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174 个 SARS-CoV-2 表位的预测与验证
最近爆发的 SARS-CoV-2 (2019-nCoV) 病毒凸显了快速有效疫苗开发的必要性。刺激导致保护的适当免疫反应高度依赖于通过 HLA 复合物向循环 T 细胞呈递表位。SARS-CoV-2 是一种大型 RNA 病毒，体外测试所有重叠肽以反卷积免疫反应是不可行的。因此，通常使用 HLA 结合预测工具来缩小要测试的肽的数量。我们测试了 19 种表位-HLA 结合预测工具，并使用体外肽 MHC 稳定性测定法，我们评估了 777 种预测为 11 种 MHC 同种异型良好结合剂的肽。在这项对潜在 SARS-CoV-2 表位的研究中，我们发现当前的预测工具在评估结合稳定性时的性能各不相同，并且它们高度依赖于所讨论的 MHC 同种异型。因此，设计一种仅包含少数表位靶标的 COVID-19 疫苗是一项非常具有挑战性的任务。在这里，我们展示了 174 个具有高预测结合分数的 SARS-CoV-2 表位，这些表位经验证可与 11 种 HLA 同种型稳定结合。我们的研究结果可能有助于设计一种有效的 COVID-19 疫苗。
174 个 SARS-CoV-2 表位的预测与验证
最近爆发的 SARS-CoV-2 (2019-nCoV) 病毒凸显了快速有效疫苗开发的必要性。刺激导致保护的适当免疫反应高度依赖于通过 HLA 复合物向循环 T 细胞呈递表位。SARS-CoV-2 是一种大型 RNA 病毒，体外测试所有重叠肽以反卷积免疫反应是不可行的。因此，通常使用 HLA 结合预测工具来缩小要测试的肽的数量。我们测试了 15 种表位-HLA 结合预测工具，并使用体外肽 MHC 稳定性测定法，我们评估了 777 种预测为 11 种 MHC 同种异型良好结合剂的肽。在这项对潜在 SARS-CoV-2 表位的研究中，我们发现当前的预测工具在评估结合稳定性时的性能各不相同，并且它们高度依赖于所讨论的 MHC 同种异型。因此，设计一种仅包含少数表位靶标的 COVID-19 疫苗是一项非常具有挑战性的任务。在这里，我们展示了 174 个具有高预测结合分数的 SARS-CoV-2 表位，这些表位经验证可与 11 种 HLA 同种型稳定结合。我们的研究结果可能有助于设计一种有效的 COVID-19 疫苗。
SARS-CoV-2 抗体对 CoronaVac 的反应动态以及随后的 BNT162b2 疫苗加强剂量
要长期保护自己免受 SARS-CoV-2 感染，需要疫苗抗体持续保持在保护阈值以上，或维持在随后的病毒暴露后能够重新激活的免疫记忆细胞，或两者兼而有之 ( 1 )。据报道，接种 CoronaVac（科兴生物，http://www.sinovac.com）的人体内的 SARS-CoV-2 抗体会随着时间的推移而衰减，这表明有必要接种第三针疫苗 ( 2 )。在巴西，第三剂疫苗最好与 BNT162b2 疫苗（辉瑞-BioNTech，https://www.pfizer.com）一起接种 ( 3 , 4 )。关于接种 CoronaVac 疫苗以及最近补充的 BNT162b2 加强针后的抗体动态的信息有限。因此，我们评估了一组医护人员 (HCW) 接种第二剂后长达 230 天内对 CoronaVac 抗体反应的纵向动态，并评估了 BNT162b2 加强剂量对抗体水平的影响。该研究已获得 Hospital Geral Dr. César Cals（巴西福塔莱萨；批准号 CAAE 39691420.7.0000.5049）伦理委员会的批准。我们获得了所有参与者的知情同意。
2 BNT162B2疫苗剂量后SARS-COV-2尖峰抗体的强衰变和对疗养院居民第三剂的高抗体反应
Hubert Blain，Edouard Tuaillon，Lucie Gamon，Amandine Pisoni，StéphanieMiot等。在2 BNT162B2疫苗剂量和高抗体反应后，SARS-COV-2尖峰抗体的强衰减很大。美国医疗董事协会期刊，2022，23（5），pp.750-753。10.1016/j.jamda.2022.02.006。hal-03760314
靶向与脱靶效应的药物抑制了SARS-COV-2
摘要由严重的急性呼吸综合症冠状病毒-2（SARS-COV-2）引起的冠状病毒疾病19（COVID-19）的当前流行呼吁开发病毒复制抑制剂。在这里，我们对包括伊马替尼梅赛酸酯在内的已发表和声称的SARS-COV-2抗病毒药进行了生物信息学分析，我们发现，我们发现对Vero E6细胞的SARS-COV-2复制抑制了SARS-COV-2复制，并根据有关其他冠状病毒的文献来抑制其他关于其他冠状病毒的文献，这可能会以酪氨酸动物学酶为酪氨酸动物酶抗抑制剂。我们确定了具有溶酶体剂特征的SARS-COV-2抗病毒药簇，这意味着它们是能够渗透到细胞中的亲脂性弱碱基。These agents include cepharentine, chloroquine, chlorpromazine, clemastine, cloperastine, emetine, hydroxychloroquine, haloperidol, ML240, PB28, ponatinib, siramesine, and zotati fi n (eFT226) all of which are likely to inhibit SARS-CoV-2 replication by non-speci fi c（脱靶）的效果，这意味着它们可能不对其“官方”药理学靶标作用，而是通过对包括自噬体，内体和溶酶体在内的嗜酸细胞器的非特征作用来干扰病毒复制。伊马替尼梅赛酸盐并未落入该簇。总而言之，我们根据其理化特征提出了将SARS-COV-2抗病人的初步分类与特异性（靶）与非特殊（非目标）（非目标）药物的特定分类。
重新利用CD8 + T细胞对SARS-COV-2进行癌症免疫疗法的免疫力：COVID-19大流行的积极方面？
加拿大哈利法克斯市达尔豪西大学病理学系； B加拿大哈利法克斯市达尔豪西大学微生物与免疫学系； c加拿大哈利法克斯市达尔豪西大学生物学系； D Beatrice Hunter Cancer Research Institute，加拿大新南威尔士州哈利法克斯；他的第11团队由Cordeliers研究中心，Cordeliers的全国联盟（National Falie Antival Antival Cancer）贴上，INSERM U1138，巴黎大学，索邦大学，法国，巴黎，巴黎，巴黎。法国维勒维夫（Vilejuif）的F Gustave Roussy癌症校园； G代谢组学和细胞生物学平台，法国维勒维夫Gustave Roussy癌症校园； H法国法国大学，法国巴黎大学；我是欧洲医院乔治·庞皮杜（Georges Pompidou），法国巴黎，欧洲医院乔治·庞皮杜（Georges Pompidou）；苏州系统医学研究所，中国医学科学院，中国苏州； K Karolinska Institute，Karolinska大学医院Karolinska Institute，瑞典Karolinska大学医院Karolinska Institute
脱离接触差距
莎拉·克雷普斯（Sarah E. Kreps）约翰·韦瑟里尔（John L.关系，安全研究，2007年。牛津大学，硕士 在环境变化和管理方面，有区别，1999年。 哈佛大学，《环境科学与公共政策学士学位》，Magna Cum Laude，1998年。牛津大学，硕士在环境变化和管理方面，有区别，1999年。哈佛大学，《环境科学与公共政策学士学位》，Magna Cum Laude，1998年。哈佛大学，《环境科学与公共政策学士学位》，Magna Cum Laude，1998年。康奈尔大学2021 - 2022年康奈尔大学公共政策学院技术政策学院至上董事，康奈尔大学康奈尔大学2020年至1222年主席，康奈尔大学康奈尔大学2020年至1220年至1220年校长康奈尔大学康奈尔大学政府教授的康奈尔大学教授2019-2020教授的康奈尔大学教授，康奈尔大学教授，康奈尔大学教授，康德尔大学教授。 Professor of Law, Cornell University 2008-2014 Assistant Professor of Government, Cornell University F ELLOWSHIPS AND A FFILIATIONS 2023-Present Senior Fellow, Bitcoin Policy Institute 2023-Present Senior Fellow, Jain Family Institute 2020-Present Non-Resident Senior Fellow, AI and Emerging Tech, Brookings Institution 2020-Present Faculty Affiliate, Institute for Politics and Global Affairs, Cornell University 2018-Present米尔斯坦科技与人类计划教师会员，康奈尔大学2018年至上的教师会员，罗珀舆论研究中心，2007年至2017年外交关系委员会2017-2018官员委员会，现代战争学院，西点2015年西点2015年兼职研究所，2015年，2015年夏季夏季安全研究所，斯坦福大学，贝尔核安全研究员，贝尔核安全研究员，贝尔核关系研究员，国际委员会，2007年，2007年，2007年，贝尔关系。哈佛大学2006-2007，弗吉尼亚大学米勒公共事务中心研究员，2006年美国当代德国研究所DAAD研究员，2005-2008 2005-2008国际法与政治研究所高级研究所，乔治敦1998-1999研究助理，环境与健康计划，日内瓦大学环境与健康计划，日内瓦大学，1997年1997年 - 1999年1997年 - 1999年环境研究副校长，环境Epemiologel，parisemiologel，parisemiologel，div>康奈尔大学2021 - 2022年康奈尔大学公共政策学院技术政策学院至上董事，康奈尔大学康奈尔大学2020年至1222年主席，康奈尔大学康奈尔大学2020年至1220年至1220年校长康奈尔大学康奈尔大学政府教授的康奈尔大学教授2019-2020教授的康奈尔大学教授，康奈尔大学教授，康奈尔大学教授，康德尔大学教授。 Professor of Law, Cornell University 2008-2014 Assistant Professor of Government, Cornell University F ELLOWSHIPS AND A FFILIATIONS 2023-Present Senior Fellow, Bitcoin Policy Institute 2023-Present Senior Fellow, Jain Family Institute 2020-Present Non-Resident Senior Fellow, AI and Emerging Tech, Brookings Institution 2020-Present Faculty Affiliate, Institute for Politics and Global Affairs, Cornell University 2018-Present米尔斯坦科技与人类计划教师会员，康奈尔大学2018年至上的教师会员，罗珀舆论研究中心，2007年至2017年外交关系委员会2017-2018官员委员会，现代战争学院，西点2015年西点2015年兼职研究所，2015年，2015年夏季夏季安全研究所，斯坦福大学，贝尔核安全研究员，贝尔核安全研究员，贝尔核关系研究员，国际委员会，2007年，2007年，2007年，贝尔关系。哈佛大学2006-2007，弗吉尼亚大学米勒公共事务中心研究员，2006年美国当代德国研究所DAAD研究员，2005-2008 2005-2008国际法与政治研究所高级研究所，乔治敦1998-1999研究助理，环境与健康计划，日内瓦大学环境与健康计划，日内瓦大学，1997年1997年 - 1999年1997年 - 1999年环境研究副校长，环境Epemiologel，parisemiologel，parisemiologel，div>康奈尔大学2021 - 2022年康奈尔大学公共政策学院技术政策学院至上董事，康奈尔大学康奈尔大学2020年至1222年主席，康奈尔大学康奈尔大学2020年至1220年至1220年校长康奈尔大学康奈尔大学政府教授的康奈尔大学教授2019-2020教授的康奈尔大学教授，康奈尔大学教授，康奈尔大学教授，康德尔大学教授。 Professor of Law, Cornell University 2008-2014 Assistant Professor of Government, Cornell University F ELLOWSHIPS AND A FFILIATIONS 2023-Present Senior Fellow, Bitcoin Policy Institute 2023-Present Senior Fellow, Jain Family Institute 2020-Present Non-Resident Senior Fellow, AI and Emerging Tech, Brookings Institution 2020-Present Faculty Affiliate, Institute for Politics and Global Affairs, Cornell University 2018-Present米尔斯坦科技与人类计划教师会员，康奈尔大学2018年至上的教师会员，罗珀舆论研究中心，2007年至2017年外交关系委员会2017-2018官员委员会，现代战争学院，西点2015年西点2015年兼职研究所，2015年，2015年夏季夏季安全研究所，斯坦福大学，贝尔核安全研究员，贝尔核安全研究员，贝尔核关系研究员，国际委员会，2007年，2007年，2007年，贝尔关系。哈佛大学2006-2007，弗吉尼亚大学米勒公共事务中心研究员，2006年美国当代德国研究所DAAD研究员，2005-2008 2005-2008国际法与政治研究所高级研究所，乔治敦1998-1999研究助理，环境与健康计划，日内瓦大学环境与健康计划，日内瓦大学，1997年1997年 - 1999年1997年 - 1999年环境研究副校长，环境Epemiologel，parisemiologel，parisemiologel，div>康奈尔大学2021 - 2022年康奈尔大学公共政策学院技术政策学院至上董事，康奈尔大学康奈尔大学2020年至1222年主席，康奈尔大学康奈尔大学2020年至1220年至1220年校长康奈尔大学康奈尔大学政府教授的康奈尔大学教授2019-2020教授的康奈尔大学教授，康奈尔大学教授，康奈尔大学教授，康德尔大学教授。 Professor of Law, Cornell University 2008-2014 Assistant Professor of Government, Cornell University F ELLOWSHIPS AND A FFILIATIONS 2023-Present Senior Fellow, Bitcoin Policy Institute 2023-Present Senior Fellow, Jain Family Institute 2020-Present Non-Resident Senior Fellow, AI and Emerging Tech, Brookings Institution 2020-Present Faculty Affiliate, Institute for Politics and Global Affairs, Cornell University 2018-Present米尔斯坦科技与人类计划教师会员，康奈尔大学2018年至上的教师会员，罗珀舆论研究中心，2007年至2017年外交关系委员会2017-2018官员委员会，现代战争学院，西点2015年西点2015年兼职研究所，2015年，2015年夏季夏季安全研究所，斯坦福大学，贝尔核安全研究员，贝尔核安全研究员，贝尔核关系研究员，国际委员会，2007年，2007年，2007年，贝尔关系。哈佛大学2006-2007，弗吉尼亚大学米勒公共事务中心研究员，2006年美国当代德国研究所DAAD研究员，2005-2008 2005-2008国际法与政治研究所高级研究所，乔治敦1998-1999研究助理，环境与健康计划，日内瓦大学环境与健康计划，日内瓦大学，1997年1997年 - 1999年1997年 - 1999年环境研究副校长，环境Epemiologel，parisemiologel，parisemiologel，div>
反复快速检测策略对 SARS-CoV-2 居家抗病毒治疗效果的影响
正如一贯所证明的那样，定期进行的快速检测可以帮助确定个人是否被感染和是否具有潜在传染性，从而为个人及其整个社区带来重大益处。对个人的另一个好处是，可以在感染期间足够早地进行阳性检测，以便用抗病毒疗法治疗可以有效抑制严重疾病的发展，特别是在 PCR 吸收有限且收到结果的延迟很大的情况下。在这里，我们提供了一个定量说明，说明在不同时间间隔进行的快速检测可以在多大程度上带来辉瑞新疗法 (Paxlovid) 带来的好处。我们发现，更常规地进行检测的策略（即每隔一天或每三天一次）与住院风险的降低有关，相应地，受感染人群中受益于治疗的比例更高。我们进一步观察到，减少从检测呈阳性到治疗的延迟和增加治疗覆盖率对平均治疗效益有关键影响，这表明获得治疗的重要性。
SARS-COV-2假病毒失调并诱导造血干细胞和祖细胞炎症
严重的急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-COV-2）感染主要影响呼吸系统，但可能引起血液学改变，例如贫血，淋巴细胞减少和血小板减少症。先前的研究报告说，SARS-COV-2有效地感染了造血茎和祖细胞（HSPC）。但是，尚未描述对造血和免疫重建的后续影响。在这里，我们评估了使用SARS-COV-2 Omicron变体假病毒（PSV）的脐带血液衍生的HSPC感染的病理影响。OMICRON PSV感染的HSPC的转录组分析揭示了涉及炎症，衰老和NLRP3炎症的基因的上调，这表明插入的潜在触发触发器。OMICROR PSV感染的HSPC呈现的多重祖细胞数量减少（粒细胞 - 红细胞 - 巨噬细胞 - 巨噬细胞 - 巨核细胞群形成单位）ex vivo和vivo和重生的造血干细胞（Ki-67--hcd34 + s） γ空小鼠模型（Omicron小鼠）。此外，Omicron PSV感染诱导了HSPC的髓样偏差。用抗病毒剂纳米摄影烯氧化物治疗，部分缓解了体外和体内的髓样偏置和炎症表型。这些发现提供了有关SARS-COV-2感染的造血和免疫作用异常的见解，并突出了潜在的治疗干预措施。