s2是从山的Ney Springs中分离出来的Shasta,加利福尼亚州,在最小培养基板上,其中包含20 mM多硫化物和10毫米乙酸盐(6)。S2在含有20 mm硫代硫酸盐和10 mm乙酸盐的液体最小培养基中进行有氧培养。详细的媒体说明可在此处找到:dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bqjgmujw。S2在室温下孵育5天,以实现由先前的生长曲线确定的近似最大浊度(6)。DNA,并使用量子荧光计(美国Thermofisher Scientific,USA)进行定量。所有测序均由单个DNA准备。纳米孔库在高智能模式(280 bp/s)下使用R10.4.4的流动池(FLO-MIN114)用天然条形码24 V14试剂盒(牛津纳米孔技术,英国牛津,英国)进行测序。用孔雀鱼V.6.4.6进行,删除了质量分数<7的读数(7)。 在Seqcenter LLC(美国匹兹堡,美国)进行了 Illumina库准备和测序。 简要地,使用Illumina DNA准备套件制备库,并用10 bp独特的双指数进行条形码,并在Illumina Novaseq(2×150个测序)上进行测序。 使用BCL-Convert(v.4.0.3)进行反复式,质量控制和适配器修剪。 纳米孔序列> 2,000 bp用菲尔隆(V.0.2.1)(8)过滤质量,并去除了最差的10%的读取碱基。 过滤的长读数与Flye组装(v.2.9.1)(9)。 进行了四轮抛光。 质量评估和基因组统计数据,删除了质量分数<7的读数(7)。Illumina库准备和测序。简要地,使用Illumina DNA准备套件制备库,并用10 bp独特的双指数进行条形码,并在Illumina Novaseq(2×150个测序)上进行测序。使用BCL-Convert(v.4.0.3)进行反复式,质量控制和适配器修剪。纳米孔序列> 2,000 bp用菲尔隆(V.0.2.1)(8)过滤质量,并去除了最差的10%的读取碱基。过滤的长读数与Flye组装(v.2.9.1)(9)。进行了四轮抛光。质量评估和基因组统计数据Illumina读取的质量是用FastQC(v.0.12.1)(10)过滤的,所有读取的质量得分> Q30。简短的读数与Burrows -wheeler对准器(V.0.7.17)(11)对齐,并用Pilon(V.1.24,-fix all)(12)抛光组件。
Professor 06/2009-Present Centre EMT, INRS Varennes, Canada Visiting Professor 12/2008 – 05/2009 University of Western Australia Perth, Australia Associate Professor 06/2004 – 05/2009 Centre EMT, INRS Varennes, Canada Visiting Professor 02/2008 Nanyang Technological University Singapore Visiting Scientist 11/2007 CNR-ISC Rome, Italy Visiting Professor 07/2007 NUSNNI, National University of Singapore Singapore Visiting Professor 11/2006 – 02/2007 ISSP, University of Tokyo Kashiwa, Japan Visiting Scientist 09/2006 CNR–INFM–TASC Trieste, Italy Visiting Professor 01/2005 CQCT, University of New South Wales Sydney, Australia Assistant Professor 05/2002 – 05/2004 Center EMT,INRS VARENNES,加拿大邮政 - 多克特尔研究员11/2000 - 04/2002原子量表材料中心物理,Aarhus Aarhus大学,丹麦