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SMRTBELL®清理珠-85 ml
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使用 SMRTbell® 准备多重扩增子文库...
使用凝胶提取的扩增子产物可能会导致测序性能降低，这是因为插入染料（如溴化乙锭）和暴露于紫外线辐射会造成固有的损坏。如果使用已用染料染色的凝胶提取产物，建议在文库制备和测序之前对其进行额外的扩增，以去除损坏和/或染料。
程序和清单 - 使用SMRTBELL PREP套件3.0
请注意，单个SRE/剪切自动化运行中不能包括高质量和低质量样品。如果可用0.5–1.25 µg gDNA并使用Revio Sprq化学，则低质量工作流将为Revio SMRT细胞（+SPRQ）提供足够的库；但是，如果需要过多的文库，则高质量参数也可以用于Revio Sprq化学。对于Revio非SPRQ化学和VEGA，仍建议使用2 µg GDNA输入来加载1个SMRT细胞。
102-390-900技术概述 - 使用SMRTBELL PREP KIT 3.0
程序和清单 - 使用SMRTBELL PREP KIT 3.0（102-166-600）准备整个基因组和元基因组库，描述了使用SMRTBELL PREP KIT 3.0在PACBIO上进行pacBio的Semecencing Systems semect in semect in基因组和元基因组DNA中构建整个基因组测序（WGS）库的工作流程。可以手动执行此过程，也可以使用SMRTBELL PREP套件3.0的众多合格自动化方法之一。
技术概述：使用SMRTBELL PREP套件3.0
Compatible with single - stranded AAV (ssAAV ) and self - complementary AAV (scAAV ) • AAV DNA sample extraction is performed using third - party methods• Multiplexing is performed using SMRTbell barcoded adapter plate 3.0 (102 - 009- 200)• A total of 1 μg of pooled AAV DNA is required for SMRTbell library preparation.每个单个AAV样本的输入DNA需求取决于多重水平，并且范围从
技术概述 Revio 系统 v13.3 + SPRQ 化学
1 Revio SPRQ 测序板 - 1 rxn 部分列在客户价目表中，可通过标准采购流程和客户中心（电子商务）订购。2 Revio SPRQ 聚合酶试剂盒 + 清理珠捆绑包 PN 103-520-100 包括 Revio SPRQ 聚合酶试剂盒和 SMRTbell 清理珠。3 Revio SPRQ HiFi 制备试剂盒 96 捆绑包 PN 103-522-600 包括 Revio SPRQ 聚合酶试剂盒 96、HiFi 制备试剂盒 96、SMRTbell 清理珠和其他试剂，以支持高通量样品处理。
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染
动植物科学在HIFI测序
所有样品吞吐量均为使用1个SMRT Cymist的VEGA系统的VEGA系统的估计值，使用1 SMRT细胞的SPRQ化学。覆盖范围可能会根据样本质量，图书馆质量和片段长度而有所不同。当前可用的SMRTBELL®适配器索引板96A-96D总共包含384个SMRTBELL条形码适配器。微生物从头组装假定的微生物为2 GB的总基因组大小为每个样品30倍。单细胞转录组学在Revio系统上的每个库中≥8000万次读取，在VEGA系统上的每个库中约有500-6亿个读取。全长RNA测序假设Revio Sprq的总读数为60m，而Vega的30m读取，无论有何plexity。Amplicon测序假设电影时间为1-5 kb的12小时电影时间，24小时的电影时间为5+ kb，每个样本> 50倍。目标富集假设每个样品> 50倍。
puretarget：无扩增的工作流程，用于短串联重复扩展的遗传和表观遗传分析
本文档中的错误或遗漏。某些通知，条款，条件和/或使用限制可能与您使用PACBIO产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的PACBIO销售条款和条件以及PACB.com/license的适用许可条款。太平洋生物科学，PACBIO徽标，PACBIO，Circulomics，Omniome，Smrt，Smrtbell，Iso-Seq，Secel，Sequel，Nanobind，sbb，Revio，Revio，Onso，Apton，Apton，Kinnex和Puretarget是Pacbio的商标。