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服务指南PACBIO REVIO 16S
所有样本中都包含分析，并且提供了RAW HIFI读取数据，以供客户更喜欢进行自己的分析。PACBIO HIFI全长16S数据使用QIIME2和DADA2进行质量过滤，并“将”“变形”到高质量扩增子单个变体（ASV）。ASV分类采用两种方法：针对基因组分类学数据库（GTDB R207）的共识一致性分类（使用VSEARZERCH）高一致性，以及使用三个数据库的基于贝叶斯的基于机器学习的分类（DADA2），使用三个数据库：GTDB R207，SILVA R207，SILVA RRNA DATABASE（v138）由核糖体数据库项目（RDP）补充，以更好地分类低充足的ASV。
指南 - Revio系统站点准备
仅用于研究使用。不适用于诊断程序。P/N 102-978-500-04©版权所有2024，加利福尼亚州太平洋生物科学公司（“ PACBIO”）。保留所有权利。本文档中的信息如有更改，恕不另行通知。PACBIO对本文档中的任何错误或遗漏不承担任何责任。Pacific Biosciences不对本文件（明示，法定，隐含或其他方式）（包括但不限于适销性，令人满意的质量，非侵害，非侵权或适合特定目的的适用性）否认所有保证。在任何情况下，无论是在合同，侵权，保证，根据任何法规中，还是在任何其他基础上，对于（是否与太平洋生物学家），无论是否与该文件有关，无论是在此文件中，无论是否与此文件有关，无论是在此文件中（或不存在）是否有可能存在这种可能性的可能性。某些通知，条款，条件和/或使用限制可能与您使用PACBIO产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的PACBIO销售条款和条件以及PACB.com/license的适用许可条款。商标：
技术概述 Revio 系统 v13.3 + SPRQ 化学
1 Revio SPRQ 测序板 - 1 rxn 部分列在客户价目表中，可通过标准采购流程和客户中心（电子商务）订购。2 Revio SPRQ 聚合酶试剂盒 + 清理珠捆绑包 PN 103-520-100 包括 Revio SPRQ 聚合酶试剂盒和 SMRTbell 清理珠。3 Revio SPRQ HiFi 制备试剂盒 96 捆绑包 PN 103-522-600 包括 Revio SPRQ 聚合酶试剂盒 96、HiFi 制备试剂盒 96、SMRTbell 清理珠和其他试剂，以支持高通量样品处理。
高通量HMW DNA动物血液提取和PACBIO REVIO系统上的测序
Darwin Life Project是一项大型生物多样性计划，旨在为整个英国和爱尔兰的70,000种真核生物生成高质量的基因组。对于这样的大型项目，高通量（HT）解决方案至关重要； PACBIO NANOBIND HT DNA提取试剂盒与Revio系统相结合，通过显着增加吞吐量并降低长阅读测序的成本来满足这些需求。
优化的HMW DNA提取，样品制备和测序的工作流程Pacbio Revio System上的海洋脊椎动物
•海洋基因组计划已在PACBIO Revio系统上建立了用于HMW DNA提取，自动化库制备和HIFI测序的优化的高通量工作流程。•通过Biomek i7自动化的效率提高，动手时间降低，并提高了各种DNA输入的样品一致性。•此工作流程导致了130多个海洋脊椎动物的HIFI数据，提供了无价的保护和研究工作的数据。
程序和清单 - 使用SMRTBELL PREP套件3.0
请注意，单个SRE/剪切自动化运行中不能包括高质量和低质量样品。如果可用0.5–1.25 µg gDNA并使用Revio Sprq化学，则低质量工作流将为Revio SMRT细胞（+SPRQ）提供足够的库；但是，如果需要过多的文库，则高质量参数也可以用于Revio Sprq化学。对于Revio非SPRQ化学和VEGA，仍建议使用2 µg GDNA输入来加载1个SMRT细胞。
生成 PureTarget 重复扩展面板库
建议每个样本的 gDNA 质量为 2 µg，以确保有足够的基因拷贝来加载并最大化测序覆盖率。此方案适用于每个样本 1–4 µg。我们建议 Sequel、Vega 和 Revio 系统上的最低总 DNA 为 16 µg，以产生可测量的文库质量，Sequel 系统上的最大总 DNA 为 75 µg，Vega 和 Revio（非 SPRQ）上的最大总 DNA 为 100 µg，Revio +SPRQ 上的最大总 DNA 为 50 µg，适用于所有多路复用样本。
微生物组种类分析，用于全长16S rRNA测序的kinnex套件
结果表明，Kinnex 16S测序可以在单个Revio SMRT单元格上以1,536-plex或在续集IIE SMRT单元格上的768-plex下的平均读数> 30k平均读数。图5a显示了续集II系统上的常规全长16S库的显示2.1-330万（M）的读取，而Kinnex则显示为19.6-28.4 m，在Revio系统上，从8.5-10.1 m的Revio系统上读取，而没有Kinnex至62.5–72.5–72.2 m读取Kinnex。 此差异允许每个SMRT单元格多路复用和每个样品的读取深度更高。 将Kinnex 16S与标准FL 16S进行比较，我们发现物种组成有很高的相关性（图5B）。 在20种物种的微生物标准上，Kinnex 16S库与预期的物种表示相比，由于读取深度较高，因此与常规16S库相关（图5C）。显示2.1-330万（M）的读取，而Kinnex则显示为19.6-28.4 m，在Revio系统上，从8.5-10.1 m的Revio系统上读取，而没有Kinnex至62.5–72.5–72.2 m读取Kinnex。此差异允许每个SMRT单元格多路复用和每个样品的读取深度更高。将Kinnex 16S与标准FL 16S进行比较，我们发现物种组成有很高的相关性（图5B）。在20种物种的微生物标准上，Kinnex 16S库与预期的物种表示相比，由于读取深度较高，因此与常规16S库相关（图5C）。
puretarget：无扩增的工作流程，用于短串联重复扩展的遗传和表观遗传分析
本文档中的错误或遗漏。某些通知，条款，条件和/或使用限制可能与您使用PACBIO产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的PACBIO销售条款和条件以及PACB.com/license的适用许可条款。太平洋生物科学，PACBIO徽标，PACBIO，Circulomics，Omniome，Smrt，Smrtbell，Iso-Seq，Secel，Sequel，Nanobind，sbb，Revio，Revio，Onso，Apton，Apton，Kinnex和Puretarget是Pacbio的商标。
动植物科学在HIFI测序
所有样品吞吐量均为使用1个SMRT Cymist的VEGA系统的VEGA系统的估计值，使用1 SMRT细胞的SPRQ化学。覆盖范围可能会根据样本质量，图书馆质量和片段长度而有所不同。当前可用的SMRTBELL®适配器索引板96A-96D总共包含384个SMRTBELL条形码适配器。微生物从头组装假定的微生物为2 GB的总基因组大小为每个样品30倍。单细胞转录组学在Revio系统上的每个库中≥8000万次读取，在VEGA系统上的每个库中约有500-6亿个读取。全长RNA测序假设Revio Sprq的总读数为60m，而Vega的30m读取，无论有何plexity。Amplicon测序假设电影时间为1-5 kb的12小时电影时间，24小时的电影时间为5+ kb，每个样本> 50倍。目标富集假设每个样品> 50倍。