由AMP,ASCO,CAP和M.D.- 2024年6月6日 - 全球全球分子诊断专业社会的分子病理学协会(AMP)今天发表了一系列基于证据的建议,用于对肿瘤突变负担(TMB)测试作为潜在预测性生物标记物的分析验证和报告,用于免疫检查点侵入点(ICI)的潜在预测生物标志物。这些建议包括TMB分析的分析前,分析和分析后因素,并强调出版物中全面的方法论描述的重要性以允许分析之间的可比性。手稿,“肿瘤突变负担分析验证和报告的建议:分子病理协会,美国病理学家学院和癌症免疫疗法协会的共同共识建议”,在《分子诊断杂志》发表之前在线发布。ICI疗法已转化了患有多种癌症患者的一部分患者护理。结果,对预测性生物标志物(例如TMB)仍然具有重大兴趣,这些生物标志物可以识别患者从这些治疗中受益更可能受益。但是,TMB的计算,报告和解释可能在不同的实验室之间有所不同。建立了AMP TMB工作组,以评估现有的实验室实践,并为临床TMB测试的分析验证和报告制定基于证据的标准。我们的成员是这些建议旨在作为基于科学文献,观察性调查数据以及工作组主题专家的专业经验的参考指南。“虽然TMB已成为ICI治疗的潜在预测生物标志物,计算和报告TMB的多种方法,以及关于临床测定验证的全面方法论描述,对采用构成了重大挑战,” Larissa V. Furtado,AMP TMB TMB TMB Working Groups和Morecull Pathist in St. jude at Set. judet。LarissaV. Furtado说。“这份新报告不仅总结了与TMB测试相关的现有知识和挑战,而且还提供了有关如何在临床环境中最好地验证和报告这些测定法的共识建议。” “AMP is committed to helping laboratories overcome challenges and improve current test and interpretation practices,” said Susan Hsiao, MD, PhD, Chair of the 2024 AMP Clinical Practice Committee, Member of the AMP TMB Working Group, and Associate Professor of Pathology and Cell Biology at Columbia University Vagelos College of Physicians and Surgeons.“与我们所有基于证据的指南一样,随着新的技术和科学进步的可用,AMP临床实践委员会将继续重新评估和修改这些TMB建议。”要阅读完整的手稿,请访问https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2024.05.002。关于AMP,分子病理协会(AMP)成立于1995年,为分子诊断的新兴领域提供结构和领导。AMP的2,900多名成员练习分子诊断的各种学科,包括生物信息学,传染病,遗传病和肿瘤学。AMP的2,900多名成员练习分子诊断的各种学科,包括生物信息学,传染病,遗传病和肿瘤学。
抽象背景肿瘤突变负担(TMB)定义为询问的基因组序列的每个兆班堡的体细胞突变数量,证明了对鉴定癌症患者的预测性生物标志物潜力,最有可能对免疫检查点抑制剂做出反应。TMB是通过整个外显子组测序(WES)最佳计算的,但是下一代测序的目标面板以时间效率且具有成本效益的方式提供TMB估计。然而,除了潜在的生物信息学管道外,面板大小和基因覆盖范围的差异是跨实验室TMB估计值的已知驱动因素。通过直接比较来自参与实验室的基于面板的TMB估计值,本研究旨在表征基于面板的TMB估计的理论可变性,并提供有关TMB报告,分析验证要求和参考标准一致性的指南,以维持跨平台TMB估计的一致性。方法十一项实验室使用了来自多种癌症(MC3)样本中的癌症基因组多中心突变的WES数据,并使用其自身的生物信息信息线(PANEL TMB)限制在其目标面板覆盖的基因的外部基因的子集中计算了TMB。使用统一的生物信息学管道从整个外显子组中计算出参考TMB值,所有成员都同意(WES TMB)。线性回归分析,以研究所有32种癌症类型的WES和面板TMB之间的关系。在各种WES TMB值下的面板TMB值的可变性也使用95%的预测限制进行了量化。
在某些情况下,白血病细胞在化疗的第一个周期中被从血液中销毁,仅部分在骨髓中。这称为诱导。在这些情况下,还需要第二个称为重新诱导的循环来破坏骨髓中的白血病细胞。如果白血病在1或2个周期后或复发发生,则可以使用不同的化学药物或组合来获得缓解。复发是在化学疗法治疗期间或之后的白血病细胞继续增加的时候。
抽象背景免疫检查点抑制剂(ICI)疗法已大大提高了非小细胞肺癌(NSCLC)患者的总生存率(OS);但是,它的响应率仍然适中。在这项研究中,我们开发了一个基于机器的基于机器的平台,即基于细胞因子的ICI反应指数(CIRI),以根据外周血细胞因子特征来预测NSCLC患者的ICI反应。方法我们分别在培训和验证队列中分别接受了抗PD-1/PD-L1单一疗法或联合化学疗法的NSCLC患者的123例和99例NSCLC患者。在基线(前)和治疗后6周(治疗期间:EDT)从患者获得的外周血中检查了93种细胞因子的血浆浓度。集合学习随机生存森林分类剂是为了选择特征细胞因子并预测接受ICI治疗的患者的OS。在基线和治疗时分别选择了14个和19个细胞因子,以生成CIRI模型(即PROCIRI14和EDTCIRI19),这两者都成功地鉴定出了两个完全独立的人群中OS较差的患者。在人口水平上,如一致性指数(C-Indices)所示,PROCIRI14和EDTCIRI19的预测准确性分别为0.700和0.751在验证群体中。在单个水平上,CIRI评分较高的患者表现出较差的OS [危险比(HR):0.274和0.163,以及PROCIRI14和EDTCIRI19的P <0.0001和P = 0.0044]。通过包括其他循环和临床特征,在高级模型中观察到了提高的预测功效(PROCIRI21和EDTCIRI27)。验证队列中的c指数分别为0.764和0.757,而PROCIRI21和EDTCIRI27的HRS分别为0.141(P <0.0001)和0.158(P = 0.038)。结论CIRI模型在确定NSCLC患者的抗PD-1/PD-L1治疗方面具有高度准确且可重复性,并且可能有助于在治疗早期和/或治疗早期进行临床决策。