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朋友之间的SNP是什么：梭状芽胞杆菌艰难梭菌的血统R20291可以影响研究结果
梭状芽胞杆菌差的差异（以前是梭状芽胞杆菌[1]）是发达国家与医院相关腹泻的主要原因。近年来，其流行率归因于高呼吸菌株的出现，尤其是属于BI/NAP1/PCR Ribotype 027（RT 027）的菌株的出现，这些菌株会详细征集毒素A/B的高滴度，从而产生二元毒素，并产生二元毒素并表现出增加孢子的倾向[2]。将其基因组测序的第一个RT 027菌株是R20291菌株[3]，负责2006年在英国Stoke Mandeville医院发生重大爆发。，R20291已成为研究最多的实验室菌株之一。对梭形基因组序列数据的全面开发依赖于正向和反向遗传学工具的应用[4]，最著名的是基于内含子重新定位的封闭技术[5]。初始
完善SNP变异的基因组位置，影响大西洋鲑鱼成熟时间在关键的大效应基因座
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2021年6月16日。 https://doi.org/10.1101/2021.04.26.441431 doi：biorxiv preprint
解释混合种群中的SNP遗传力
1 EDUWELL team, Lyon Neuroscience Research Centre, INSERM U1028, CNRS UMR5292, Lyon 1 University, Lyon, France 2 Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) and Université de Paris, INCC UMR 8002, Paris, France, 3 Normandie Univ, UNICAEN, INSERM, U1237, NeuroPresage Team, Cyceron, 14000 CAEN，法国4040年4心理学系艺术与科学学院，范德比尔特视觉研究中心，范德比尔特大学，纳什维尔，田纳西州田纳西州37235，美国 *地址与Antoine.lutz@inserm.lutz@inserm.fr
从PEDOT/SNP复合材料中的电气控制的褪黑激素释放可改善慢性神经记录的质量
从可植入电极中的长期和高质量的信号采集性能是建立稳定且有效的脑部计算机界面（BCI）连接的关键。脑组织的炎症反应阻碍了植入电极的慢性性能。为了解决生物界面电极的材料局限性，我们将磺化二氧化硅纳米颗粒（SNP）设计为聚（3,4-乙基二苯二甲苯）（PEDOT）（PEDOT）的掺杂剂，以修改可植入的电极。在这项工作中，通过电化学沉积在PEDOT中通过电化学沉积（NI-CR）合金电极和碳纳米管（CNT）纤维电极纳入PEDOT，而不会影响急性神经信号记录能力。在用PEDOT/SNP-MT涂层后，两个电极的电荷存储能力显着增加，并且在NI-CR合金电极的1 kHz处的电化学阻抗显着降低，而CNT电极的电极显着降低。此外，这项研究还检查了每隔一天的电触发MT释放对大鼠海马植入神经电极的神经记录质量和寿命1个月的影响。两种MT修饰的NI-CR合金电极和CNT电极在26天记录后均显示出明显更高的尖峰振幅。显着地，组织学研究表明，植入的NI-CR合金电极周围的星形胶质细胞数量显着降低了MT释放后。这些结果证明了PEDOT/SNP-MT治疗在改善慢性神经记录质量可能通过其抗渗透性特性改善的有效结果。
2′-O-甲基修饰的向导RNA增强CRISPR-Cas12a系统的单核苷酸多态性(SNP)鉴别能力
成簇的规律间隔的短回文重复序列 (CRISPR) 和 CRISPR 相关 (Cas) 蛋白是细菌和古菌所特有的，构成了针对外来移动遗传元素的适应性免疫系统。1,2 CRISPR-Cas 系统分为第 1 类（使用多个 Cas 蛋白）和第 2 类系统（使用单个多结构域 Cas 蛋白），根据复杂性和特征蛋白又细分为六种类型（I 型至 VI 型）。3 作为第 2 类系统的成员，II-A 型 CRISPR-Cas9 得到了最广泛的研究和开发，成为基因组编辑和治疗工具。 4 Cas9 具有两个核酸酶位点——His – Asn – His (HNH) 和 RuvC 样结构域，可在双 CRISPR RNA (crRNA) 和反式激活 crRNA (transcrRNA) 向导介导的特定位点实现双链 DNA (dsDNA) 的精确切割。5,6
基因SNP患者的脂肪形成分析...
摘要：简介：肥胖是非传染性慢性病组（NCD）的成员。这个主题非常重要，因为这是一个多年来达到的流行比例的公共卫生问题，对人群健康产生了严重的影响，并表现出多因素病因。目的：这项工作的目的是评估与脂肪生成的作用有关的研究，直到脂肪形成引起的体内脂肪的积累为其转录因子作为其转录因子由过氧化物酶体（PPAR GAMA）启用的受体，负责促成前脂肪细胞前脂肪细胞的差异。材料和方法：1997年至2023年的出版物在不同的数据库中进行了分析，包括带有主要描述符PPAR GAMA的PubMed，在这种情况下进行了29篇文章，以实现本文的目的。结果和讨论：已经确定，当PPAR范围更改时，能量稳态的失衡发生在脂肪生成和脂肪生成的改变时，与脂肪酸的释放合作，导致器官中引起血液胰岛素抵抗和脂肪毒素。结论：了解与PPAR伽马相关的主要多态性的脂肪生成，这是影响肥胖症的主要多态性，有必要建立特定的肥胖治疗方法。关键字：SNP; PPAR伽玛；脂肪形成；肥胖。
SNP-CRISPR：用于 SNP 特异性基因组编辑的网络工具
摘要 CRISPR-Cas9 是一种强大的基因组编辑技术，其中单个向导 RNA (sgRNA) 赋予靶位点特异性以实现 Cas9 介导的基因组编辑。已经基于人类和模型生物的参考基因组开发了大量 sgRNA 设计工具。然而，现有资源并不是最佳的，因为靶向区域内的基因突变或单核苷酸多态性 (SNP) 会干扰向导-靶互补性，从而影响基于 CRISPR 的方法的效率。为了便于识别 (1) 非参考基因组中的 sgRNA、(2) 不同遗传背景下的 sgRNA 或 (3) 针对含 SNP 的等位基因的特定靶向，例如疾病相关突变，我们开发了一个网络工具 SNP-CRISPR ( https://www.fl yrnai.org/tools/snp_crispr/ )。 SNP-CRISPR 可用于根据公共变异数据集或用户识别的变异设计 sgRNA。此外，该工具还计算针对变异和参考的 sgRNA 设计的效率和特异性得分。此外，SNP-CRISPR 提供了上传多个 SNP 的选项，并使用单个 sgRNA 设计同时针对一个或多个附近的碱基变化。鉴于这些功能，SNP-CRISPR 在模型系统中以及用于疾病相关变异校正的 sgRNA 设计中具有广泛的潜在研究应用。
Faba Bean（Vicia Faba L.）开花和种子质量特征的新型SNP标记：多样性面板的特征和GWAS
Faba Bean（Vicia Faba L.）是在全球各种气候下种植的豆科植物。它具有增加种植的高潜力，可以满足人类饮食中更多基于植物的蛋白质的需求，这是更可持续的食品生产系统的先决条件。对农作物多样性面板的表征可以确定植物育种目标特征的变化和遗传标记。在这项工作中，我们收集了来自世界各地的220种Faba Bean的多样性面板，这些面板由基因库材料和市售品种组成。这项研究的目的是量化目标性状的表型多样性，以分析育种对这些特征的影响，并通过全基因组关联研究（GWAS）鉴定与性状相关的遗传标记。在两年内在北欧纬度的领域条件下进行表征，发现对11种农艺和种子质量特征有很大的基因型变异和高宽义的遗传力。成对的相关性表明，种子产量与植物高度，每植物的种子数量以及成熟天数正相关。此外，对于早期的流量饰品和较大种子的加入，对豆象鼻损伤的敏感性显着较高。在这项研究中，没有发现较高的种子蛋白质含量的屈服罚款，但是蛋白质含量与淀粉含量有负相关。我们的结果表明，尽管Faba豆质种质的繁殖进展导致每植物的产量和种子数量增加，但它们也导致了延迟浮躁和成熟发作的选择压力。三个DARTSEQ基因分型鉴定6,606个单核苷酸多态性（SNP），通过对齐Faba Bean参考基因组。这些SNP用于GWAS，揭示了51个与十个评估性状相关的新型SNP标记。
19 号染色体上 SNP 相互作用的模拟深度学习模型，用于预测阿尔茨海默病风险和疾病进展速度
尽管脱氧核糖核酸 (DNA) 的组成简单，只有 4 个核苷酸变体，但它却存储着物种间和物种内大量变异的独特信息。遗传密码由单核苷酸多态性 (SNP) 的顺序和位置、它们之间的空间关系以及它们与其他 SNP 的上位相互作用决定 [8–10]。全基因组关联研究 (GWAS) 方法通过对痴呆症患者和认知未受损 (CU) 的个体进行组比较来识别与 AD 相关的 SNP [11–15]。然而，GWAS 不考虑上位相互作用。为了更好地解释遗传性并确定 AD 的遗传结构，开发了使用载脂蛋白 E (APOE) Ɛ 4 单倍型（最重要的散发性 AD 风险因素）以及通过 GWAS 方法和多基因风险评分 (PGRS) 确定的许多其他 AD 风险 SNP 的多元回归方法 [16–19]。然而，它们仅解释了疾病遗传性的一部分，表明缺少额外的风险 SNP 和有关相互作用的关键信息。
利用 AAV5 传递的 Life Edit ® 核酸酶和引导 RNA 进行等位基因选择性 SNP 编辑，显著减少突变型 HTT 蛋白
我们的平台 Life Edit 的基因组编辑平台提供了大量且多样化的新型 RNA 引导核酸酶 (LEG)、碱基编辑器和逆转录酶编辑器，可提供灵活的编辑策略和前所未有的访问感兴趣的基因组位点的机会。我们的平台源自 AgBiome 不断增长的数万种专有非致病性微生物集合。