分依赖于抗体和皮质类固醇，而对于SARS-COV-2感染，抗病毒药物remdesivir补充，最近由Molnupivavir，Nirmatrelvir/Ritonavir/Ritonavir/Ritonavir/Ritonavir，Janus kinib和Janus kinib andib andib andib andib andib andibin。败血症和严重的SARS-COV-2感染/COVID-19在病理生理学和促炎性介体的水平上具有许多特征，从而实现了共同的疾病管理策略。成功针对败血症和严重的SARS-COV-2感染/ COVID-19的预后严重程度和死亡率标志物3（PTX3）的新想法；补体（C3/C3A/C3AR和C5/C5A/C5AR轴）;肿瘤坏死因子（TNF）-α，白介素（IL）-1β和IL-6表达； IL-6触发的C5AR受体在血管内皮细胞中的表达；抗炎IL-10的释放仍然缺失。具有溶酶体特征的小分子，例如批准的阿米替林药物，德斯洛拉塔丁，氟氟氧胺，阿塞拉斯汀和ambroxol，已证明了它们在COVID-19的啮齿动物模型或临床试验中的临床益处。但是，它们的确切作用方式仍有待完全阐明。合理的药物重新利用批准的药物或筛查具有实际上溶酶体药理学作用的活性化合物是改善预防和治疗败血症和/或SARS-COV-2感染的主要机会，以及其严重的形式的COVID-19。针对与疾病相关的靶标，例如宿主细胞的病毒感染，脱落类似受体的受体（TLR），促炎性介质的表达，例如TNF-α，IL-1β，IL-1β，IL-6，PTX3，以及补充受体C5AR，强调了与当前的跨性别方法相比的优势。
COVID-19 与其他病毒性疾病的比较
COVID-19 是一种新发现的高度传染性疾病，已迅速蔓延到至少 213 个国家，成为大流行病。本文是一篇关于 COVID-19 和其他四种病毒性疾病的综合评论文章，包括流感、严重急性呼吸道综合征 (SARS)、中东呼吸综合征 (MERS) 和埃博拉病毒病 (EVD)。COVID-19 的病因是新型冠状病毒 — SARS-CoV-2。COVID-19 的传播复杂而迅速；因此，很难控制疾病的传播。经过认证的针对 COVID-19 的特定抗病毒药物正在慢慢面世，尽管一些治疗方法（如瑞德西韦、羟氯喹、地塞米松和治疗性血浆置换 (TPE)）被发现有一定效果。有效的疫苗仍在研发中，包括美国在内的几个国家目前正在进行 3 期试验，以加快疫苗的研发。所有这些问题都给降低这种全球传染病的发病率和死亡率带来了重大挑战。 COVID-19 对公共卫生和全球经济产生了巨大影响。随着经济停摆，保持社交距离、多洗手和消毒已成为缓解 COVID-19 传播的一线疗法，并创造了新常态。COVID-19 不同于流感和以前的流行病，例如 SARS、MERS 和 EVD，但也有一些相似之处。本文介绍了流感和这些流行病，并与 COVID-19 进行了比较。介绍了 COVID-19 的特点、治疗进展、检测和诊断的新兴技术以及当前和未来的挑战。具体来说，本文中有关 COVID-19 的主题涵盖基本事实、COVID-19 的可疑起源、检测和诊断、药物治疗和安慰措施、抗击 COVID-19 的策略和管理，以及 COVID-19 的居家隔离令对情绪、心理和精神健康的影响。
对BNT162B2 mRNA COVID-19疫苗的不良反应，有过敏史
作为严重的急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-COV-2，COVID-19）大流行继续在全球范围内传播，Covid-19疫苗接种是控制它的解决方案之一。Bnt162b2 mRNA covid-19疫苗（美国纽约州纽约州，Biontech SE，德国Mainz，德国）是日本首次可用的mRNA疫苗，自2021年2月以来，最初是给予医护人员的[1]。目前，可以使用几种类型的Covid-19疫苗，许多人正在接种疫苗[1 E 3]。尽管COVID-19疫苗接种的效率取决于疫苗的类型，但据报道，BNT162B2在预防疫苗接种的个体中有症状的Covid-19感染有效95％，表明其高效率[1]。针对COVID-19的有效药物包括地塞米松[4，5]，抗病毒剂Remdesivir [6]和Janus Kinase（JAK）抑制剂Baricitinib [7]，所有这些[7]目前在日本可用于COVID-19的治疗。尽管其他各种药物是用于共同治疗的治疗方法，但报告描述了它们的不确定性，包括目前可用的人；因此，没有可靠的治疗方法[8]。因此，通过疫苗接种抑制联盟-19大流行被认为很重要。然而，对疫苗接种的不良反应存在风险，并且已经报道了COVID-19疫苗的各种不良行为[9]。不良反应，例如疫苗接种部位的疼痛或发烧，是最常报道的。不良反应的一个特殊问题是过敏性症状，如果形成障碍会出现危及生命的后果的风险[1 E 3]。由于大多数人是第一次接受Covid-19疫苗，因此尚不清楚疫苗接种是否会引起不良反应，例如过敏或严重的形式释放。，很难确定过敏症的内部分裂物是否可以接收COVID-19疫苗。然而，为了验证COVID-19-19疫苗的安全性，在临床试验中排除了对疫苗成分过敏病史的内部分裂物。因此，很少有研究检查了Covid-19在过敏患者中的疫苗接种的安全性。在日本的山加塔大学医院，BNT162B2被授予医院工作人员和学生。疫苗接种后，我们进行了问卷调查，以调查其过敏病史和免疫后反应。通过分析这些数据，我们旨在验证Covid-19疫苗在具有过敏史的患者中的安全性。
发现SARS-COV-2
摘要：SARS-COV-2的小分子抗病毒药当前在美国或全球范围内获得（或紧急授权），包括Remdesivir，Molnupiravir和Paxlovid。自从三年前爆发以来，出现的SARS-COV-2变体数量越来越多，这增加了需要不断开发更新的疫苗和口服抗病毒药，以便充分保护或治疗人群。病毒主蛋白酶（M Pro）和类木瓜蛋白酶样蛋白酶（PL Pro）是病毒复制的关键。因此，它们代表了抗病毒疗法的宝贵靶标。我们在这里描述了使用Microsource Spectrum库对M Pro和PL Pro的2560种化合物进行的体外筛查，以尝试识别可以为SARS-COV-2重新使用的其他小分子命中。随后，我们确定了M Pro的2次命中，PL Pro的8个命中。其中一个是具有双重活性的第四纪铵化合物西酰基吡啶丁字（IC 50 = 2.72±0.09μm，对于M Pro而言，IC 50 = 7.25±0.15μm）。PR PRO的第二个抑制剂是选择性雌激素受体调节剂Raloxifene（PL Pro的IC 50 = 3.28±0.29μm，M pro的IC 50 = 42.8±6.7μm）。我们还测试了几种激酶抑制剂，并鉴定出olmutinib（IC 50 = 0.54±0.04μm），Bosutinib（IC 50 = 4.23±0.28μm），crizotinib，crizotinib（IC 50 = 3.81±0.04μm），以及IC 506 = 3.3 3.3 3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3±uciT = iC 50±uciTIrs这是第一次。在某些情况下，这些分子也已由其他人测试过该病毒的抗病毒活性，或者我们使用了感染SARS-COV-2的Calu-3细胞。结果表明，可以通过对这些蛋白酶进行有希望的活性来识别批准的药物，并且在某些情况下，我们或其他人已经验证了它们的抗病毒活性。将已知的激酶抑制剂作为靶向PL Pro的分子的附加鉴定可能提供新的重新利用机会或化学优化的起点。■简介
鉴定印度药用植物中的植物化学物质
图 2. A) 条形图显示来自印度药用植物的对接得分最高的植物化学物质的百分比。横轴表示植物化学物质的百分比。纵轴是印度药用植物的名称。B) Heatmapper 根据 21 种药物与 SARS-COV-2 的 10 个结合位点的对接得分生成相关性（平均链接，皮尔逊距离测量）热图。左侧纵轴中的数字代表 SARS-COV-2 靶标：1：蛋白酶；2：刺突蛋白，3：NSP 10；4：NSP 12 催化位点；5：NSP 12-NSP7 界面；6：NSP 12-NSP 8 界面；7：NSP 16；8：NSP 9；9：NSP 15； 10：NSP 3。横轴代表21种药物，缩写为：磷酸氯喹（CP）；氯喹（CL）；阿比多尔（AR）；瑞德西韦（REM）；法匹拉韦（FAV）；洛匹那韦（LOP）；利托那韦（RIT）；利巴韦林（RIB）；奥司他韦（OSE）；扎那米韦（ZAN）；帕拉米韦（PER）；更昔洛韦（GAN）；甲基强的松龙（MEP）；地塞米松（DEX）；巴瑞替尼（BAR）；羟氯喹（HCL）；索非布韦（SOF）；干扰素α-2b（INA）；卡莫司他甲磺酸盐（CAM）；达芦那韦（DAR）；加利地西韦/BCX-4430（GAL）。颜色代表对接分数的z分数。 C) 21 种药物（缩写为 F1…Fn）和植物化学物质（缩写为 P1…Pn）的 8 个 ADME 概况的成对互相关图（Elucidian 距离测量）。橙色框表示图中显示药物和植物化学物质之间相关性的区域，其 ADME 概况显示标准规则的违反程度非常低。D) 比较条形图显示 21 种药物（左图）和植物化学物质（右图）的 13 个毒性概况。是：显示毒性的化合物百分比，否：未显示毒性的化合物百分比。横轴表示化合物的百分比，纵轴是从 vNN ADMET 服务器获得的各种毒性概况。
向风湿病学家学习什么？
1 Cron, RQ 和 Chatham, WW《风湿病学家在 Covid-19 中的作用》。《风湿病学杂志》。2020 年。47 (5) 639-642。2 Misra DP、Agarwal V、Gasparyan AY、Zimba O。风湿病学家对冠状病毒病 19 (COVID-19) 和潜在治疗靶点的看法 [2020 年 4 月 10 日提前在线发表]。《临床风湿病学》。2020；1 - 8。3 Hoffmann M、Kleine-Weber H、Schroeder S 等人。SARS-CoV-2 细胞进入依赖于 ACE2 和 TMPRSS2，并被临床验证的蛋白酶抑制剂阻断。《细胞》。2020；181(2):271 - 280.e8。 4 Mahevas, M. 等人 (2020)。没有证据表明羟氯喹对需要氧气的 COVID-19 感染住院患者有临床疗效：使用常规收集的数据模拟目标试验的研究结果。medRxiv。5 Huang C、Wang Y、Li X 等人。中国武汉 2019 年新型冠状病毒感染患者的临床特征。柳叶刀。2020；395（10223）：497 ‐ 506。6 Williamson, B.、Feldmann, F.、Schwarz, B.、Meade-White, K.、Porter, D.、Schulz, J.、...... 和 Okumura, A. (2020)。瑞德西韦对感染 SARS-CoV-2 的恒河猴的临床益处。BioRxiv。 7 Chen, Z., Hu, J., Zhang, Z., Jiang, S., Han, S., Yan, D., ... & Zhang, Z. (2020). 羟氯喹对 COVID-19 患者的疗效：一项随机临床试验的结果。MedRxiv。8 Cantini F、Niccoli L、Matarrese D、Nicastri E、Stobbione P、Goletti D。巴瑞替尼治疗 COVID-19：安全性和临床影响的初步研究。J Infect。2020；S0163-4453(20)30228-0。9 Xu, X.、Han, M.、Li, T.、Sun, W.、Wang, D.、Fu, B., ... & Zhang, X. (2020). 托珠单抗对重症 COVID-19 患者的有效治疗。ChinaXiv，202003 (00026)，V1。 10 Monti S, Balduzzi S, Delvino P, Bellis E, Quadrelli VS, Montecucco C. 接受免疫抑制靶向疗法治疗的一系列慢性关节炎患者的 COVID-19 临床病程。Ann Rheum Dis. 2020;79(5):667 ‐ 668。
主题：巴瑞替尼（Olumiant®）片剂
巴瑞替尼 (Olumiant) 是一种口服 Janus 激酶 (JAK) 抑制剂，最初于 2018 年 5 月获美国食品药物管理局 (FDA) 批准用于“治疗对一种或多种肿瘤坏死因子 (TNF) 拮抗剂疗法反应不足的中度至重度活动性类风湿性关节炎成年患者”。自身免疫炎症中的许多介质（例如白细胞介素 2、6、12、15 和 23；干扰素；和粒细胞巨噬细胞集落刺激因子 [GM-CSF]）通过 JAK 家族（JAK1、JAK2、JAK3 和酪氨酸激酶 2 [Tyk2]）发出信号。巴瑞替尼是第二种获 FDA 批准用于治疗 RA 的 JAK 抑制剂；第一个是 2012 年 11 月上市的托法替尼 (Xeljanz)。托法替尼对 JAK3 的亲和力最大，但它被认为是一种泛 JAK 抑制剂（除 JAK3>JAK1>JAK2 外均有抑制活性）。巴瑞替尼是一种有效的 JAK1 和 JAK2 抑制剂，对 JAK3 的活性最小。其他 JAK 抑制剂正在开发中，每种抑制剂在各种 JAK 蛋白中都有独特的抑制特征。各种 JAK 抑制剂之间不同的 JAK 亲和力特征的临床意义尚未确定。2020 年 11 月，FDA 发布了紧急使用授权 (EUA)，允许巴瑞替尼与瑞德西韦联合用于治疗疑似或实验室确诊的 COVID-19 住院成人和两岁或以上的儿科患者，这些患者需要补充氧气、有创机械通气或体外膜氧合 (ECMO)。 2021 年 7 月，EUA 进行了修订，不再要求巴瑞替尼与瑞德西韦联合使用。随后在 2022 年 5 月，FDA 批准了一项新适应症，用于治疗需要补充氧气、无创或有创机械通气或 ECMO 的住院成人 COVID-19，这使得 Olumiant 成为首个获得 FDA 批准的 COVID-19 免疫调节治疗药物。Olumiant 仍处于 EUA 状态，适用于需要补充氧气、无创或有创机械通气或 ECMO 的 2 至 18 岁以下住院儿科患者。2022 年 6 月，FDA 批准了一项新适应症，用于治疗患有严重斑秃的成人患者。巴瑞替尼是 FDA 批准的首个用于治疗斑秃的全身疗法。 2021 年 12 月，根据托法替尼 (Xeljanz) 上市后安全性研究的结果，该研究显示，该药物可增加全因死亡、重大心血管不良事件和癌症的风险，
1. 请说出德国 BioNTech 公司与美国制药巨头辉瑞联合研发的针对 COVID-19 的疫苗名称？ A. BNT162 B. PICOVACC C. 两者皆有 A
1. 说出德国 BioNTech 公司和美国制药巨头辉瑞联合开发的用于治疗 COVID-19 的疫苗的名称？ A. BNT162 B. PICOVACC C. A 和 B 同时存在 D. A 和 B 都不存在 答案 A 说明：BNT162 由德国 BioNTech 公司和美国制药巨头辉瑞联合开发。它是一组基于信使 RNA 或 mRNA 概念的四种潜在疫苗。另一方面，PICOVACC 是由私营生物制药公司 Sinovac 开发的灭活疫苗。这些疫苗正处于临床试验阶段。 2. 说出一项将康复的 COVID-19 患者的血液输入给病情危重的冠状病毒患者的临床试验？ A. 血浆疗法 B. 团结 C. 瑞德西韦 D. 羟氯喹 答案A 解释：血浆疗法或恢复期血浆疗法是一项临床试验，其中将康复的 COVID-19 患者的血液输入到病情危重的冠状病毒患者体内。 3. 冠状病毒如何传播？ A. 当一个人打喷嚏或咳嗽时，飞沫会在空气中扩散或落在地面和附近的表面上。 B. 如果附近有一个人吸入飞沫或触摸这些表面，并进一步触摸他的脸、眼睛或嘴巴，他或她就会被感染。 C. 如果与感染者的距离小于 1 米。 D. 以上所有都是正确的。 答案。D 解释：冠状病毒 (COVID-10) 通过上述方式传播。 4. 感染 COVID-10 的人会怎样？ A. 大约 80% 的人不需要治疗，可以自行康复。 B. 大约 <20% 或一小部分可能需要住院治疗。 C. 极少数患有慢性病的人可能需要进入重症监护病房 (ICU)。 D. 以上所有都是正确的 答案。D 解释：感染 COVID-19 的人：大多数人（80%）不需要治疗，可以自行康复，小部分人（<20%）可能需要住院治疗，极小部分患有慢性疾病的人可能需要进入 ICU。 5. COVID-19 在哪个年龄组传播？ A. COVID-19 发生在所有年龄组中。 B. 儿童中冠状病毒感染的程度较轻。 C. 老年人和有基础疾病的人患重病的风险很高。 D. 以上所有都是正确的， 答案。D 解释： COVID-19 发生在所有年龄组中。但根据 AIMS 的说法，冠状病毒感染在儿童中程度较轻。老年人和患有