1 罗格斯大学系统与计算生物学中心,罗格斯癌症研究所;195 Albany St.,新泽西新不伦瑞克 08901 2 罗格斯大学先进生物技术与医学中心;679 Hoes Lane West,皮斯卡塔韦,新泽西州 08854 *通讯作者。电子邮件:bassel.ghaddar@gmail.com 摘要 围绕癌症微生物组的最新争议凸显了改进人类基因组数据微生物分析方法的必要性。我们开发了 PRISM,一种用于精确识别微生物和从低生物量测序数据中净化的计算方法。PRISM 可消除杂散信号,并在对 62,006 个已知真阳性和假阳性分类群的精选数据集进行基准测试时获得出色的性能。然后,我们使用 PRISM 从 CPTAC 和 TCGA 数据集中检测 8 种癌症类型中的微生物。我们在 CPTAC 中鉴定出胃肠道肿瘤中丰富的微生物组,并在胰腺肿瘤亚群中鉴定出与改变的糖蛋白质组、更广泛的吸烟史和更高的肿瘤复发风险相关的细菌。我们发现其他癌症类型和 TCGA 中的微生物相对稀疏,我们证明这可能反映了不同的测序参数。总体而言,PRISM 并不能取代黄金标准对照,但它可以实现更高置信度的分析,并揭示具有潜在分子和临床意义的肿瘤相关微生物。简介
1美国纽瓦克的新泽西州罗格斯癌症研究所; 2美国纽瓦克新泽西州医学院的放射肿瘤学系癌症生物学系; 3噬菌体治疗小组,英国伦敦帝国学院脑科学系; 4德克萨斯大学医学博士安德森癌症中心,美国休斯顿; 5新陈代谢和细胞死亡研究所,德国诺伊尔伯格的Helmholtz Zentrum Muenchen; 6美国图森大学亚利桑那大学癌症中心的蜂窝和分子医学系; 7美国图森大学亚利桑那大学癌症中心耳鼻喉科和颈部外科系; 8美国巴尔的摩约翰·霍普金斯大学医学院放射学和放射科学系的罗素H摩根放射学和放射科学系癌症成像研究系; 9巴西Sa〜paulo的生物医学科学研究所寄生虫学系; 10美国罗格斯新泽西医学院的血液学/肿瘤学系; 11计算生物学实验室,A.C。Camargo Cancer Center,Sa〜paulo,巴西; 12医学基因组学实验室,A.C。Camargo癌症中心,巴西Sa〜Paulo;安德森癌症中心,美国休斯顿; 5新陈代谢和细胞死亡研究所,德国诺伊尔伯格的Helmholtz Zentrum Muenchen; 6美国图森大学亚利桑那大学癌症中心的蜂窝和分子医学系; 7美国图森大学亚利桑那大学癌症中心耳鼻喉科和颈部外科系; 8美国巴尔的摩约翰·霍普金斯大学医学院放射学和放射科学系的罗素H摩根放射学和放射科学系癌症成像研究系; 9巴西Sa〜paulo的生物医学科学研究所寄生虫学系; 10美国罗格斯新泽西医学院的血液学/肿瘤学系; 11计算生物学实验室,A.C。Camargo Cancer Center,Sa〜paulo,巴西; 12医学基因组学实验室,A.C。Camargo癌症中心,巴西Sa〜Paulo;
1 南加州大学凯克医学院人口与公共卫生科学系,美国加利福尼亚州洛杉矶 90032;sg_196@usc.edu(SG);ksloan@usc.edu(KS);emilydan@usc.edu(ED);corellan@usc.edu(COG);baezcond@usc.edu(LB-G.)2 华盛顿大学护理学院儿童、家庭和人口健康护理系,美国华盛顿州西雅图 98195;mbyshin@uw.edu 3 南加州大学诺里斯综合癌症中心,美国加利福尼亚州洛杉矶 90033 4 南加州大学南加州大学苏珊·德沃拉克-佩克社会工作学院,美国加利福尼亚州洛杉矶 90089; palinkas@usc.edu 5 罗格斯大学罗伯特伍德约翰逊医学院,美国新泽西州新不伦瑞克 08901;crabtrbf@rwjms.rutgers.edu 6 新泽西州罗格斯癌症研究所,美国新泽西州新不伦瑞克 08901 * 通讯地址:tsuijenn@usc.edu;电话:+1-323-865-3744
1荷兰耶尔斯克皇家海洋研究所河口和三角洲系统部; 2大都会办公室哈德利中心,英国埃克塞特; 3英国布里斯托尔布里斯托尔大学地球科学学院; 4荷兰代尔夫特的地球科学和遥感系; 5气候变化研究中心,新南威尔士大学,澳大利亚新南威尔士州悉尼; 6地理系,英国伦敦伦敦国王学院; 7荷兰乌得勒支大学乌得勒支大学海洋和大气研究所; 8地球与行星科学系与罗格斯大学,海洋和大气科学研究所,罗格斯大学,新泽西州新不伦瑞克省; 9英国雷丁大学大气科学中心和荷兰乌得勒支大学物理地理学系的10学院
颁奖颁奖颁奖典礼,新泽西州新泽西主席奖的研发委员会,2018年新泽西州主席奖,美国化学工程师研究所2020年2020年质量质量,2016年11月2016 - 2020年新泽西州年度奖学金奖,2016年新泽西州持续制造业质量标准,2016年新泽西州奖学金奖。 Teacher Scholar Award, 2015 University of Alberta Distinguished Speaker Award 2015 PSE Model-Based Innovation Prize 2013 American Institute of Chemical Engineers, North American Mixing Forum 2008 Award for Excellence and Sustained Contributions to Mixing Research and Practice American Institute of Physics Prize (Gallery of Fluid Motion by Physics of Fluids) “Three-Dimensional Chaotic Mixing”, Physics of Fluids, Volume 16(9), S8, P.E.arratia,mm。Alvarez,T。Shinbrot和F.M. Muzzio Rutgers董事会研究员(Gold Star)Dupont Young教授奖,1995- 1997年。 杜邦教育奖1998-2001。 Hoechst-Celanese Young教授奖,1995年。 默克年轻教师发展奖学金,1993- 1997年。 3M基金会不稳定的教师奖,1993,1994,1995。 埃克森教育基金会奖,1992年,1993年。 学术成就金牌(1985年GPA,大学范围内的GPA最高),阿根廷Mar del Plata大学。 布宜诺斯艾利斯州最高GPA奖,1985年。Alvarez,T。Shinbrot和F.M.Muzzio Rutgers董事会研究员(Gold Star)Dupont Young教授奖,1995- 1997年。杜邦教育奖1998-2001。Hoechst-Celanese Young教授奖,1995年。默克年轻教师发展奖学金,1993- 1997年。3M基金会不稳定的教师奖,1993,1994,1995。埃克森教育基金会奖,1992年,1993年。学术成就金牌(1985年GPA,大学范围内的GPA最高),阿根廷Mar del Plata大学。布宜诺斯艾利斯州最高GPA奖,1985年。
转化模型确定了纳米粒子递送的 miRNA-22 与三阴性乳腺癌标准治疗药物之间的协同作用 Prashant Dogra,1,2 Javier Ruiz Ramírez,1 Joseph D. Butner,1 Maria J. Peláez,1 Caroline Chung,3 Anupama Hooda-Nehra,4,5 Renata Pasqualini,4,6 Wadih Arap,4,5 Vittorio Cristini,1,7,8 George A. Calin,9 Bulent Ozpolat,10 Zhihui Wang 1,2,7,* 1 休斯顿卫理公会研究所医学数学项目,美国德克萨斯州休斯顿 77030;2 威尔康奈尔医学院生理学和生物物理学系,美国纽约州纽约 10065; 3 德克萨斯大学 MD 安德森癌症中心放射肿瘤学系,美国德克萨斯州休斯顿 77030;4 新泽西州罗格斯癌症研究所,美国新泽西州纽瓦克 07101;5 罗格斯新泽西医学院医学系、血液学/肿瘤学分部,美国新泽西州纽瓦克 07103;6 罗格斯新泽西医学院癌症生物学分部放射肿瘤学系,美国新泽西州纽瓦克 07103;7 德克萨斯大学 MD 安德森癌症中心成像物理学系,美国德克萨斯州休斯顿 77230;8 威尔康奈尔医学院医学科学研究生院生理学、生物物理学和系统生物学项目,美国纽约州纽约 10065;
• 学生成功要素:https://success.rutgers.edu • 学生支持服务:https://www.rutgers.edu/academics/student-support • 学习中心:https://rlc.rutgers.edu/ • 罗格斯大学图书馆:https://www.libraries.rutgers.edu/ • 偏见事件报告:https://studentaffairs.rutgers.edu/bias-incident-reporting • 学生主任 – 学生支持办公室:https://success.rutgers.edu/resource/dean-students- student-support-office • 退伍军人和军事计划和服务办公室:https://veterans.rutgers.edu • 学生健康服务:http://health.rutgers.edu/ • 咨询、酒精和其他药物援助计划和精神病服务 (CAPS):http://health.rutgers.edu/medical-counseling-services/counseling/ • UWill:免费立即获得远程治疗;你可以根据自己的喜好选择治疗师,包括问题、性别、语言、种族。http://health.rutgers.edu/uwill/ • 暴力预防和受害者援助办公室:www.vpva.rutgers.edu/ • 残疾人服务办公室:https://ods.rutgers.edu/ • 基本需求援助(食物、住房和其他必需品):https://ruoffcampus.rutgers.edu/basic-needs • 罗格斯学生食品储藏室:https://ruoffcampus.rutgers.edu/food-pantry
当选奖项和荣誉 2024 年波士顿大学年度导师奖提名 2021 年学习体验设计和在线教学奖 2020 年本科教学优秀奖:院长荣誉奖 2019 年促进本科生研究的校长奖 2019 年 NICHD 提名人、总统早期科学家和工程师职业奖 2017 年 Hellman 奖学金 2012-2020 年 简·科芬·查尔兹纪念基金博士后研究员 2009-2012 年霍华德·休斯医学研究所博士前奖学金 2003-2008 年汉森研究生特殊服务奖 2007 年生物物理学学生表彰奖 2006 年教学杰出证书 2004 年 CABM/Dreyfus 杰出奖2003 年本科生奖 2003 年亨利·罗格斯学者奖 2003 年罗格斯学院院长卓越奖
收到录取通知书后 1-2 天内,请在 netid.rutgers.edu 上激活 NetID,以访问 myRutgers 门户网站 ( my.rutgers.edu ),您可以在此查看有关后续步骤的重要信息。然后使用 Duo 注册两步登录,以访问大多数需要 NetID 登录的罗格斯大学服务和工具。了解更多信息,请访问 twostep.rutgers.edu 。
20491573,2023,1,由罗格斯大学图书馆、威利在线图书馆于 [20/01/2024] 从 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sta4.625 下载。有关使用规则,请参阅威利在线图书馆的条款和条件 (https://onlinelibrary.wiley.com/terms-and-conditions);OA 文章受适用的知识共享许可约束
