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靶向核糖体编辑在连接性大疱性表皮松解症中补充皮肤锚蛋白 LAMB3
严重交界性大疱性表皮松解症是一种罕见的遗传性产后致死性皮肤病，主要由 LAMB3 基因中的无义/过早终止密码子 (PTC) 序列变体引起。LAMB3 编码 LAMB3，即表皮 e 真皮皮肤锚定层粘连蛋白 332 的 b 亚基。PTC mRNA 的大多数翻译读段都会产生截短的、无功能的蛋白质，而内源性 PTC 读通机制会产生最低水平和不足的全长蛋白质。传统的翻译读通诱导药物会放大内源性 PTC 读通；然而，翻译读通诱导药物要么具有蛋白毒性，要么是非选择性的。核糖体编辑是一种更具选择性且毒性较小的策略。该技术确定了核糖体蛋白 L35/uL29（即 RpL35）和 RpL35 配体可再利用药物青蒿琥酯和阿扎那韦作为增加全长 LAMB3 产量的分子工具。为了评估活细胞中的配体活性，我们通过双荧光素酶报告基因检测监测了青蒿琥酯和阿扎那韦的治疗。青蒿琥酯治疗后全长 LAMB3 的产量水平增加高达 200%，阿扎那韦治疗后增加高达 150%，在降低药物剂量的情况下与 RpL35 配体联合治疗后增加高达 170%，而不相关的 PTC 报告基因无反应。RpL35 配体在选择性增加全长 LAMB3 方面的生物活性证明为补充严重交界性大疱性表皮松解症中的 LAMB3 的替代靶向治疗途径提供了基础。
核糖核酸酶A（rnase a）（冻干形式）
RNase A是一种用于分子生物学应用的牛胰腺内切核酸酶。RNase A的主要应用是从制备质粒DNA以及提取质粒DNA中去除RNA。它也用于去除非特异性结合的RNA； RNase保护分析； RNA序列的分析以及蛋白质样品中包含的RNA的水解。rNase A在嘧啶核苷酸的3¢磷酸盐处攻击。PG-PG-PC-PA-PG的序列将被裂解以得到PG-PG-PCP和A-PG。最高的活性用单链RNA表现出来。RNase A是一个包含4个二硫键的单链多肽。 rnase a可以通过烷基化12或119的烷基化来抑制，这些烷基化存在于酶的活跃部位中。 RNase A的活化剂包括钾和钠盐。 Molecular mass: 13.7 kDa (amino acid sequence) Extinction coefficient: E1% = 7.1% (280nm) Isoelectric point: pI: 9.6 Optimum temperature: 60°C (activity range of 15 - 70°C) Optimum pH: 7.5 (activity range of 6 - 10) Inhibitors: Ribonuclease inhibitor Activity (Kunitz): ≥60 units/mg蛋白质RNase A是一个包含4个二硫键的单链多肽。rnase a可以通过烷基化12或119的烷基化来抑制，这些烷基化存在于酶的活跃部位中。RNase A的活化剂包括钾和钠盐。 Molecular mass: 13.7 kDa (amino acid sequence) Extinction coefficient: E1% = 7.1% (280nm) Isoelectric point: pI: 9.6 Optimum temperature: 60°C (activity range of 15 - 70°C) Optimum pH: 7.5 (activity range of 6 - 10) Inhibitors: Ribonuclease inhibitor Activity (Kunitz): ≥60 units/mg蛋白质RNase A的活化剂包括钾和钠盐。Molecular mass: 13.7 kDa (amino acid sequence) Extinction coefficient: E1% = 7.1% (280nm) Isoelectric point: pI: 9.6 Optimum temperature: 60°C (activity range of 15 - 70°C) Optimum pH: 7.5 (activity range of 6 - 10) Inhibitors: Ribonuclease inhibitor Activity (Kunitz): ≥60 units/mg蛋白质
先天免疫核酸内切酶RNase l
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2023年10月12日。 https://doi.org/10.1101/2023.10.12.562082 doi：Biorxiv Preprint
核糖测序、免疫肽组学和蛋白质组学能告诉我们有关非规范蛋白质组的哪些信息？
核糖体分析 (Ribo-Seq) 揭示了目前注释的编码序列 (CDS) 之外的数千个非规范核糖体翻译位点，从而改变了我们对人类基因组和蛋白质组的理解。保守估计至少有 7000 个非规范 ORF 被翻译，乍一看，这有可能将人类蛋白质 CDS 的数量扩大 30%，从约 19,500 个注释的 CDS 增加到超过 26,000 个注释的 CDS。然而，对这些 ORF 的进一步审查提出了许多问题，即它们中有多少部分真正产生了蛋白质产物，又有多少部分可以根据对该术语的传统理解理解为蛋白质。进一步复杂化的是，已发表的非规范 ORF 估计值相差约 30 倍，从几千到几十万。这项研究的总结让基因组学和蛋白质组学界既对人类基因组中新编码区域的前景感到兴奋，又在寻找如何继续的指导。在这里，我们讨论了非规范 ORF 研究、数据库和解释的现状，重点是如何评估给定的 ORF 是否可以说是“蛋白质编码”。
核糖体DNA拷贝数与人类和其他哺乳动物的体重有关
。cc-by 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2023年8月6日。 https://doi.org/10.1101/2023.08.03.551775 doi：Biorxiv Preprint
核糖开关作为治疗靶标：抗生素新时代的承诺
摘要简介：细菌病原体中抗生素耐药性的生长是一种即将来临的全球威胁，只能通过开发新的抗菌药物来避免。有希望的答案可能是核糖开关的靶向，几乎完全在细菌中发现的结构化RNA元素。涵盖的区域：本综述将核糖开关作为新型抗菌药物靶标的潜力。总结了当前可用抗生素的作用机理，然后划定了核糖开关的功能机理。然后，我们讨论了开发新方法的潜力，这些方法在其细菌基因表达的背景下靶向范式核糖开关。专家意见：我们重点介绍了以其功能形式靶向核糖开关的潜在优势，该功能形式嵌入了基因表达中，对细菌存活至关重要。我们强调了这种方法的好处，包括潜在的较高的物种特异性和较低的副作用。
KMT2D 缺乏会促进易受核糖体生物合成抑制的髓系白血病
KMT2C 和 KMT2D 是人类癌症中最常见的突变表观遗传基因。虽然 KMT2C 被确定为急性髓系白血病 (AML) 中的肿瘤抑制因子，但 KMT2D 在这种疾病中的作用仍不清楚，尽管它的缺失会促进 B 细胞淋巴瘤和各种实体癌。据报道，KMT2D 在 AML 中下调或突变，并且通过 shRNA 敲低或 CRISPR/Cas9 编辑导致其缺陷会加速小鼠的白血病形成。造血干细胞和祖细胞以及 Kmt2d 缺失的 AML 细胞的核糖体生物合成显著增强，并且核仁持续增大，rRNA 和蛋白质合成率增加。从机制上讲，发现 KMT2D 缺陷会导致小鼠和人类 AML 细胞中 mTOR 通路的激活。 Kmt2d 直接调节 Ddit4 的表达，Ddit4 是 mTOR 通路的负调节因子。与核糖体生物合成异常一致，研究表明，RNA 聚合酶 I 抑制剂 CX-5461 可显著抑制体内 Kmt2d 缺失的 AML 生长，并延长白血病小鼠的生存期。这些研究证实 KMT2D 是 AML 中事实上的肿瘤抑制因子，并揭示了对核糖体生物合成抑制前所未有的脆弱性。
疟原虫的核糖体异质性和特化
20 世纪 30 至 50 年代，核糖体首次被发现。科学家们认识到核糖体是异质性的，因为他们注意到用电子显微镜观察到的颗粒大小和形状存在差异[4]。一个假说进一步发展了这一模型，该假说描述了每个核糖体如何包含翻译一种蛋白质所需的遗传信息[5]。然而，随着这个假说被推翻和忽视，核糖体异质性模型也被推翻。将外来噬菌体 RNA 引入大肠杆菌后，细菌核糖体会进行翻译，这一发现支持了人们不再依赖核糖体特化模型的观点[6]。科学界普遍认为，核糖体是非特化的机器，能将任何 mRNA 转化为蛋白质。研究方法和技术的进步使得人们能够对核糖体进行更细致的研究，更清楚地表明核糖体的核糖体蛋白质 (RP) 组成可能存在异质性。 RP 组成的差异可能是由于特定 RP 同源物在不同组织或器官中的表达所致，例如拟南芥增殖组织中的 RPS5A 和 RPS18A [ 7 ] 出现在果蝇 [ 8 ] 和小鼠 [ 9 ] 的性器官中，并且随着细胞的不断分化和发育 [ 10 ]。此外，在小鼠中，RP 同源物 RPL39L（核糖体大亚基 L39 样蛋白）掺入核糖体会通过改变多肽出口通道的大小和电荷来影响翻译速度 [ 11 ]，这有助于调节一组必需的雄性生殖细胞特异性蛋白质的折叠，而这些蛋白质是精子形成所必需的 [ 12 ]。在发育中的小鼠胚胎中，含有 RPL10A 的核糖体更倾向于经典 Wnt 信号通路成员的转录本，从而形成了一种特化，这对于发育过程中中胚层的正常产生至关重要 [ 13 ]。此外，虽然进化保守的核心 rRNA 在物种间保持高度保守，但人们认识到真核生物已经进化出包含扩展片段 (ES) 的 rRNA 序列。这些 ES 是从核心
Ribociclib诱导的延迟皮肤病反应
摘要Ribociclib是一种选择性细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）4/6抑制剂，并批准了基于内分泌的疗法，用于治疗激素受体阳性（HR-）/人表皮生长因子受体2-阴性（HER2）表达（HER2）表达或转移性乳腺癌。与单独的激素治疗相比，它可以显着延长无进展的生存率并提高客观反应率。然而，联合方案会导致不良事件的风险更高，其中之一是皮肤病学反应。我们介绍了接受核糖丽氏5个月的患者中严重皮肤毒性的病例。毒性导致上肢和下肢的严重瘙痒和斑点皮疹，在停止药物后1个月完全解决。我们得出的结论是，核糖激素引起的皮肤毒性是值得注意的副作用，可以永久停止这种药物，并且是可逆的。与持续，预扣或切换CDK4/6抑制剂有关的临床决策困境应与毒性和成本相对应。
ORIGINALRESEARCH Palbociclib 加氟维司群 vs Ribociclib 加氟维司群和 Abemaciclib 加氟维司群的经济评估
背景：迄今为止，在意大利，尚无研究评估哌柏西利 (PAL) 加氟维司群 (FUL) 与瑞博西利 (RIB) 加 FUL 和阿贝西利 (ABM) 加 FUL 的成本效益。在意大利，对三种细胞周期依赖性 4/6 激酶抑制剂联合内分泌疗法治疗 HR+、HER2- 晚期或转移性乳腺癌绝经后女性进行了成本效益分析。材料和方法：为了评估 PAL 加 FUL 与 RIB 加 FUL 和 ABM 加 FUL 的成本效益，在保守的情况下进行了成本最小化，考虑了三种在总体生存期 (OS) 方面具有相同疗效的 CDK4/6 抑制剂 (MAIC，Rugo 等人 2021)。所有疗法相关的不良事件 (AE) 均来自临床试验。进行了临时分析以估计考虑到生活质量 (QoL) 数据的成本效益 (Lloyd 等人 2006)。结果：成本最小化投入包括进展状态前的药物、就诊和检查、不良事件监测和最佳支持治疗 (BSC)、进展和生命最后两周终末期中的活动和 BSC。鉴于 PAL、RIB 和 ABM 在疗效方面的可比性，该分析表明 PAL 在一生中可节省少量经济成本。结果显示，当 PAL 与 RIB 相比时，每位患者可节省 305 欧元（终身）；在保守的情况下，PAL 与 ABM 可节省 243 欧元（终身）。预算影响分析的结果显示，PAL 与 RIB 相比可节省 319,563 欧元，PAL 与 ABM 相比可节省 297,544 欧元。当考虑 QoL 数据时，结果可能有利于 PAL，因为不良事件的影响较小，而较少的不良事件与 QoL 的节省和改善有关。结论：从意大利的角度来看，与 RIB+FUL 和 ABM+FUL 相比，使用 PAL+FUL 治疗晚期/转移性 HR+/HER2- 乳腺癌具有节省成本的优势。关键词：成本效益、成本最小化、转移性乳腺癌、哌柏西利、瑞博西利、阿贝西利、二线内分泌治疗、意大利