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fennoscandia上的千尺度模拟显示，由于气候变暖，苔原损失了很大
摘要。Fennoscandian Boreal和山区有各种各样的植被类型，从北方森林到高山苔原和贫瘠的土壤。该区域正面临着超过全球平均水平的空气温度以及温度和降水模式的变化。这将有望改变芬诺斯卡尼斯植被组成，并改变面部土地使用的条件，例如林业，旅游和驯鹿饲养。在这项研究中，我们使用了独特的高分辨率（3 km）气候场景，这是由于强烈增加二氧化碳散发而导致的相当温暖，以研究气候变化如何改变蔬菜组成，生物多样性和适当驯鹿的可用性。使用动态植被模型，包括新的潜在驯鹿放牧的新实施，并在如此长的时间内和空间范围内重新塑造了前所未有的高分辨率的模拟植被图。使用植被清单在当地评估结果，并针对基于卫星的植被图的整个区域进行评估。在六个“热点”区域进行了对威胁物种统计的植被转移的更深入分析，其中包含稀有和威胁性物种的记录。在这种高发射情况下，模拟显示了植被组成的急剧变化，并在本世纪末加速了。令人震惊的是，结果sug-
呼吸障碍的器官模型揭示了由phox2b-parms引起的后脑神经元的图案缺陷
脑干中的逆转录核（RTN）神经元调节对高碳酸高的通气反应。目前尚不清楚Phox2b-多酰氨酸重复突变（PHOX2B -PARMS）如何改变Phox2b和扰动RTN神经元的形成的功能。在这里，我们用人类多能干细胞的RTN样神经元产生了人类脑干器官（HBSO）。单细胞转录组学表明，phox2b+7ala parm的表达改变了后脑神经元的分化轨迹，并阻碍了HBSOS中RTN样神经元的前瞻性。使用无引导的大脑器官（HCO），PHOX2B+ 7ALA PARM中断了刺猬途径和HOX基因失调的Phox2b+神经元的模式。通过互补使用HBSO和HCO与患者和两个突变体在PHOX2B中携带不同多丙氨酸重复的多能干细胞系，我们进一步定义了多苯胺反复的长度与RTN呼吸中心的畸形与RTN呼吸畸形的长度与RTN的畸形与毒素毒素的疾病型模型的潜在模型，并展示了phox2-Persias的潜在模型，该模型构成了phox2b-Parms的强度，该模型繁多了。
比我们想象的要富裕：神经生理学方法揭示了富裕俱乐部网络的发展是频率和性别依赖性的
摘要一组称为“ Rich-Club”的高度连接的大脑区域对于整个功能连接组的整体信息至关重要。尽管文献已经确定了随着年龄的增长，但对潜在的性别特异性发育轨迹的了解鲜为人知，并且尚未建立神经生理学的频率依赖性变化。在这里，我们在较大的年龄跨度（4-39岁）中使用磁脑摄影（n = 383）中使用磁脑摄影（4-39岁）中使用磁插术的频率和性别依赖性发展。我们报告了在alpha，beta和伽马频率之间的男性和女性之间的强烈差异。雄性随着年龄的增长而表现出富裕组织的增加或没有变化，但女性显示出一种无线性的非线性轨迹，该轨迹在童年时期增加，在青春期早期改变方向。使用神经生理方式来捕获振荡动力学，年龄和性别之间的复杂关系，我们建立了大脑核心功能组织的不同性，特定性的发育轨迹，对我们对大脑健康和疾病的理解至关重要。
空间嵌入循环神经网络揭示结构和功能神经科学发现之间的广泛联系
摘要 脑网络存在于资源限制的范围内。因此，脑网络必须克服在其物理空间内生长和维持网络的代谢成本，同时执行其所需的信息处理。为了观察这些过程的效果，我们引入了空间嵌入循环神经网络 (seRNN)。seRNN 在 3D 欧几里得空间中学习与任务相关的基本推理，其中组成神经元的通信受到稀疏连接组的限制。我们发现 seRNN 与灵长类动物的大脑皮层类似，自然地使用模块化小世界网络解决推理问题，其中功能相似的单元在空间上配置自身以利用能量高效的混合选择代码。随着所有这些特征的一致出现，seRNN 揭示了有多少常见的结构和功能大脑主题紧密交织在一起，并且可以归因于基本的生物优化过程。 seRNN 可以作为模型系统，在结构和功能研究社区之间架起桥梁，推动神经科学理解的发展。
新型药物目标发现的时间趋势揭示了人类遗传数据的重要性
涉及新型行动机理目标的药物批准目前约占新型FDA批准的药物的五分之一。开发新目标的疗法带来了增加的风险，但它们可以显着解决未满足医疗需求或当前治疗限制的领域。开放目标平台是一个有价值的，定期更新的开放资源，用于识别和优先考虑治疗目标，将各种数据源与用户友好的界面集成在一起。但是，它缺乏对目标新颖性的评估，并且时间戳最少。为了回应，我们实施了数百万个生物医学数据点的全面时间戳，并引入了一个指标，以总结疾病背景下目标的新颖性，以发现开放靶标生态系统中的新药物目标。自2000年以来，对新型药物靶标批准的回顾性分析表明，临床进展的遗传证据越来越早于管道中的较早考虑，突出了在时间背景下评估关联证据的好处。
BrainBeats：一个开源EEGLAB插件，用于共同分析脑血和心血管（ECG/PPG）信号
。cc-by-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2023年12月5日。 https://doi.org/10.1101/2023.09.25.559321 doi：Biorxiv Preprint
积累的宏基因组研究揭示了正粘液病毒的近期迁移、全基因组进化和未被发现的多样性
摘要 宏基因组学研究通过超越公共卫生或经济利益宿主来发现许多新型病毒。然而，得到的病毒基因组往往不完整，而且分析主要表征了病毒在其动态中的分布。在这里，我们整合了从宏基因组学研究中积累的数据，以揭示正粘病毒科（包括流感病毒在内的 RNA 病毒家族）案例研究的地理和进化动态。首先，我们使用正粘病毒科武汉蚊病毒 6 的序列来追踪其宿主的迁移。然后，我们研究正粘病毒基因组的进化，发现该家族成员之间的基因获得和丢失，特别是负责细胞和宿主向性的表面蛋白。我们发现武汉蚊病毒 6 的表面蛋白表现出加速的非同义进化，暗示抗原进化，即脊椎动物感染，并且属于具有高度分化的表面蛋白的更广泛的 quaranjavirid 组。最后，我们量化了正粘病毒的发现进展，并预测仍有许多不同的正粘病毒科成员有待发现。我们认为，无论是否发现新病毒，只要研究设计能够解析完整的病毒基因组，持续的宏基因组研究将对了解病毒及其宿主的动态、进化、生态学大有裨益。
综合转录组和代谢组分析揭示了orychophragmus vileaceus
结果和讨论：基于代谢组数据，总共鉴定了152个氟代谢物，其中大多数是槲皮素和kaempferol。对三个氟样品中代谢产物的比较分析表明，两种花色苷，peonidin-3-葡萄糖苷和delphinidin 3-（6'' - malonyl-葡萄糖苷）是颜料最有可能造成O. Violeaceus的花瓣的颜色。随后的转录组分析显示，在三组流量中，有5,918个差异表达的基因，其中87个编码了花青素生物合成途径中的13个关键酶。在紫色流中，两个转录因子OVMYB和OVBHHH的高表达表明它们在花青素生物合成的调节中的作用。通过整合代谢组和转录组数据，编码花青素合酶的卵子在紫色流中显着上调。卵形是负责将无色白细胞蛋白酶转化为彩色花青素的酶。这项研究提供了对O. violaceus颜色发育的分子机制的新见解，为浅色颜色育种奠定了基础。
基于网络的方法揭示了宿主指导的抗精神病治疗的潜在治疗靶点驱动药物重新利用
摘要利什曼原虫寄生虫是利什曼病的因果因素，这是全球90多个国家的地方性疾病。多年来，在开发针对利什曼病的治疗方法时，传统方法集中在寄生虫上。尽管尝试了许多尝试，但尚无普遍治疗，并且可以出现阻力。在这里，我们提出并遵循一种旨在克服当前缺乏治疗的宿主定向方法。我们的方法确定了宿主细胞中潜在的治疗靶标，并提出了旨在改善免疫反应的已知药物相互作用，并阻止寄生虫生存所需的宿主机制。我们开始分析感染了利什曼原虫大调的巨噬细胞的转录因子调节网络。接下来，基于感染的调节动力学和可用的基因表达方面的纤维，我们选择了潜在的治疗靶蛋白。然后根据多层网络方案对这些蛋白质的功能进行了分析，在该方案中，我们将有关代谢途径的信息与已知药物结合在一起，这些药物与这些蛋白质进行的活性有直接联系。使用我们的方法，我们能够识别五个宿主蛋白质编码基因产物，它们是治疗利什曼病的潜在治疗靶标。此外，从已知与这些蛋白质执行功能相互作用的11种药物中，已经针对该寄生虫进行了3种测试，并以这种方式验证了我们的新方法。更重要的是，先前用来治疗其他疾病的剩余八种药物仍然是有希望的尚未受人欢迎的抗精神病药疗法。
转录组学数据的综合网络分析揭示了急性放射综合征的潜在药物靶点
最近的政治动荡凸显了了解伽马射线暴露对人类健康和生存能力的短期和长期影响的重要性。在这方面，在发生核灾难的情况下，对急性放射综合征 (ARS) 进行有效治疗是必要的。在这里，我们提出了 20 个 ARS 治疗靶点，这些靶点是使用系统方法确定的，该方法整合了人类和小鼠在放射治疗下获得的基因共表达网络、药物数据库、疾病基因关联、辐射诱导的差异基因表达和文献挖掘。通过选择具有现有药物的基因靶点，我们确定了药物再利用的潜在候选基因。其中八个基因 (BRD4、NFKBIA、CDKN1A、TFPI、MMP9、CBR1、ZAP70、IDH3B) 已通过文献证实在扰动时显示出放射保护作用。这项研究为使用集成多种生物信息的系统级基因关联治疗 ARS 提供了一个新的视角。所确定的基因可能为 ARS 的潜在药物再利用提供高可信度的药物靶点候选基因。